单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-05-03	Integration of multi-omics data to unveil the molecular landscape and role of piRNAs in early-onset colorectal cancer 2025-Apr-29, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04074-2 PMID:40301858	研究论文	通过多组学数据整合揭示早发性结直肠癌的分子特征及piRNAs的作用	首次通过多组学分析揭示了PIWIL1/piRNA作为早发性结直肠癌的标志物，并发现特定piRNAs（FR019019、FR019089和FR132045）的下调与肿瘤侵袭性相关	研究样本量相对有限（69例EOCRC），且功能验证主要在体外进行	阐明早发性结直肠癌（EOCRC）的分子机制及其侵袭性表型的驱动因素	早发性结直肠癌（EOCRC）患者肿瘤组织	癌症基因组学	结直肠癌	多组学分析（基因组、表观基因组、转录组）、RNA-seq、scRNA-seq、功能实验	NA	基因组数据、表观遗传数据、转录组数据	515例（69例EOCRC和446例LOCRC）
402	2025-05-03	SpaNorm: spatially-aware normalization for spatial transcriptomics data 2025-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03565-y PMID:40301877	research paper	开发了一种名为SpaNorm的空间感知归一化方法，用于处理空间转录组数据	首个同时建模文库大小效应和潜在生物学效应，并分离这些效应的空间感知归一化方法	未提及具体局限性	解决空间转录组数据归一化中的挑战	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	SpaNorm	spatial transcriptomics data	27个组织样本，来自6个数据集，涵盖4种技术平台
403	2025-05-03	Inhibition of adenosine/A2A receptor signaling suppresses dermal fibrosis by enhancing fatty acid oxidation 2025-Apr-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02210-2 PMID:40301970	research paper	研究探讨了腺苷/A2A受体信号通过增强脂肪酸氧化抑制皮肤纤维化的机制	揭示了腺苷代谢-A2A受体轴与脂肪酸氧化在系统性硬化症相关皮肤纤维化中的关键相互作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限	探索腺苷/A2A受体信号在皮肤纤维化中的作用机制	系统性硬化症患者的血浆样本、小鼠皮肤纤维化模型和人真皮成纤维细胞	医学研究	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞RNA测序、Seahorse能量代谢分析	基因敲除小鼠模型	血浆代谢物数据、RNA测序数据	35名系统性硬化症患者的血浆样本
404	2025-05-03	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-Apr-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	research paper	该研究揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2通路调控神经发生的新机制	首次发现脑膜来源的视黄酸通过调控Sox2ot长链非编码RNA和Notch信号通路来促进神经发生	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，人类相关性有待进一步验证	阐明脑膜来源的视黄酸调控大脑皮层神经发生的分子机制	端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
405	2025-05-03	ASTROCYTES AND ALCOHOL THROUGHOUT THE LIFESPAN 2025-Apr-29, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	综述	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的角色，并强调了单细胞RNA测序研究在揭示星形胶质细胞异质性方面的应用	对星形胶质细胞亚群及其对酒精易感分子的认识仍存在知识空白	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用及其在AUD发展中的贡献	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍, 胎儿酒精谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
406	2025-05-03	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析（DSP）和单分子成像（SMI）平台的性能	首次系统评估了空间转录组学技术在临床实际条件下的性能，比较了DSP和SMI两种平台的优劣	研究主要集中于肾脏组织，其他组织类型的适用性尚需验证	评估空间转录组学技术在临床应用中的可行性和可靠性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（DSP和SMI）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用临床来源的人类肾脏组织和活检样本
407	2025-05-03	Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective 2025-Apr-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794 PMID:40313107	综述	本文综述了视神经损伤后的分子机制，并从转录组学角度探讨了神经修复策略	利用单细胞转录组学技术揭示了视神经损伤和青光眼诱导的神经元退化的分子机制，并识别了与视网膜神经节细胞保护和再生相关的基因	未来研究需要整合先进的单细胞测序与多组学方法，以更全面地研究视网膜神经节细胞损伤和再生的细胞特异性反应	探讨视神经损伤后的分子机制及神经修复策略	视网膜神经节细胞	神经科学	青光眼	单细胞RNA测序、转录组分析、芯片分析、CRISPR-Cas9筛选、ATAC-seq分析	NA	转录组数据	NA
