单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4161	2025-07-10	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	本研究揭示了Dhx36解旋酶在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过调控启动子G-四链体结构影响心肌细胞基因网络和传导系统发育	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育的适用性尚需验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	胚胎期和新生期小鼠心脏	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组和表观基因组数据	Dhx36敲除小鼠胚胎和新生心脏样本
4162	2025-07-10	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	该研究通过单细胞测序技术，识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态交互作用的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平上鉴定了调节睡眠与代谢交互作用的基因，并验证了多个基因的功能	研究仅针对果蝇的特定神经元，结果在更复杂生物中的普适性尚不明确	探索睡眠与代谢状态交互作用的细胞机制	果蝇的侧脑白激肽神经元(LHLK neurons)	神经科学	NA	单细胞测序(CEL-Seq), Patch-seq	NA	RNA测序数据	喂食和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
4163	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in pediatric research: Focusing on differentiation trajectories and immune microenvironment of neuroblastoma 2024-Sep, Pediatric discovery.. DOI:10.1002/pdi3.61 PMID:40625458	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在神经母细胞瘤（NB）研究中的应用，重点探讨了分化轨迹、肿瘤异质性和免疫微环境	利用scRNA-seq技术深入解析神经母细胞瘤的分化轨迹、肿瘤异质性及免疫微环境，为疾病机制研究和临床诊疗提供新视角	综述性质文章，未涉及具体实验设计和数据验证	总结scRNA-seq技术在神经母细胞瘤研究中的最新进展和应用价值	神经母细胞瘤（NB）	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
4164	2025-07-10	Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex 2023-10-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adf6484 PMID:37824669	研究论文	该研究通过快速GABA能神经元病毒遗传标记和Patch-seq技术，分析了人类大脑切片中GABA能神经元的亚类和转录组类型	揭示了PVALB和SST亚类之间的过渡，识别了灵长类特有的双束细胞（DBCs）的多个空间不同类型，并阐明了小鼠和人类新皮层GABA能神经元类型之间的细胞差异	研究仅基于人类大脑切片，可能无法完全反映体内环境的复杂性	理解人类大脑细胞类型的保守和特化细胞特性	人类新皮层中的GABA能神经元	神经科学	NA	Patch-seq（膜片钳电生理学加单细胞RNA测序）	NA	电生理和转录组数据	人类大脑切片中的GABA能神经元样本
4165	2025-07-10	Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity 2023-05-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033 PMID:36948206	研究论文	本文探讨了神经元身份如何定义α-突触核蛋白和tau蛋白的毒性，揭示了不同神经元对这两种蛋白毒性的不同敏感性	通过深度表型分析和全脑单细胞RNA测序，揭示了神经元对α-突触核蛋白和tau蛋白毒性的内在易感性，独立于表达水平	研究主要基于果蝇模型，人类神经元的研究结果需要进一步验证	研究神经元身份如何影响α-突触核蛋白和tau蛋白的毒性，以揭示神经退行性疾病的机制	人类大脑数据集和果蝇中的200多种活神经元类型	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	果蝇模型	RNA测序数据	200多种果蝇神经元类型
4166	2025-07-10	SigEMD: A powerful method for differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data 2018-08-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2018.04.017 PMID:29702224	研究论文	提出了一种名为SigEMD的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析	结合数据插补方法、逻辑回归模型和基于Earth Mover's Distance的非参数方法，提高了差异基因检测的精确性和效率	未明确提及具体局限性	开发一种更精确和高效的单细胞RNA测序数据差异基因表达分析方法	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	scRNAseq	逻辑回归模型	单细胞RNA测序数据	模拟数据集和真实数据集（未提供具体数量）
4167	2025-07-09	Sirtuin 2 regulates NOD-like receptor protein 3/nuclear factor kappa B axis to promote cartilage repair in osteoarthritis 2025-Sep, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.70031 PMID:40620356	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 2（SIRT2）如何通过调节NLRP3/NF-κB信号轴促进骨关节炎（OA）中的软骨修复	揭示了SIRT2通过去乙酰化NF-κB p65抑制NLRP3激活的新机制，为OA治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明SIRT2在OA中调节NLRP3/NF-κB信号轴的作用机制	OA小鼠模型和软骨细胞培养物	分子生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序、Western blotting、实时PCR、共免疫沉淀、染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质数据	OA小鼠模型和体外培养的软骨细胞
4168	2025-07-09	Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics 2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483 PMID:40622835	研究论文	提出了一种名为STMCCL的自监督学习框架，用于基于空间转录组学的空间域识别	结合掩码自编码器和聚类引导的对比学习，探索基因表达谱和空间拓扑的复杂关系	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的空间域识别精度	空间转录组数据	数字病理	NA	空间转录组技术	掩码自编码器（masked autoencoder）	基因表达谱和空间信息	7个公共数据集
4169	2025-07-09	Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma 2025-Jul-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359541250527042918 PMID:40626537	研究论文	本研究通过整合单细胞测序分析，揭示了与二硫化物凋亡相关的骨肉瘤分子亚型及新型预后系统	首次在骨肉瘤中探索了二硫化物凋亡的作用，并建立了基于DRG的预后模型	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探索二硫化物凋亡相关基因在骨肉瘤中的作用及预后价值	骨肉瘤患者及细胞系	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、细胞迁移和侵袭实验	Cox和LASSO回归分析	基因表达数据	公共数据库中的骨肉瘤患者数据及体外实验的细胞系
4170	2025-07-09	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的关键基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	识别了六个与ESCC相关的乳酸关键基因，并分析了它们在免疫细胞亚群中的表达差异	研究仅基于基因表达数据，未进行实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的预后和免疫特征	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	两个ESCC细胞系及正常样本
4171	2025-07-09	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的关键治疗靶点，并创新性地采用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于动物和体外模型，尚未进行临床验证	探索急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的分子机制并开发新型治疗方法	急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢过程	生物医学工程	急性胰腺炎	scRNA-seq, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术	体内和体外AP模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库中的测序数据和实验模型
4172	2025-07-09	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中体感神经支配减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病神经病变与骨代谢异常的神经-骨骼信号传导机制	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类样本中进一步验证	探究糖尿病外周神经病变对骨代谢的影响机制	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但包含多组织单细胞测序数据
4173	2025-07-09	Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03068-z PMID:40608205	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了TMEM71作为预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物	首次将TMEM71鉴定为与乳腺癌免疫治疗反应相关的新型免疫相关基因，并探索其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证TMEM71的功能机制	探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ssGSEA, CIBERSORT, GO, KEGG, GSEA分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	整合TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集
4174	2025-07-09	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02909-1 PMID:40608217	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示雌激素在TSC-AML中的性别差异及其对肿瘤微环境和肿瘤细胞特性的影响	样本量较小（仅4例患者），可能影响结果的普遍性	探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用	结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	结节性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例患者（2名女性，2名男性）
4175	2025-07-09	Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05191-x PMID:40610502	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，研究肾脏移植活检中边缘性变化和孤立V病变的分子特征	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别了CD8效应记忆T细胞的表达谱和关键上调基因，特别是STAT1作为枢纽基因	样本量较小，仅包括4名边缘性排斥或活检证实的TCMR患者和2名无TCMR证据的患者	深入了解肾脏移植排斥反应的分子机制	肾脏移植活检样本和外周血单核细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	6名患者（4名边缘性排斥或TCMR，2名无TCMR）
4176	2025-07-09	Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10056-4 PMID:40610613	研究论文	本研究通过机器学习辅助的多维转录组分析，探讨了细胞骨架相关分子与肝细胞癌预后的关系	开发了一个基于五种细胞骨架相关基因（ARPC1A、CCNB2、CKAP5、DCTN2、TTK）的预后模型，并通过单细胞测序和空间转录组学揭示了这些基因在恶性组织中的表达及其与免疫抑制微环境的关联	研究依赖于公开数据集，可能受到样本选择和数据的限制	探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序（scRNA-seq）、空间转录组学、药物筛选、分子对接	LASSO回归、随机森林	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	TCGA-LIHC数据集、ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV两个独立队列
4177	2025-07-09	The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03066-1 PMID:40610765	研究论文	本研究探讨了JPT1在肝细胞癌（HCC）中的表达、功能及其与预后的关系	首次系统性地研究了JPT1在HCC中的表达模式、功能机制及其与免疫微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明JPT1在HCC进展中的作用及其潜在机制	肝细胞癌（HCC）患者和癌细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	生物信息学分析（包括差异表达基因分析、功能富集分析、空间转录组学）	Cox比例风险模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的HCC患者样本
4178	2025-07-09	Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf317 PMID:40618351	研究论文	本文介绍了一种名为Magic的自训练对比学习模型，用于从组织学图像预测空间基因表达分布	提出了结合对比学习和基于动量的伪目标生成模块，以减少噪声影响，并利用基于transformer的解码器预测基因表达	未提及具体的技术实现细节和计算资源需求	开发一种能够从组织学图像预测空间基因表达的计算方法	乳腺癌和结直肠癌的组织切片及TCGA数据集	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	对比学习模型（Magic）	图像和基因表达数据	训练集包含56个乳腺癌切片的75,760个点，验证集包含5个独立切片的11,026个点
4179	2025-07-09	Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf309 PMID:40618350	研究论文	提出了一种基于方差分解分析的单细胞转录组数据基因共表达网络推断方法GCNVDA，用于探索基因调控机制	GCNVDA方法通过整合多种变异源（包括基因水平方差和残差误差）来推断基因共表达网络，优于现有算法	未提及具体的数据稀疏性和噪声处理能力限制	探索细胞类型特异性基因共表达网络，以理解基因功能和疾病病理学	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	GCNVDA	转录组数据	三个真实世界的单细胞数据集
4180	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体