单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-07-20	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.595971 PMID:38853821	研究论文	本研究探讨了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞谱系定向分化的机制	揭示了ETV2通过招募REST抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞系统，可能不完全反映体内情况	阐明内皮细胞谱系定向分化的分子机制	人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	NA
402	2025-07-20	Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139 PMID:38652658	研究论文	本研究利用单细胞谱系追踪和RNA测序技术，分析了患者来源的胶质母细胞瘤神经球对KIF11抑制剂ispinesib的耐药性	首次在患者来源的胶质母细胞瘤模型中系统研究了KIF11抑制剂的耐药机制，并发现耐药细胞表现出前神经表型	研究主要基于体外和异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的耐药机制	患者来源的胶质母细胞瘤神经球	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，谱系追踪条形码技术	NA	单细胞转录组数据	患者来源的胶质母细胞瘤神经球和异种移植模型
403	2025-07-20	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	research paper	该研究开发了一个名为DeCAF的单样本分类器，用于分类临床限制性和允许性癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并在多种肿瘤类型中验证其临床相关性	将单细胞RNA测序衍生的CAF亚群特异性标记基因转化为批量RNA测序数据，开发了DeCAF分类器，用于跨多种肿瘤类型的CAF亚型分类	研究未提及DeCAF分类器在更广泛肿瘤类型中的适用性或潜在的技术限制	开发并验证一个能够分类癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型的工具，以指导未来治疗策略的开发	胰腺导管腺癌（PDAC）、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	digital pathology	pancreatic ductal adenocarcinoma, mesothelioma, bladder cancer, renal cell carcinoma	scRNAseq, bulk RNAseq	single-sample classifier	RNA sequencing data	19个独立的批量转录组数据集
404	2025-07-20	Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002 PMID:38449314	研究论文	研究探讨了慢病毒载体在体内系统性给药后，B细胞受体（BCR）如何指导慢病毒载体的趋向性	揭示了不同假型慢病毒载体通过特异性BCR介导进入特定B细胞亚群的新机制，为BCR靶向基因递送提供了新思路	研究主要聚焦于脾脏B细胞，未涉及其他组织或细胞类型的趋向性机制	探究慢病毒载体在体内系统性给药后的转导机制和趋向性	脾脏B细胞及其亚群	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究涉及不同假型慢病毒载体处理的B细胞亚群
405	2025-07-20	A Mettl16/m6A/mybl2b/Igf2bp1 axis ensures cell cycle progression of embryonic hematopoietic stem and progenitor cells 2024-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00082-9 PMID:38605226	研究论文	本研究揭示了METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎造血干细胞和祖细胞（HSPCs）细胞周期进程中的关键作用	首次发现METTL16通过m6A修饰调控mybl2b mRNA的稳定性，进而影响HSPCs的G1/S期进程，并证明这一机制在人类中保守	研究主要基于斑马鱼模型，人类细胞中的验证数据有限	阐明METTL16介导的RNA m6A修饰在早期胚胎发育中的生物学功能	脊椎动物胚胎造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	斑马鱼胚胎模型和人类细胞
406	2025-07-20	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-04-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03734-z PMID:38679747	research paper	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821（TPOm）在急性放射综合征（ARS）中通过调节骨髓血管和基质微环境促进造血干细胞和祖细胞（HSPCs）再生的作用	首次揭示了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持HSPC再生的机制，并证明其作为辐射医学对策（MCM）的潜力	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TPOm在急性放射综合征中促进骨髓再生的作用机制	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞和祖细胞（HSPCs）、内皮细胞（ECs）和间充质基质细胞（MSCs）	放射医学	急性放射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠急性放射综合征模型	组织学数据、流式细胞数据、RNA测序数据	9-14周龄的C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明
407	2025-07-20	STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF MUCOCILIARY CLEARANCE IN HUMAN AIRWAYS 2024-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4164522/v1 PMID:38746209	研究论文	本研究探讨了人类气道中组织水平结构与纤毛器官功能之间的复杂联系，特别是气道的形态组织及其在粘液纤毛清除中的作用	首次绘制了大鼠和人类气道树中纤毛和分泌细胞类型的分布图，揭示了物种间纤毛功能的特异性差异，并阐明了气道上皮的结构参数如何预测清除功能	研究依赖于动物数据，限制了人类气道屏障功能的关键见解，并阻碍了与人类相关的气道疾病建模	理解粘液纤毛清除的机制及其与气道结构的关系，以更好地认识清除功能障碍与呼吸系统疾病的关联	人类和大鼠的气道组织	生物医学研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)和哮喘	单细胞转录组学	NA	组织样本和转录组数据	NA
408	2025-07-20	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性主要通过转录可塑性而非自噬途径实现，揭示了糖酵解、外泌作用、染色体凝聚/分离等新途径	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结肠癌细胞	肿瘤学	卵巢癌, 结肠癌	RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq, CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据, 转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）的进化细胞群体
409	2025-07-20	Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46428-z PMID:38467611	研究论文	本研究通过单细胞RNA-seq分析探索了细胞间通讯对视网膜神经节细胞（RGC）在视神经损伤后存活的影响	揭示了μ-阿片受体（Oprm1）作为视网膜神经节细胞的神经保护因子，并证明其神经保护作用可通过泛RGC过表达转移至其他亚类	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索细胞间通讯对视网膜神经节细胞存活的贡献	视网膜神经节细胞（RGCs）、星形胶质细胞和Müller胶质细胞	神经科学	视神经损伤	单细胞RNA-seq分析	NA	RNA-seq数据	NA
