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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-01-16 |
Analysis of intracellular and intercellular crosstalk from omics data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334981
PMID:41124151
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研究论文 | 本文提出了一种名为“Ulisse”的分析方法,用于评估组学数据中细胞内和细胞间分子相互作用的改变 | 开发了Ulisse方法,补充了现有富集分析、通路串扰分析和细胞间通讯分析方法的不足,特别关注控制过程或细胞间相互作用的组分改变,并采用两种不同的零模型支持串扰量化 | 仅以三阴性乳腺癌单细胞RNA测序数据作为概念验证,未在其他疾病或数据类型中广泛验证 | 评估组学数据中细胞内和细胞间分子相互作用的可能改变 | 基因列表(通常来自组学或多组学研究) | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 网络分析、零模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 402 | 2026-01-16 |
Computational methods for allele-specific expression in single cells
2024-11, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.07.003
PMID:39127549
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综述 | 本文综述了单细胞等位基因特异性表达(ASE)数据的计算处理方法,包括从原始读取到统计分析的完整流程 | 系统总结了单细胞ASE分析的计算方法,并强调了集成优化生物信息学流程和统计方法进一步发展的需求 | 作为综述文章,未提出新的实验数据或算法,主要基于现有文献进行归纳 | 综述单细胞等位基因特异性表达的计算分析方法及其在生物学问题中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 403 | 2026-01-16 |
Unveiling contact-mediated cellular crosstalk
2024-10, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010
PMID:38906738
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综述 | 本文探讨了细胞间相互作用在复杂生物功能中的作用,并综述了单细胞测序、空间转录组学等前沿技术如何革新我们对细胞间通讯的理解 | 整合了单细胞测序、空间转录组学与生物工程工具,提供了分析细胞接触介导基因表达变化的新视角 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据或方法验证 | 解析细胞间接触如何调控细胞反应网络 | 多细胞生物中的细胞间相互作用 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 404 | 2026-01-16 |
APOE ε4-associated downregulation of the IL-7/IL-7R pathway in effector memory T cells: Implications for Alzheimer's disease
2024-09, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14173
PMID:39129310
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研究论文 | 本研究探讨了APOE ε4等位基因通过下调IL-7/IL-7R通路影响效应记忆T细胞,从而加剧阿尔茨海默病中海马萎缩的机制 | 首次揭示了APOE ε4等位基因与IL-7/IL-7R通路下调在效应记忆T细胞中的关联,并建立了血浆IL-7水平与海马萎缩程度的负相关关系 | 样本量较小(仅54名患者),且为横断面研究,无法确定因果关系 | 探究APOE ε4等位基因影响外周炎症和神经炎症的潜在机制 | 晚发性阿尔茨海默病患者(包括APOE ε4携带者和非携带者) | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | 54名患者(28名APOE ε4携带者,26名非携带者) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 405 | 2026-01-16 |
Discovering mechanisms of human genetic variation and controlling cell states at scale
2024-07, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.03.010
PMID:38658256
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评论 | 本文探讨了单细胞测序在揭示人类遗传变异机制和控制细胞状态方面的潜力 | 提出将单细胞测序用于大规模构建变异效应表型图谱,并将遗传变异解释方法应用于工程化治疗性细胞状态 | NA | 加速人类遗传变异机制发现并推动基因组医学发展 | 人类遗传变异和细胞状态 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 406 | 2026-01-16 |
Single-cell phylotranscriptomics of developmental and cell type evolution
2024-06, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.02.005
PMID:38490933
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综述 | 本文总结了单细胞系统转录组学在揭示发育和细胞类型进化分子机制中的应用 | 利用单细胞系统转录组学分析,揭示了发育过程中谱系和细胞类型间转录组年龄的异质性,并识别了驱动整体生物钟形模式的谱系和组织 | NA | 探讨单细胞系统转录组学在理解发育进化模式和细胞类型进化史中的作用 | 发育过程中的谱系、细胞类型和组织 | 计算生物学 | NA | 单细胞系统转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2026-01-16 |
The Transpeptidase Sortase A Binds Nucleic Acids and Mediates Mammalian Cell Labeling
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305605
PMID:38581131
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研究论文 | 本文发现金黄色葡萄球菌的转肽酶Sortase A能与核酸结合,并基于此开发了CellID技术用于单细胞RNA测序中的样本多重标记 | 首次揭示了Sortase A与核酸的未知相互作用,并利用这一特性开发了新的细胞标记技术CellID | 未详细探讨Sortase A与核酸结合的具体分子机制,且技术应用潜力尚未完全验证 | 探索Sortase A的非经典功能及其在生物技术中的应用 | 金黄色葡萄球菌Sortase A蛋白、哺乳动物细胞、核酸寡核苷酸 | 生物技术 | NA | CRISPR筛选、scRNA-seq | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 408 | 2026-01-16 |
Selective loss of resident macrophage-derived insulin-like growth factor-1 abolishes adaptive cardiac growth to stress
2021-09-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.07.006
PMID:34363749
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研究论文 | 本文揭示了心脏驻留巨噬细胞通过产生胰岛素样生长因子-1在高血压应激下促进心肌细胞适应性生长和心脏功能维持的关键作用 | 首次明确了心脏驻留巨噬细胞来源的IGF-1在高血压诱导的心脏适应性生长中的绝对必要性,并识别了人类心肌病中保守的IGF-1表达巨噬细胞亚群 | 研究主要基于动物模型,人类数据仅通过单细胞转录组学识别相关巨噬细胞亚群,未进行功能验证 | 探究免疫细胞在高血压应激下心脏适应性生长中的作用机制 | 心脏驻留巨噬细胞和心肌细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 409 | 2026-01-15 |
Multi-platform analysis of the tumor immune microenvironment associated with breast cancer subtypes
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2610535
PMID:41530924
|
研究论文 | 本研究通过多平台分析探讨了乳腺癌PAM50亚型中肿瘤免疫微环境的差异 | 结合多重免疫组化、单细胞RNA测序和两种反卷积算法,全面解析乳腺癌亚型特异的免疫景观 | 未提及样本量限制或技术方法的潜在偏差 | 探索乳腺癌分子亚型与肿瘤免疫微环境之间的关联 | 乳腺癌肿瘤组织及其免疫细胞浸润 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多重免疫组化、单细胞RNA测序、反卷积算法 | NA | 图像、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 410 | 2026-01-15 |
Single-cell and spatial profiling highlights TB-induced myofibroblasts as drivers of lung pathology
2026-03-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20251067
PMID:41489684
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了结核病诱导的肌成纤维细胞作为肺病理驱动因素的关键作用 | 首次在结核病研究中结合单细胞RNA测序和空间转录组学,识别出MMP1+CXCL5+成纤维细胞亚群作为疾病严重程度和细菌负荷的关联因素,并揭示了其与SPP1+巨噬细胞的相互作用网络 | 研究样本量有限,且部分发现依赖于非人灵长类动物模型,需进一步在更大规模人类队列中验证 | 探究结核病肺免疫病理的细胞驱动因素 | 结核病感染者和未感染者的肺组织 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 来自结核病感染者和未感染者的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 411 | 2026-01-15 |
Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveal Novel Inflammatory Macrophage Subtypes and Biomarkers in Periodontitis
2026-Feb, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103983
PMID:41172679
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析,揭示了牙周炎中新型炎症巨噬细胞亚型及其生物标志物 | 识别了牙周炎相关的新型巨噬细胞亚群,并利用机器学习构建了具有诊断潜力的基因特征 | 研究样本可能有限,体外验证仅基于THP-1来源的巨噬细胞,未涵盖所有临床亚型 | 探索牙周炎中巨噬细胞的异质性、分子特征及其临床诊断与预后意义 | 牙周炎患者和健康对照者的牙龈组织 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 牙周炎患者和健康对照者的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 412 | 2026-01-15 |
Dissecting Heterogeneity Reveals Functional Subpopulation of Stem Cells From Human Exfoliated Deciduous Teeth
2026-Feb, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.104014
PMID:41202532
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术鉴定了人脱落乳牙干细胞的功能亚群,并验证了BAMBI+亚群在血管生成和软骨形成方面的优越能力 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统解析人脱落乳牙干细胞的异质性,并成功鉴定出具有高增殖、软骨生成和血管生成能力的BAMBI+功能亚群 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内功能验证;样本来源相对单一 | 鉴定人脱落乳牙干细胞的功能亚群表面标志物,为干细胞精准应用提供理论基础 | 人脱落乳牙干细胞(SHEDs) | 单细胞组学 | 口腔颌面部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、Western blot、组织化学染色 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 413 | 2026-01-15 |
Mendelian Randomization and ScTranscriptomics Reveal a Lipid Low Malignant Cells Driving Immunosuppression and Matrix Remodeling in Oral squamous cell carcinoma
2026-Feb, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.104009
PMID:41237591
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序,揭示了口腔鳞状细胞癌中脂质代谢低表达的恶性细胞亚群与不良预后及免疫抑制、基质重塑的关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞转录组学,识别出与甘油磷脂代谢低相关的Lipid_Low恶性细胞亚群,并关联其与OSCC患者不良预后、迁移能力、增殖活性及免疫逃逸特性 | NA | 探究口腔鳞状细胞癌中脂质代谢与预后风险的关联 | 口腔鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2026-01-15 |
Single-cell transcriptional mapping of Mustn1 exhibits consistent mural cell localization across musculoskeletal tissues
2026-Feb, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf193
PMID:41522665
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,揭示了Mustn1基因在骨骼肌肉组织中与Acta2共表达于壁细胞,并探讨了其在发育和修复中的作用 | 首次通过单细胞转录组学方法系统性地展示了Mustn1在多种骨骼肌肉组织中的壁细胞共定位,并关联到未表征的Sox9谱系细胞群 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集,可能受限于数据质量和样本来源的异质性,且未进行实验验证 | 探索Mustn1基因在骨骼肌肉组织中的表达模式和细胞定位,以理解其在发育和修复过程中的功能 | 骨骼、滑膜、肌肉和肌腱组织中的细胞,特别是壁细胞和Sox9谱系细胞 | 数字病理学 | 骨骼肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 415 | 2026-01-15 |
T-cell exhaustion indicator characterizes the tumor microenvironment landscape and predicts colon adenocarcinoma prognosis via integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-sequencing
2026-Jan-14, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15535-5
PMID:41530714
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA测序数据,开发了一个基于T细胞耗竭相关基因的预后模型,用于预测结肠腺癌患者的生存和治疗反应,并验证了FAT4基因的功能作用 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据,构建了一个基于T细胞耗竭相关基因的预后特征,并揭示了FAT4在结肠腺癌中的调控作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证 | 阐明T细胞耗竭与结肠腺癌预后的关系,并开发预后预测模型 | 结肠腺癌患者 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR | GSVA, Cox回归, LASSO, 随机森林 | 转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库(GSE103479, GSE17536)的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 416 | 2026-01-15 |
Developmental single-cell atlas of coronary growth and cardiomyocyte interaction in zebrafish
2026-Jan-14, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205065
PMID:41531417
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研究论文 | 本研究结合高分辨率成像和单细胞RNA测序技术,首次系统描绘了斑马鱼冠状动脉发育的细胞和分子图谱,揭示了冠状动脉作为血管支架引导心肌细胞生长的机制 | 首次在斑马鱼中构建了冠状动脉发育的单细胞图谱,定义了四个不同的冠状动脉网络发育阶段,并揭示了Vegfa信号调控冠状动脉-心肌细胞相互作用的机制 | 研究仅限于斑马鱼模型,哺乳动物冠状动脉发育可能存在物种特异性差异 | 解析冠状动脉发育过程中细胞类型协调和分子调控机制 | 斑马鱼心脏发育过程中的冠状动脉和心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、高分辨率成像、遗传操作(功能获得和功能缺失) | NA | 单细胞转录组数据、成像数据 | 37,554个心室细胞,覆盖7-30毫米体长范围的发育阶段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 417 | 2026-01-15 |
Circulating CD34+ Fibroblast Progenitors Engaged in Heart Fibrosis of Allograft
2026-Jan-14, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326558
PMID:41532318
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和遗传细胞谱系追踪技术,揭示了循环CD34+细胞作为心脏同种异体移植纤维化中成纤维细胞前体的新来源 | 首次识别循环CD34+细胞作为成纤维细胞前体参与心脏移植后纤维化,并揭示了CXCL12-ACKR3和MIF-ACKR3相互作用以及TGFβ/GFPT2/SMAD2/4轴在其中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,需要进一步在更大规模的人类队列中验证 | 探索心脏同种异体移植纤维化的细胞来源和机制 | 人类心脏移植样本和小鼠移植模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, Western印迹, 定量PCR, 免疫组织化学, 三维重建全组织染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 人类心脏移植样本和小鼠模型(包括C57BL/6J, Cd34-CreERT2; R26-tdTomato, mRFP, Rosa26-iDTR, Postn-CreERT2; R26-tdTomato, 双tdTomato和免疫缺陷小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2026-01-15 |
Microglial dynamics and ferroptosis induction in human iPSC-derived neuron-astrocyte-microglia tri-cultures
2026-Jan-14, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.70182
PMID:41532473
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研究论文 | 本研究利用人iPSC衍生的神经元-星形胶质细胞-小胶质细胞三培养系统,探究了小胶质细胞动态、铁死亡诱导及其在阿尔茨海默病中的病理作用 | 首次在人类iPSC衍生的三培养模型中系统研究小胶质细胞动态和铁死亡,揭示了神经元和星形胶质细胞对小胶质细胞基因表达和功能的深刻影响 | 研究基于体外三培养模型,可能无法完全模拟体内复杂的神经微环境 | 探究神经元-胶质细胞相互作用及小胶质细胞在阿尔茨海默病病理机制中的作用 | 人诱导多能干细胞(iPSC)衍生的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 三培养模型(神经元-星形胶质细胞-小胶质细胞) | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及单培养、共培养和三培养多种设置 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 419 | 2026-01-15 |
Circulating Tumor Cells Predict Response to the DLL3-targeting Bispecific Antibody Tarlatamab
2026-Jan-14, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1483
PMID:41532856
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小细胞肺癌活检样本,并利用循环肿瘤细胞(CTCs)的DLL3表达水平预测患者对tarlatamab双特异性抗体的临床反应 | 首次将循环肿瘤细胞(CTCs)的DLL3表达作为生物标志物,用于预测小细胞肺癌患者对DLL3靶向双特异性抗体tarlatamab的治疗反应,并展示了其在监测获得性耐药机制中的应用 | 研究样本量较小(仅20名患者的前瞻性队列),且未涉及其他癌症类型或更大规模的验证 | 开发预测小细胞肺癌患者对tarlatamab治疗反应的生物标志物,并探索获得性耐药机制 | 小细胞肺癌患者及其循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 20名患者的前瞻性队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 420 | 2026-01-15 |
Machine learning and multi-omics integration identifies immunological predictors and mechanistic insights in autoimmune encephalitis
2026-Jan-14, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02180-8
PMID:41533076
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研究论文 | 本研究利用免疫指标和机器学习算法开发了自身免疫性脑炎的预后预测模型,并通过多组学方法探讨了核磷蛋白1在疾病发病机制中的潜在作用 | 首次整合了临床免疫指标、多种机器学习算法、SHAP可解释性分析、单细胞RNA测序、空间转录组学和表型全基因组关联研究,构建了可解释的预后预测模型并提出了新的潜在治疗靶点 | PAIA治疗的证据仅来自单个患者,NPM1作为治疗靶点的安全性仍需进一步验证,PheWAS仅为初步安全性评估 | 开发自身免疫性脑炎的预后预测模型并探索疾病发病机制 | 抗体阳性自身免疫性脑炎患者及实验性自身免疫性脑脊髓炎模型 | 机器学习 | 自身免疫性脑炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 表型全基因组关联研究 | RF, XGBoost, LGBM | 临床免疫指标数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 未明确患者数量,包含独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |