单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4161	2025-03-19	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	本文通过使用大量和空间RNA测序技术，研究了糖尿病周围神经病变（DPN）的分子机制，揭示了受影响神经的关键通路差异和免疫特征	首次在人类神经中揭示了感觉轴突mRNA运输的改变，并强调了其在周围神经退化中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者，可能限制了结果的普遍性	深入了解糖尿病周围神经病变的分子机制	从下肢截肢中恢复的胫神经和腓肠神经	数字病理学	糖尿病周围神经病变	bulk RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢样本
4162	2025-03-19	SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations 2024-05-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03263-1 PMID:38741183	研究论文	本文介绍了SCIPAC算法，该算法首次定量估计单细胞数据中每个细胞与表型（如癌症）之间的关联	SCIPAC是首个能够定量估计单细胞数据中每个细胞与表型之间关联的算法，并提供每个关联的p值	NA	开发一种算法来定量估计单细胞数据中细胞与表型之间的关联	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	四个真实数据集（包括癌症和非癌症数据）
4163	2025-03-19	IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics 2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.07.527394 PMID:38645082	研究论文	本文探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用	揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权中的关键作用，并发现其在阿尔茨海默病中的表达减少	研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类组织分析样本有限	研究IQGAP2如何影响免疫细胞通过血脑屏障的渗透	脑内皮细胞（BECs）、小鼠、斑马鱼和人类组织	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫组织学	NA	RNA测序数据、组织图像	小鼠、斑马鱼模型及人类组织样本
4164	2025-03-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Molecular Features of Heterogeneity in the Murine Retinal Pigment Epithelium 2022-Sep-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231810419 PMID:36142331	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠视网膜色素上皮（RPE）细胞的异质性分子特征	首次在小鼠RPE细胞中应用单细胞RNA测序技术，揭示了六种不同的细胞群体及其在RPE成熟过程中的基因表达变化	研究仅基于两只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠的RPE细胞，样本量较小	评估RPE细胞的异质性，并识别影响RPE发育、维持、功能和疾病的细胞网络	小鼠视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物信息学	眼科疾病	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, K-means聚类	RNA测序数据	两只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠的2667和2846个RPE细胞
4165	2025-03-19	Natural genetic variation determines microglia heterogeneity in wild-derived mouse models of Alzheimer's disease 2021-02-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108739 PMID:33567283	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了不同遗传背景小鼠模型中小胶质细胞在阿尔茨海默病中的异质性	揭示了遗传多样性显著影响小胶质细胞在基础神经免疫功能和淀粉样变性反应中的特征和动态变化	研究结果主要基于小鼠模型，其可转化性到人类研究尚需进一步验证	探讨遗传变异如何影响阿尔茨海默病中小胶质细胞的异质性	C57BL/6J小鼠和野生衍生小鼠品系（WSB/EiJ、CAST/EiJ和PWK/PhJ）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	C57BL/6J小鼠和三种野生衍生小鼠品系的小胶质细胞样本
4166	2025-03-18	Identification of DIO2 as a Molecular Therapeutic Target for Depression in Chronic Rhinosinusitis: A Comprehensive Bioinformatics and Experimental Study 2025-Mar-16, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11085-4 PMID:40089956	研究论文	本研究通过综合生物信息学和实验方法，识别了DIO2作为慢性鼻窦炎（CRS）与抑郁症共病的分子治疗靶点	首次通过机器学习和单细胞RNA测序技术，识别了CRS与抑郁症共病的共享枢纽基因，并验证了DIO2在CRS相关抑郁症中的关键作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，实验验证仅限于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证	探索慢性鼻窦炎与抑郁症共病的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	慢性鼻窦炎患者和抑郁症患者的基因表达数据	生物信息学	慢性鼻窦炎, 抑郁症	差异表达基因分析, 加权基因共表达网络分析, 单细胞RNA测序	随机森林, LASSO回归	基因表达数据	来自GEO数据库的基因表达数据集，具体样本数量未明确说明
4167	2025-03-18	CD105 blockade restores osimertinib sensitivity in drug-resistant EGFR-mutant non-small cell lung cancer 2025-Mar-12, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101237 PMID:40090182	研究论文	本研究探讨了CD105在EGFR突变非小细胞肺癌（NSCLC）中对EGFR靶向治疗耐药性的作用，并发现通过阻断CD105可以恢复对奥希替尼的敏感性	首次揭示了CD105在EGFR突变NSCLC中对奥希替尼耐药性的作用，并提出了通过阻断CD105恢复药物敏感性的新策略	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	研究CD105在EGFR突变NSCLC中对EGFR靶向治疗耐药性的作用	EGFR突变的非小细胞肺癌（NSCLC）	癌症研究	肺癌	成像质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、ATAC测序、SCENITH分析	NA	细胞系数据、小鼠模型数据	66个NSCLC肿瘤样本，其中44个具有EGFR突变
4168	2025-03-18	STAT3-orchestrated gene expression signatures and tumor microenvironment in esophageal squamous cell carcinoma uncovered by single-cell sequencing 2025-Mar-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130791 PMID:40068710	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）的分子机制和细胞动态变化	利用单细胞RNA测序技术揭示了ESCC中的主要细胞类型和转录组变化，并发现STAT3是ESCC的核心调控因子，负调控LHPP的表达	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索ESCC的分子机制和细胞动态变化	食管鳞状细胞癌（ESCC）	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	临床样本组织和ESCC细胞系
4169	2025-03-18	Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data 2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640406 PMID:40060619	研究论文	本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络	Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，具有快速运行时间和低内存使用的特点	NA	研究空间基因表达的相关性，以揭示基因在组织中的共表达模式	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过1亿个空间解析点
4170	2025-03-18	Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases 2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322558 PMID:40061311	研究论文	本文通过多组学分析研究了食管腺癌脑转移的分子特征及其临床意义	首次发现ERBB2在食管腺癌脑转移中的反复改变，并揭示了其在疾病进展早期的作用	样本量较小（10例），且仅针对脑转移病例进行研究	探索食管腺癌脑转移的分子机制及其治疗策略	食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤	数字病理学	食管腺癌	全基因组测序、单细胞空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	10例食管腺癌脑转移患者
4171	2025-03-18	MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.638723 PMID:40060426	研究论文	本文介绍了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于利用单细胞转录组数据设计新药物分子	MolGene-E结合了两种新模型：一种能够协调和去噪化学扰动的批量和单细胞转录组数据的跨模态模型，以及一种基于对比学习的生成模型，能够根据转录组数据生成新分子	单细胞组学数据具有噪声、异质性、稀缺性和高维性，这为机器学习方法的应用带来了挑战	开发一种能够利用单细胞转录组数据设计新药物分子的机器学习方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞转录组学	深度生成模型	单细胞转录组数据	NA
4172	2025-03-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2025-Feb-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1 PMID:40034439	研究论文	本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的新方法，用于高效降维高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到包含10万多个位置的数据集，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算效率高的降维方法，以更好地理解组织结构和疾病进展的机制	人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机空间主成分分析（RASP）	PCA	空间转录组数据	多种空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
4173	2025-03-18	EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636688 PMID:39975086	研究论文	本文介绍了一种名为EpiFoundation的基础模型，用于从单细胞ATAC-seq数据中学习细胞表示，通过创新的跨模态预训练过程解决数据稀疏性问题	EpiFoundation通过处理非零峰值集和利用密集基因表达信息监督预训练过程，创新性地解决了scATAC-seq数据的高维稀疏性问题	NA	开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，以解决数据稀疏性和峰值间相关性建模的挑战	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	基础模型	单细胞ATAC-seq数据	100,000+单细胞
4174	2025-03-18	Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764 PMID:38983858	研究论文	本研究探讨了环境暴露和实验操作如何改变组织驻留巨噬细胞的个体发育组成，并评估这些改变对过敏性气道反应的影响	揭示了反复LPS诱导的肺损伤后，肺泡和间质巨噬细胞的个体发育变化及其对HDM诱导的过敏性气道反应的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明环境暴露导致的巨噬细胞个体发育变化对过敏性气道反应的影响	小鼠模型中的组织驻留肺巨噬细胞	免疫学	过敏性气道疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	NA
4175	2025-03-17	Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876 PMID:38934400	研究论文	本文通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性	首次在人类脊髓中应用高吞吐量单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞的分子异质性，并与小鼠数据进行了跨物种比较	研究主要局限于人类和小鼠的脊髓胶质细胞，未涉及其他物种或神经系统的其他部分	探索人类脊髓中胶质细胞的分子异质性及其在疾病中的作用	人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞	数字病理	神经退行性疾病	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	人类和小鼠的脊髓样本
4176	2025-03-17	Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068 PMID:38993124	研究论文	本文研究了脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用，并发现这些外泌体通过诱导受体细胞中TSC2的上调参与细胞通讯	首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在脊髓损伤后细胞通讯中的具体机制，特别是TSC2的上调作用	研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证这些发现	探讨脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用	神经干细胞及其外泌体	细胞生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、转录组测序	体外坏死性凋亡模型	RNA测序数据	16-17天胚胎小鼠的神经干细胞
4177	2025-03-17	Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694 PMID:39665821	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞在健康、疾病和恢复过程中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示了新的细胞状态，并提出了新的分类系统	通过单细胞RNA测序技术发现了少突胶质细胞谱系中的五种新细胞状态，并提出了新的分类系统，有助于更深入地理解少突胶质细胞在生理和病理环境中的作用	需要进一步的研究来验证这些新发现的细胞状态在不同疾病模型中的具体作用	研究少突胶质细胞在健康和疾病状态下的异质性，以及其在脱髓鞘疾病中的作用	少突胶质细胞谱系	生物医学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4178	2025-03-17	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	本文通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制了人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织图谱	结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CODEX技术，首次揭示了人类骨髓中非造血细胞的转录异质性及其与造血细胞的相互作用，并构建了空间解析的多组学图谱	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全捕捉细胞间的动态相互作用和功能变化	研究人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织，以揭示其在造血过程中的作用	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的CODEX成像数据
4179	2024-08-07	Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.384067 PMID:37905887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4180	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型