410	2025-07-20	An organism-wide atlas of hormonal signaling based on the mouse lemur single-cell transcriptome 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46070-9 PMID:38467625	research paper	利用小鼠狐猴单细胞转录组数据构建了全生物体范围的激素信号图谱	首次系统地绘制了84类激素的源细胞和靶细胞图谱，揭示了激素信号网络的密集连接、去中心化和丰富的反馈循环	研究仅基于非人灵长类动物小鼠狐猴，未直接验证人类数据	系统性地研究激素信号传导网络及其在生理和代谢中的作用	小鼠狐猴（Microcebus murinus）的全生物体单细胞转录组	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
411	2025-07-20	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究开发了一种模拟Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim（ZTTK）综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的不可或缺作用	首次开发了Son单倍体不足（Son+/-）小鼠作为ZTTK综合征的模型，并系统研究了SON基因在器官发育和造血中的功能	研究仅在小鼠模型中进行，需要进一步验证在人类中的适用性	探究SON基因在器官发育和造血过程中的功能及其与ZTTK综合征的关系	Son单倍体不足（Son+/-）小鼠	生物医学研究	ZTTK综合征	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
412	2025-07-20	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探索了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个基于EIF3C相关CD8+ T细胞标记基因的预测模型ETS，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	首次发现EIF3C与CD8+ T细胞浸润水平的显著关系，并构建了ETS预测模型，该模型不仅能预测鼻咽癌患者的预后，还能作为免疫治疗反应的准确指标	研究样本量未明确说明，且模型的临床适用性需要进一步验证	识别能够准确预测免疫治疗效果的可靠标记物，并构建预测模型	鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序、scRNA-seq、lasso算法	ETS预测模型	基因表达数据	NA
413	2025-07-20	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	research paper	该研究是一项针对儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）的I期临床试验，评估了口服IDO通路抑制剂indoximod与化疗或放疗联合使用的安全性和初步疗效	首次在儿童中进行的indoximod联合化疗或放疗的I期临床试验，并确定了儿童剂量	研究样本量较小（81例患者），且为I期试验，主要关注安全性和剂量确定，疗效数据为初步结果	评估indoximod联合化疗或放疗在儿童脑肿瘤治疗中的安全性和初步疗效	儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）患者	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序与配对单细胞T细胞受体测序	NA	临床数据和血液样本	81例患者（68例复发性疾病，13例DIPG）
414	2025-07-20	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	research paper	该论文提出了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，利用多组学数据集作为分子桥梁	引入'桥接整合'方法，通过多组学数据集作为桥梁，实现跨模态单细胞数据整合，扩展了单细胞参考数据集的实用性	未明确提及具体局限性，但可能依赖于多组学数据集的质量和覆盖范围	开发一种方法来整合不同分子模态的单细胞数据集，提高数据分析和比较的效率	单细胞测序数据，包括转录组、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、多组学数据分析	字典学习	单细胞测序数据	860万个人类免疫细胞图谱
415	2025-07-20	Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52710-3 PMID:38273071	研究论文	研究探讨了骨髓细胞中TRAIL缺失对胆汁淤积性肝损伤的影响	揭示了TRAIL通过抑制DR细胞扩张来限制胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究TRAIL在胆汁淤积性肝损伤中的作用机制	野生型、Trail缺失及骨髓特异性Trail缺失的C57BL/6小鼠	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	高维质谱流式细胞术、空间转录组学分析、原位杂交	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	多种基因型的小鼠样本
416	2025-07-20	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于识别空间转录组数据中细胞类型特异性的niche相关基因	首次提出niche-DE方法，专注于局部基因表达变化，而非全局基因表达变化，并开发了niche-LR方法来揭示配体-受体信号机制	未提及具体样本量或实验验证结果	开发新方法以识别空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
417	2025-07-20	Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241293485 PMID:39497541	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了STAT1在食管鳞状细胞癌（ESCC）进展中下调LHPP的分子机制	发现了STAT1对LHPP的转录调控关系，揭示了ESCC微环境中复杂的调控环路	样本量较小（21例ESCC患者），且主要依赖公共数据库数据	探索ESCC的分子机制和细胞动态，特别是STAT1与LHPP的调控关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21例ESCC患者和ESCC细胞系
418	2025-07-20	Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318 PMID:39600707	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在类风湿性关节炎（RA）研究中的应用及其潜力	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性和功能详细视图，有助于揭示RA独特的细胞状态和转变，为开发新型药物靶点提供可能	scRNA-seq技术成本较高，对低丰度转录本的敏感性较低，且数据分析流程相对复杂	探索scRNA-seq在RA研究中的应用，以促进更有效的治疗策略的开发	类风湿性关节炎（RA）	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
419	2025-07-20	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究慢性危重症（CCI）脓毒症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症患者发展为CCI时，T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式及其与临床轨迹的关系	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	探究脓毒症患者发展为慢性危重症（CCI）时的免疫系统变化	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和CCI患者	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISpot、细胞因子分析、T细胞增殖实验	NA	转录组数据、功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，CCI患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，CCI患者20人（功能验证）
420	2025-07-20	Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1513821 PMID:39711954	综述	本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展及其在精准医学策略中的应用	强调了空间转录组学和蛋白质组学在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性和空间组织中的创新应用	当前方法面临组织异质性高和缺乏有效计算工具管理及解释复杂数据集的挑战	探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其对精准医学策略的潜在贡献	结直肠癌肿瘤微环境及其分子和细胞相互作用	空间生物学	结直肠癌	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	分子表达数据, 组织切片图像	NA