408	2025-05-03	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-Apr-26, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	research paper	该研究利用可解释的机器学习揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习方法，揭示PANoptosis在NAFLD中的关键作用，并识别出9个枢纽基因及潜在治疗候选药物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能影响结论的普适性	探究PANoptosis在NAFLD诊断、分型及免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	machine learning	liver disease	interpretable machine learning, single-cell sequencing, molecular docking	diagnostic model	gene expression data	多个数据集（具体数量未明确说明）
409	2025-05-03	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6314842/v1 PMID:40313763	research paper	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的空间和分子特征	整合了多种高通量技术（如光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增成功的空间和分子决定因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果在其他免疫排斥性癌症中的普适性需要进一步验证	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	digital pathology	glioblastoma	spectral flow cytometry, TCR sequencing, single-cell RNA-seq, Xenium transcriptomics, CODEX spatial proteomics	NA	multi-omics data	未明确说明样本数量（高级别胶质瘤样本）
410	2025-05-03	Molecular mechanisms and clinical significance of perineural invasion in malignancies: the pivotal role of tumor-associated Schwann cells in cancer progression and metastasis 2025-Apr-22, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02729-x PMID:40259163	综述	本文综述了恶性肿瘤中神经周围侵袭（PNI）的分子机制及其临床意义，特别强调了肿瘤相关雪旺细胞（SCs）在癌症进展和转移中的关键作用	揭示了肿瘤相关雪旺细胞通过促进上皮-间质转化（EMT）、细胞外基质（ECM）重塑和免疫调节等机制在PNI中的关键作用，并探讨了针对神经生长因子介导的信号传导和SC-肿瘤相互作用的新兴治疗策略	目前对雪旺细胞的异质性及其在不同恶性肿瘤PNI中的分子亚型理解仍存在显著研究空白	阐明PNI的分子机制及其临床意义，探索潜在治疗靶点	恶性肿瘤中的神经周围侵袭（PNI）现象和肿瘤相关雪旺细胞（SCs）	肿瘤学	恶性肿瘤	单细胞转录组学、分子分析	NA	分子数据、临床数据	NA
411	2025-05-03	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-Apr-21, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本研究通过直接替换小胶质细胞，揭示了脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接替换小胶质细胞改善了疾病模型	研究主要基于小鼠模型，人类应用的可行性和效果尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病（单基因神经系统疾病）	单细胞测序、CNS单核细胞注射	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据、组织病理数据	小鼠模型和人类脑标本（具体数量未提及）
412	2025-05-03	Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis 2025-Apr-11, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00422-3 PMID:40216939	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究了小鼠乳腺中成纤维细胞在发育和肿瘤发生过程中的动态变化	揭示了正常乳腺和乳腺癌中成纤维细胞的多样性和层次结构，并发现Wnt9a在CD34+肌纤维母细胞样CAFs衰老中的调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类乳腺组织的适用性需要进一步验证	理解乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的动态变化	小鼠乳腺组织中的成纤维细胞	单细胞生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过45,000个成纤维细胞，涵盖5个不同发育阶段和肿瘤发生过程
413	2025-05-03	Novel approaches to CAR T cell target identification in acute myeloid leukemia 2025-Apr-08, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2025.102524 PMID:40311558	review	本文综述了急性髓系白血病（AML）中CAR T细胞靶点识别的新方法	介绍了结构表面组学识别肿瘤特异性蛋白构象和AI驱动的单细胞RNA测序整合多源数据的新方法	未提及具体实验数据或临床验证结果	提高CAR T细胞在AML治疗中的特异性和安全性	急性髓系白血病（AML）	癌症免疫治疗	急性髓系白血病	结构表面组学、单细胞RNA测序、细胞表面捕获技术	AI驱动	RNA测序数据、蛋白质构象数据	NA
414	2025-05-03	Integrated genetic analysis and single cell-RNA sequencing for brain image-derived phenotypes and Parkinson's disease 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111317 PMID:40081564	研究论文	通过整合遗传分析和单细胞RNA测序技术，研究脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系	首次全面分析了624个脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传关联和因果关系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了潜在的共享基因和生物学机制	研究结果主要基于统计关联分析，需要进一步的实验验证	揭示脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系	帕金森病患者和脑影像衍生表型	生物信息学	帕金森病	GWAS, scRNA-seq, LDSC, 双向孟德尔随机化, MAGMA, PLACO, FUMA, Metascape	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	624个脑影像衍生表型
415	2025-05-03	Chronic Rejection After Kidney Transplantation 2025-04-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005187 PMID:39192468	research paper	该文章探讨了肾移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法	研究发现NK细胞在抗体介导的排斥反应中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力	目前许多临床试验结果仍为阴性，有效治疗方法尚未得到批准	研究肾移植后慢性排斥反应的机制及开发有效治疗方法	肾移植患者及相关的免疫机制	NA	肾移植排斥反应	免疫组织化学、批量转录组学、空间转录组学、功能遗传学	NA	分子和形态学数据	NA
416	2025-05-03	IL-25 Enhances B Cell Responses in Type 2 Inflammation Through IL-17RB Receptor 2025-Apr, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16472 PMID:39829150	研究论文	研究IL-25通过IL-17RB受体增强B细胞在2型炎症中的反应	揭示了IL-25通过IL-17RB受体对B细胞的作用机制，并发现IL-17RB+ B细胞在2型炎症中具有独特的转录特征和增强的抗体产生能力	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要进一步在体内模型中验证	探究IL-25受体(IL-17RB)在B细胞中的诱导和表达，以及IL-17RB表达B细胞对IL-25的反应	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织中的B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和其他2型炎症性疾病	流式细胞术、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织样本
417	2025-05-03	A multi-view graph convolutional network framework based on adaptive adjacency matrix and multi-strategy fusion mechanism for identifying spatial domains 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组学中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学中空间域识别的挑战，如高噪声水平和数据稀疏性	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	multi-view graph convolutional network (GCN)	spatial transcriptomics data	多个空间转录组学数据集（未明确提及具体数量）
418	2025-05-03	Protocol for mitochondrial variant enrichment from single-cell RNA sequencing using MAESTER 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103564 PMID:39817913	研究论文	提出一种从单细胞RNA测序数据中富集线粒体DNA变体的协议，以同时探究细胞状态和克隆信息	通过富集线粒体DNA变体，同时获取细胞状态和克隆结构信息，弥补了传统scRNA-seq的不足	需要特定的实验步骤和计算分析工具，可能对实验条件要求较高	开发一种能够同时分析细胞状态和克隆结构的单细胞RNA测序方法	人类原代组织中的细胞状态和克隆动态	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), mtDNA富集, 配对末端测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
419	2025-05-03	An augmented GSNMF model for complete deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2025036 PMID:40296800	研究论文	本文提出了一种增强的GSNMF模型，用于全面解卷积批量RNA-seq数据，以获得细胞类型特异性基因表达谱和相对细胞丰度	开发了一种新的伪批量组织数据增强、几何结构引导的NMF模型（GSNMF+），通过统计分布模拟伪细胞组成和单细胞RNA-seq数据生成伪批量组织数据，并与原始数据集混合，从而满足NMF的弱可解性条件	尽管在某些数据集上的估计结果与真实值相比表现良好，但对于如何规避不适定性和提高解的精度的全面理解仍然不足	提高批量RNA-seq数据的全面解卷积分析的准确性和可解性	批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	GSNMF+, NMF	基因表达数据	多个真实的批量组织数据集
420	2025-05-03	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元和胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术结合iPSC衍生的神经元和胶质细胞3D共培养系统，揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4在阿尔茨海默病中的作用	研究依赖于体外培养系统，可能无法完全模拟体内复杂的脑环境	探究神经元和胶质细胞之间的相互作用机制及其在神经元存活中的作用	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids（3D共培养系统）	基因表达数据	NA