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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-11-12 |
STORIES: learning cell fate landscapes from spatial transcriptomics using optimal transport
2025-Nov-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02855-4
PMID:41184554
|
研究论文 | 提出了一种名为STORIES的新计算方法,通过最优传输学习空间转录组数据中的细胞命运景观 | 将最优传输扩展到空间转录组数据分析,学习空间感知的细胞分化潜能 | NA | 从多个时间点的空间转录组数据推断细胞命运轨迹 | 空间转录组数据,特别是蝾螈神经再生和小鼠胶质细胞生成过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输,神经网络 | 空间转录组数据 | 三个大型Stereo-seq时空图谱数据集 | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 402 | 2025-11-12 |
Squidiff: predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2025-Nov-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02877-y
PMID:41184550
|
研究论文 | 提出基于扩散模型的生成框架Squidiff,用于预测不同细胞类型在环境变化下的转录组变化 | 通过连续去噪和语义特征整合,学习瞬态细胞状态并预测时间和条件下高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞发育和对扰动的反应,促进细胞命运决定调控原理的理解 | 细胞分化、基因扰动和药物反应预测,血管类器官发育,中子辐射和生长因子反应 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 403 | 2025-11-12 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2025-Nov-03, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00613-y
PMID:41184589
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了海鞘心脏咽部祖细胞在细胞周期进程中转录组成熟的动态过程及其对多谱系分化能力的调控机制 | 首次发现细胞周期驱动的转录组成熟过程赋予心脏咽部祖细胞多谱系分化能力,并提出'行为能力'新概念 | 研究基于海鞘模型,在哺乳动物系统中的普适性需要进一步验证 | 探究心脏咽部祖细胞在发育过程中获得多谱系分化能力的分子机制 | 海鞘心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2025-11-12 |
MYEOV Is a Novel Marker of Differentiated Corneal Epithelium
2025-Nov-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.14.7
PMID:41186354
|
研究论文 | 本研究揭示了MYEOV作为角膜上皮分化标志物的特异性表达及其调控机制 | 首次发现MYEOV在KRT12阳性角膜上皮细胞中特异性高表达,且受PAX6和KLF4调控 | 研究主要基于体外实验和免疫染色分析,缺乏体内功能验证 | 表征MYEOV在人类眼表组织中的表达和调控机制 | 人类角膜上皮细胞和角膜组织 | 细胞生物学 | 眼科疾病 | RNA测序,免疫染色,基因敲低,Western blot,细胞增殖检测 | NA | 图像,基因表达数据 | 人类角膜组织及体外培养的角膜上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 405 | 2025-11-10 |
Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease
2025-Jun, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-024-01109-8
PMID:39743564
|
综述 | 本文综述了心脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的功能多样性、发育起源及其在心脏稳态和病理过程中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了心脏巨噬细胞的新细胞状态和疾病相关细胞邻域 | NA | 探讨心脏巨噬细胞的发育起源、功能多样性及其在心脏疾病发病机制中的作用 | 心脏巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 406 | 2025-11-12 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
|
研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性 | 建立了基于大量数据的数据驱动阈值来优化研究设计,并开发了VICE工具评估数据质量和估计差异表达真阳性率 | 研究主要关注单细胞水平的精确度和准确性,可能未涵盖所有技术变异来源 | 评估单细胞/单核RNA测序数据的定量测量性能并建立优化指南 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2025-11-12 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-12-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01906-9
PMID:39696694
|
研究论文 | 本研究探讨了利鲁唑通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗诱导的认知衰退和神经退行性后果 | 首次证明FDA批准的ALS药物利鲁唑可通过增加BDNF水平逆转放疗诱导的认知功能障碍,并利用空间转录组学揭示其神经保护机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体验证;未评估神经发生的影响 | 评估利鲁唑对放疗诱导认知功能障碍的治疗效果 | 成年小鼠模型(颅脑照射9 Gy) | 神经科学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学,双重免疫荧光染色,生化评估 | 动物模型 | 基因表达数据,免疫荧光图像,行为学数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 408 | 2025-11-12 |
Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens
2023-04-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013
PMID:37028419
|
研究论文 | 通过单细胞扰动筛选揭示mSWI/SNF染色质重塑复合物的结构和功能特性 | 首次结合Perturb-seq、CRISPR-Cas9敲除和单细胞多组学技术系统解析mSWI/SNF亚基功能 | NA | 解析mSWI/SNF染色质重塑复合物各亚基对基因表达的贡献 | 哺乳动物SWI/SNF染色质重塑复合物亚基 | 表观遗传学 | 癌症 | Perturb-seq, CRISPR-Cas9敲除, 单细胞RNA-seq, SHARE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 409 | 2025-11-11 |
Harnessing Arginase-2-specific CD8+ T cells to target immunosuppressive Cutaneous T cell Lymphoma
2025-Nov-10, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf450
PMID:41208405
|
研究论文 | 本研究证明ARG2特异性CD8⁺ T细胞能够靶向识别并杀伤表达ARG2的皮肤T细胞淋巴瘤细胞 | 首次发现ARG2特异性CD8⁺ T细胞可靶向识别恶性CTCL细胞,揭示了ARG2作为CTCL免疫治疗新靶点的潜力 | 研究仅使用了8个CTCL细胞系和公共单细胞RNA测序数据集,样本量有限 | 探索ARG2特异性CD8⁺ T细胞靶向治疗皮肤T细胞淋巴瘤的新免疫治疗策略 | 皮肤T细胞淋巴瘤细胞系和患者病灶中的恶性T细胞 | 免疫治疗 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | western blotting, 单细胞RNA测序, IFN-γ ELISPOT, CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 蛋白质印迹数据, 单细胞RNA测序数据, 细胞因子分泌数据 | 8个CTCL细胞系和公共单细胞RNA测序数据集中的CTCL患者病灶 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 410 | 2025-11-11 |
Selenomethionine alleviates aortic dissection via PGC-1α/NRF2/TFAM-mediated mitochondrial biosynthesis against ferroptosis: an experimental study
2025-Nov-10, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003561
PMID:41208796
|
研究论文 | 本研究探讨了硒代蛋氨酸通过PGC-1α/NRF2/TFAM轴调控线粒体生物合成抑制铁死亡,从而缓解主动脉夹层的机制 | 首次揭示硒代蛋氨酸通过PGC-1α/NRF2/TFAM轴调控线粒体生物合成抑制铁死亡的新机制 | 动物模型和细胞实验仍需临床验证 | 探究硒代蛋氨酸治疗主动脉夹层的疗效及其分子机制 | 小鼠主动脉夹层模型和血管平滑肌细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序,转录组分析,siRNA敲低 | 动物模型,细胞模型 | 基因表达数据,病理数据 | 小鼠模型和细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 411 | 2025-11-11 |
LMO7 Suppresses Tumor-Associated Macrophage Phagocytosis of Tumor Cells Through Degradation of LRP1
2025-Nov-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511162
PMID:41208232
|
研究论文 | 本研究揭示了LMO7通过降解LRP1抑制肿瘤相关巨噬细胞吞噬肿瘤细胞的机制 | 首次发现LMO7通过促进LRP1的K48连接多聚泛素化降解来抑制巨噬细胞吞噬功能,并证明LMO7缺失与SIRPα阻断联合治疗的协同抗肿瘤效果 | NA | 探究LMO7在肿瘤相关巨噬细胞功能调控中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 实体肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 412 | 2025-11-11 |
A cell-type-specific regulon controlling monoterpene indole alkaloid biosynthesis with feedback and feedforward activation loops
2025-Nov-09, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70712
PMID:41208325
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了两种星形植物中单萜吲哚生物碱生物合成的细胞类型特异性调控网络 | 发现了控制单萜吲哚生物碱生物合成的细胞类型特异性调控子,包含反馈和前馈激活回路,并证明了两物种间转录因子的共同选择 | 研究聚焦于特定细胞类型,可能不适用于其他生物碱生物合成系统 | 研究植物次生代谢产物生物合成的细胞类型特异性调控机制 | 长春花和喜树的单萜吲哚生物碱生物合成系统 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | RNA测序数据 | 两种星形植物物种的干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 413 | 2025-11-11 |
Integrative SMR and single cell & spatial analysis reveals the spatial heterogeneity and prognostic value of CASP9-mediated apoptotic pathways in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03798-0
PMID:41201629
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和孟德尔随机化分析,揭示了CASP9介导的凋亡通路在透明细胞肾细胞癌中的空间异质性及其预后价值 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学与孟德尔随机化方法结合,系统解析了CASP9驱动的凋亡程序在肾癌中的空间组织和免疫抑制功能 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步实验验证CASP9在肿瘤-巨噬细胞相互作用中的具体机制 | 阐明凋亡相关基因程序在透明细胞肾细胞癌中的空间动态、转录异质性和预后相关性 | 透明细胞肾细胞癌患者肿瘤组织中的恶性细胞亚群 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化分析 | LASSO Cox回归, DeepSurv | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 基因组数据 | TCGA和E-MTAB-1980队列的透明细胞肾细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 414 | 2025-11-11 |
EGR4 transcriptionally upregulates GDF15 to promote gastric cancer metastasis
2025-Nov-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08095-w
PMID:41203604
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现EGR4通过转录上调GDF15促进胃癌转移的新机制 | 首次发现EGR4/GDF15轴在胃癌转移中的关键作用,并揭示了其通过ErbB受体异源二聚化和CAF激活的双重促转移机制 | 样本量较小(仅6例患者),需要更大规模研究验证 | 探究胃癌转移的分子驱动机制 | 胃癌患者原发肿瘤和匹配的转移淋巴结 | 单细胞测序 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 荧光素酶报告实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, ChIP-seq数据 | 6例胃癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 415 | 2025-11-11 |
Targeting the ac4C 'Writer' NAT10 enhances pancreatic cancer immunotherapy via dual modulation of CD8+ T cells and tumor cells
2025-Nov-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08156-0
PMID:41203621
|
研究论文 | 本研究探索了NAT10介导的ac4C RNA修饰在胰腺癌进展和免疫逃逸中的作用机制 | 首次揭示NAT10通过ac4C乙酰化稳定ETS2和KRT8 mRNA,形成正反馈环上调PD-L1表达,促进胰腺癌免疫逃逸 | NA | 探索NAT10在胰腺癌免疫治疗耐药中的作用机制及治疗潜力 | 胰腺癌细胞、CD8+T细胞、肿瘤微环境 | 癌症免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 416 | 2025-11-11 |
The transcription factor ZEB2 mediates the antitumor efficacy of tumor-infiltrating lymphocytes in non-small cell lung cancer
2025-Nov-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08112-y
PMID:41203628
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现转录因子ZEB2在非小细胞肺癌中驱动CD8+T细胞向细胞毒性效应轨迹分化 | 首次通过metaVIPER单细胞RNA测序分析揭示ZEB2作为主调节子在CD8+T细胞分化中的关键作用,并发现T-bet/ZEB2轴在肺癌免疫治疗中的新机制 | 研究样本量较小(14例初治患者),且动物模型结果需要进一步临床验证 | 探索非小细胞肺癌中CD8+肿瘤浸润淋巴细胞功能调节机制,寻找改善免疫检查点阻断治疗效果的策略 | 非小细胞肺癌患者CD8+肿瘤浸润淋巴细胞、小鼠肺癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,metaVIPER分析,体外细胞实验,动物模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 14例初治非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 417 | 2025-11-11 |
Single-cell analysis unravels divergent gene signatures shaping seminoma stemness and metastasis
2025-Nov-07, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02802-4
PMID:41203637
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示精原细胞瘤干性与转移的分子特征 | 首次整合单细胞RNA测序、TCGA数据挖掘和细胞生物学实验,发现DPPA4/PSMA7高表达细胞具有高干性和转移特性,而PAGE5/SAT1高表达细胞特性相反 | 研究样本量有限,主要基于Tcam-2和NCCIT细胞系,需要更多临床样本验证 | 探索精原细胞瘤转移机制并开发转移风险分层工具 | 精原细胞瘤肿瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 睾丸癌 | 单细胞RNA测序, TCGA数据挖掘, 细胞生物学实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 细胞实验数据 | Tcam-2和NCCIT两种细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2025-11-11 |
Single-cell RNA sequencing identifies potential critical prognostic biomarkers in bladder carcinoma
2025-Nov-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23975-z
PMID:41203683
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别膀胱癌的潜在关键预后生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据识别膀胱癌预后相关基因,并发现IGFBP5、KRT14和SERPINF1与不良生存结局相关 | 研究样本来源于公共数据库,需要进一步实验验证和临床队列验证 | 识别能够预测膀胱癌患者预后的遗传标志物 | 膀胱癌患者样本和膀胱癌细胞系 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, 蛋白质印迹 | LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据, 基因表达数据 | GSA-Human数据库中的膀胱癌样本和6种膀胱癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 419 | 2025-11-11 |
Laminar CD34+ membranous cells with mechanosensitive properties in subcutaneous fascia of the abdominal midline
2025-Nov-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25651-8
PMID:41203776
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在腹部中线皮下筋膜中发现了一种新型CD34+膜性细胞群 | 首次识别出具有机械敏感特性的CD34+膜性细胞群,揭示了其在筋膜中作为机械装置和信号枢纽的新功能 | 研究仅限于大鼠腹部中线皮下筋膜,人类样本和其他解剖部位尚未验证 | 探索筋膜精细结构和细胞组成,揭示新型细胞群的功能特性 | 大鼠腹部中线皮下筋膜组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,形态学验证,超微结构分析 | NA | 单细胞转录组数据,显微图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2025-11-11 |
Cucurbitacin E inhibits M1 macrophage polarization and attenuates rheumatoid arthritis: a multi-omics analysis and experimental validation
2025-Nov-07, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06332-8
PMID:41204223
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证探讨葫芦素E通过抑制M1巨噬细胞极化缓解类风湿性关节炎的作用机制 | 首次整合转录组学、单细胞测序和网络药理学多组学方法系统研究葫芦素E在类风湿性关节炎中的作用机制 | 需要进一步临床研究验证葫芦素E的治疗效果 | 探索葫芦素E在类风湿性关节炎中的治疗机制 | 类风湿性关节炎患者样本和巨噬细胞极化过程 | 生物信息学 | 类风湿性关节炎 | 转录组学, 单细胞测序, 网络药理学, 流式细胞术 | 机器学习, WGCNA | 基因表达数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |