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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-06-03 |
Tissue-specific and sex-biased glycoproteomic landscape of Schistosoma mansoni
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68400-9
PMID:41545360
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研究论文 | 该研究对曼氏血吸虫成年雄性和雌性进行了N-和O-糖蛋白组及完整糖肽分析,并结合单细胞转录组学揭示了组织特异性和性别偏倚的糖基化模式 | 首次建立曼氏血吸虫的组织特异性和性别偏倚糖蛋白组图谱,发现未分类聚糖和己糖醛酸修饰,并通过RNAi靶向糖基转移酶证明糖基化对寄生虫生存力的重要影响 | NA | 揭示曼氏血吸虫的糖蛋白组特征,为基于聚糖和糖蛋白的血吸虫病控制策略提供基础资源 | 曼氏血吸虫成年雄性和雌性 | 数字病理学 | 血吸虫病 | 糖蛋白组学,单细胞转录组学,RNAi | NA | 糖肽数据,单细胞转录组数据 | 成年曼氏血吸虫雄性和雌性样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 402 | 2026-06-03 |
Robust and interpretable prediction of gene markers and cell types from spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68487-0
PMID:41545411
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研究论文 | 提出STimage模型套件,利用深度学习从标准H&E图像预测空间基因表达和细胞类型,提升数字病理学中的可解释性和鲁棒性 | 通过集成基础模型和集成方法估计基因表达分布并量化不确定性,结合单细胞分辨率的归因分析与组织病理注释实现可解释性 | 基于摘要未明确提及局限性可能包括模型对数据集的依赖性和计算成本,但需进一步查看全文 | 开发可解释且鲁棒的深度学习模型,从空间转录组学数据中预测基因标记和细胞类型,推动数字病理学发展 | 空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型 | 数字病理学, 计算机视觉 | 泛癌种(根据多数据集验证推测) | 空间转录组学, 深度学习 | 基础模型, 集成方法 | 图像, 基因表达数据 | 多个公开数据集(具体数量未在摘要中提供) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 403 | 2026-06-03 |
Identifying Crucial Genes Associated with Pyroptosis in Lupus Nephritis
2026-Jan-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02402-5
PMID:41545631
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研究论文 | 利用GEO数据库数据集鉴定狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并构建预测模型及验证GBP2和EIF2AK2作为潜在治疗靶点的作用 | 首次通过整合WGCNA和单细胞RNA测序数据,鉴定GBP2和EIF2AK2为狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的枢纽基因,并验证其可作为治疗靶点 | 摘要未明确提及研究局限性 | 鉴定狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 狼疮肾炎患者的肾小球、肾小管间质及全肾组织 | 机器学习 | 狼疮肾炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 基于GEO数据库数据集,具体样本数未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2026-06-03 |
Targeting the CCL7-STAT1 axis attenuates microglial neurotoxicity and photoreceptor degeneration in retinitis pigmentosa
2026-Jan-16, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03692-8
PMID:41545890
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定CCL7-STAT1轴在视网膜色素变性中介导小胶质细胞神经毒性和感光细胞退化的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序在rd10小鼠模型中识别出CCL7hi小胶质细胞亚群,并揭示CCL7-STAT1轴作为自我放大炎症级联反应的关键调控因子 | 主要基于小鼠模型,人类RP中的机制验证及临床转化可行性尚需进一步研究 | 阐明小胶质细胞介导的神经炎症在视网膜色素变性进展中的分子机制 | rd10小鼠模型的视网膜小胶质细胞 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | rd10小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 405 | 2026-06-03 |
Decoding the Role of H19 in Cholestatic Liver Injury Using snRNA-seq, Spatial Transcriptomics, and Machine Learning-Based Disease Prediction
2026-Jan-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8339668/v1
PMID:41646424
