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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-05-16 |
S100A12 as a key biomarker in a neutrophil-associated gene prediction model for sepsis diagnosis
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046140
PMID:41305822
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和机器学习框架构建败血症诊断模型,并识别S100A12为关键生物标志物 | 通过113种机器学习框架结合SHAP分析,从单细胞数据中筛选出4个中性粒细胞相关基因构建最优诊断模型,并首次强调S100A12作为关键驱动基因和潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性,可能包括样本来源单一、缺乏多中心验证或模型泛化性待评估 | 开发败血症诊断模型并识别关键驱动生物标志物 | 败血症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 败血症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林(RF)模型 | 单细胞基因表达数据 | 来自GEO数据库的公开数据,具体规模未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 402 | 2026-05-16 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
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研究论文 | 脑肿瘤(胶质母细胞瘤)会导致颅骨异常和颅骨骨髓免疫景观改变 | 首次揭示胶质母细胞瘤对颅骨和颅骨骨髓免疫环境的影响,并发现抑制骨吸收会促进肿瘤进展并削弱免疫治疗效果 | 未在文中明确提及 | 探究脑肿瘤(胶质母细胞瘤)对颅骨和颅骨骨髓免疫景观的影响 | 小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型和胶质母细胞瘤患者(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 403 | 2026-05-16 |
Redox Regulation of Microvascular Physiology and Pathophysiology: Insights into Therapeutic Strategies and Limitations
2025-10, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1177/15230864251372607
PMID:41020442
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综述 | 探讨氧化还原调控在微血管生理和病理中的作用,以及相关治疗策略和局限性 | 强调微血管与大血管对氧化还原反应的差异,提出基于单细胞RNA测序的血管床特异性基因特征,呼吁开发靶向微血管的氧化还原治疗药物 | 技术挑战限制了可靠关联活性氧/活性氮水平与微血管结果;缺乏有效的靶向治疗药物 | 综述氧化还原机制在微血管功能与功能障碍中的研究现状,指出未来研究方向 | 微血管中的活性氧和活性氮物种及其调控机制 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病、自身免疫性疾病、感染性疾病、血红蛋白病、炎症性疾病、血管炎、代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2025-10-05 |
Plasma proteome correlations with liver stiffness in pediatric cholestasis implicate epithelial to mesenchymal transition
2025-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000796
PMID:41021277
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研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学分析探索儿童胆汁淤积性肝病中肝脏硬度与蛋白质表达的相关性 | 首次在多种儿童胆汁淤积性疾病中系统分析血浆蛋白质组与肝脏硬度的疾病特异性相关性,并发现上皮间质转化通路在所有三种疾病中均显著富集 | 研究为横断面分析,无法确定因果关系;样本量相对有限 | 探究儿童胆汁淤积性肝病中血浆蛋白质组与肝脏硬度的相关性及其生物学意义 | 187名儿童(93例胆道闭锁、31例α-1抗胰蛋白酶缺乏症、46例Alagille综合征患者及17名健康对照) | 蛋白质组学 | 肝胆疾病 | 慢解离速率修饰适体扫描分析、振动控制弹性成像、单细胞转录组学、机器学习 | 弹性网络模型 | 蛋白质组数据、临床参数、转录组数据 | 187名儿童(93例BA、31例A1AT、46例ALGS、17名健康对照) | NA | 血浆蛋白质组分析、单细胞转录组学 | NA | 慢解离速率修饰适体扫描分析技术检测7000多种血浆蛋白质 |
| 405 | 2026-05-16 |
Role of Hydrogen Sulfide Regulation of Programmed Cell Death: Implications for Cardiovascular Diseases
2025-10, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1177/15230864251386449
PMID:41137369
|
综述 | 总结硫化氢在心血管疾病中对程序性细胞死亡调控的作用及其机制 | 系统综述硫化氢在不同程序性细胞死亡模式(如NETosis、凋亡、坏死性凋亡、焦亡、铁死亡和铜死亡)中的调控作用,并探讨其在多种心血管疾病中的差异影响 | 硫化氢对不同细胞类型中程序性细胞死亡模式的差异性作用机制尚需进一步证据支持,且其在疾病条件下是否充当不同程序性细胞死亡通路之间的开关仍需确定 | 阐明硫化氢在心血管疾病中调控程序性细胞死亡的分子机制,以理解其病理生理作用 | 硫化氢及程序性细胞死亡相关信号通路在心血管疾病(如糖尿病心肌病、心肌肥厚与纤维化、高血压、心力衰竭、动脉粥样硬化和心肌缺血/再灌注损伤)患者中的作用 | 生物信息学 | 心血管疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 406 | 2026-05-16 |
