单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-07-23	Spatial transcriptomics mapping of immune cell and TGFβ signalling pathway heterogeneity in testicular germ cell tumours 2025-Jul-22, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70100 PMID:40693358	research paper	该研究利用空间转录组学技术分析了睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）中免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	首次在TGCTs中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤及其周围区域的免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	样本量较小（仅4例患者），且仅针对特定类型的TGCTs	探索TGCTs的异质性及其潜在的诊断和治疗靶点	睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）及其前体细胞（GCNIS）	digital pathology	testicular germ cell tumours	NanoString GeoMx spatial whole transcriptomics workflow, RNA-Seq	NA	spatial transcriptomic data	4例TGCT患者样本（3例非精原细胞瘤，1例精原细胞瘤），超过90个感兴趣区域（ROIs）
402	2025-07-23	Differentiation Trajectory of Virus-Induced Tumour Cells in Rice Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-22, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70267 PMID:40693410	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）感染引起的水稻叶片鞘细胞转录异质性及肿瘤细胞分化轨迹	首次构建了植物对病毒感染的细胞类型特异性转录组图谱，并鉴定了RBSDV诱导肿瘤细胞分化的关键基因模块和通路	研究仅针对RBSDV一种病毒，未涉及其他植物病毒的类似机制	解析病毒诱导的植物细胞异常分化和发育的分子机制	RBSDV感染的水稻叶片鞘细胞	植物病理学	病毒性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间分析（pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	106,973个细胞
403	2025-07-23	Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach 2025-Jul-21, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793 PMID:40691053	研究论文	本研究通过空间转录组学和DNA甲基化分析，揭示了不完全肠化生（Inc IM）在胃癌发生中的分子特征和潜在作用	首次发现Inc IM具有混合转录组特征和双谱系潜能，并证实其作为胃癌真正前体病变的分子基础	样本来源和数量可能限制结果的普遍性，且机制研究主要基于体外器官模型	阐明Inc IM的分子特征、分化潜能及其与胃癌发生的相关性	胃不完全肠化生组织和胃癌组织	数字病理学	胃癌	空间转录组学、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序	器官模型	转录组数据、甲基化数据	未明确说明具体样本数量，但包含GIM和GC组织样本
404	2025-07-23	Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-21, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02253-8 PMID:40691404	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析揭示了复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	揭示了MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进肿瘤放射抵抗，以及胶原IV抑制T细胞浸润的机制	样本量相对较小（39个肿瘤来自24名患者），可能影响结果的普遍性	研究复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	复发性鼻咽癌（rNPC）的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	39个肿瘤样本来自24名患者
405	2025-07-23	Human fetal kidney organoids model early human nephrogenesis and Notch-driven cell fate 2025-Jul-21, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00504-2 PMID:40691416	研究论文	本研究建立了一种化学定义、无血清的长期培养人类胎儿肾脏来源类器官（hFKOs）的体外方案，用于模拟人类肾脏发育和疾病	开发了一种新的hFKOs培养方案，能够自我组织成极化的肾上皮，重新启动NCAM1祖细胞，并重现肾单位和输尿管芽谱系	NA	模拟人类肾脏发育和疾病，推动干细胞生物学和再生医学领域的发展	人类胎儿肾脏来源的类器官（hFKOs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、假时间分析、免疫染色	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
406	2025-07-23	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	介绍了一种名为GatorST的新型框架，用于空间转录组数据分析，结合图建模和先进学习策略以提高下游任务性能	GatorST结合图建模与对比元学习，能同时捕获局部和全局空间背景，并通过伪标签和对比学习框架增强泛化能力	依赖伪标签可能引入噪声，且模型性能受限于空间邻域图构建的质量	开发一个多功能框架，用于改进空间转录组数据的下游分析任务	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	图神经网络(GNN)与对比学习结合	空间转录组数据	14个空间转录组数据集
407	2025-07-23	Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer 2025-Jul-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01040-2 PMID:40681742	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌转移中起关键作用	首次在胆囊癌中鉴定出CD34+CD90+内皮细胞亚群，并揭示其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移的机制	未明确CD34+CD90+内皮细胞与其他肿瘤微环境成分的具体相互作用机制	探究胆囊癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤转移中的作用	胆囊癌患者样本中的内皮细胞	肿瘤生物学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量（胆囊癌患者组织样本）
408	2025-07-23	Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11457-1 PMID:40681784	研究论文	通过机器学习发现指导前列腺癌治疗的DNA代谢生物标志物	整合多组学数据和先进计算模型，揭示了DNA代谢基因在前列腺癌进展和免疫动态中的关键作用，并提出了新的预后生物标志物和治疗靶点	研究依赖于TCGA队列和外部验证数据集，可能存在样本选择偏差	探索DNA代谢基因在前列腺癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	前列腺癌(PC)中的DNA代谢基因	机器学习	前列腺癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CoxBoost算法	转录组数据	TCGA队列和外部验证数据集中的536个差异表达基因(DEGs)
409	2025-07-23	SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06209-x PMID:40681987	研究论文	介绍了一个名为SCNT的R包，用于单细胞和空间转录组数据的分析与可视化	SCNT包整合了Seurat和ggplot2等工具，支持高效的数据处理和高质量的可视化，简化了单细胞和空间转录组数据分析流程	目前支持的ST平台有限，未来需要扩展更多平台支持并增强多组学数据整合功能	开发一个高效且用户友好的工具，以处理、分析和可视化单细胞及空间转录组数据	单细胞（SC）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	单细胞和空间转录组数据	公开可用的PBMC数据集、Visum和Visium HD人类肾脏组织数据
410	2025-07-23	Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma 2025-Jul-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03323-5 PMID:40682067	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中与细胞焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型	首次整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和临床信息，全面分析肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达模式和功能作用，并构建了七基因预后模型	未明确说明样本量大小及具体实验验证的样本来源	探索肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达特征及其预后价值	肺腺癌(LUAD)患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA seq)、RNA测序、qPCR	预后模型	单细胞RNA测序数据、批量转录组数据、临床信息	NA
411	2025-07-23	STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition 2025-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03608-4 PMID:40682076	研究论文	本文提出了一种名为STHD的方法，用于在全转录组空间转录组数据中实现高清晰度的单点概率细胞分型	STHD通过结合计数统计和邻居正则化的机器学习模型，准确预测亚细胞点的细胞类型身份，揭示了全局组织结构和局部多细胞邻域	NA	解决空间转录组技术中高稀疏性和高维度带来的计算挑战，实现高清晰度的单点细胞分型	全转录组空间转录组数据中的单点	数字病理学	肿瘤微环境	空间转录组技术	机器学习模型	基因表达数据	NA
412	2025-07-23	SNRPB/CCNB1 axis promotes hepatocellular carcinoma progression and cisplatin resistance through enhancing lipid metabolism reprogramming 2025-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03463-y PMID:40682115	研究论文	本研究探讨了SNRPB在肝细胞癌（HCC）中的作用及其通过调节FOXM1-CCNB1轴和脂质代谢促进HCC进展和顺铂耐药的机制	揭示了SNRPB通过FOXM1介导的转录调控CCNB1表达，进而影响脂质代谢重编程和顺铂耐药的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索SNRPB在HCC进展和化疗耐药中的分子机制	肝细胞癌（HCC）细胞和患者样本	癌症生物学	肝细胞癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP, Co-IP	NA	RNA测序数据, 转录组数据	多个HCC患者队列的样本
413	2025-07-23	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Jul-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61034-3 PMID:40675986	研究论文	本研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次结合成像质谱流式和空间转录组学，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体	探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制	自我认同为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	成像质谱流式、空间转录组学	NA	空间多组学数据	BA和WA TNBC患者队列
414	2025-07-23	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	研究长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体的分化能力	研究基于恒河猴模型，结果是否适用于人类需进一步验证	探究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞分化的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞	细胞生物学	骨质疏松症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	恒河猴自愿乙醇摄入模型	细胞、基因表达数据	恒河猴模型中的HSPCs
415	2025-07-23	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	探讨使用条形码单克隆胚胎体解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题	开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码标记的胚胎体来更好地量化转录因子扰动的影响	生物重复间的结果不可重复性，以及EB分化过程中的细胞瓶颈限制了统计功效	加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
416	2025-07-23	PIEZO1 Overexpression in Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Arteriovenous Malformations 2025-Jul-16, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.073630 PMID:40665909	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形中的过度表达及其作用机制	发现PIEZO1在ALK1缺陷型内皮细胞中表达和信号传导升高，并通过遗传和药理学抑制PIEZO1减轻动静脉畸形形成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究ALK1变异导致的信号传导改变及寻找更有效的动静脉畸形治疗靶点	ALK1敲除小鼠视网膜内皮细胞和人类2型遗传性出血性毛细血管扩张症病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	Alk1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
417	2025-07-23	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Jul-16, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025 PMID:40670155	research paper	研究阿片受体如何调节前扣带回皮层（ACC）与屏状核（CLA）之间的谷氨酸能信号传导	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的不同调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探索阿片受体如何调节控制疼痛和情绪的脑回路	小鼠的CLA-ACC神经回路	神经科学	疼痛和情绪障碍	空间转录组学、脑片电生理学、光遗传学和药理学方法	NA	电生理数据	小鼠（性别未明确说明数量）
418	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
419	2025-07-23	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2025-Jul-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	介绍了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达	利用核嵌入方法评估单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据的全概率分布模式，能够检测到传统方法忽略的多模态特征变化	未提及具体局限性	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式	核嵌入方法	单细胞RNA测序数据, 质谱流式数据	模拟和真实数据集（未提供具体数量）
420	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jul-13, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400738 PMID:40653724	研究论文	该研究探讨了通过抑制谷氨酰胺代谢来重塑巨噬细胞免疫微环境，从而减缓肿瘤进展的效果	开发了一种选择性在癌组织中生物激活的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并发现其不仅能直接靶向依赖谷氨酰胺的癌细胞，还能改变M1/M2巨噬细胞的比例，促进免疫刺激微环境	研究仅使用了小鼠肿瘤模型，尚未在人体中进行验证	评估谷氨酰胺拮抗剂对肿瘤细胞和免疫微环境的影响	小鼠肿瘤模型和巨噬细胞	癌症治疗	肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	两种免疫完整的小鼠癌症模型