单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-05-11 |
paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf091
PMID:39988320
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research paper | 介绍了一种名为paraCell的新型软件工具，用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA测序数据 | 开发了paraCell软件工具，无需编程能力即可分析和可视化单细胞数据，填补了寄生虫学领域数据分析工具的空缺 | 未明确提及样本量的限制或软件性能的具体限制 | 为寄生虫学领域的研究人员提供一个易于使用的工具，以便更广泛地利用现有的单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据，特别是与寄生虫（如疟原虫、锥虫、弓形虫和泰勒虫）相关的数据 | 生物信息学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了已发表的疟原虫和锥虫数据集，并生成了弓形虫-小鼠和泰勒虫-牛的单细胞RNA测序数据集 |
| 402 | 2025-05-11 |
Shiba: a versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf098
PMID:39997221
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research paper | 开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台上的差异RNA剪接 | Shiba方法在捕获注释和非注释的剪接事件方面具有更高的准确性、敏感性和可重复性，解决了连接读不平衡的问题，显著减少了假阳性 | 虽然Shiba在小样本量下表现良好，但在单细胞RNA测序中的应用仍需通过伪批量方法进行分析，可能限制了其在单细胞水平上的直接应用 | 开发一种全面的方法来识别和分析不同RNA测序平台上的差异RNA剪接 | RNA剪接事件 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 适用于小样本量（如n=1）和单细胞RNA测序数据 |
| 403 | 2025-05-11 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Role of Radiation-Induced Stemness-Responsive Cancer Cells in the Development of Radioresistance
2025-Feb-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26041433
PMID:40003899
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研究论文 | 通过单细胞测序技术研究辐射诱导的干细胞样反应性癌细胞在放疗抗性发展中的作用 | 揭示了放疗早期阶段癌细胞干细胞样表型的激活及其在放疗抗性发展中的关键作用，并识别了EGFR-Hippo信号通路轴的驱动机制 | 研究仅基于人类非小细胞肺癌A549细胞系，未涉及其他癌症类型或体内模型 | 探究放疗过程中癌细胞干细胞样变化及其对放疗抗性的影响 | 人类非小细胞肺癌A549细胞及其放疗抗性亚群A549-RR | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 不同时间点的A549细胞及其放疗抗性亚群 |
| 404 | 2025-05-11 |
Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing
2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.2.64
PMID:39998459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，确定了Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中的关键受体 | 首次揭示了Wnt-5a在糖尿病角膜伤口愈合中通过ROR2和FZD5受体的作用机制 | 研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证 | 确定介导Wnt-5a促进糖尿病角膜上皮伤口愈合的受体 | 人类角膜缘上皮细胞(LECs) | 分子生物学 | 糖尿病角膜病变 | scRNA-seq, DNA甲基化分析, qRT-PCR, western blot, 免疫染色, siRNA转染 | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据, 蛋白质表达数据 | 来自死后糖尿病和非糖尿病供体的人类角膜缘上皮细胞 |
| 405 | 2025-05-11 |
Eliminating the persistent HIV reservoir based on biomarker expression - How do we get there?
2025-02, Virology
IF:2.8Q3
DOI:10.1016/j.virol.2024.110368
PMID:39721194
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review | 本文讨论了消除HIV持久性储存库的挑战，以及基于生物标志物表达的策略 | 探讨了识别定义所有HIV储存库细胞亚群的最小细胞表面蛋白集的需求，并提出了未来研究方向 | 目前缺乏定义HIV潜伏感染细胞的特定分子标志物或生物标志物，且生物标志物存在异质性 | 研究如何通过生物标志物表达来消除HIV持久性储存库，实现HIV治愈 | HIV持久性储存库及其生物标志物 | 传染病学 | HIV/AIDS | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 406 | 2025-05-11 |
Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes
2025-Feb, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012944
PMID:39993025
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research paper | 研究揭示了内源性抗体反应通过激活FcγRs与单核细胞的相互作用增强对Mayaro病毒的控制 | 首次评估了FcγRs在自然感染中对Mayaro病毒保护的必要性，并揭示了抗体Fc与FcγRs的相互作用机制 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类中进行验证 | 探究FcγRs在Mayaro病毒感染中的保护作用及其机制 | Mayaro病毒（MAYV）感染的小鼠模型 | 病毒学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | FcRγ-/-小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及FcRγ-/-和野生型小鼠 |
| 407 | 2025-05-11 |
Discovery of Endothelial-Monocyte Crosstalk in Ischemic-Reperfusion Injury Following Liver Transplantation Based on Integration of Single-Cell RNA and Transcriptome RNA Sequencing
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70336
PMID:39993960
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，研究了肝移植后缺血再灌注损伤中内皮细胞与单核细胞的相互作用 | 首次揭示了肝窦内皮细胞（LSECs）与单核细胞在肝缺血再灌注损伤中的互作机制，并鉴定了ANXA1-FPR2轴的关键作用 | 研究主要基于数据库和小鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证 | 阐明肝移植后缺血再灌注损伤的细胞互作机制 | 肝窦内皮细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 肝病 | scRNA-seq, 转录组RNA测序, 免疫荧光, 流式细胞术, Western Blot | 小鼠模型 | RNA测序数据, 图像数据 | 来自GEO数据库的肝移植患者数据和小鼠模型 |
| 408 | 2025-05-11 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomic Reveals Shared Key Genes and Patterns of Immune Dysregulation in Both Intestinal Inflammatory Disease and Sepsis
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70415
PMID:39993996
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研究论文 | 本研究通过批量转录组和单细胞转录组分析，揭示了炎症性肠病（IBD）和脓毒症在免疫失调方面的共同关键基因和模式 | 首次通过单细胞RNA测序评估免疫细胞异质性，并利用机器学习算法构建和验证脓毒症的诊断标志物 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证这些基因和细胞类型在疾病中的具体作用机制 | 探究IBD和脓毒症共有的分子和病理生理机制 | 炎症性肠病（IBD）和脓毒症患者及小鼠模型 | 生物信息学 | 炎症性肠病, 脓毒症 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 实时PCR, Western blot | 机器学习算法 | 转录组数据 | NA |
| 409 | 2025-05-11 |
Decoding Müllerian Duct Epithelial Regionalization
2025-Feb, Molecular reproduction and development
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/mrd.70018
PMID:39994938
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综述 | 本文综述了Müllerian导管上皮区域化的分子机制及其在女性生殖道器官发育中的作用 | 总结了转录因子、信号通路和表观遗传因子在Müllerian导管区域特异性分化中的关键作用，并提出了未来研究方向 | 主要基于小鼠模型研究，人类相关数据有限 | 解析Müllerian导管沿头尾轴分化的分子机制，为女性生殖道异常和疾病的防治提供新思路 | Müllerian导管及其衍生的女性生殖道器官（输卵管、子宫、宫颈和上阴道） | 发育生物学 | 女性生殖道异常 | 单细胞测序、类器官培养 | NA | NA | NA |
| 410 | 2025-05-11 |
Integrative Analysis of Cuproptosis-Related Mitochondrial Depolarisation Genes for Prognostic Prediction in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70438
PMID:40008552
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研究论文 | 通过整合铜死亡相关线粒体去极化基因的分析，构建了非小细胞肺癌的预后预测模型 | 结合单细胞测序和机器学习方法，鉴定了10个与铜死亡相关的风险基因，并构建了高特异性和准确性的预后风险预测模型 | 研究依赖于特定数据集，模型的泛化能力需要进一步验证 | 预测非小细胞肺癌患者的预后并指导个性化治疗策略 | 非小细胞肺癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞测序，qPCR | 机器学习方法 | 转录组数据，单细胞数据，空间转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了多种数据集 |
| 411 | 2025-05-11 |
Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy
2025-Jan-29, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15020191
PMID:40001494
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨IgA肾病的免疫特征和分子机制 | 利用scRNA-seq技术揭示了IgA肾病中的免疫特征和细胞间相互作用 | 未提及样本量的具体信息，可能影响结果的广泛性 | 理解IgA肾病的复杂分子机制并开发生物标志物和特异性治疗策略 | IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | NA |
| 412 | 2025-05-11 |
Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases
2025-Jan-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16020135
PMID:40004464
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review | 本文综述了基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的最新进展 | 介绍了基因组学和转录组学技术（如全基因组测序、单细胞RNA测序和CRISPR筛选）在神经退行性疾病早期诊断和个性化预后中的革命性应用 | 将基因组学发现转化为临床实践仍面临疾病异质性和神经退行性病理生理学复杂性的挑战 | 探讨基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的应用 | 神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症） | 基因组学和转录组学 | 神经退行性疾病 | 全基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、全基因组关联研究（GWAS）、多基因风险评分（PRS）和空间转录组学 | NA | 基因组和转录组数据 | NA |
| 413 | 2025-05-11 |
Shiba: A versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms
2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596331
PMID:38895326
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research paper | 开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台间的差异RNA剪接 | Shiba方法在捕获注释和非注释的剪接事件方面具有更高的准确性、灵敏度和可重复性，解决了连接读段不平衡的问题，显著减少了假阳性 | NA | 开发一种全面的方法，用于整合转录本组装、剪接事件识别、读段计数和差异剪接分析 | RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 模拟数据和真实RNA-seq数据集 |
| 414 | 2025-05-11 |
Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma
2025-01-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85618-7
PMID:39799252
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research paper | 该研究通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中与代谢相关的预后特征 | 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征(MRPS) | 需要进一步研究验证MRPS在其他癌症类型中的适用性 | 探究代谢重编程如何影响ccRCC患者的异质性和预后 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者 | machine learning | 肾癌 | scRNA-seq | machine learning | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量，但比较了51个已发表的签名 |
| 415 | 2025-05-11 |
Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19039
PMID:39989743
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review | 本文综述了研究巨噬细胞的经典和新型生物物理方法 | 介绍了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法 | NA | 探讨研究巨噬细胞的方法学进展 | 巨噬细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜、原子力光谱 | NA | NA | NA |
| 416 | 2025-05-11 |
Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.105591
PMID:39990231
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研究论文 | 该研究揭示了钙联蛋白（CANX）通过MEK/ERK/BNIP3通路促进胶质母细胞瘤（GBM）进展的机制 | 首次发现CANX通过激活MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬，从而促进GBM进展和化疗耐药 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证 | 探索GBM化疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤细胞系和GBM颅内异种移植小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术 | GBM颅内异种移植小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 未明确说明具体样本量，涉及多种GBM细胞系和小鼠模型 |
| 417 | 2025-05-11 |
CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104650
PMID:39990233
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研究论文 | 本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT途径加剧同种异体移植动脉新生内膜病变的机制 | 首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群，并揭示其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT信号通路促进新生内膜增生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体组织中验证 | 探究CD34+干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制 | 同种异体移植动脉的新生内膜病变 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组化 | 多种基因修饰小鼠模型(BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER等) | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据 | 多种基因修饰小鼠模型 |
| 418 | 2025-05-11 |
Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341
PMID:39991151
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research paper | 本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化(IPF)中的诊断价值 | 首次系统分析了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断潜力 | 研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索IPF的新型诊断生物标志物 | 特发性肺纤维化患者 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 微阵列分析、WGCNA、单细胞RNA测序 | ROC曲线分析 | 基因表达数据 | 四个GEO数据集 |
| 419 | 2025-05-11 |
Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393
PMID:39991156
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别银屑病关节炎的生物标志物 | 发现TNFAIP3和NFKBIA在银屑病关节炎CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制，并作为潜在的生物标志物 | 样本量较小（3例PsA患者、3例PsC患者和2例健康对照） | 识别区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物 | 外周血单个核细胞（PBMCs）中的免疫细胞 | 数字病理学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 3例PsA患者、3例PsC患者和2例HC |
| 420 | 2025-05-11 |
Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0307048
PMID:39999090
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research paper | 通过多组学计算机分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面靶点 | 首次通过多组学计算机分析鉴定出TM4SF4作为肝细胞癌的潜在治疗靶点，具有在癌细胞中高表达而在正常组织中低表达的特性 | 研究主要基于计算机分析，需要进一步的实验验证TM4SF4作为治疗靶点的有效性和安全性 | 寻找肝细胞癌的细胞表面靶点以减少细胞免疫治疗的脱靶毒性 | 肝细胞癌(HCC)细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学计算机分析, scRNA-seq, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 791例HCC样本(来自四个独立数据集), 15,787个HCC细胞(scRNA-seq数据) |