单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4161	2025-02-19	Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400991 PMID:39962810	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS，用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性	开发了scPDS模型，通过整合大规模细胞系数据集的bulk RNA-seq数据，提高了单细胞RNA测序分析的准确性和计算效率	NA	预测癌症药物反应，优化个性化治疗策略	乳腺癌细胞	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	RNA-seq数据	NA
4162	2025-02-19	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	本文提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组学数据中解析细胞间通信和基因表达，以揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	SpaDCN通过生成空间图表示的节点层和边层，并采用动态图卷积来切换节点图和边图的传播，从而有效地转移细胞间通信对表达变异的影响	NA	解决在组织微环境中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组学数据	数字病理学	癌症	空间分辨转录组学	动态图卷积网络	基因表达数据	NA
4163	2025-02-19	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Feb-17, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色技术，探讨了口腔扁平苔藓（OLP）中诱导性三级淋巴结构（iTLSs）的作用及其与疾病严重程度的关系	首次揭示了CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化及iTLSs形成中的关键作用，并发现iTLSs的存在与OLP疾病严重程度显著相关	研究为回顾性研究，样本量有限，且未进行长期随访以评估iTLSs对疾病预后的影响	阐明口腔扁平苔藓中适应性免疫的启动机制，特别是iTLSs和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 图像数据	回顾性收集的口腔扁平苔藓患者临床数据
4164	2025-02-19	Landscape of four different stages of human gastric cancer revealed by single-cell sequencing 2025-Feb-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i2.97125 PMID:39958562	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胃癌四个不同阶段的细胞分布和动态变化	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析胃癌不同阶段的肿瘤微环境中的细胞分布和相互作用	样本量较小，仅涉及四名患者的八个组织样本	探索胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化	胃癌患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	四名患者的八个组织样本，共73645个单细胞
4165	2025-02-19	Single-cell transcriptomes reveal cell-type-specific and sample-specific gene function in human cancer 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42218 PMID:39959484	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了一个基于共表达网络和邻居投票方法的评估框架，以探索其在癌症基因功能理解中的作用	揭示了scRNA-seq在细胞类型特异性和样本特异性基因功能发现中的独特作用，尤其是在免疫细胞中发现了癌症细胞中未发现的免疫相关功能	研究中使用的细胞数量较多（116,814个），但未详细讨论样本来源的多样性或潜在的批次效应问题	探索单细胞RNA测序在癌症基因功能注释中的作用	人类癌症中的细胞类型和样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共表达网络和邻居投票方法	单细胞RNA测序数据	116,814个细胞
4166	2025-02-19	One-carbon metabolism is distinct metabolic signature for proliferative intermediate exhausted T cells of ICB-resistant cancer patients 2025-Feb-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02332-z PMID:39952933	研究论文	本研究探讨了一碳代谢（1CM）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的功能作用，特别是在免疫检查点阻断（ICB）耐药癌症患者的增殖性中间耗竭T细胞（Tex）中的作用	首次将1CM与增殖性中间耗竭T细胞（Tex）联系起来，并发现1CM在免疫治疗耐药患者中显著扩增，提出1CM作为增强免疫治疗疗效的新治疗靶点	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的实验验证，且样本类型和数量有限	阐明1CM在肿瘤免疫微环境中的功能作用，特别是其在免疫治疗耐药中的作用	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌和三阴性乳腺癌患者的T细胞	肿瘤免疫学	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌、三阴性乳腺癌	bulk-RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多种癌症患者的RNA测序数据，具体样本数量未明确
4167	2025-02-19	CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing 2025-Feb-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01927-3 PMID:39953263	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组测序揭示了CCR7在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体机制	首次结合单细胞RNA测序和TCGA-ESCA数据，系统分析了CCR7在ESCC中的表达及其与KRAS信号通路的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	揭示CCR7在食管鳞状细胞癌中的具体机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序	NA	RNA测序数据	28,281个细胞
4168	2025-02-19	A morphological cell atlas of the freshwater sponge Ephydatia muelleri with key insights from targeted single-cell transcriptomes 2025-Feb-14, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-025-00237-7 PMID:39953556	研究论文	本文通过研究淡水海绵Ephydatia muelleri的形态、行为和转录组学，填补了非双侧对称动物细胞和组织形态学理解的空白	描述了新的细胞特征，如极化的外上皮、新的收缩筛细胞、在choanocyte室出口处的运动纤毛以及在excurrent canal和oscula细胞上的非运动纤毛	研究主要集中在一种淡水海绵物种，可能无法完全代表所有海绵的细胞和组织特征	理解动物细胞类型、组织和区域体型的起源，特别是非双侧对称动物与双侧对称动物之间的过渡	淡水海绵Ephydatia muelleri的细胞和组织	进化发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	三种细胞类型（cystencytes, choanocytes, archaeocytes）的活体样本
4169	2025-02-19	Activation of STAT6 in Intestinal Epithelial Cells Predisposes to Gut Inflammation 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451394 PMID:39670708	研究论文	本文研究了STAT6在肠道上皮细胞中的激活如何导致肠道炎症	首次揭示了STAT6在肠道上皮细胞中的激活与肠道炎症的关联	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨STAT6在肠道上皮细胞中的激活对肠道炎症的影响	小鼠模型（VillinCre_STAT6vt小鼠）和人类IBD患者单细胞RNA测序数据	生物医学	炎症性肠病（IBD）	RNA测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类IBD患者单细胞RNA测序数据集
4170	2025-02-19	Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures 2025-Feb, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.70004 PMID:39956958	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）在不同培养系统中的异质性，并鉴定出一组具有高成骨和软骨生成潜能的Ultroser-G-MSCs亚群	首次创建了hUC-MSCs在不同培养系统中的单细胞转录组图谱，并鉴定出具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSCs亚群	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现的临床适用性	揭示hUC-MSCs在不同培养系统中的异质性，并鉴定出具有特定功能的亚群以实现精准临床应用	人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
4171	2025-02-19	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a potential role of ATF3 in brain metastasis of lung adenocarcinoma 2025-Jan-24, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-784 PMID:39958219	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，并识别了ATF3作为潜在的治疗靶点	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞异质性和空间定位，并识别了ATF3在间充质-上皮转化程序中的关键作用	样本量较小，仅分析了3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，并使用了10个公开的单细胞RNA测序数据进行验证	解析肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，识别潜在的治疗靶点	肺腺癌脑转移肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），Western blotting，定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	NA	RNA测序数据	3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，10个公开的单细胞RNA测序数据
4172	2025-02-19	Evaluation of Salivary Diagnostics: Applications, Benefits, Challenges, and Future Prospects in Dental and Systemic Disease Detection 2025-Jan, Cureus DOI:10.7759/cureus.77520 PMID:39958008	综述	本文综述了唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用、益处、挑战及未来前景	强调了唾液作为生物标志物在诊断和监测系统性疾病（如糖尿病和心血管疾病）中的潜力，并探讨了新技术如ELISA、唾液组学和单细胞测序在唾液诊断中的应用	需要进一步研究以解决唾液诊断中的变异性和标准化问题	探讨唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用及其潜力	人类唾液样本	生物医学	糖尿病、心血管疾病、胰腺癌、前列腺癌	ELISA、唾液组学、单细胞测序、定量质谱（qMS）、拉曼光谱（RS）	NA	唾液样本	涉及人类参与者的相关研究
4173	2025-02-19	Transcriptomic analysis of EGFR co-expression and activation in glioblastoma reveals associations with its ligands 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae229 PMID:39959305	研究论文	本文通过RNA测序数据分析，探讨了EGFR在胶质母细胞瘤（GBM）中的共表达和激活机制，并与肺腺癌（LUAD）进行了比较	揭示了GBM中EGFR激活和调控的分子机制与LUAD的差异，特别是通过单细胞RNA测序数据确定了表达信号的细胞来源	研究主要依赖于RNA测序数据，可能未涵盖所有EGFR相关的分子机制	阐明GBM和LUAD中EGFR激活和调控的分子机制差异	胶质母细胞瘤（GBM）和肺腺癌（LUAD）	生物信息学	胶质母细胞瘤	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	TCGA-GBM: 169例, Intellance-2: 166例
4174	2025-02-19	Dual Role of α-MSH in Colitis Progression: Mediating Neutrophil Differentiation via Bone Marrow 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503621 PMID:39959638	研究论文	本研究探讨了炎症性肠病（IBD）发展过程中下丘脑-垂体轴（HPA）的变化及其潜在作用	揭示了α-MSH在结肠炎进展中的双重作用，通过骨髓介导中性粒细胞分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究HPA在IBD发病机制中的具体作用和机制	小鼠模型中的结肠炎	生物医学	炎症性肠病	免疫荧光、RT-qPCR、ELISA、流式细胞术、腺相关病毒介导的基因沉默、联体共生、单细胞RNA测序	DSS诱导的结肠炎模型	实验数据	小鼠模型
4175	2025-02-19	Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics 2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401540121 PMID:39150785	研究论文	本文通过从单细胞RNA速度中学习细胞状态向量场，量化单细胞全局非平衡驱动力，揭示了细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	提出了从单细胞数据中量化Waddington景观的方法，揭示了细胞命运决策的过渡状态和先驱基因的作用，并引入了循环通量的概念来量化每个循环通量对细胞状态转变的贡献	NA	探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞转录组数据	NA
4176	2025-02-19	Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02284-9 PMID:38844627	研究论文	本文介绍了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域，以表征组织的空间结构	IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行参考信息检测，整合多个SRT切片，并明确考虑切片内和切片间的相关性	NA	开发一种计算方法来提高空间转录组学研究中空间域检测的准确性和效率	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	六个SRT数据集，涵盖多种技术、组织、物种和分辨率
4177	2025-02-19	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	本文通过单核RNA测序技术，比较了PSEN1-E280A常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）携带者、散发性AD患者和对照组的转录组，揭示了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的下游通路差异	首次通过单核RNA测序技术深入探索了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的转录组差异，并发现了PSEN1-E280A病例中自噬基因和伴侣蛋白的显著表达差异	样本量较小（27例），且仅针对PSEN1-E280A突变携带者，可能无法完全代表所有ADAD病例	探索常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）与散发性阿尔茨海默病（AD）在特定细胞类型中的转录组差异，并揭示可能的疾病保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	27例（包括PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组）
4178	2025-02-19	Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1506401 PMID:39958873	研究论文	本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的潜在机制	揭示了mTOR/RILP通路在糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损中的作用，并提出了通过调节该通路来恢复自噬流和改善心肌易损性的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的机制	糖尿病小鼠的心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、HE染色、透射电子显微镜、qRT-PCR、WB	NA	基因表达数据、组织图像	糖尿病小鼠的心肌细胞
4179	2025-02-19	Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing 2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65876 PMID:38009742	研究论文	本文介绍了一种从斑马鱼幼虫中分离肠道细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析	提出了一种新的斑马鱼幼虫肠道细胞分离方法，适用于单细胞RNA测序	NA	研究斑马鱼肠道发育和功能障碍的分子机制	斑马鱼幼虫的肠道细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	斑马鱼幼虫的肠道细胞
4180	2025-02-19	Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558301 PMID:37786685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常	使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常	样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证	识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略	特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本	单细胞测序	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析）	Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架	单细胞RNA测序数据	83个样本中的327,990个细胞