单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-07-19	Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	研究论文	该研究通过跨表达元分析揭示了大脑样本中相邻细胞间基因表达的协调性	提出跨表达概念，避免基因列表筛选或细胞类型注释，整合多个数据集构建跨表达网络	研究主要基于小鼠大脑数据，人类大脑的适用性有待验证	探究相邻细胞间基因表达的协调机制及其在组织功能中的作用	695个小鼠大脑样本中的基因表达数据	空间转录组学	帕金森病	空间转录组学技术	NA	基因表达数据	约2500万个细胞，695个样本，8种技术
402	2025-07-19	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，人类癌症中的验证仍需进一步研究	探究肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠癌症模型和部分癌症患者的肿瘤样本
403	2025-07-19	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	研究论文	本研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理意义	揭示了TRPV4表达髓样细胞（包括LYVE1+巨噬细胞）与淋巴肌细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用介导的淋巴收缩失调新机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本仅来自乳腺癌相关淋巴水肿患者，样本多样性有限	阐明TRPV4通道在淋巴管功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理机制	小鼠收集淋巴管及周围组织、乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织	淋巴系统生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、Cre-loxP系统、共聚焦显微镜、离体淋巴管功能实验	Trpv4fx/fx转基因小鼠模型	单细胞转录组数据、显微图像、功能实验数据	小鼠模型及数量未明确说明，临床样本来自乳腺癌相关淋巴水肿患者（具体数量未说明）
404	2025-07-19	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨了急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成和转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为识别高风险患者的潜在工具	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	开发新的诊断工具以识别可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的ALAD患者	肺移植受者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	呼吸系统疾病研究	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PERMANOVA统计模型	转录组数据	20例（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
405	2025-07-19	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-Apr, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	研究论文	该研究结合了质谱流式细胞技术（CyTOF）和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）来分析支气管肺泡灌洗液（BAL）中的细胞群体和基因/蛋白表达	首次在同一BAL样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较两种平台在细胞亚群分析中的相关性	研究仅针对健康参与者的BAL样本，未涉及疾病状态	评估sc-RNA-seq和CyTOF在细胞群体和基因/蛋白表达分析中的互补性	健康参与者的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的BAL样本（具体数量未明确说明）
406	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	研究甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制在急性肾损伤（AKI）中的潜在保护作用	首次提出MTAP抑制作为一种新型的肾脏保护策略，并通过RNA测序揭示了其调控炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索MTAP抑制作为急性肾损伤治疗策略的潜力	急性肾损伤小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据	代谢调控	急性肾损伤	RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠AKI模型	RNA测序数据	小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据（具体数量未提及）
407	2025-07-19	Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin (SFN)在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生(SPEM)过程中的作用	首次揭示SFN通过调节EGFR/ERK信号通路促进主细胞转分化为SPEM	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序, 免疫组化	小鼠基因敲除模型	RNA测序数据, 组织学图像	基因工程小鼠模型
408	2025-07-19	Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1602234 PMID:40666074	综述	本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域（TADs）的生物信息学工具及其在人工智能视角下的应用	结合人工智能技术，尤其是深度神经网络，探索单细胞Hi-C数据中TAD结构的复杂模式	单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影、丢失事件以及细胞异质性带来的分析挑战	探讨单细胞水平TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用	单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域（TADs）	生物信息学	NA	单细胞Hi-C（scHi-C）	深度神经网络	单细胞Hi-C数据	涉及大量细胞的数据分析
409	2025-07-19	SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1606195 PMID:40666097	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞分类系统，并探索了其在肝细胞癌患者分层和个性化治疗中的应用	重新定义了肿瘤相关巨噬细胞的异质性，超越了传统的M1/M2范式，并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有临床相关因素，且需要进一步实验验证SPP1阻断策略的临床效果	探索肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的临床和治疗意义	肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	sc-RNA seq, bulk RNA-seq, multiple immunofluorescence	unsupervised clustering	RNA-seq data	大规模sc-RNA seq数据集
410	2025-07-19	Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184 PMID:40666516	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物	发现了ANLN、NT5E和CTSV三个新的预后生物标志物，并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用	样本量相对较小（74个单细胞RNA测序样本），且需要更多独立队列验证	识别胰腺癌的早期诊断标志物并改善对肿瘤-微环境相互作用的理解	胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、非负矩阵分解（NMF）、机器学习特征选择	NMF、pySCENIC、CellPhoneDB	RNA测序数据	74个单细胞RNA测序样本，TCGA批量RNA数据，两个独立验证队列
411	2025-07-19	Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193 PMID:40666524	研究论文	该研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析，探讨了干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌潜在生物标志物的作用及其细胞机制	首次整合转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了JUN、NFKB1和SP1作为乳腺癌潜在生物标志物的作用，并强调了间充质细胞在肿瘤生物学中的关键角色	样本量较小（8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织），可能影响结果的普遍性	探索干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物的潜力及其作用机制	乳腺癌肿瘤样本和匹配的癌旁组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	LASSO算法	RNA测序数据	8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织
412	2025-07-19	Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review 2025, Mediastinum (Hong Kong, China) DOI:10.21037/med-25-12 PMID:40666538	综述	本文回顾了早期发病型重症肌无力(EOMG)中胸腺病理学的当前知识，探讨了导致胸腺增生的免疫学和环境因素，并指出了未来研究的方向	强调了新兴技术如单细胞和空间转录组学以及胸腺类器官模型在研究胸腺滤泡增生(TFH)机制中的新应用	未具体说明文献检索的时间范围和纳入研究的数量限制	探讨胸腺病理学在早期发病型重症肌无力(EOMG)中的作用及其机制	早期发病型重症肌无力(EOMG)患者的胸腺病理变化	医学研究	重症肌无力	单细胞转录组学, 空间转录组学, 胸腺类器官模型	NA	文献数据	NA
413	2025-07-19	FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032 PMID:40677242	research paper	介绍FlyPhoneDB2，一个用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中细胞间通讯的计算框架，整合了AlphaFold-multimer预测	FlyPhoneDB2显著扩展了知识库，包括更多的配体-受体对，整合了哺乳动物物种的注释和AlphaFold-Multimer的结构预测，并优化了算法性能和噪声过滤	之前的FlyPhoneDB工具由于可用的配体-受体对数量较少而受到限制	开发一个计算框架，用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯	果蝇单细胞RNA测序数据	computational biology	NA	single-cell RNA-sequencing, AlphaFold-Multimer	NA	RNA-seq data	whole-body single-nuclei RNA-seq datasets from flies with gut tumors induced by the Yorkie oncogene
414	2025-07-19	Medulloblastoma: biology and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930 PMID:40677711	综述	本文讨论了髓母细胞瘤的生物学特性及免疫治疗的最新进展	总结了髓母细胞瘤的分子特征和免疫微环境，探讨了新旧免疫治疗方法的潜在应用	未提及具体临床试验数据或治疗效果的具体数据	探讨髓母细胞瘤的生物学特性和免疫治疗的潜在应用	髓母细胞瘤及其免疫微环境	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	分子生物学数据	NA
415	2025-07-19	Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1592044 PMID:40678065	研究论文	利用空间转录组学和AI算法研究4NQO诱导的舌癌的细胞谱系多样性和进化轨迹	首次结合AI算法和空间转录组学技术，详细描述了4NQO诱导的舌癌的空间和时间进化过程，揭示了肿瘤异质性和关键开关基因	研究仅针对化学诱导的舌癌模型，结果可能不完全适用于自然发生的舌癌	阐明舌癌在化学诱导下的细胞行为、肿瘤进化和异质性	4NQO诱导的舌癌模型	数字病理学	舌癌	空间转录组测序	AI分类器	空间转录组数据	未明确说明样本数量
416	2025-07-19	FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1595523 PMID:40678072	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的FN1通过整合素-PI3K/AKT信号通路促进胰腺导管腺癌（PDAC）转移的分子机制	首次发现FN1在转移性CAF亚群中高表达，并通过整合素-PI3K/AKT轴直接驱动PDAC转移，同时间接促进免疫抑制微环境形成	研究主要基于体外实验和临床数据分析，缺乏体内动物模型验证	阐明CAFs在PDAC转移中的分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	胰腺癌	转录组测序（GSE183795）、单细胞测序（GSE156405）、Transwell迁移实验、Western blotting、qRT-PCR	体外共培养模型	转录组数据、单细胞数据、临床数据	未明确说明具体样本量，但整合了公共数据库GSE183795和GSE156405的数据
417	2025-07-19	Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5132158 PMID:40678620	research paper	本研究探讨了凉血解毒方（CBDF）通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力，强调了其抗炎特性及与RHCG的相互作用	结合网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，识别了CBDF中的关键活性成分（槲皮素和山奈酚）及其对炎症通路的影响	需要进一步的临床验证和机制研究	探索凉血解毒方（CBDF）治疗银屑病的潜在机制及效果	银屑病模型及凉血解毒方（CBDF）的活性成分	分子药理学	银屑病	网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、分子对接	NA	基因表达数据、分子对接数据	NA
418	2025-07-19	Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627758 PMID:39713449	research paper	该研究通过实验和计算多尺度方法，揭示了出生后主动脉扩张的生物学原理及其与脊柱而非体重的比例关系	发现主动脉扩张通过两波独特的动脉细胞增殖波进行，这些波在空间上是随机的但在时间上是协调的，并且揭示了内皮细胞挤出对稳态主动脉生长的重要性	研究主要关注主动脉生长，可能不适用于其他血管或组织的生长机制	探索出生后血管生长和比例控制的生物学原理	主动脉及其细胞增殖动态	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	NA
419	2025-07-19	Single-cell RNA sequencing reveals vascularization-associated cell subpopulations in dental pulp: PDGFRβ+ DPSCs with activated PI3K/AKT pathway 2024-10-09, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae051 PMID:39167061	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了牙髓中与血管化相关的细胞亚群PDGFRβ+ DPSCs，并探讨了其在牙髓再生治疗中的潜力	发现了一个新的牙髓干细胞亚群PDGFRβ+ DPSCs，证实其具有显著的促血管生成能力，并揭示了PDGFR/PI3K/AKT信号通路的关键作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	解决牙髓再生治疗中的干细胞异质性挑战	牙髓干细胞(DPSCs)，特别是PDGFRβ+ DPSCs亚群	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术，转录组测序	基因编辑小鼠模型	单细胞测序数据，转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了人牙髓干细胞和小鼠模型
420	2025-07-19	Unveiling impaired vascular function and cellular heterogeneity in diabetic donor-derived vascular organoids 2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae043 PMID:39049437	research paper	该研究通过糖尿病供体来源的血管类器官（VOs）揭示了糖尿病血管功能障碍和细胞异质性	首次在糖尿病供体来源的VOs中发现血管功能受损、ROS水平升高及特定内皮细胞亚群的存在	VOs是否能完全模拟人类血管疾病及细胞组成尚不明确，可能需要额外的器官特异性分化因子诱导	探究糖尿病供体来源VOs的血管功能异常及细胞异质性	糖尿病和非糖尿病供体来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成的血管类器官	digital pathology	diabetes	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和非糖尿病供体来源的VOs样本