单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 33948 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-12-09 |
A DSSM network for inferring and prioritizing cell-type-specific regulons using single-cell RNA-seq data
2025-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06329-4
PMID:41354912
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为DSSMReg的深度结构化语义模型，用于从单细胞RNA-seq数据中推断和优先排序细胞类型特异性调控子 | 开发了首个结合单细胞转录组数据和转录因子基序数据，通过深度结构化语义模型将转录因子和靶基因映射到低维语义空间，并利用余弦相似度评估调控强度以推断细胞类型特异性调控子的方法 | 未明确说明模型对数据质量和规模的敏感性，以及在不同组织或疾病类型中的泛化能力 | 开发一种能够准确推断和优先排序细胞类型特异性调控子的计算方法 | 转录因子、靶基因、调控子、单细胞RNA-seq数据 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 深度结构化语义模型（DSSM） | 单细胞转录组数据、转录因子基序数据 | 五个细胞系、三阴性乳腺癌样本、人骨髓造血干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 402 | 2025-12-09 |
Organoid-derived photoreceptor precursors enriched by CD9⁻CD81mid sorting restore visual function in RCS rats
2025-Dec-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04848-8
PMID:41354961
|
研究论文 | 本研究通过分析人视网膜类器官的单细胞RNA测序数据，鉴定出CD9⁻CD81mid表面标记物，用于富集光感受器前体细胞，并将其移植到RCS大鼠视网膜下腔，成功改善了视觉功能 | 开发了一种基于CD9⁻CD81mid表面标记物、无需基因标记的临床可转化策略，用于富集高纯度、低增殖活性的光感受器前体细胞 | 研究仅在RCS大鼠这一临床前模型中进行，尚未在人体中进行验证 | 开发一种安全、可临床转化的细胞疗法，用于治疗视网膜退行性疾病 | 人视网膜类器官来源的光感受器前体细胞和RCS大鼠模型 | 单细胞组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及人视网膜类器官和RCS大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 403 | 2025-12-09 |
Fibroblast-driven MMP-9/TIMP-1 imbalance in bronchoalveolar lavage reflects fibrotic progression in interstitial lung disease
2025-Dec-07, European journal of clinical investigation
IF:4.4Q2
DOI:10.1111/eci.70162
PMID:41354972
|
研究论文 | 本研究通过分析间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液，揭示了成纤维细胞驱动的MMP-9/TIMP-1失衡与纤维化进展的关系 | 首次在人类ILD患者中系统评估BAL液中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化严重程度的关系，并利用单细胞RNA测序数据确认了成纤维细胞/肌成纤维细胞是TIMP-1的主要细胞来源 | 样本量较小（48例），为单中心研究，需要更大规模的多中心研究进行验证 | 评估ILD患者BAL液中MMP-9/TIMP-1比值，探究其与纤维化严重程度的关系及成纤维细胞/肌成纤维细胞的贡献 | 间质性肺病患者（包括非纤维化ILD、纤维化ILD和特发性肺纤维化） | 数字病理学 | 肺纤维化 | 酶联免疫吸附试验，明胶酶谱法，免疫荧光，单细胞RNA测序数据分析 | DESeq2模型 | 蛋白质浓度数据，酶活性数据，单细胞RNA测序数据 | 48例连续ILD患者的BAL样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 404 | 2025-12-09 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
|
研究论文 | 本研究通过在GFAP微型启动子驱动的转录盒中引入microRNA-124靶序列，优化了体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性，并揭示了不同转录因子组合对细胞命运转换轨迹的调控作用 | 首次将microRNA-124靶序列整合到星形胶质细胞重编程系统中，有效避免了内源性神经元的脱靶转染，并通过单细胞转录组学揭示了重编程过程中细胞命运分叉的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞或临床环境中验证；对长期重编程细胞的稳定性和功能整合评估有限 | 优化体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性，并探究细胞命运转换的分子机制 | 小鼠星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、假时间轨迹分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及谱系追踪和单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 405 | 2025-12-09 |
Genetic insights into drug targets for alzheimer's disease: integrative multi-omics analysis
2025-Dec-05, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-025-01901-9
PMID:41350740
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学孟德尔随机化分析，识别阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 克服了先前研究表型覆盖窄、多组学验证不足和机制探索不充分的限制，通过全面MR分析识别稳健治疗靶点 | NA | 识别阿尔茨海默病的遗传药物靶点 | 阿尔茨海默病及相关生物标志物、神经影像内表型、认知特征和风险因素 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化, 全基因组关联研究, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组, 蛋白质组, 转录组 | 超过50个GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 406 | 2025-12-09 |
CausalGenDiff: Generative causal diffusion bridges scRNA-seq and spatial transcriptomics
2025-Dec-05, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104966
PMID:41354118
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CausalGenDiff的生成式因果扩散模型，用于有效整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据 | 首次将因果基因关系纳入scRNA-seq与ST数据整合过程，通过结合扩散和自回归过程来利用潜在的因果依赖性，并将原本为图像生成设计的因果注意力变换器扩展到处理高维基因表达数据 | 未明确说明模型在更复杂组织或疾病状态下的泛化能力，也未讨论计算资源需求 | 提高单细胞RNA测序与空间转录组学数据整合的准确性和结构相似性 | 基因表达数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 扩散模型，自回归模型，变换器，变分自编码器 | 基因表达数据 | 10个组织数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 407 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Dec-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108331
PMID:41342897
|
研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠视网膜前体细胞中的Ptbp1基因，评估其在发育性神经发生中的作用，发现Ptbp1对视网膜细胞命运决定并非必需 | 首次在体内条件下系统评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能，挑战了Ptbp1作为神经发生核心抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育，未在其他神经系统或成年神经发生中验证Ptbp1的功能 | 探究RNA结合蛋白Ptbp1在发育性神经发生中的具体作用机制 | 小鼠视网膜前体细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、剪接模式数据 | 突变型小鼠视网膜组织（具体数量未明确说明） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2025-12-09 |
Altered somatostatin receptor 3 expression and functional dysregulation in tuberous sclerosis complex
2025-Dec-04, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102864
PMID:41352576
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和电生理学方法，揭示了结节性硬化症中生长抑素信号通路的功能失调及其对抑制性网络的影响 | 首次在结节性硬化症中系统描述了生长抑素受体3的表达改变及其功能代偿作用，并揭示了该受体亚型在疾病中独特的调节机制 | 研究样本量有限，且主要基于体外电生理实验，体内验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究结节性硬化症中生长抑素信号通路的表达变化和功能失调机制 | 人脑皮质样本（对照组和结节性硬化症组）及非洲爪蟾卵母细胞 | 神经科学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序，电生理记录，膜片钳技术 | NA | 单细胞转录组数据，电生理信号数据 | 未明确具体样本数量，涉及对照组和结节性硬化症组的人脑皮质样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 409 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Molecular Mechanisms of Neutrophil Dysfunction in Chronic Bone Infection
2025-Dec-04, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性骨感染中中性粒细胞功能障碍的分子机制 | 首次在MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中，通过单细胞RNA测序识别出7个中性粒细胞亚群，并发现NeuP2ry10亚群变化最显著，揭示了中性粒细胞向N2抗炎表型极化的分子特征 | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性有待验证；单细胞测序样本量可能有限 | 探究慢性骨感染中中性粒细胞功能异常的分子机制 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中的骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨感染 | 单细胞RNA测序，基因本体论分析，通路富集分析，免疫荧光染色，活性氧定量 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 410 | 2025-12-09 |
Distinct roles of Atf3, Zfp711 and Bcl6b in early embryonic hematopoietic and endothelial lineage specification
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204792
PMID:41200855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术结合基因敲除，探讨了Atf3、Zfp711和Bcl6b这三个转录因子在小鼠胚胎干细胞早期造血和内皮谱系分化中的独特作用 | 首次在单细胞分辨率下系统研究了Atf3、Zfp711和Bcl6b这三个相对未被充分研究的转录因子在早期胚胎造血发育中的功能，揭示了它们在谱系分化中的不同调控机制 | 研究主要基于体外分化的小鼠胚胎干细胞模型，可能无法完全反映体内胚胎发育的复杂性；Bcl6b在早期造血中的作用未观察到明显效应，其具体功能仍需进一步探索 | 解析早期胚胎造血和内皮谱系分化中转录因子的调控网络 | 小鼠胚胎干细胞及其分化产生的造血和内皮谱系细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术，基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及体外分化的小鼠胚胎干细胞及其衍生细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 411 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals a putative lncRNA-associated ceRNA network in high-grade serous ovarian cancer
2025-Dec, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01691-2
PMID:41099994
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高级别浆液性卵巢癌中一个由长链非编码RNA MIR100HG、微小RNA mir-224-5p和EYA4基因组成的竞争性内源RNA网络，该网络可能通过调控Wnt信号通路促进肿瘤进展 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出癌细胞特异性的竞争性内源RNA网络，并揭示了MIR100HG可能作为mir-224-5p的分子海绵调控EYA4表达的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据库验证，缺乏直接的实验功能验证来证实ceRNA网络的具体调控机制 | 识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中活跃的长链非编码RNA相关竞争性内源RNA网络 | 高级别浆液性卵巢癌的癌细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据集，并利用癌症基因组图谱数据进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 412 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics of Patients With Kaposi Sarcoma Identifies Mechanisms of Immune Evasion
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70728
PMID:41342328
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析卡波西肉瘤（KS）皮肤病变，以识别KSHV感染的细胞类型和免疫相互作用 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序参考数据集结合，对KS病变进行空间解析的细胞类型反卷积分析，并同时检测人类和KSHV基因表达 | 样本量较小（7个KS肿瘤和6个正常皮肤样本），且仅针对皮肤病变进行分析 | 阐明KSHV感染如何重塑皮肤组织、抑制免疫反应并导致抗癌治疗耐药的潜在机制 | 卡波西肉瘤（KS）患者的皮肤肿瘤组织 | 空间转录组学 | 卡波西肉瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 空间解析的细胞类型反卷积方法 | 空间基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 7个KS皮肤肿瘤样本，6个正常皮肤样本 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 413 | 2025-12-09 |
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-Nov-28, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf202
PMID:41157959
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序和系统基因组学分析，研究了来自太平洋远洋的TEL2亚群Telonemid对Telonemia与SAR超群及其他稀疏采样或不稳定超群（如Hemimastigophora、Provora和Haptista）关系的影响 | 首次从TEL2亚群中分离并测序单细胞Telonemid，为Telonemia的系统发育提供了新数据，并探讨了其在超群关系中的不稳定性 | 贝叶斯分析未能收敛于特定拓扑结构，且不同数据子集（如基因采样、比对修剪和位点移除）导致超群关系不稳定，表明结果可能受采样偏差影响 | 通过系统基因组学分析，探究Telonemia与SAR超群及其他稀疏采样超群（Hemimastigophora、Provora和Haptista）的进化关系 | 来自太平洋远洋的TEL2亚群Telonemid单细胞 | 系统基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 最大似然法（ML）、贝叶斯分析 | 转录组数据 | 一个单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2025-12-09 |
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8062841/v1
PMID:41356342
|
研究论文 | 本研究利用具有脑回结构的雪貂模型，系统表征了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动力学，揭示了调控哺乳动物皮质神经发生和胶质发生的保守程序及信号网络 | 首次在雪貂模型中整合单细胞RNA测序、BrdU标记和免疫组化方法，系统揭示了ERK/PKA信号通路在促进外层放射状胶质细胞自我更新和神经发生中的协同作用，并发现了皮质胶质生成放射状胶质细胞的区域特异性分化机制 | 研究主要基于雪貂模型，虽然与人类皮质具有相似性，但直接推论至人类仍需进一步验证；信号通路的相互作用机制仍需更深入的分子层面解析 | 探究哺乳动物大脑皮质神经发生和胶质发生的分子调控机制及进化适应性 | 雪貂和人类大脑皮质的放射状胶质细胞 | 神经科学 | NA | scRNA-Seq, BrdU标记, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 雪貂和人类皮质组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 415 | 2025-12-09 |
Retinoic Acid Reprograms Mast Cells Toward a Proinflammatory State to Enhance Antitumor Immunity
2025-Nov-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509340
PMID:41309490
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，全面绘制了十种癌症类型中肥大细胞的转录和空间异质性，揭示了视黄酸信号在驱动肥大细胞向促炎状态重编程中的关键作用 | 识别出一种独特的促炎肥大细胞（PMC）群体，并揭示了视黄酸-RARα-CIITA信号通路在肥大细胞重编程中的新机制，为增强抗肿瘤免疫提供了潜在治疗靶点 | 研究主要基于转录组学数据，功能验证和临床转化仍需进一步实验支持 | 探究肥大细胞在肿瘤微环境中的分子特征和功能多样性，以增强抗肿瘤免疫 | 十种癌症类型中的肥大细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 十种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 416 | 2025-12-09 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals metabolic reprogramming and tumor microenvironment remodeling in aldosterone-producing adenoma
2025-Nov-27, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111164
PMID:41317749
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了醛固酮瘤的代谢重编程和肿瘤微环境重塑机制 | 首次构建了醛固酮瘤的单细胞图谱，系统揭示了肿瘤细胞的代谢重编程（脂质生成、氧化磷酸化、mTOR信号上调）、分化轨迹紊乱以及肿瘤微环境中免疫浸润、血管生成和基质重塑的特征 | 样本量较小（仅3例患者和3例对照），且为观察性研究，需进一步功能验证 | 阐明醛固酮瘤的细胞异质性、肿瘤发生机制及微环境特征 | 醛固酮瘤患者的肾上腺组织 | 数字病理学 | 肾上腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 3例醛固酮瘤患者和3例对照的肾上腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 417 | 2025-12-09 |
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051602/v1
PMID:41356371
|
研究论文 | 本文开发了一种基于细胞的微胶囊平台，可通过气道给药，在肺部实现局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送，用于治疗炎症性肺病 | 开发了一种模块化的细胞基微胶囊平台，可通过气道进行局部给药，实现持久且可调控的免疫调节蛋白递送，避免了全身给药的脱靶效应 | 研究主要在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验 | 开发一种局部免疫调节疗法，用于治疗炎症性肺病，如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化 | 炎症性肺病（如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化） | 生物医学工程 | 急性呼吸窘迫综合征, 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 啮齿动物模型（ARDS和肺纤维化模型）及大型动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 418 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 ⁺ Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了腹主动脉瘤中CXCL12⁺成纤维细胞通过CXCR4信号作为中心免疫组织者的作用 | 首次生成了人类腹主动脉瘤的亚细胞分辨率空间转录组图谱，识别了CXCL12⁺成纤维细胞作为通过CXCR4介导的B细胞和T细胞交互组织适应性免疫微环境的中心基质枢纽 | 观察性横断面研究设计限制了因果推断，样本量较小（11例AAA患者和12例对照） | 阐明腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织 | 人类腹主动脉瘤组织样本（来自11例患者）和对照主动脉组织样本（来自12例个体） | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 23个样本（11例AAA患者，12例对照） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋组织 |
| 419 | 2025-12-09 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录本组装工具，通过区分建模UMI reads和internal reads，显著提高了单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性 | 首次识别并系统建模了UMI reads和internal reads在链特异性、5'/3'覆盖偏差和局部分布上的显著差异，并基于此开发了专门针对这两种reads不同偏好的新启发式算法 | 目前主要针对Smart-seq3协议进行优化，在其他单细胞测序协议上的性能尚未验证 | 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性，实现细胞分辨率的异构体水平表达分析 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别式模型 | 测序reads | 人类和小鼠的Smart-seq3数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3协议（结合UMI-linked reads和internal reads） |
| 420 | 2025-12-09 |
Deciphering HTLV-1-associated Lung Pathology through Integrated in vitro and Multi-cohort Multi-omics Analysis: Inflammation, Monocyte Recruitment and Differentiation Triggered by HTLV-1-exposed Alveolar Epithelial Cells
2025-Nov-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051355/v1
PMID:41356367
|
研究论文 | 通过体外共培养模型和多组学分析，揭示了HTLV-1感染如何通过肺泡上皮细胞触发炎症、单核细胞招募和分化，导致肺部病理 | 结合体外共培养模型与多队列多组学分析，首次系统阐明HTLV-1通过NF-κB信号通路驱动肺部炎症的机制，并验证了模型在人类数据中的相关性 | 研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；多组学分析虽广泛，但样本来源和队列异质性可能影响结果普适性 | 探究HTLV-1感染对肺部炎症的影响及其分子机制 | A549肺泡上皮细胞、HTLV-1感染的MT-2细胞、THP-1细胞、原代单核细胞以及多队列人类样本 | 生物信息学 | HTLV-1相关肺部疾病 | RNA-seq、RT-qPCR、CRISPR/Cas9基因敲除、系统生物学分析、多组学整合分析（包括转录组学、病毒互作组学和全基因组关联分析） | 共培养模型 | 转录组数据、单细胞数据、基因组数据 | 涉及多队列人类样本，具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞转录组学、批量转录组学 | NA | NA |