单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing and AlphaFold 3 insights into cytokine signaling and its role in uveal melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1458041 PMID:39916959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AlphaFold 3技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的细胞异质性及其与细胞因子信号传导的关系，并鉴定了预后生物标志物	首次在UVM中构建了单细胞分辨率的细胞因子反应字典，并利用AlphaFold 3预测关键蛋白的3D结构	样本量相对有限，且主要依赖生物信息学分析，需要进一步实验验证	阐明UVM的细胞异质性并鉴定预后生物标志物，为靶向治疗提供依据	葡萄膜黑色素瘤（UVM）的原发性和转移性肿瘤样本	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9筛选分析、AlphaFold 3	LASSO回归、ROC曲线分析、Kaplan-Meier生存分析	RNA-seq数据、蛋白质结构预测数据	TCGA-UVM和GSE84976队列中的样本
402	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能异常特征	首次通过scRNA-seq技术详细描绘了T2DM患者PBMCs的转录组图谱，并识别了与疾病相关的差异表达基因和核心基因TNFRSF1A	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索2型糖尿病患者的免疫细胞功能异常及其分子机制	健康参与者和2型糖尿病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞测序	2型糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
403	2025-05-08	Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166 PMID:39926598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索了2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别关注免疫细胞浸润	结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别了与金属离子转运相关的关键基因，并揭示了它们与免疫细胞的关联	研究样本量有限，仅分析了T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞数据	探索T2D的分子机制，特别是金属离子转运相关基因在疾病中的作用	T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞	机器学习	2型糖尿病	scRNA-seq, ssGSEA, PPI网络分析	Stepglm[backward] plus GBM	RNA测序数据	T2D和ND患者的胰岛细胞数据
404	2025-05-08	Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747 PMID:39926603	研究论文	通过单细胞测序技术研究DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型	DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明	开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列	LASSO, 逐步回归算法	RNA-seq数据, 微阵列数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据
405	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225 PMID:39936154	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用，重点关注破骨细胞增殖	首次在单细胞水平上识别出C2MKI67+破骨细胞亚群，并发现PPARG作为关键转录因子在破骨细胞增殖和分化中的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的分析，需要进一步的体内外实验验证	寻找新的骨肉瘤治疗靶点以阻止肿瘤进展和局部扩散	骨肉瘤患者和破骨细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, CCK-8实验, 伤口愈合实验, Transwell实验	NA	单细胞测序数据	NA
406	2025-05-08	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨其在干燥综合征（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在两种SjD小鼠模型中系统比较了血清和泪液自身抗体的差异，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG更具多样性	研究仅使用雄性小鼠模型，可能无法完全反映人类SjD的性别差异特征	探索干燥综合征相关自身抗体的诊断标志物	NOD和NOR小鼠的泪腺组织、血清和泪液样本	自身免疫疾病研究	干燥综合征	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	两种SjD小鼠模型（具体数量未明确说明）与健康BALB/c小鼠对照
407	2025-05-08	SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43498-3 PMID:38040699	研究论文	研究SMARCB1基因缺失如何激活恶性横纹肌样瘤(MRT)中患者特异性的远端致癌增强子	揭示了SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成环状结构的机制	研究主要基于患者来源的类器官模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	阐明SMARCB1缺失在MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制	恶性横纹肌样瘤(MRT)患者来源的类器官组织和患者MRT组织	癌症表观遗传学	恶性横纹肌样瘤	多组学分析、染色体构象捕获实验、单细胞RNA-seq和ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	患者来源的MRT类器官和患者MRT组织样本
408	2025-05-08	PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43381-1 PMID:38030622	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了接受atezo/bev治疗的晚期肝细胞癌患者的肿瘤内和周围免疫环境，揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上揭示了atezo/bev治疗反应的免疫机制，发现了PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性	样本量有限，需要更大规模的验证研究	探索atezo/bev在晚期肝细胞癌中产生持久治疗反应的免疫机制	晚期肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（晚期肝细胞癌患者）
409	2025-05-08	Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43629-w PMID:38030617	research paper	提出了一种名为SpatialScope的深度生成模型方法，用于整合空间转录组学和单细胞转录组学数据	通过创新的模型和算法设计，SpatialScope能够将基于测序的空间转录组数据提升至单细胞分辨率，并为基于图像的空间转录组数据准确推断全转录组表达水平	未明确提及具体局限性	解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性	空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据	digital pathology	NA	next-generation sequencing, fluorescence in situ hybridization, scRNA-seq	deep generative models	spatial transcriptomics data, single-cell transcriptomics data	NA
410	2025-05-08	Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease 2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.548027 PMID:38076913	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞基础	首次在全脑水平上揭示了细胞类型组成与tau病理选择性易损性的关系，并发现其与风险基因的贡献不同	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞机制	小鼠大脑中的神经元和非神经元细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)分析流程	基因表达数据	12种不同的PS19转基因小鼠模型中的5项研究数据
411	2025-05-08	Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.26.564259 PMID:37961434	研究论文	研究造血干细胞移植（HSCT）受者中记忆T细胞对SARS-COV-2疫苗反应的影响	揭示了HSCT受者在接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后记忆T细胞群的缺陷及其与T细胞反应缺失的关联	样本量较小（42名HSCT受者和5名健康对照）	评估HSCT受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的体液和适应性免疫反应	造血干细胞移植（HSCT）受者和健康对照	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、TCR和BCR测序	NA	血清、外周血单核细胞	42名HSCT受者和5名健康对照
412	2025-05-08	Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics 2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.17.524455 PMID:36789425	研究论文	研究通过血液免疫单细胞转录组学预测头颈癌患者的肿瘤免疫微环境和检查点治疗反应	首次展示通过外周血单核细胞的单细胞RNA测序推断肿瘤免疫状态，并预测免疫治疗反应的能力	需要更大规模的测试验证方法的普适性	探索通过血液免疫状态预测肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的可行性	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者	数字病理学	头颈癌	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	两个HNSCC患者数据集
413	2025-05-07	Microglial intervention in ischemic stroke: Roles and intervention strategies 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166 PMID:39995094	综述	本文综述了小胶质细胞在缺血性中风中的双重作用及潜在干预策略	探讨了小胶质细胞动态激活和极化状态对疾病进程和治疗结果的影响，并提出了新的治疗策略	NA	研究小胶质细胞在缺血性中风中的作用及潜在干预策略	小胶质细胞	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
414	2025-05-07	Blood-brain barrier disruption and neuroinflammation in the hippocampus of a cardiac arrest porcine model: Single-cell RNA sequencing analysis 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01269 PMID:40146000	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了心脏骤停猪模型中血脑屏障破坏和海马神经炎症的细胞和分子机制	首次使用单细胞转录组分析揭示心脏骤停后海马区的细胞亚群变化、细胞通讯网络改变及新的分子机制，特别是发现了一组表达S100A8的激活小胶质细胞亚群	研究仅观察了心脏骤停后6小时和24小时的变化，缺乏更长时间点的数据	探索心脏骤停后脑损伤的细胞和分子机制，寻找神经保护和修复的新靶点	心室颤动诱导心脏骤停的猪模型海马组织	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)、免疫荧光染色	猪心脏骤停模型	单细胞转录组数据	心脏骤停猪模型在自主循环恢复后6小时和24小时的海马组织样本，以及假手术对照组样本
415	2025-05-07	A single-cell landscape of the regenerating spinal cord of zebrafish 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01163 PMID:40326988	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼脊髓损伤后不同细胞群的分子和细胞机制	首次在单细胞水平上解析了斑马鱼脊髓再生过程中的细胞亚群动态变化和分子调控网络	研究仅针对斑马鱼模型，结果向哺乳动物(如人类)的转化应用仍需进一步验证	探索斑马鱼脊髓再生的分子和细胞机制	斑马鱼脊髓损伤模型	再生医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量(斑马鱼脊髓组织)
416	2025-05-07	Dual cytokine-engineered macrophages rejuvenate the tumor microenvironment and enhance anti-PD-1 therapy in renal cell carcinoma 2025-May-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114725 PMID:40294469	研究论文	开发了一种双细胞因子工程化的巨噬细胞，用于重编程肾细胞癌的肿瘤微环境并增强抗PD-1治疗的响应	使用双细胞因子（IL-12和CXCL-9）工程化的巨噬细胞，能够重塑肿瘤微环境并显著增强抗PD-1治疗的效果	研究尚未涉及临床转化后的长期效果和安全性评估	克服肾细胞癌对检查点抑制剂的耐药性，提高抗PD-1治疗的疗效	肾细胞癌（RCC）的肿瘤微环境（TME）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
417	2025-05-07	Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412159122 PMID:40324076	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了特发性正常压力脑积水（iNPH）患者外周血和脑室脑脊液的细胞图谱，揭示了免疫失调的潜在机制	首次构建了iNPH患者的单细胞转录组图谱，发现了外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变以及与认知功能下降的关联	样本量相对有限（140,207个单细胞转录组），且仅针对iNPH患者进行研究	探究特发性正常压力脑积水（iNPH）患者外周血和脑脊液的免疫特征	iNPH患者的外周血和脑室脑脊液细胞	digital pathology	geriatric disease	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	140,207个单细胞转录组
418	2025-05-07	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-May-06, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重压力下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响及其免疫反应机制	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标	四组中华鳖（基于温度与感染状态分组）
419	2025-05-07	Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis 2025-May-05, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf107 PMID:40324205	研究论文	研究虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟的作用	首次报道虾青素在小鼠卵母细胞体外成熟(IVM)中的作用，并揭示其通过增强线粒体活性和调节蛋白质稳态来提高成熟率	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前研究	探究虾青素对小鼠卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的影响	小鼠卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序、微蛋白质组学、透明带激光打孔辅助体外受精(IVF)	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体数量的小鼠卵母细胞
420	2025-05-07	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May-05, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	研究论文	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境的特征	开发了FiNi-seq方法，能够富集稀缺的衰老相关纤维化微环境细胞，并进行准空间分析，发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生间充质细胞群	研究仅针对雄性小鼠的肝脏，未涉及其他组织或性别，且衰老细胞的稀缺性和技术偏差可能影响分析结果	探索衰老初期微环境的特征及其潜在治疗靶点	年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织	单细胞测序	老年疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核ATAC测序(ATAC-seq), FiNi-seq	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据	年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织样本