单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-06-11	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域信息校正空间混杂效应，能够识别局部异常值和区域伪影，这是现有方法无法做到的	目前仅在公开可用的Visium数据上进行了验证，尚未在其他空间转录组学技术上测试	开发专门针对空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
402	2025-06-11	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	研究糖酵解反应PGAM如何调节Th17细胞的致病性及其在自身免疫性疾病中的作用	发现PGAM与其他糖酵解酶不同，是Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于小鼠模型，人类Th17细胞的类似机制尚未验证	探索糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
403	2025-06-11	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组在不同性别间的差异，并揭示了抑制性神经元在这一性别差异中的作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组存在性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的主要因素	研究仅在大鼠中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	幼年大鼠的内侧杏仁核组织样本
404	2025-06-11	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Jun-04, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	research paper	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）患者肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路促进肠道纤维化的具体机制，并证实该通路可作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本量有限，需进一步扩大临床验证	阐明AREG介导肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道狭窄病变组织、DSS诱导的慢性结肠炎小鼠模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq	Areg基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织样本	CD患者狭窄与非狭窄病变组织样本、肠道憩室正常组织样本、WT和Areg-/-小鼠模型
405	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age associated changes in macrophages and signaling dynamics 2025-Jun-03, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf122 PMID:40459236	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和老年小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征及其在卵巢衰老过程中的作用	发现老年小鼠卵巢中独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，以及ANNEXIN和TGFβ信号通路的显著改变，揭示了卵巢衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类卵巢中进行验证	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用及其机制	年轻（3个月大）和老年（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45+ CD11b+髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	年轻和老年小鼠卵巢中的髓系细胞
406	2025-06-11	Microbiome Single Cell Atlases Generated with a Commercial Instrument 2025-Jun-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409338 PMID:40462354	research paper	介绍了一种名为EASi-seq的新方法，用于高效测序单个微生物基因组，并生成人类和环境微生物组的详细图谱	通过调整商业Mission Bio Tapestri仪器的单细胞工作流程，实现了对单个微生物基因组的有效测序，并开发了配套的生物信息学流程	未提及具体的技术限制或样本局限性	开发一种高效的单微生物基因组测序方法，以促进微生物亚群的发现和分析	人类和环境微生物组	基因组学	NA	单细胞测序，EASi-seq	NA	基因组数据	每次运行可测序数万个微生物
407	2025-06-11	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jun-02, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白变化	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现1型糖尿病前期阶段的分子变化，特别是免疫反应增强与内质网应激反应及蛋白质翻译减少的对比	样本量较小（n=3 vs n=3），且存在较大的捐赠者间变异	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的潜在机制	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者与非糖尿病对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	MS-based蛋白质组学、激光显微切割、无标记定量	NA	蛋白质组数据	多抗体阳性捐赠者（mAAb+，n=3）与非糖尿病对照（n=3）
408	2025-06-11	BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024 PMID:39894227	研究论文	研究BNT162b2 COVID-19疫苗接种后引发的CD16+CD8+ T细胞亚群的扩增及其自然杀伤细胞特征	揭示了BNT162b2 mRNA疫苗能诱导CD16+CD8+ T细胞的扩增，这些细胞具有自然杀伤细胞的功能特征，并能通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)对抗更广泛的疾病	研究样本量较小（30名健康个体），且未探讨这些细胞在长期免疫保护中的作用	表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群	30名接受BNT162b2 mRNA疫苗接种的健康个体的外周血T细胞	免疫学	COVID-19	多参数流式细胞术和单细胞转录组分析	NA	外周血样本	30名健康个体
409	2025-06-11	Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308 PMID:40383330	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，识别了乳腺癌中的癌症干细胞标记基因，并验证了其功能	通过单细胞RNA测序和实验验证，确定了驱动蛋白家族成员4A等基因在乳腺癌干细胞特性中的核心作用	研究主要基于特定数据集（GSE180286和TCGA乳腺癌数据集），可能不适用于所有乳腺癌亚型	识别乳腺癌中的癌症干细胞标记基因并验证其功能	乳腺癌干细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, WGCNA	NA	RNA测序数据	GSE180286数据集和TCGA乳腺癌数据集中的样本
410	2025-06-11	Integrative genome-wide association studies, proteome-wide Mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380 PMID:40409638	research paper	该研究通过整合全基因组关联研究、蛋白质组孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据，识别出白细胞介素-6受体蛋白作为主动脉瘤的治疗靶点	整合多种组学数据识别新的生物标志物和治疗靶点，特别是IL6R在主动脉瘤中的潜在作用	靶向IL6R的药物可能存在副作用，需要进一步考虑	识别主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点	主动脉瘤患者和对照组的遗传数据	基因组学和蛋白质组学	心血管疾病	GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序	NA	遗传数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	8125名主动脉瘤患者和381,977名对照
411	2025-06-11	Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.26.654588 PMID:40492191	research paper	本研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞（AMFs）的凋亡，揭示了其向导管肌成纤维细胞（DMFs）的转化过程	首次使用可诱导的BCL2过表达小鼠模型抑制AMFs凋亡，并发现其成熟为DMFs的现象	缺乏直接的实验证据证明AMFs在肺泡生成后的凋亡清除机制	探究肺间充质细胞的命运可塑性及其在病理生理过程中的作用	肺泡肌成纤维细胞（AMFs）和导管肌成纤维细胞（DMFs）	细胞生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	使用三种独立的Cre驱动小鼠模型
412	2025-06-11	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-05-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇癌中具有抗肿瘤活性的中性粒细胞亚群	发现微波热化疗（MTC）能促进具有抗肿瘤活性的MNDA TANs（N1表型）浸润，并揭示了这些TANs通过IL1B-IL1R激活T&NK细胞和成纤维细胞的机制	需要进一步验证MX2作为N1-TANs标记物在临床中的实用性	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制	唇鳞状细胞癌（LSCC）患者样本	数字病理学	唇癌	scRNA-seq, ST, 深度学习	深度学习	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像	NA
413	2025-06-11	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	本研究评估了TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果，通过观察性分析发现依那西普能改善临床指标并缓解自身免疫样表现	首次在老年COVID-19患者中评估依那西普的疗效，发现其对自身免疫样表现的治疗潜力，并通过单细胞测序揭示了治疗敏感细胞类型	样本量较小（7名治疗患者），且为观察性研究而非随机对照试验	评估依那西普对老年COVID-19患者的治疗效果	老年COVID-19患者	临床医学	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标数据、单细胞转录组数据	7名接受依那西普治疗的COVID-19患者和2名未感染个体
414	2025-06-11	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.650107 PMID:40492199	research paper	开发了一个基于AI的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist	利用大型语言模型（LLM）指导并增强scRNA-seq分析，提供参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比或用户评估结果	简化单细胞RNA测序数据分析流程，降低使用门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（包括Gemini、GPT、Llama3）	基因表达数据	未提及具体样本数量
415	2025-06-11	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，发现C3主要来源于牙周成纤维细胞，并证实C3a在结扎诱导的牙周炎中具有破坏性作用	首次明确牙周成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩大样本量	阐明补体C3在牙周炎中的来源、作用及分子机制	牙周炎小鼠模型和人类牙周炎患者的牙周组织	免疫学	牙周炎	单细胞测序	动物模型（小鼠）	基因表达数据	小鼠模型和人类患者牙周组织样本（具体数量未明确说明）
416	2025-06-11	Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00345-5 PMID:40246878	研究论文	本研究通过单细胞测序系统分析了Emdogain（EMD）在延迟再植牙周膜修复中的作用机制	首次在单细胞分辨率下揭示EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制，并发现Vtn+成纤维细胞在组织再生中的关键作用	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制	大鼠延迟再植牙模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞测序、Micro-CT、HE染色、TRAP染色、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、影像数据	大鼠延迟再植牙模型（具体数量未明确说明）
417	2025-06-11	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-12, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	research paper	该研究通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光标记的人类胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能前体细胞	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光标记的hESC报告细胞系，用于分离特定中脑多巴胺能前体细胞	未提及实验结果的验证或应用效果	开发更精确的帕金森病细胞替代治疗策略	人类胚胎干细胞(hESC)及其中脑多巴胺能前体细胞	干细胞研究	帕金森病	CRISPR/Cas9, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
418	2025-06-11	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	research paper	提出了一种名为多样本非负空间因子分解（mNSF）的无对齐框架，用于分析多样本空间转录组数据	扩展了单样本空间因子分解（NSF）至多样本数据集，结合样本特异性空间相关性建模并提取低维数据表示	在空间对齐可行的情况下，性能与基于对齐的方法相当，但在无法进行空间对齐的场景下表现更优	开发一种无需对齐的方法来分析多样本空间转录组数据	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
419	2025-06-11	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍了一种基于R的计算协议VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分区区域	开发了VisualZoneR技术，能够分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，识别从健康肝组织到内部转移区域的不同分区	NA	开发一种计算协议，用于分析空间转录组数据并识别分区区域	单细胞空间转录组数据	数字病理学	肝癌	Visium, Visium HD, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
420	2025-06-11	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了使用Seqtometry平台分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据的协议	提出了一种基于基因签名的高级评分方法，用于直接分析基因表达和可及性，实现了对特定细胞的直接识别和全面表征	未提及具体的技术限制或样本大小限制	开发并描述一种用于单细胞测序数据分析的协议，以促进生物学的直接解释	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA