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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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401 | 2025-05-16 |
Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54099-z
PMID:39638780
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研究论文 | 介绍了一种名为nanoSPLITS的集成平台,能够从同一单细胞中同时进行转录组和蛋白质组的全局分析 | 开发了nanoSPLITS技术,实现了单细胞水平上转录组和蛋白质组的并行测量,并能够将转录组数据映射到现有的大规模单细胞RNA测序参考数据库 | NA | 通过单细胞多组学技术深入了解基因调控网络、细胞多样性和时间动态 | 单细胞(包括人类胰岛原代细胞) | 单细胞多组学 | NA | RNA测序和质谱蛋白质组学 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | NA |
402 | 2025-05-16 |
Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54694-0
PMID:39638801
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research paper | 该研究通过果蝇FlyWire大脑连接组,绘制了动物昼夜节律时钟的全面连接图谱,揭示了额外的背侧时钟神经元和新的间接光输入路径 | 发现果蝇昼夜节律网络包含约240个神经元而非150个,揭示了广泛的网络内对侧突触连接和新的间接光输入路径,以及时钟调节下行神经元的路径 | NA | 理解多样化的节律性生理和行为如何被协调 | 果蝇昼夜节律时钟的突触连接组 | 神经科学 | NA | FlyWire大脑连接组分析、单细胞转录组学、受体定位 | NA | 连接组数据、转录组数据 | 约240个神经元 |
403 | 2025-05-16 |
NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54973-w
PMID:39639035
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NiCo的计算框架,用于整合单细胞分辨率空间转录组学与匹配的单细胞RNA测序参考数据,以推断空间生态位对细胞状态的影响 | NiCo能够预测新的生态位相互作用,这些相互作用控制着组织发育和稳态中的细胞状态变化,例如预测了库普弗细胞与邻近星状细胞之间的反馈机制 | 现有计算方法在捕捉同一生态位内个体细胞类型间串扰驱动的细胞状态变化方面能力有限 | 理解细胞状态在发育、稳态和疾病中的调控机制 | 小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞分辨率空间转录组学、单细胞RNA测序 | NiCo | 空间转录组数据、RNA测序数据 | NA |
404 | 2025-05-16 |
Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system
2024-12-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54830-w
PMID:39632839
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术,全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统(IcNS)的分子、细胞和功能异质性 | 揭示了IcNS中神经元类型的多样性,并鉴定出具有类似中枢模式发生器网络中起搏/节律生成神经元特性的神经元亚群 | 研究主要基于斑马鱼模型,结果在人类中的适用性尚需验证 | 探索心内神经系统的组织结构和功能,及其在心脏节律调控中的作用 | 斑马鱼心内神经系统(IcNS) | 神经科学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术 | NA | 分子数据、细胞数据、功能数据 | NA |
405 | 2025-05-16 |
Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration
2024-12-02, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009
PMID:39232563
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研究论文 | 研究揭示了表观遗传调节因子PHF16在小鼠肠道上皮稳态恢复中的双重功能 | 发现PHF16通过HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化诱导RAR/RXR靶基因,同时通过CDC73的泛素化抑制YAP/TAZ活性,从而恢复肠道上皮稳态 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类肠道组织中进行验证 | 探究PHF16在肠道上皮损伤后稳态恢复中的作用机制 | 小鼠肠道干细胞和再生干细胞 | 表观遗传学 | 肠道疾病 | scRNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用了Phf16小鼠和肠道类器官 |
406 | 2025-05-16 |
Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7
2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412120121
PMID:39541355
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research paper | 该研究探讨了Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导的I型干扰素反应网络增强抗肿瘤效果的机制 | 揭示了Th1细胞在肿瘤微环境中的分化轨迹及其通过IFN-γ上调IRF7促进I型干扰素反应网络的机制 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索CD4 T细胞亚群在癌症免疫治疗中的作用机制 | Th17来源的Th1细胞及其抗肿瘤反应 | 免疫学 | 实体恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
407 | 2025-05-16 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.26.620414
PMID:39553977
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research paper | 研究胰腺腺泡-导管化生(ADM)过渡状态下DNA甲基化记忆对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响 | 揭示了在没有致癌基因突变的情况下,ADM过渡状态细胞如何通过DNA甲基化记忆影响Kras下游信号通路 | 研究主要关注ADM过渡状态,未涉及其他可能的致癌机制 | 探讨ADM过渡状态下DNA甲基化记忆对胰腺癌发生的影响 | 胰腺腺泡-导管化生(ADM)过渡状态细胞 | 癌症研究 | 胰腺导管腺癌(PDAC) | DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据、DNA甲基化数据 | 人类胰腺上皮内瘤变(PanIN)样本及ADM细胞 |
408 | 2025-05-16 |
The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency
2024-10-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01610-0
PMID:39380002
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研究论文 | 研究评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的治疗效果及其机制 | 首次评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的差异效果,并提出了针对KMT2Ar AML的新治疗策略 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未进行临床试验 | 评估KAT6A靶向治疗策略对KAT6A和KMT2A重排AML的治疗潜力 | KAT6A和KMT2A重排AML细胞系、小鼠模型及原代患者AML细胞 | 血液肿瘤学 | 急性髓系白血病(AML) | 流式细胞术、集落形成实验、shRNA敲低、CRISPR敲除、bulk和单细胞RNA-seq、ChIP-seq | 小鼠KAT6A遗传模型和KMT2A::MLLT3 AML模型 | 分子生物学数据、转录组数据 | 人类AML细胞系和原代患者AML细胞 |
409 | 2025-05-16 |
c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages
2024-09-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01605-x
PMID:39267119
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research paper | 该研究报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬活性的功能性巨噬细胞的新方法 | 首次证明仅c-Myc单独表达就足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞,为抗癌免疫治疗提供了新的细胞来源 | 研究未涉及长期安全性和稳定性评估,且未在更多肿瘤模型中验证疗效 | 开发一种高效获取功能性巨噬细胞的新方法,用于抗癌免疫治疗 | 成纤维细胞和重编程后的巨噬细胞 | 细胞重编程 | 白血病、乳腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据 | 涉及白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型 |
410 | 2025-05-16 |
Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae098
PMID:40162103
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研究论文 | 评估在FFPE乳腺组织中进行细胞类型反卷积的方法,并应用于良性乳腺疾病 | 构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据,测试了多种反卷积方法,并发现深度学习为基础的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最优 | FFPE伪影显著影响了反卷积方法的性能,RMSE在0.04到0.17之间 | 优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略 | 乳腺组织,特别是良性乳腺疾病 | 数字病理学 | 乳腺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 深度学习(Scaden) | RNA-seq数据 | 62例RNA-seq良性乳腺疾病队列 |
411 | 2025-05-16 |
Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications
2024-08-24, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01596-9
PMID:39182134
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review | 本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用 | 探讨了空间多组学技术在解决单细胞测序空间信息丢失问题上的创新,以及其在揭示空间异质性、构建空间图谱和解码肿瘤免疫学中的空间串扰方面的贡献 | NA | 回顾多组学技术的当前进展,特别是其在过去十年中的演变和精进,包括通量、分辨率、模态整合和准确性的提升 | 基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表观基因组的整合分析 | 生物信息学 | 癌症 | 空间多组学技术 | NA | 多组学数据 | NA |
412 | 2025-05-16 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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research paper | 该研究通过单细胞和空间分辨转录组学分析,构建了人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构图谱 | 揭示了骨肉瘤的细胞亚群特征、功能状态及其与化疗的关系,并发现了一个与化疗耐药相关的独特空间生态位 | NA | 深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构,为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤 | digital pathology | osteosarcoma | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
413 | 2025-05-16 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection
2024-07-21, Viruses
DOI:10.3390/v16071173
PMID:39066335
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研究论文 | 本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动态和抗病毒免疫反应的影响 | 首次在受控环境中直接评估慢性HIV感染相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响 | 样本量较小(仅两只猪尾猕猴),可能影响结果的普遍性 | 研究免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响 | 慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴(PTMs) | 病毒学 | HIV/AIDS, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 非人灵长类动物模型 | 基因表达数据 | 两只SIV感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照 |
414 | 2025-05-16 |
Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection
2024-05-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016
PMID:38593796
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research paper | 该研究通过单细胞测序技术揭示了慢性病毒感染中记忆B细胞的一个独特亚群,该亚群富含干扰素刺激基因,并探讨了干扰素受体阻断对记忆B细胞表观遗传和表型的影响 | 发现了慢性病毒感染中一个富含干扰素刺激基因的记忆B细胞新亚群,并证明早期干扰素受体阻断可以改变记忆B细胞的表观遗传特征和表型 | 研究显示感染4周后的记忆B细胞对干预措施具有抵抗性,暗示存在关键的时间窗口限制 | 探究慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性 | 记忆B细胞在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中的差异 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞测序数据 | NA |
415 | 2025-05-16 |
Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684
PMID:38219153
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研究论文 | 提出了一种利用机器学习分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组协议 | 整合单细胞RNA测序数据,使用机器学习识别与免疫细胞浸润相关的基因,并探索这些基因在预后中的影响 | 未提及具体样本量或实验验证结果 | 分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组变化,寻找潜在药物靶点 | 肿瘤微环境中的免疫细胞 | 机器学习 | 癌症 | scRNA-seq, 微阵列, bulk RNA-seq | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
416 | 2025-05-16 |
Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development
2023-12-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012
PMID:37972593
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研究论文 | 研究转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用 | 揭示了NFYa在调控心脏代谢和增殖中的节点作用,以及其与辅因子SP2在转录水平上激活相关基因的新机制 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类或其他哺乳动物的验证 | 探究NFYa在胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控机制 | 小鼠胎儿心脏中的心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 空间转录组分析和单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
417 | 2025-05-16 |
Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695
PMID:37925632
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研究论文 | 本文提出了一种从人类胃黏膜中分离印戒细胞的高活力悬浮液方案 | 提供了一种新的高活力印戒细胞悬浮液制备协议,适用于多种后续应用如免疫组化染色、流式细胞术和单细胞测序 | 未提及该方案在临床样本中的验证效果或适用范围 | 开发一种从胃黏膜组织中分离印戒细胞的标准化流程 | 人类胃黏膜组织中的印戒细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组化染色、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 组织样本 | 未明确说明样本数量 |
418 | 2025-05-16 |
Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617
PMID:37742175
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研究论文 | 提出一种将多个小鼠大脑切片合并到单个空间转录组学载玻片上的协议 | 通过将不同大脑的海马区冷冻切片合并成单个冷冻块,减少了所需试剂的数量 | NA | 提高空间转录组学分析的样本处理效率并降低成本 | 小鼠大脑海马区切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据和空间标记 | 多个小鼠大脑切片 |
419 | 2025-05-16 |
Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686
PMID:37925636
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研究论文 | 本文提出了一种从全层肠道组织切除中分离单细胞的方案,用于单细胞RNA测序 | 开发了一种从全层肠道组织中分离单细胞的详细方案,包括预处理标本、分离固有层和肌肉层、红细胞裂解等步骤 | 未提及该方案的适用性限制或潜在问题 | 开发一种从全层肠道组织中分离单细胞的标准化方案 | 全层肠道组织切除样本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序, 10× Chromium平台 | NA | RNA测序数据 | 未提及具体样本数量 |
420 | 2025-05-16 |
Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601
PMID:37742177
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研究论文 | 提出了一种用于原位多光谱成像的协议,以绘制组织冷冻切片中髓系细胞异质性 | 结合多光谱成像技术,保留细胞和分子背景,同时识别细胞类型和亚群 | 需要参考Goossens等人的研究以获取完整执行细节 | 开发一种协议来映射髓系细胞在组织中的异质性 | 组织冷冻切片中的髓系细胞 | 数字病理学 | NA | 多光谱成像 | NA | 图像 | NA |