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研究论文 | 利用snRNA-seq、空间转录组学和基于机器学习的疾病预测,解码H19在胆汁淤积性肝损伤中的作用 | 首次结合单核RNA测序和NanoString GeoMx空间转录组学,揭示长链非编码RNA H19在胆汁淤积性肝损伤中的细胞类型特异性和空间解析机制,并开发了基于机器学习的细胞类型特异性疾病预测模型 | 研究基于小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证;机器学习模型在人类数据集中的验证样本量有限 | 阐明H19在原发性硬化性胆管炎(PSC)进展中的细胞类型特异性和空间解析机制 | 年龄和性别匹配的野生型、H19敲除、Mdr2敲除和双敲除(Mdr2/H19敲除)小鼠的肝组织 | 机器学习 | 胆汁淤积性肝病(原发性硬化性胆管炎) | 单核RNA测序(snRNA-seq),NanoString GeoMx空间转录组学 | 逻辑回归、XGBoost、神经网络、随机森林 | 基因表达数据 | 年龄和性别匹配的小鼠,具体数量未给出 | NanoString | 空间转录组学,单核RNA-seq | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx空间转录组学用于组织切片分析 |
| 406 | 2026-06-03 |
Acute wood smoke exposure is associated with cell-specific hippocampal transcriptomic responses in an accelerated ovarian failure mouse model
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.699079
PMID:41648121
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research paper | 本研究使用急性木烟暴露加速卵巢功能衰竭的小鼠模型,探讨了围绝经期样激素状态如何影响海马体对空气污染的转录组反应 | 首次利用空间转录组学技术,在细胞类型分辨率下揭示了木烟暴露与卵巢激素下降联合作用下的海马体转录组变化 | NA | 探讨围绝经期样激素状态是否放大海马体对急性木烟暴露的反应 | 雌性C57BL/6小鼠的海马体组织切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 每组4个组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 空间转录组学平台 |
| 407 | 2026-06-03 |
Revealing hidden regulatory dependencies: multi-perspective graph learning for single-cell gene regulatory network inference
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf733
PMID:41554051
|
研究论文 | 提出了一种名为ATFGRN的自适应拓扑特征融合图神经网络框架,用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 通过多视角特征融合(子图结构、表达引导、相似性结构)以及自适应权重机制,实现了结构、表达和相似性特征的互补整合,显著提升了基因调控网络推断的准确性 | 未明确提及 | 提高从复杂高维单细胞转录组数据中准确推断基因调控网络的能力 | 基因调控关系及单细胞转录组数据 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络、图卷积网络、自注意力机制、图注意力机制 | 单细胞转录组数据 | 未知 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 408 | 2026-06-03 |
Molecular Mechanisms of DBNL in Heart Failure: From Macrophage Immunometabolism to Therapeutic Implications
2026-Jan-02, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69756
PMID:41553874
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法,包括孟德尔随机化和单细胞RNA测序,揭示了DBNL在心力衰竭中的作用机制,从巨噬细胞免疫代谢角度探讨其治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序的多组学方法,鉴定DBNL为心力衰竭关键基因,并通过分子对接和动力学模拟发现吡啶酸可能调控DBNL | 治疗相关性仅来自计算预测,需要额外实验验证和临床前研究来证实DBNL作为治疗靶点的临床有效性 | 识别心力衰竭的潜在生物标志物和治疗靶点,阐明DBNL在疾病进展中的作用机制 | 心脏巨噬细胞中的DBNL基因 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据, 遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 409 | 2026-06-03 |
Sex in Immune Cells and Parasitic Diseases - A Complex Relationship
2026-Jan, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70097
PMID:41546136
|
综述 | 综述了免疫细胞中性别差异对寄生性疾病影响的研究现状 | 结合经典免疫学与单细胞转录组学,揭示激素和染色体因素驱动先天性和适应性免疫细胞性别差异的新机制 | 许多寄生性疾病研究仍缺乏按性别分列的数据或应用最新免疫学分析 | 探讨免疫细胞性别差异对寄生性疾病的影响及其机制 | 免疫细胞(先天性和适应性)及寄生性疾病(利什曼病、恰加斯病、阿米巴病、血吸虫病、疟疾) | 数字病理学 | 寄生性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 410 | 2026-06-03 |
GSTO1 as a Potential Risk Factor for Diabetic Nephropathy: Evidence From Mendelian Randomisation and Multi-Omics Analyses
2026-Jan, Nephrology (Carlton, Vic.)
DOI:10.1111/nep.70165
PMID:41549440
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和多组学分析探讨GSTO1与糖尿病肾病之间的潜在因果关系 | 首次利用孟德尔随机化方法结合多种组学数据(包括scRNA-seq)系统评估GSTO1与DN的因果关系 | MR分析中使用的遗传变异可能无法完全代表GSTO1的全部功能,且样本量有限,需进一步验证 | 探究GSTO1与糖尿病肾病风险之间的潜在因果关系 | GSTO1基因与糖尿病肾病 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 孟德尔随机化、scRNA-seq、表达分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 来自Nephroseq数据库和GEO数据集的样本,以及scRNA-seq和HK-2细胞实验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 411 | 2026-06-03 |
Increased mROS Generation Associates With Cardiovascular Risk in BioHEART-CT PBMCs
2026-Jan, Clinical and translational science
DOI:10.1111/cts.70469
PMID:41549547
|
研究论文 | 探索BioHEART-CT参与者外周血单核细胞中线粒体活性氧生成与冠状动脉疾病的关系 | 首次结合MitoSOX流式细胞术和单细胞RNA测序,系统评估PBMC中mROS水平与CAD及心血管风险因素的相关性 | 样本量较小(40例),且为横断面研究,无法确定因果关系;mROS与CAD关联不显著,亚组分析结果探索性强且不一致 | 评估PBMC中mROS生成是否可作为冠状动脉疾病的外周血生物标志物 | BioHEART-CT研究参与者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 冠状动脉疾病 | MitoSOX流式细胞术, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 流式细胞术数据, 单细胞基因表达数据 | 40例BioHEART-CT参与者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 412 | 2026-06-03 |
LncRNA ZFAS1 Promotes Alveolar Bone Resorption by Enhancing Osteoclastogenesis in Periodontitis
2026-Jan, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70134
PMID:41549697
|
研究论文 | 本研究探讨了长链非编码RNA ZFAS1在牙周炎中通过增强破骨细胞生成促进牙槽骨吸收的机制 | 首次揭示了lncRNA ZFAS1作为双重通路调节因子,同时促进破骨细胞生成并抑制成骨细胞生成,且其表达受分化信号(RANKL)和炎症信号(LPS)协同诱导 | 未提供明显局限性信息 | 探究lncRNA ZFAS1在牙周炎微环境骨重塑失衡中的机制作用 | 健康和病变的牙周组织、RAW264.7和MC3T3-E1细胞系 | 数字病理学 | 牙周炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, 组织学, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 413 | 2026-06-03 |
MAPRE2 is associated with macrophage-enriched innate immune dysregulation and malignant phenotypes in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1849407
PMID:42220486
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research paper | 本研究整合多组学孟德尔随机化与肿瘤转录组学、免疫去卷积、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序及功能缺失实验,发现MAPRE2在肝细胞癌中过表达,与巨噬细胞富集的先天免疫失调和恶性表型相关 | 首次通过多组学孟德尔随机化方法整合转录和蛋白质层面证据,系统识别MAPRE2作为肝癌风险一致性增加的候选基因,并揭示其与先天免疫微环境失调的关联 | 需要体内实验、移植队列和外部预后验证来确认MAPRE2作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 探索肝细胞癌恶性行为与先天免疫微环境之间的分子联系 | 肝细胞癌肿瘤组织及HepG2和MHCC97肝癌细胞系 | machine learning | lung cancer | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 甲基化测序 | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2026-06-03 |
Comprehensive analysis of fatty acid desaturase 3 in clear cell renal cell carcinoma: insights into tumor progression, immune microenvironment, and clinical outcomes
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817492
PMID:42220493
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研究论文 | 全面分析脂肪酸去饱和酶3在肾透明细胞癌中的作用,包括肿瘤进展、免疫微环境和临床结果 | 首次系统性地研究了FADS3在ccRCC中与脂质代谢、肿瘤进展、免疫微环境重塑及预后相关的多重作用,并结合多种生物信息学方法和功能实验验证 | 主要基于公共数据库数据,缺乏大型前瞻性队列验证;功能实验局限于体外细胞系,未进行体内动物模型验证 | 阐明FADS3在ccRCC进展、预后及肿瘤免疫微环境调节中的作用 | 肾透明细胞癌肿瘤组织、肿瘤细胞及肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学,癌症生物学 | 肾透明细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据,转录组数据 | 使用来自TCGA、GEO和GTEx数据库的ccRCC转录组数据集,以及ccRCC细胞系 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 415 | 2026-06-03 |
Single-cell transcriptomic profiling of halo nevi and normal nevi reveals CD8+ T cell activation in melanocytic autoimmunity
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1771401
PMID:42220500
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对晕痣和正常痣进行转录组分析,揭示CD8+ T细胞在黑色素细胞自身免疫中的激活机制 | 首次构建晕痣与正常痣的单细胞转录图谱,发现黑色素细胞内在和免疫介导的自身免疫破坏机制,并揭示与白癜风共有的致病通路 | 未明确CD8+ T细胞激活的上游触发因素,且样本量可能有限 | 探究晕痣中自身反应性CD8+ T细胞激活的上游触发因素及其在黑色素细胞破坏中的作用 | 晕痣和正常痣组织中的细胞,包括黑色素细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 自身免疫性皮肤病(晕痣、白癜风) | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 晕痣和正常痣样本(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 平台进行单细胞RNA测序 |
| 416 | 2026-06-03 |
A scissor-guided single-cell framework defines a macrophage-derived risk score for prognostic and immunotherapy stratification in lung adenocarcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1827555
PMID:42220487
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研究论文 | 本研究提出一种基于单细胞表型指导的巨噬细胞风险评分模型,用于肺腺癌的预后分层和免疫治疗反应评估 | 首次将Scissor算法与单细胞分析结合,构建巨噬细胞来源的风险评分模型,并整合基因组特征、空间转录组和功能实验进行多维度验证 | 单细胞数据集来源有限,模型需在更大规模队列中进一步验证;TIMP1的调控机制仍需深入探索 | 开发基于单细胞特征的巨噬细胞相关风险模型,用于肺腺癌预后和免疫治疗分层 | 肺腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞亚群 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、空间转录组数据 | 整合GEO单细胞数据集和TCGA-LUAD转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 417 | 2026-06-03 |
Immunometabolic reprogramming and glycolysis-associated signatures in sepsis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817391
PMID:42220506
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序和机器学习方法,揭示脓毒症中免疫代谢重编程与糖酵解相关特征及潜在生物标志物TGFBI | 首次整合单细胞RNA测序与整体血液微阵列数据,通过AUCell评分、LASSO/随机森林/Boruta等多种机器学习方法识别糖酵解相关枢纽基因,并利用配体-受体分析揭示单核细胞为中心的TGFBI通信网络 | 研究基于公开数据集和动物模型验证,临床样本验证不足,且糖酵解相关标志物的功能和机制尚未深入探索 | 阐明脓毒症中免疫代谢重编程的糖酵解相关分子特征,识别潜在生物标志物 | 脓毒症患者外周血单细胞(GSE175453数据集)和全血微阵列样本(GSE100159数据集)及盲肠结扎穿刺(CLP)小鼠模型 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, qRT-PCR | LASSO, 随机森林, Boruta | 基因表达数据 | GSE175453数据集包含单细胞RNA测序样本,GSE100159包含全血微阵列样本;CLP小鼠模型包含实验组与对照组 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2026-06-03 |
Integrated multi-omics deciphers sepsis immune dysregulation: a dual-pathway targeted small-molecule therapy improves survival and ameliorates multi-organ dysfunction
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1809540
PMID:42220532
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研究论文 | 整合多组学揭示脓毒症免疫失调机制,提出双通路靶向小分子组合疗法,提高小鼠存活率并改善多器官功能障碍 | 首次通过整合多组学数据(scRNA-seq、miRNA-seq、RNA-seq)揭示脓毒症免疫重塑特征,并设计双通路小分子组合(C2)同时靶向炎症级联和Hippo/Wnt再生通路,实现协同治疗 | 研究仅在小鼠模型中验证,缺乏临床试验数据;C2组合的长期安全性和具体分子机制仍需进一步探索 | 解析脓毒症免疫失调机制并开发靶向双通路的有效组合疗法 | 脓毒症患者和脓毒症小鼠模型中的免疫细胞、炎症通路及组织损伤 | 机器学习和多组学整合分析 | 脓毒症 | scRNA-seq, miRNA-seq, RNA-seq | NA | 测序数据(单细胞、转录组、小RNA) | 人类脓毒症患者样本和小鼠脓毒症模型(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA测序, 小RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 419 | 2026-06-03 |
HOPX is required for the generation of umbilical cord blood-derived memory-like NK cells induced by three cytokines
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1808687
PMID:42220529
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研究论文 | 研究通过三种细胞因子诱导脐带血来源的记忆样NK细胞,并发现HOPX在其生成中起关键作用 | 首次通过单细胞测序揭示脐带血来源记忆样NK细胞的异质性,并发现HOPX蛋白是生成和功能维持所必需的 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或体外扩增的长期稳定性未评估 | 研究脐带血来源的记忆样NK细胞的生成机制及其在肿瘤免疫治疗中的潜力 | 脐带血来源的NK细胞,特别是经细胞因子诱导的记忆样NK细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA(未明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2026-06-03 |
Single-cell Profiling Reveals Cooperative Participation of SPP1+ Myeloid and POSTN+ Fibroblast Subsets in Inflammation and Remodeling in Thoracic Aortic Aneurysm
2026, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.124136
PMID:41938519
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序整合分析,揭示了SPP1+髓系细胞与POSTN+成纤维细胞亚群在胸主动脉瘤炎症和重塑中的协同参与 | 首次构建人胸主动脉瘤与健康主动脉的综合单细胞图谱,发现SPP1和MK信号介导的髓系-成纤维细胞互作驱动TAA发病机制,并通过多重免疫荧光和空间转录组学验证 | 论文未明确提及局限性 | 阐明胸主动脉瘤中细胞互作机制,确定潜在治疗靶点 | 人胸主动脉瘤组织和健康主动脉组织 | 机器学期 | 胸主动脉瘤 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,图像 | 8例TAA和8例健康主动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |