单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-07-10	Impact of IKCa Channels on CD34+ Cells in Arteriole Remodeling in Angiotensin II-Induced Hypertension Model Mice 2025-Jul-09, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.24537 PMID:40631680	研究论文	本研究探讨了IKCa通道在Ang II诱导的高血压模型中CD34+细胞介导的内皮修复中的作用	揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在高血压条件下通过IKCa通道激活ERK/P38信号通路促进内皮修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明高血压条件下内皮修复的分子机制	Ang II诱导的高血压模型小鼠中的CD34+细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、跨孔迁移实验、膜片钳技术	Cd34-CreERT2; R26-tdTomato谱系示踪模型	基因表达数据、细胞迁移数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用高血压模型小鼠进行研究
402	2025-07-10	Proneural-Mesenchymal hybrid glioblastoma cells are resistant to therapy and dependent on nuclear import 2025-Jul-08, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf160 PMID:40627673	研究论文	该研究揭示了胶质母细胞瘤中具有混合表型的细胞对常规治疗具有抗性，并依赖于核输入机制	首次发现并表征了同时表达前神经和间充质标记的胶质母细胞瘤混合细胞群，揭示了其通过核转运机制介导治疗抗性的新机制	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，需要进一步在人类患者组织中验证	探究胶质母细胞瘤细胞可塑性及治疗抗性的分子机制	胶质母细胞瘤患者来源的细胞系和肿瘤组织	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、单细胞ChIP测序、核蛋白质组学、高分辨率成像	NA	基因组数据、蛋白质组数据、影像数据	多个患者来源的细胞系和临床数据集
403	2025-07-10	Peripheral immune imbalance in pediatric fulminant myocarditis revealed by single-cell sequencing and plasma proteomics 2025-Jul-08, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00343-5 PMID:40629105	研究论文	通过单细胞测序和血浆蛋白质组学揭示了小儿暴发性心肌炎的外周免疫失衡	鉴定了外周血中几种独特的细胞类型，并揭示了急性期FM中免疫细胞比例和功能的显著失调	未提及样本量是否足够大以支持广泛推广	阐明小儿暴发性心肌炎的免疫特征和细胞通讯	小儿暴发性心肌炎患者的外周血单个核细胞和血浆	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq, 血浆蛋白质组学	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据	未明确提及具体样本量
404	2025-07-10	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Jul-08, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	research paper	该研究探讨了贾第虫感染如何通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠中由共感染或结肠炎引起的肠道炎症	揭示了贾第虫通过诱导IL-10产生的Th2细胞扩增，促进寄生虫持续存在并保护免受炎症性病理的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限，且保护机制的具体细节仍需进一步探索	探究贾第虫感染如何调节黏膜免疫以减轻肠道炎症	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	尼日利亚学龄儿童（数量未明确）和小鼠模型
405	2025-07-10	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Jul-08, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠胚胎中GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了神经发生的时间进程如何塑造神经节隆起祖细胞的成熟能力，以及染色质重塑和转录因子NFIB及其靶基因如何影响晚期出生神经元的成熟能力	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及其他物种或人类	理解GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制机制	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胚胎样本
406	2025-07-10	Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression 2025-Jul-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412 PMID:40199574	研究论文	本研究探讨了肠道和肝内CD8+ T细胞在酒精相关肝病(ALD)中的相反调控作用及其对疾病进展的影响	揭示了CD8+ T细胞在肠道和肝脏中的相反调控机制及其在ALD中的关键作用，提出BCL2调控CD8+ T细胞存活的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明肠道-肝脏轴中CD8+ T细胞的调控机制及其在ALD发病中的作用	ALD患者和小鼠模型中的肠道及肝内CD8+ T细胞	肝脏病理学	酒精性肝病	单细胞RNA测序(scRNA seq)，转录组学分析	Cd8 Bcl-2转基因小鼠模型	基因表达数据，免疫细胞分析数据	ALD患者样本和多种基因修饰小鼠模型
407	2025-07-10	Regulation of revival stem cell differentiation by CREPT/RPRD1B during intestinal regeneration 2025-Jul-07, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01434-6 PMID:40624542	研究论文	本研究探讨了CREPT/RPRD1B在肠道再生过程中对复兴干细胞(revSCs)分化的调控作用	首次发现CREPT/RPRD1B蛋白在肠道再生过程中对复兴干细胞分化的重要调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类肠道再生中的类似机制尚需验证	阐明肠道再生过程中复兴干细胞分化的调控机制	小鼠肠道复兴干细胞(revSCs)	干细胞生物学	肠道损伤修复	单细胞转录组分析、谱系追踪实验	Villin-Cre介导的CREPT敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
408	2025-07-10	PANoptosis-driven molecular stratification in esophageal squamous cell carcinoma: A multi-omics prognostic model and FGFR-Targeted therapeutic validation 2025-Jul-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110688 PMID:40628169	research paper	该研究构建了一个基于PANoptosis的多组学预后模型，用于食管鳞状细胞癌（ESCC）的风险分层，并验证了FGFR抑制剂AZD4547的潜在治疗效果	首次基于PANoptosis构建ESCC预后模型，并验证FGFR抑制剂对特定亚型的治疗潜力	研究结果需要进一步在更大样本和临床试验中验证	探索PANoptosis在ESCC预后和治疗中的作用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	digital pathology	esophageal cancer	multi-omics analysis, scRNA-seq, in vitro experiments	LASSO Cox regression model	omics data, RNA-seq data	多个队列（包括外部微阵列队列和独立RNA-seq队列）
409	2025-07-10	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	介绍了一个名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和填补	spRefine是一个无参考框架，能够联合去噪和填补空间转录组数据，提高数据整合的鲁棒性，并作为模型预训练和发现新生物信号的强大框架	未明确提及具体局限性	克服空间转录组数据的高噪声和缺失基因测量问题，提高数据质量和分析效果	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	不同规模的数据集
410	2025-07-10	Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner 2025-Jul-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03112-y PMID:40618309	研究论文	本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢与肿瘤免疫抑制微环境的关系，揭示了ANXA1在甲硫氨酸代谢依赖的方式下促进巨噬细胞免疫抑制表型的机制	首次揭示了甲硫氨酸代谢通过上调ANXA1表达激活ANNEXIN通路，增强胶质母细胞瘤细胞与巨噬细胞的相互作用，促进M2型巨噬细胞极化	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用	胶质瘤患者队列和胶质母细胞瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 甲硫氨酸代谢活性评分(MMA-score)	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	胶质瘤患者队列(未明确数量)
411	2025-07-10	Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation 2025-Jul-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04491-3 PMID:40619426	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了急性化学损伤模型中线粒体自噬的动态变化以及间充质干细胞移植的作用	首次在单细胞水平上揭示了急性肝衰竭中线粒体自噬的细胞特异性变化，并阐明了间充质干细胞通过调控不同细胞类型的线粒体自噬状态来缓解疾病进展的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究间充质干细胞治疗急性肝衰竭过程中肝细胞和巨噬细胞的线粒体自噬状态变化	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和人脐带间充质干细胞移植小鼠的肝组织	单细胞转录组学	急性肝衰竭	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和hUC-MSC移植小鼠的肝组织样本
412	2025-07-10	Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication 2025-Jul-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03677-5 PMID:40619422	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST），系统评估空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯	首次系统性地结合scRNA-seq和ST技术，评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响	研究揭示了scRNA-seq数据在捕捉微环境特异性分子相互作用方面的局限性，即使利用了空间信息	理解细胞间通讯及其对空间组织的依赖性，以揭示组织复杂性和器官功能	乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	多个乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集（具体数量未明确说明）
413	2025-07-10	Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types 2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.07.03.25330832 PMID:40630576	研究论文	该研究通过整合GWAS数据和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性疼痛的细胞类型特异性遗传架构	首次在人类大脑和背根神经节中鉴定了与慢性疼痛相关的细胞类型，并揭示了这些细胞类型中的遗传变异富集情况	样本量相对有限，特别是急性或慢性疼痛患者的DRG样本仅12例	探索慢性疼痛的遗传基础及其在特定细胞类型中的表现	人类大脑、背根神经节(hDRG)以及小鼠背角中的细胞类型	遗传学	慢性疼痛	GWAS, scRNA-seq, 单细胞染色质可及性分析	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	GWAS样本量1,235,695例，hDRG样本12例
414	2025-07-10	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，揭示了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及最新治疗策略	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
415	2025-07-10	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次利用单细胞和批量RNA测序数据揭示DFU中的氧化应激相关基因和成纤维细胞的作用	研究结果需要进一步的体内实验验证	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的潜在机制	糖尿病足溃疡患者样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	SVM-RFE, LASSO, RF	RNA测序数据	31,787个细胞(来自10个不同集群)
416	2025-07-10	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Jul-04, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并评估了新型NLRP3抑制剂QK-3D和QK-3E，通过抑制肺泡上皮细胞焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	首次报道靶向NLRP3 NACHT结构域的喹喔啉酮衍生物(QK-3D/QK-3E)能特异性抑制NLRP3/GSDMD通路，在体内外模型中显著减轻辐射肺损伤且无毒性	研究主要聚焦早期RILI阶段，对慢性放射性肺纤维化的效果尚未评估	开发靶向NLRP3介导的细胞焦亡的新型抑制剂以治疗辐射性肺损伤	肺泡II型上皮细胞(AT2)和C57BL/6小鼠辐射肺损伤模型	放射医学	肺损伤	分子对接、高通量筛选、单细胞测序分析	体外A549/MLE-12细胞模型和体内小鼠RILI模型	分子生物学数据、病理学图像、细胞因子检测数据	体外细胞实验+小鼠模型(具体数量未明确说明)
417	2025-07-10	The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages 2025-Jul-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1 PMID:40630529	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤进展中的双重作用，并识别了不同亚群的功能差异	研究发现间质巨噬细胞（IMs）的不同亚群可促进或抑制肿瘤生长，并揭示了CCR5阻断在肿瘤控制中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需验证	探究肿瘤相关巨噬细胞亚群在肿瘤进展中的功能差异及其治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs），包括招募的巨噬细胞（recMacs）和间质巨噬细胞（IMs）	肿瘤免疫学	肺癌、黑色素瘤	空间转录组学、基因敲除小鼠模型	Pf4ᶜʳᵉCx3cr1ᴰᵀᴿ小鼠模型	基因表达数据、空间分布数据	小鼠模型中的肿瘤组织样本
418	2025-07-10	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	本文提出了一种名为DeepSAS的框架，用于通过深度图表示学习和实验验证来阐明衰老细胞的异质性及其相关基因	DeepSAS框架结合深度图表示学习和单细胞RNA-seq数据，能够更准确地识别衰老细胞和相关基因，且在基准测试中表现优于现有方法	研究仅应用于健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集，未在其他疾病或组织中验证	理解衰老和年龄相关疾病中衰老细胞的异质性及其相关基因	衰老细胞及其相关基因	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集
419	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in Hirschsprung's disease tissues reveals lack of neuronal differentiation in the aganglionic colon segment 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662516 PMID:40631286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析先天性巨结肠症患者的健康和无神经节结肠段，揭示无神经节结肠段神经元分化的缺失	首次在先天性巨结肠症患者中应用单细胞RNA测序技术，揭示了无神经节结肠段中神经前体细胞存在但成熟神经元缺失的现象，并发现关键分化通路基因表达减少	样本量可能有限，且仅关注了转录组层面的变化，未涉及蛋白质或功能层面的验证	探究先天性巨结肠症无神经节结肠段中神经元分化障碍的分子机制	先天性巨结肠症患者的健康和无神经节结肠段组织	单细胞组学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组测序(WGS)	NA	单细胞转录组数据, 基因组数据	未明确说明患者数量，但分析了健康和无神经节结肠段组织
420	2025-07-10	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对神经嵴细胞牙源性和成骨分化的调控作用	首次在单细胞水平揭示了p75NTR通过细胞因子调控网络影响细胞间通讯和分化能力	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类细胞中验证	探索p75NTR对颌面部发育过程中矿化和分化的影响机制	小鼠胚胎外胚层间充质干细胞(EMSCs)	发育生物学	颌面部发育异常	scRNA-seq, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	p75NTR敲除和野生型小鼠胚胎EMSCs