单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27314 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-04-25 |
The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma
2025-Apr, Journal of the National Cancer Center
IF:7.6Q1
DOI:10.1016/j.jncc.2025.02.001
PMID:40265092
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫景观及其独特的基因组和免疫特征 | 首次在单细胞水平上描绘了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫图谱，发现了恶性B细胞的高增殖和OXPHOS型代谢特征，以及T细胞的衰老样功能障碍 | 样本量相对较小（14例），且仅分析了淋巴结样本 | 阐明HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的基因组和免疫特征 | HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤（主要是弥漫大B细胞淋巴瘤和伯基特淋巴瘤）患者和非HIV感染者的淋巴瘤样本 | 数字病理学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 14例（6例HIV相关DLBCL，5例HIV相关BL，3例非HIV相关DLBCL） |
| 402 | 2025-04-25 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序（WGS）对100名来自9p相关综合征家族的个体进行了分析，揭示了染色体9p综合征的个体和群体水平特征 | 首次大规模使用全基因组测序技术研究9p相关综合征，并开发了基于机器学习的预测模型，识别了两个新的晚期复制区域（LRR1和LRR2） | 样本量相对较小（100名个体），且研究依赖于9P-ARCH研究网络的进一步扩展 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构及其在个体间的共性和差异 | 100名来自9p相关综合征家族的个体（包括85名无关先证者） | 基因组学 | 染色体9p综合征 | 全基因组测序（WGS）、机器学习、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 100名个体（85名无关先证者） |
| 403 | 2025-04-25 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
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research paper | 开发了一种名为RAEFISH的新型基于图像的空间转录组技术，实现了全基因组覆盖和单分子空间分辨率 | RAEFISH技术首次在完整组织中实现了全基因组水平的空间转录组分析，同时保持了单分子空间分辨率 | 虽然技术先进，但尚未在更广泛的生物医学应用中验证其普适性 | 开发高覆盖度、高分辨率的空间转录组技术，用于生物医学研究 | 人类和小鼠的转录组，包括蛋白质编码转录本和长链非编码RNA | digital pathology | NA | RAEFISH（基于图像的空间转录组技术） | NA | 图像数据 | 人类23,000种转录本和小鼠22,000种转录本，包括培养细胞和组织切片中的单细胞 |
| 404 | 2025-04-25 |
Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645495
PMID:40196510
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研究论文 | 研究探讨了雄激素剥夺诱导的TET2激活通过表观遗传启动和慢循环癌细胞促进前列腺癌进展的机制 | 首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱，并确定了TET2作为慢循环癌细胞的关键调节因子及其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外和动物模型，需要进一步临床验证 | 探索前列腺癌对雄激素剥夺疗法产生耐药的机制，并寻找新的治疗靶点 | 前列腺癌细胞和模型 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因组5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | NA |
| 405 | 2025-04-25 |
An accelerated human in-vitro aging model mimicsin-vivo aging and facilitates dynamic testing of anti-aging compounds
2025-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6173768/v1
PMID:40195985
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research paper | 该研究开发了一种加速的人类体外衰老模型，模拟体内衰老并便于动态测试抗衰老化合物 | 通过长期的有丝分裂后培养人类成纤维细胞，真实再现并加速了体内衰老特征，并利用单细胞转录组学揭示了衰老异质性的时间依赖性增加 | 研究主要基于成纤维细胞，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程 | 开发一种加速的人类体外衰老模型，以研究衰老机制并测试抗衰老化合物的疗效 | 人类成纤维细胞和神经元 | 生物医学 | 衰老相关疾病 | 转录组学、表观遗传学分析、单细胞转录组学 | 体外衰老模型 | 转录组数据、表观遗传数据 | NA |
| 406 | 2025-04-25 |
Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility
2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
PMID:40196262
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研究论文 | 通过全基因组关联研究荟萃分析，发现了126个与憩室病相关的新基因位点，并揭示了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动之间的联系 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点，并通过多种下游分析策略验证了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动的关联 | 研究主要基于遗传关联分析，功能验证和机制研究仍需进一步深入 | 探索憩室病的遗传基础和生物学机制 | 憩室病患者及其遗传数据 | 遗传学 | 憩室病 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、蛋白质定量性状位点分析 | NA | 遗传数据、RNA测序数据、手术标本数据 | 大规模的憩室病患者样本 |
| 407 | 2025-04-25 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645175
PMID:40196550
|
research paper | 评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法 | 提出了一个评估框架，用于从scRNA-seq数据中推断遗传祖先，并验证了现有工具的准确性 | scRNA-seq数据中遗传多态性数量有限，变异检测不完美 | 确保单细胞RNA测序数据的遗传同质性，减少分析偏差，并理解祖先特异性调控机制在疾病中的作用 | 196名来自人类细胞图谱的scRNA-seq数据捐赠者 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | ADMIXTURE | RNA-seq数据 | 196名捐赠者 |
| 408 | 2025-04-25 |
Integrated single-cell and spatial analysis identifies context-dependent myeloid-T cell interactions in head and neck cancer immune checkpoint blockade response
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644582
PMID:40196610
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research paper | 该研究通过整合单细胞和空间组学技术，揭示了头颈癌免疫检查点阻断（ICB）反应中髓系细胞与T细胞相互作用的上下文依赖性 | 结合10X Visium和Nanostring CosMx空间组学技术，首次系统描绘了ICB应答者与非应答者之间髓系-T细胞相互作用的空间特异性差异 | 样本量相对有限（26例单细胞数据+8例空间转录组），且机制研究需要进一步动物实验验证 | 探究头颈鳞癌（HNSCC）免疫治疗响应的空间免疫微环境特征 | 26例HNSCC患者的522,399个单细胞和8例ICB治疗患者的空间转录组数据 | digital pathology | head and neck cancer | scRNA-Seq, 10X Visium, Nanostring CosMx, 空间转录组 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 26例患者的单细胞数据（522,399细胞）和8例ICB治疗患者的空间转录组数据 |
| 409 | 2025-04-25 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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research paper | 通过单细胞层次泊松因子化（scHPF）分析人类小胶质细胞的异质性，揭示了与阿尔茨海默病相关的转录特征调控因子 | 提出了一个23因子模型来捕捉小胶质细胞的连续基因表达特征，并识别了与阿尔茨海默病相关的转录调控网络 | 研究依赖于死后或神经外科手术中获取的样本，可能无法完全反映活体状态下的情况 | 探索人类小胶质细胞的分子异质性及其在神经退行性疾病中的作用 | 441,088个活体小胶质细胞，来自161名捐赠者的不同脑区 | digital pathology | Alzheimer's disease | single-cell hierarchical Poisson factorization (scHPF), MERFISH | scHPF | single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data | 441,088个小胶质细胞，来自161名捐赠者 |
| 410 | 2025-04-25 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
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研究论文 | 本研究通过海星作为非脊索动物代表，探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化 | 揭示了海星卵巢中存在与哺乳动物相似的细胞类型及神经内分泌信号系统，支持卵巢细胞类型的脊索前起源假说 | 研究仅基于海星这一单一物种，结论在其他物种中的普适性有待验证 | 探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型及其空间组织 | 进化生物学 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序）与高分辨率3D成像 | NA | 单细胞转录组数据与3D成像数据 | 海星卵巢组织样本 |
| 411 | 2025-04-25 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.03.631250
PMID:39803530
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨了细胞间信号如何影响癌症细胞的表型动态，特别是在上皮-间质转化过程中 | 揭示了细胞间信号在小细胞肺癌中强化单细胞表型转变并维持群体水平肿瘤内异质性的机制 | 研究主要基于计算模型和scRNA-seq数据，缺乏实验验证 | 探索细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性中的作用 | 小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞 | computational biology | lung cancer | scRNA-seq, 数学建模 | dynamical systems model | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 412 | 2025-04-25 |
Developmental molecular signatures define de novo cortico-brainstem circuit for skilled forelimb movement
2025-Mar-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6150344/v1
PMID:40196004
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research paper | 该研究识别了一种先前未被认识的直接皮质-脑干回路，该回路在发育早期出现并持续到成年期，对成年运动控制至关重要 | 发现了一种新的皮质-脑干神经元（CBN），这些神经元在发育过程中通过表达神经肽Y（Npy）可被前瞻性识别，并揭示了它们在成年运动控制中的关键作用 | NA | 研究皮质-脑干回路在精细运动控制中的作用及其发育分子特征 | 皮质-脑干神经元（CBN）及其在脑干的投射 | 神经科学 | NA | FACS纯化和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 413 | 2025-04-25 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，研究了RSV感染的宿主决定因素及宿主反应，包括感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 结合CRISPR筛选和单细胞RNA测序揭示了RSV感染和旁观者激活细胞的转录差异，并识别了多个对病毒感染重要的宿主因子 | 研究结果需要进一步验证和假设测试 | 提高对RSV感染的宿主决定因素和宿主反应的理解 | RSV感染的细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA |
| 414 | 2025-04-25 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
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研究论文 | 比较分析不同脑组织单核RNA测序中核分离方法的效果 | 首次系统比较了三种机制不同的核分离方法对核完整性和后续数据质量的影响 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型 | 评估不同核分离方法对单核RNA测序数据质量和生物学解释的影响 | 脑组织中的细胞核 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 使用三种不同核分离方法的脑组织样本 |
| 415 | 2025-04-25 |
Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591771
PMID:38746255
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研究论文 | 通过比较单细胞分析揭示基因组组织对新生转录起源的作用 | 提出了一种新的统计程序识别198个核心基因集，这些基因能高度预测细胞类型身份，同时抵抗跨越2500-3000万年进化的物种特异性差异 | 研究仅限于三种近缘物种，可能不适用于更广泛的物种范围 | 探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的影响 | 三种近缘物种的生殖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-Seq, RNA荧光原位杂交(FISH) | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 三种近缘物种的生殖细胞 |
| 416 | 2025-04-25 |
Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development
2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633065
PMID:39868227
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research paper | 本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环细降支形成中的作用 | 首次发现近端小管细胞可贡献于Henle环细降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的重要性 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究Henle环细降支细胞的发育起源及其形成机制 | 小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环细降支细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 多个非突变发育小鼠肾脏数据集 |
| 417 | 2025-04-25 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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research paper | 介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自混合实验的单细胞测序数据 | CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质共轭条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法 | NA | 开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持混合实验的设计 | 单细胞测序数据，特别是来自混合实验的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 |
| 418 | 2025-04-25 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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research paper | 该研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制 | 首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用关系，并确定了胶原信号通路的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证 | 探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育过程中的功能机制 | 小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织 |
| 419 | 2025-04-25 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
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研究论文 | 本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于分析单细胞转录组数据，通过深度混合效应自编码器可视化批次效应 | scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，如预测细胞在不同批次中的表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混杂问题 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | scRNA-seq | 深度混合效应自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 420 | 2025-04-25 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
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research paper | 提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组数据，以保持生物结构单元的完整性 | SOCS方法在时间序列空间转录组数据中保持生物结构单元的完整性，结合基因表达相似性和全局几何结构，提供更准确的轨迹推断 | 未提及具体的数据集或实验验证范围，可能缺乏广泛的适用性验证 | 开发一种能够保持生物结构单元完整性的轨迹推断方法，用于时间序列空间转录组数据 | 时间序列空间转录组数据中的生物结构单元 | computational biology | NA | optimal transport | SOCS | spatial transcriptomics data | NA |