单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-06-26	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通信工具STCase，能够识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	提出了一种可解释的多视图图神经网络，通过CCC感知注意力机制识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发一种工具来识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	细胞间通信（CCC）和空间转录组学数据	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）	多视图图神经网络	空间转录组学数据	NA
402	2025-06-26	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	提出了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了位点特异性超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽视生物学基础约束的缺点	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学中细胞类型分布预测的准确性	正常和癌变组织中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR（Weight-Induced Sparse Regression）	空间转录组数据	十个数据集
403	2025-06-26	Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways 2025-Jun, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252 PMID:40547113	研究论文	通过整合高分辨率空间多组学和单细胞转录组学，研究糖尿病肾病（DN）肾脏区域特异性代谢失调，并探索治疗代谢途径	首次绘制了糖尿病肾脏区域特异性代谢失调的空间图谱，并发现GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物与肾功能障碍密切相关	研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需进一步扩展	探索糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调及其治疗靶点	糖尿病肾病小鼠模型及临床患者样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序、空间多组学、空间代谢组学、空间蛋白质组学	NA	空间多组学数据、单细胞转录组数据	糖尿病小鼠模型及临床DN患者样本
404	2025-06-26	Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases 2025-May-30, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15060365 PMID:40559389	review	本文综述了分泌磷蛋白1（SPP1）在肺部疾病中的作用及其潜在的治疗靶点	重点探讨了SPP1在间质性肺疾病（ILDs）中的表达及其在纤维化过程中的作用，结合了单细胞RNA测序的最新数据	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨SPP1在肺部疾病中的病理机制及其作为治疗靶点的潜力	SPP1及其在肺部疾病中的表达和作用	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
405	2025-06-26	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4通过调节肝星状细胞命运在肝纤维化中的作用机制	揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MFAP4在肝纤维化发展中的分子机制	肝星状细胞和肝纤维化小鼠模型	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据和蛋白质数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠，以及LX-2细胞系
406	2025-06-26	Exploring the Role of Bifenthrin in Recurrent Implantation Failure and Pregnancy Loss Through Network Toxicology and Molecular Docking 2025-May-29, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13060454 PMID:40559927	研究论文	本研究探讨了双酚菊酯（BF）通过网络毒理学和分子对接在复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）中的潜在作用	首次通过整合网络毒理学和分子对接方法，识别了BF与RIF和RPL相关的四个枢纽基因，并构建了诊断模型	缺乏体内和体外实验证据，需要进一步研究阐明BF导致RIF和RPL的具体机制	探究双酚菊酯（BF）与复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）的潜在关联	双酚菊酯（BF）及其潜在靶点，复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）患者	网络毒理学	生殖系统疾病	RNA-seq, 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的RIF和RPL队列数据
407	2025-06-26	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运的作用机制	首次发现Hippo效应因子YAP1与TEAD4整合到心房转录因子增强子网络中，并证实YAP1激活CPCs中的RA增强子，揭示了YAP1与RA信号协同诱导心脏发生中心房谱系的新机制	研究主要基于hESC来源的CPCs和小鼠胚胎模型，人类心脏发育的复杂性可能需要更多体内模型验证	阐明视黄酸信号通路调控心脏祖细胞心房谱系分化的分子机制	人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎第二心区CPCs	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, snATAC-seq（单核染色质可及性测序）	人类胚胎干细胞分化模型、小鼠基因敲除模型、心脏类器官模型	基因组学数据、单细胞转录组数据、表观遗传数据	未明确样本量（使用hESC-CPCs和小鼠胚胎模型）
408	2025-06-26	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-May-23, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并验证了这些原型与组织起源之间的相关性	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究骨转移生态系统的异质性及其机制	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞测序	骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化，生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化图像，批量RNA测序/微阵列数据	42例骨转移样本（来自8种癌症类型），以及158例骨转移样本的批量RNA测序/微阵列数据（来自超过10种癌症类型）
409	2025-06-26	Integrative Spatial Proteomics and Single-Cell RNA Sequencing Unveil Molecular Complexity in Rheumatoid Arthritis for Novel Therapeutic Targeting 2025-May-22, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13020017 PMID:40559990	研究论文	本研究通过整合空间蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎(RA)的分子复杂性，并提出了新的治疗靶点	结合激光捕获显微切割(LCM)与质谱蛋白质组学及单细胞RNA测序技术，首次在空间和蛋白质水平上解析了RA滑膜组织的异质性	研究样本量有限，且仅针对滑膜组织进行分析，未考虑其他可能受影响的组织	深入理解RA的分子机制并发现新的治疗靶点	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学研究	类风湿性关节炎	激光捕获显微切割(LCM)、质谱蛋白质组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括患病和健康对照的滑膜组织样本
410	2025-06-26	Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	研究论文	研究人类气道B细胞在早期生命中的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是在病毒感染时的BAFF产生机制	揭示了BAFF/BAFF受体轴在早期生命B细胞成熟和存活中的关键作用，以及病毒通过JAK/STAT信号诱导BAFF产生的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	理解早期生命气道免疫发育动态及其对病毒感染的响应机制	人类气道B细胞和气道上皮细胞	免疫学	呼吸道病毒感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同年龄组的儿科样本（婴儿<12个月和较大儿童）
411	2025-06-26	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）早期进展中的双重作用	揭示了HBP1在胰腺炎中保护胰腺免受炎症损伤，但在致癌KRAS存在下促进胰腺上皮内瘤变（PanIN）进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的分子机制	人类胰腺炎样本、小鼠急性胰腺炎模型、胰腺特异性HBP1敲除小鼠、致癌KRAS突变小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型、体外培养细胞
412	2025-06-26	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2与腹主动脉瘤的发病机制联系起来，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床试验尚未进行	寻找腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	腹主动脉瘤患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、RNA测序数据	NA
413	2025-06-26	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	通过小鼠伤口模型中的伤口液单细胞RNA测序，揭示了难愈性伤口的候选生物标志物	首次使用伤口液中的细胞进行单细胞RNA测序，探索不同病理延迟伤口模型中的共同基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，结果尚未在临床环境中验证	探索不依赖于单一病理的难愈性伤口治疗靶点	小鼠伤口模型中的伤口液细胞	数字病理	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	三种代表性延迟伤口模型(老年、糖尿病和脂多糖诱导的炎症伤口模型)与正常年轻小鼠的比较
414	2025-06-26	Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis 2025-Apr-24, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，研究鼻腔液体和血清中蛋白质表达对2型鼻息肉（T2 CRSwNP）的诊断价值	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用非侵入性样本（鼻腔液体和血清）中的生物标志物诊断T2 CRSwNP，并验证了四种关键生物标志物的预测价值	样本量较小（82例患者），且未涉及其他亚型的鼻息肉比较	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2 CRSwNP的预测价值	2型与非2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（T2/non-T2 CRSwNP）患者	数字病理学	鼻息肉	邻近延伸分析（PEA）、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR	机器学习（LASSO回归）	蛋白质表达数据	82例患者（鼻腔液体和血清匹配样本）
415	2025-06-26	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	research paper	该研究通过空间转录组学分析，揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染在小鼠模型中的早期转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在人类化小鼠模型中，使用空间转录组学技术研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期免疫细胞浸润和转录模式	研究仅关注了感染后三周的早期阶段，未探讨长期感染效应	理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期的表型和功能变化	人类化小鼠模型的肺组织	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	humanized mouse model	spatial transcriptomic data	多组人类化小鼠（单感染HIV、单感染结核分枝杆菌、共感染组）
416	2025-06-26	A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18 PMID:40553287	研究论文	本文介绍了一个用于胶质母细胞瘤单核表征的工具包，包括核分离、计数和质量控制的详细协议	提供了一个优化的单核制备流程，适用于冷冻样本和难以解离的组织，如脑或脑肿瘤组织	未提及该工具包在不同实验室条件下的可重复性和适用性	开发一个高效的单核RNA测序（snRNA-seq）工具包，用于胶质母细胞瘤的表征	胶质母细胞瘤（GBM）的临床标本和患者来源的GBM细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
417	2025-06-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了二氧化硅暴露下小鼠肺部上皮细胞动态变化及其在免疫激活中的作用	发现了一种新型应激诱导的上皮细胞亚群C0，该亚群具有混合表型，能够通过特定信号通路驱动免疫细胞的招募和激活	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫反应的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理	肺损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	二氧化硅暴露的小鼠肺部组织样本
418	2025-06-26	A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6629479 PMID:40547199	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次系统解析了胃癌微环境中CD8+ T细胞的功能亚群，并鉴定了一个由SELL、CD79B和RAMP2组成的三基因预后标志物	样本量相对较小（23例胃癌组织），且需要进一步的前瞻性临床验证	探究胃癌微环境中CD8+ T细胞异质性及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	胃癌组织中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	无监督聚类、伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据、批量转录组数据	23例胃癌组织（来自GEO数据库）和TCGA-STAD数据集
419	2025-06-26	Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1554845 PMID:40548122	研究论文	该研究通过分析胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）的基因特征，构建了一个预后模型，并筛选出Vorinostat作为潜在的治疗药物	结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别了14个与GAMs相关的预后基因，并验证了Vorinostat在胶质瘤微环境中的抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了胶质瘤细胞-巨噬细胞共培养模型，未进行体内实验	探索胶质瘤相关巨噬细胞的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和药物	胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析, LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	NA
420	2025-06-26	Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370 PMID:40552290	研究论文	开发了一种基于机器学习的树突状细胞特征，用于肺腺癌的预后分层	首次构建了树突状细胞相关特征（DCRS），并验证其在多个外部队列中的预后性能，同时揭示了PLEK2在肺腺癌中的功能作用	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索树突状细胞在肺腺癌中的转录多样性和预后价值	肺腺癌（LUAD）患者和正常组织的树突状细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、伪时间分析	Lasso-Cox、RSF、CoxBoost、Stepwise-Cox	RNA测序数据	七个外部队列的临床样本和肺腺癌细胞系