单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4161	2025-02-14	A novel gene signature for predicting outcome in colorectal cancer patients based on tumor cell-endothelial cell interaction via single-cell sequencing and machine learning 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42237 PMID:39944338	研究论文	本文通过单细胞测序和机器学习技术，开发了一种基于肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的新基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后	创新点在于结合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了与结直肠癌预后相关的肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的分子特征，并开发了新的预后标志物	研究主要基于计算分析，缺乏实验验证，且样本来源和数据集的多样性可能影响结果的普适性	研究目的是通过分析肿瘤细胞与内皮细胞的相互作用，开发一种新的基因特征，以提高结直肠癌患者的预后预测精度	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤细胞和内皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法	RNA测序数据, 转录组数据	多个数据库中的结直肠癌患者样本
4162	2025-02-14	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-Feb-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本文介绍了一种名为HematoMap的工具，用于解析白血病的异质性和谱系异常	通过单细胞RNA测序数据和余弦距离算法，构建了正常造血过程的参考层次结构，并开发了LASSO评分模型来揭示AML和BCP-ALL患者的谱系异常	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	理解白血病的细胞起源和疾病起始及发展的机制	急性髓性白血病（AML）和B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	LASSO评分模型	RNA测序数据	25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞
4163	2025-02-14	Characterization of ferroptosis-related genes in aplastic anaemia: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-12, Acta haematologica IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000543656 PMID:39938486	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探讨了与再生障碍性贫血（AA）相关的铁死亡关键基因	首次在AA中整合使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关基因在AA中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用	再生障碍性贫血患者和对照组的RNA测序数据	生物信息学	再生障碍性贫血	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4164	2025-02-14	Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer 2025-Feb-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673367232250102015441 PMID:39945264	研究论文	本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1（GLP-1）信号相关的可靠预后工具，以指导胰腺癌（PC）的治疗	开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型，用于评估胰腺癌的预后，并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且样本量有限	开发一个可靠的预后评估模型，以改善胰腺癌的诊断和治疗	胰腺癌患者	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA	RiskScore模型, nomogram模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据，GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析
4165	2025-02-14	Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges 2025-Feb-12, Current molecular medicine IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0115665240355043250130110501 PMID:39945269	综述	本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战	单细胞RNA测序技术的引入，使得研究者能够分析单个免疫细胞，克服了传统批量RNA测序的局限性，为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角	尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力，但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战	探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力	结直肠癌及其免疫反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
4166	2025-02-14	Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice 2025-Feb-11, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00378-2 PMID:39934865	研究论文	本研究探讨了羧酸酯酶1（CES1）在皮肤中通过代谢内源性大麻素2-AG影响黑色素瘤进展的机制	首次证明了CES1在皮肤中的表达及其在黑色素瘤进展中的作用，提出CES1可能成为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤亚型的CES1表达模式仍需进一步验证	探讨CES1介导的2-AG代谢在黑色素瘤进展中的作用	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型中的黑色素瘤组织	肿瘤生物学	黑色素瘤	靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质分析（ABPP）、靶向脂质组学、放射性示踪实验	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型	代谢物数据、蛋白质活性数据、单细胞RNA测序数据	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠的黑色素瘤组织及正常皮肤组织
4167	2025-02-14	Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer 2025-Feb-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001 PMID:39889705	研究论文	本文通过单细胞转录组学和T细胞受体克隆型分析，比较了肝细胞癌（HCC）患者在抗PD-1联合lenvatinib治疗前后的T细胞反应，揭示了与临床疗效和耐药性相关的T细胞亚群	发现了肿瘤浸润的GZMK CD8效应/效应记忆T细胞（Teff/Tem）在联合治疗中的积极作用，以及未充分研究的KIR CD8 T细胞亚群和FOXP3 CD4调节性T细胞在非响应者中的富集	研究样本仅限于肝细胞癌患者，未涵盖其他类型的癌症	探索抗PD-1联合lenvatinib治疗在癌症中的免疫学机制	肝细胞癌（HCC）患者	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学，T细胞受体克隆型分析	NA	单细胞RNA测序数据	肝细胞癌患者治疗前后的T细胞样本
4168	2025-02-14	Single-cell pseudotime and intercellular communication analysis reveals heterogeneity and immune microenvironment in oral cancer 2025-Feb-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01918-4 PMID:39928204	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、伪时间分析和细胞间通讯分析，揭示了口腔癌的异质性和免疫微环境	首次使用单细胞分析技术揭示口腔癌肿瘤微环境中的细胞间通讯复杂性，提供了新的视角	NA	研究口腔癌的异质性和免疫微环境，探索其在肿瘤进展和免疫反应中的作用	口腔癌细胞及其微环境	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, t-SNE	单细胞RNA测序数据	NA
4169	2025-02-14	Neonatal sevoflurane exposures inhibits DHHC5-mediated palmitoylation of TfR1 in oligodendrocytes, leading to hypomyelination and neurological impairments 2025-Feb-08, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.009 PMID:39929269	研究论文	本研究探讨了新生儿麻醉暴露如何通过抑制DHHC5介导的TfR1棕榈酰化，导致少突胶质细胞中的铁积累和铁死亡，进而引起髓鞘形成不足和神经功能损伤	首次揭示了DHHC5在少突胶质细胞中的关键作用，阐明了TfR1相关铁死亡在新生儿麻醉相关神经毒性中的核心机制，并提出了DHHC5作为潜在治疗靶点的新视角	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	阐明铁稳态，特别是转铁蛋白受体1（TfR1）在新生儿麻醉易感性中的潜在作用和机制	少突胶质细胞和神经元	神经科学	新生儿麻醉相关神经损伤	共免疫沉淀实验、酰基树脂辅助捕获实验、单细胞RNA测序	Pdgfrα-CreERT小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	从出生后第6天到第8天的小鼠
4170	2025-02-14	Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02555-5 PMID:39653820	研究论文	本文开发并验证了多重化大脑类器官的策略，用于高分辨率解析神经发育轨迹，并链接特定个体的轨迹与遗传变异	开发了新的计算方法和多重化策略，包括SCanSNP和共识调用，以解决双细胞和低质量细胞识别的关键问题	NA	为大脑疾病和神经多样性建模提供高度可扩展的资源	大脑类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCanSNP	单细胞RNA测序数据	多个多能干细胞（PSC）系
4171	2025-02-14	iFlpMosaics enable the multispectral barcoding and high-throughput comparative analysis of mutant and wild-type cells 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02534-w PMID:39672980	研究论文	本文介绍了一种名为iFlpMosaics的工具包，用于在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪	iFlpMosaics工具包提供了新的遗传工具和小鼠品系，能够在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪	当前技术在小鼠中诱导遗传嵌合体时缺乏准确性、通量或条形码多样性	研究基因功能及其在组织发育、稳态和疾病中对单个细胞生物学的影响	野生型和Cre突变细胞	生物医学	NA	多光谱成像、荧光激活流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
4172	2025-02-09	Unveiling heterogeneity in rare cells by combining RNA-based sorting and scRNA-seq 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02073-2 PMID:39920268	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4173	2025-02-14	The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy 2025-Jan-31, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00812-24 PMID:39641620	研究论文	本文研究了在慢性持续性HIV/SIV感染中，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产生的影响	首次揭示了在cART治疗或自然控制者中，SIV-Gag特异性fCD8 T细胞频率与Tfh细胞中SIV RNA量的负相关关系，并通过scRNA-seq分析了不同条件下SIV-Gag特异性fCD8 T细胞的基因表达模式	研究样本量较小，仅涉及15只猕猴，且未探讨fCD8 T细胞功能改善的具体机制	探讨SIV特异性fCD8 T细胞在慢性HIV/SIV感染中对潜伏感染细胞的影响	15只感染SIVmac239的猕猴	免疫学	HIV/SIV感染	scRNA-seq, 组织切片分析	NA	单细胞RNA测序数据, 组织切片数据	15只猕猴（8只进展者，7只自然控制者）
4174	2025-02-14	Single-cell profiling of SLC family transporters: uncovering the role of SLC7A1 in osteosarcoma 2025-Jan-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06086-1 PMID:39844299	研究论文	本文通过单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了SLC7A1在骨肉瘤中的关键作用，并构建了SLC相关的预后模型	首次在单细胞水平上揭示了SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式，并发现SLC7A1在骨肉瘤细胞中的关键作用及其与免疫微环境的相互作用	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	骨肉瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序, RNA-seq, LASSO回归分析, 虚拟对接	LASSO回归模型	单细胞测序数据, RNA-seq数据	GSE152048, GSE162454, TARGET和GSE21257队列的数据
4175	2025-02-14	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	研究论文	本文通过Xenium空间转录组学技术，识别了在伤口愈合过程中诱导产生的一种独特的p21高表达衰老细胞群体，并发现清除这些细胞可以加速伤口愈合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞在伤口愈合中的独特作用，并揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	未明确说明p21高表达衰老细胞的具体清除方法及其长期影响	研究p21高表达衰老细胞在伤口愈合中的作用及其机制	p21高表达的衰老细胞	数字病理学	NA	Xenium空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4176	2025-02-14	Integrative multi-omics analysis for identifying novel therapeutic targets and predicting immunotherapy efficacy in lung adenocarcinoma 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2024.91 PMID:39935429	研究论文	本研究通过整合多组学分析，识别了肺腺癌的新型治疗靶点并预测了免疫治疗的疗效	采用单细胞RNA测序、批量转录组分析和全基因组关联研究数据，结合贝叶斯反卷积和机器学习算法，全面表征了肺腺癌的肿瘤微环境，并开发了稳健的预后模型	研究依赖于多个患者队列的数据整合，可能存在样本异质性问题	识别肺腺癌的新型细胞亚群和分子亚型，探索潜在治疗靶点以提高治疗效果和患者预后	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、全基因组关联研究（GWAS）	贝叶斯反卷积、机器学习算法	RNA测序数据、基因组数据	多个肺腺癌患者队列
4177	2025-02-14	Exploring Core Genes Associated with Sepsis and Systemic Inflammatory Response Syndrome Using Single-Cell Sequencing Technology 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S448900 PMID:39935525	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析脓毒症死亡和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的单细胞转录组数据，以识别免疫反应中的独特标志物和模式	通过UMAP细胞聚类揭示了血液样本中四种主要细胞类型的十二个细胞簇的状态，以及死亡患者和SIRS患者之间主要细胞群体的差异，为早期诊断和治疗提供了新的理论框架	研究中未提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	探索与脓毒症和全身炎症反应综合征相关的核心基因，以改善疾病的早期检测和识别	脓毒症死亡患者和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的血液样本	数字病理	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
4178	2025-02-14	Single-cell sequencing reveals cell heterogeneity and aberrantly activated pathways associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1449624 PMID:39944086	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，深入分析了肝细胞癌（HCC）中微血管侵犯（MVI）相关的细胞异质性和异常激活的信号通路	首次在单细胞水平上揭示了MVI阳性恶性细胞的分子特征和功能异质性，并识别了与MVI相关的特定恶性细胞亚型和关键基因MARCKSL1	样本量较小，仅涉及5名患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，未来研究需要进一步验证MARCKSL1在MVI进展中的作用	探索肝细胞癌中微血管侵犯的细胞异质性、相关生物标志物及细胞间信号相互作用	肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	5名肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，其中3名患者表现出微血管侵犯
4179	2025-02-14	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术，探讨了支气管肺发育不良（BPD）中肺泡简化病理机制，特别是肌成纤维细胞增殖受损的作用	揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD中肺泡简化的核心特征，并指出逆转这一过程可能具有治疗价值	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨BPD中肺泡简化的病理机制，特别是肌成纤维细胞增殖的作用	小鼠模型和单细胞RNA测序数据	数字病理学	支气管肺发育不良（BPD）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	多个小鼠模型
4180	2025-02-14	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，研究了免疫检查点抑制剂相关心肌炎（irMyocarditis）患者的心脏、肿瘤和血液中的免疫反应	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了irMyocarditis患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应特征，并识别了潜在的生物标志物	样本量相对较小，仅包括28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体，可能限制结果的普适性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系	irMyocarditis患者的心脏、肿瘤和血液样本	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质组学数据	28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体