Crosstalk between the microbiota and intestinal dendritic cells in IBD
2025-Sep-30, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-025-01062-9
PMID:41028655
|
综述 | 总结肠道中传统树突状细胞的功能、其在炎症性肠病中的作用以及微生物群对树突状细胞生物学的影响 | 结合单细胞测序技术的新进展,探讨了微生物群如何影响树突状细胞在炎症性肠病中的功能,并提出了研究树突状细胞- T细胞体内通讯的新方法 | 树突状细胞数量有限及其与其他骨髓细胞表型重叠的特性限制了研究;树突状细胞在炎症性肠病中的确切作用仍不明确 | 综述肠道传统树突状细胞的功能及其在炎症性肠病中的作用,并探讨微生物群对树突状细胞功能的影响 | 肠道传统树突状细胞、微生物群 | 机器学 | 炎症性肠病 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 407 | 2026-05-16 |
Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection
2025-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082
PMID:40639496
|
研究论文 | 采用RNA-seq和单细胞测序技术探究慢性HIV感染者外周血单个核细胞的全局转录组特征及其免疫代谢差异 | 首次系统比较不同HIV感染状态组(免疫应答者、免疫无应答者、典型进展者和精英控制者)的免疫代谢谱差异,并发现在CD8+ T细胞亚群中存在的代谢通路变异 | 样本量较小(仅18例),且未对代谢通路差异进行深入的功能验证 | 探索不同HIV感染群体中是否存在独特的免疫代谢特征 | HIV感染者的外周血单个核细胞(PBMCs) | 数字病理学 | 艾滋病 | RNA-seq,单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 18例,包括4例免疫应答者、5例免疫无应答者、5例典型进展者和4例精英控制者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2026-05-16 |
Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway
2025-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087
PMID:40683573
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序和生物信息学方法,探究曲妥珠单抗诱导心肌细胞萎缩及心脏毒性的潜在机制 | 发现免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质激活心肌细胞中PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路,导致过度自噬和心肌萎缩 | NA | 揭示曲妥珠单抗诱导心脏毒性的潜在靶点和信号通路 | HER-2阳性乳腺癌患者来源的心肌细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌、心血管疾病 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、RT-PCR、Western blot、透射电镜、免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 409 | 2026-05-16 |
The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer
2025-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098
PMID:40812519
|
研究论文 | 对APOBEC突变在胰腺癌进展和治疗指导中的作用进行全面分析 | 首次全面分析APOBEC突变在胰腺癌中的分布特征、微环境变化及临床意义,并开发基于APOBEC突变的机器学习模型预测预后,发现伊立替康作为APOBEC突变特征抑制剂的有效性 | 未能详细说明数据集的来源和样本量,以及机器学习模型的具体构建细节和验证队列信息 | 探究APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征和临床相关性,以及其作为预后和免疫治疗标志物的潜力 | 胰腺腺癌患者的数据,包括全外显子组测序、靶向二代测序、转录组分析、免疫图谱、免疫检查点阻断反应、患者生存和药物敏感性数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 全外显子组测序, 靶向二代测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因组数据, 转录组数据, 免疫数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 410 | 2026-05-16 |
Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis
2025-Aug, Lymphatic research and biology
IF:1.6Q4
DOI:10.1089/lrb.2024.0080
PMID:40279249
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、流式细胞术和嘌呤霉素掺入法,表征了小鼠皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的转录和翻译反应,发现其翻译活性增强与免疫激活相关 | 首次在皮肤利什曼病模型中综合表征淋巴管内皮细胞的转录和翻译活性,揭示其翻译活性在病变中显著高于其他细胞类型,并验证其作为抗原递呈细胞的功能 | NA | 研究皮肤利什曼病小鼠模型中淋巴管内皮细胞的转录和翻译反应,探究其在病变中的激活状态和免疫调节作用 | 小鼠皮肤利什曼病模型中的淋巴管内皮细胞 | 数字病理学 | 传染病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 嘌呤霉素掺入法 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 411 | 2026-05-16 |
Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-08, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0808
PMID:40643435
|
研究论文 | 探究HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路在非小细胞肺癌放疗抵抗中的作用机制,重点分析其通过调控自噬依赖性铁死亡影响肿瘤细胞存活 | 首次揭示HNRNPA2B1/HDGF/PTN通路通过调控自噬依赖性铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的新机制 | 主要基于体外细胞系和动物模型,缺乏临床样本验证;具体分子间相互作用细节尚需进一步阐明 | 阐明HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路在非小细胞肺癌放疗抵抗中的分子机制,寻找克服放疗抵抗的新治疗靶点 | 非小细胞肺癌放疗抵抗细胞系和小鼠肿瘤模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 流式细胞术, 生化染色, 逆转录定量聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 甲基化RNA免疫沉淀定量PCR | NA | 单细胞基因表达数据, 图像, 生物化学数据 | 放疗抵抗肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型(具体样本量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 412 | 2026-05-16 |
Resolvin D1-mediated cellular crosstalk protects against MASH
2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101454
PMID:40671835
|
研究论文 | 本研究探讨了Resolvin D1介导的细胞间对话对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的保护作用及机制 | 首次揭示了RvD1通过缓解内质网应激减少肝细胞死亡和DAMP产生,进而抑制Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞激活的新型细胞间对话机制 | 文章未明确提及局限性 | 确定RvD1介导的细胞间对话在MASH中的作用和机制 | 小鼠和人类的肝脏细胞,包括肝细胞、Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞 | NA | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 共培养实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠n=5-6, 人类n=9-10 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 413 | 2026-05-16 |
spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model
2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.649977
PMID:40631230
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研究论文 | 介绍了一种名为spRefine的参考免费框架,利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和插补 | 首次将基因组语言模型应用于空间转录组数据的去噪和插补,无需参考数据,并且能通过预训练发现新的生物学信号 | NA | 开发一个参考免费的深度学习框架,用于空间转录组数据的去噪和插补,以提高数据质量和下游分析效果 | 空间转录组数据,包括不同规模的数据集 | 机器学习 | NA | 基因组语言模型 | 深度学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 414 | 2026-05-16 |
Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model
2025-07-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02063-3
PMID:40615895
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研究论文 | 本研究通过条件性失活Pdgfra基因导致前脑髓鞘形成不足,探究脑巨噬细胞与软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成障碍模型中的促炎作用 | 首次揭示脑膜边界相关巨噬细胞(BAMs)和软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成障碍模型中通过细胞间相互作用促进慢性炎症和组织损伤 | 未提及具体限制 | 阐明脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成不足所致进行性神经功能障碍中的机制 | 新生小鼠大脑皮层,特别是脑膜边界相关巨噬细胞、小胶质细胞和软脑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新生小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 415 | 2026-05-16 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2025-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09002-1
PMID:40369080
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研究论文 | 本研究通过基因编辑小鼠、人类及黑猩猩神经祖细胞和皮层类器官模型,证明人类特有的HARE5增强子通过调节WNT信号通路,精细调控放射状胶质细胞增殖能力,从而影响皮层发育和连通性 | 首次揭示人类加速区HARE5增强子中4个人类特异性变异通过扩增经典WNT信号,驱动神经祖细胞增殖并增加皮层兴奋性神经元数量,为理解人类皮层扩张的分子机制提供新视角 | 未明确说明,但可能包括小鼠模型与人类发育的差异、类器官模型的局限性以及仅聚焦单一增强子的窄聚焦 | 探究人类加速区HARE5增强子在皮层发育中的物种特异性功能及其对神经祖细胞增殖和皮层扩张的调控机制 | 人类、小鼠和黑猩猩的神经祖细胞及皮层类器官 | 神经发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因编辑、活体成像、谱系分析 | 基因敲入小鼠模型、人类和黑猩猩皮层类器官模型 | 单细胞转录组数据、活体成像数据、组织学数据 | 包括基因编辑小鼠、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官,具体样本量未详细说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 416 | 2026-05-16 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
|
研究论文 | 提出从胚胎尺度单细胞测序实验中推断遗传需求的统计框架 | 开发了Hooke和Platt两种软件工具,利用单细胞数据集中的统计模式来表征实验干预的直接分子和细胞后果 | NA | 建立统计框架以识别直接受遗传、化学或环境扰动影响的基因和细胞类型 | 斑马鱼胚胎的单细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 数千个扰动斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 417 | 2026-05-16 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
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研究论文 | 整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学,揭示胰腺导管腺癌起始过程中祖细胞样细胞协调的微环境如何汇聚致癌和抑癌力量,塑造早期肿瘤发生 | 首次通过多组学整合方法识别出祖细胞样群体作为致癌突变、可塑性和组织重塑的汇聚点,并揭示KRAS抑制与p53抑制对肿瘤起始微环境的相反调控作用 | 主要基于小鼠模型,其结果在人类胰腺导管腺癌中的直接适用性需进一步验证;研究聚焦于肿瘤起始阶段,对后续恶性进展的机制阐述有限 | 阐明良性向恶性转化过程中分子、细胞和组织水平事件如何促进或抑制恶性肿瘤形成的机制 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的Kras突变细胞、祖细胞样细胞及肿瘤微环境 | 机器学期 | 胰腺导管腺癌 | 谱系追踪, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 谱系追踪数据 | 涉及多时间点、多基因型的小鼠胰腺组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium (用于单细胞测序), 10x Visium (用于空间转录组学) | 利用10x Chromium进行单细胞RNA测序分析,并使用10x Visium进行空间转录组分析 |
| 418 | 2026-05-16 |
Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01507-x
PMID:39826027
|
研究论文 | 探究基质刚度如何影响人肺成纤维细胞中阿霉素诱导的衰老相关分泌表型和转录组特征 | 首次揭示了机械张力(通过底物刚度模拟)对衰老相关分泌表型和转录组特征的影响,特别是在高刚度条件下发现独特的胶原蛋白富集特征 | 研究主要基于体外细胞培养模型,体内验证仅限于小鼠模型和公共数据集分析,缺乏更直接的临床样本验证 | 研究机械环境对细胞衰老和衰老相关分泌表型的影响 | 人原代肺成纤维细胞(IMR-90细胞) | 机器学习 | 肺纤维化 | 质谱分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 不同刚度底物上培养的IMR-90细胞样本;博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型组织样本;人间质性肺疾病的单细胞RNA测序公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 419 | 2026-05-16 |
A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01556-2
PMID:39934558
|
研究论文 | 结合小鼠年轻和年老卵巢的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,构建了卵巢老化的多组学单细胞图谱,揭示了细胞类型特异的转录变化及其调控元件 | 首次结合单细胞转录组和染色质可及性数据,全面表征小鼠卵巢老化过程中七种主要细胞类型的分子特征,并鉴定调控这些转录变化的顺式和反式调控元件 | NA | 研究卵巢老化的分子机制,特别是细胞类型特异的转录变化及其调控元件 | 年轻和年老小鼠的卵巢细胞 | 单细胞组学 | 卵巢老化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 小鼠年轻和年老卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 420 | 2026-05-16 |
Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01561-5
PMID:39976844
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老通过转录组改变(如下调细胞连接组装通路、上调细胞外基质重塑和炎症信号通路)导致血脑屏障功能障碍的机制 | 研究基于小鼠模型,可能需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何改变与血脑屏障完整性相关的基因表达模式 | 紫杉醇处理小鼠与对照组小鼠的脑毛细血管内皮细胞 | 数字病理学 | 化疗引起的认知障碍(化学脑) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |