单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4161	2025-03-19	The scRNA-sequencing landscape of pancreatic ductal adenocarcinoma revealed distinct cell populations associated with tumor initiation and progression 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101323 PMID:40092486	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中与肿瘤起始和进展相关的不同细胞群体	首次在PDAC患者中通过单细胞RNA测序技术识别了与肿瘤起始和淋巴结转移相关的关键细胞群体和基因	样本量较小，仅包括8名PDAC患者，且未涉及其他类型的胰腺癌	探索胰腺导管腺癌（PDAC）的转录组景观，以理解其发展机制并寻找新的治疗策略	8名不同淋巴结转移状态的PDAC患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	8名PDAC患者
4162	2025-03-19	Radiation from frequent whole-body CT scans induces systemic immunosuppression and immune activation of tumor tissue 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102326 PMID:40014978	研究论文	本研究探讨了重复全身CT扫描对系统性免疫、肿瘤免疫微环境及肿瘤控制的影响	首次揭示了重复全身CT扫描辐射诱导系统性免疫抑制和肿瘤组织免疫激活的现象	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明重复全身CT扫描对免疫系统及肿瘤控制的影响	Lewis肺癌小鼠模型	医学影像学	肺癌	ELISA、流式细胞术、免疫组化、RNA测序、单细胞测序	NA	生物样本数据	两组小鼠（对照组和多次全身CT扫描辐射组）
4163	2025-03-19	IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111994 PMID:40071147	研究论文	本文探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用	揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权中的关键作用，并发现其在阿尔茨海默病中的表达减少	研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类数据较少	研究IQGAP2在血脑屏障免疫细胞渗透中的作用	小鼠、斑马鱼和人类组织	分子生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、斑马鱼模型及人类组织样本
4164	2025-03-19	Decoding Long-Distance Communication Under Mineral Stress: Advances in Vascular Signalling and Molecular Tools for Plant Resilience 2025-Mar-17, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15475 PMID:40091594	review	本文探讨了植物在矿物质缺乏条件下的长距离信号传导机制，强调了其在根与茎之间作为通信网络的重要性	揭示了长距离信号传导在维持矿物质稳态和优化生长中的关键作用，并介绍了TRAP-Seq、异种嫁接和单细胞RNA测序等分子工具的新进展	NA	研究植物在矿物质缺乏条件下的长距离信号传导机制，以提高作物的抗逆性和矿物质利用效率	植物	植物生物学	NA	TRAP-Seq, 异种嫁接, 单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
4165	2025-03-19	The dynamically evolving cell states and ecosystem from benign nevi to melanoma 2025-Mar-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2971 PMID:40094420	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了从良性痣到黑色素瘤的动态细胞状态变化及其关键机制	首次在先天性黑色素细胞痣（CMN）患者中，通过单细胞转录组测序识别了从痣到黑色素瘤进展过程中的四种不同黑色素细胞亚群状态，并揭示了其功能和调控途径的动态变化	样本量较小，仅涉及5名患者，可能限制了结果的普遍性	探索从良性痣到黑色素瘤的恶性转化过程中的细胞状态变化及其关键机制	5名诊断为先天性黑色素细胞痣（CMN）并发展为黑色素瘤的患者的多对组织样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组测序，bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据，bulk RNA-seq数据	5名患者的多对组织样本
4166	2025-03-19	Harnessing the Foundation Model for Exploration of Single-cell Expression Atlases in Plants 2025-Mar-17, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024 PMID:40094454	研究论文	本文介绍了一种名为scPlantLLM的Transformer模型，用于处理植物单细胞RNA测序数据，以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	开发了scPlantLLM模型，采用顺序预训练策略，结合掩码语言建模和细胞类型注释任务，生成鲁棒且可解释的单细胞数据嵌入	NA	解决植物单细胞RNA测序数据中的批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	植物单细胞RNA测序数据	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	单细胞RNA测序数据	数百万个植物单细胞数据点
4167	2025-03-19	Cell Fate Determination of the Potato Shoot Apex and Stolon Tips Revealed by Single-Cell Transcriptome Analysis 2025-Mar-17, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15459 PMID:40095217	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞命运决定	首次对马铃薯茎尖和匍匐茎尖进行单细胞RNA测序，揭示了23个不同的细胞簇及其特异性基因表达模式	未提及具体局限性	研究马铃薯茎尖和匍匐茎尖的转录差异及其细胞命运决定机制	马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
4168	2025-03-19	A Gremlin 1-expressing splenic niche cell population restrains chronic myeloid leukemia by antagonizing the BMP pathway 2025-Mar-17, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00933-2 PMID:40097655	研究论文	本文探讨了脾脏在白血病发病机制中的关键作用，特别是Gremlin 1表达的脾脏微环境细胞群通过拮抗BMP通路抑制慢性髓性白血病（CML）的进展	揭示了Gremlin 1及其表达的脾脏微环境细胞群在抑制CML中的新机制，这是首次发现脾脏通过这种方式对抗白血病	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	研究脾脏微环境在慢性髓性白血病中的作用机制	小鼠模型和人类样本中的脾脏微环境细胞群	生物医学	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类样本
4169	2025-03-19	Kinesin family member 14 expression and its clinical implications in colorectal cancer 2025-Mar-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i3.102696 PMID:40092935	研究论文	本研究评估了Kinesin家族成员14（KIF14）在结直肠癌（CRC）中的表达及其临床意义，并探讨了其与氯化硝基喹啉（NC）的相互作用	首次通过多中心高通量数据和单细胞测序技术验证了KIF14在CRC中的表达及其作为治疗靶点的潜力	研究样本量有限，且未进行大规模临床试验验证KIF14作为治疗靶点的有效性	评估KIF14在CRC中的临床意义及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	癌症研究	结直肠癌	免疫组织化学染色、高通量数据分析、单细胞测序、CRISPR敲除筛选、全基因组测序、分子对接	NA	蛋白质表达数据、mRNA水平数据、单细胞测序数据	208名CRC患者、2436个CRC样本、1320个非癌性结直肠组织对照
4170	2025-03-19	Advances and global trends of precancerous lesions of gastric cancer: A bibliometric analysis 2025-Mar-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i3.102111 PMID:40092937	综述	本文通过文献计量学方法，全面回顾了胃癌前病变（PLGC）的研究现状，分析了发展趋势和研究热点	利用文献计量学工具（如VOSviewer、CiteSpace等）对2004年至2023年间发表的PLGC相关研究进行了系统分析，揭示了研究热点和未来方向	研究主要基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献，且未深入探讨具体研究方法的局限性	全面回顾胃癌前病变的研究现状，分析发展趋势和研究热点，为未来研究提供指导	胃癌前病变（PLGC）相关研究	文献计量学	胃癌	单细胞测序、空间分辨分析、多组学方法、人工智能、机器学习	NA	文献数据	4097篇文章
4171	2025-03-19	Artificial intelligence-driven integration of single-cell RNA sequencing and transcriptome analysis to decipher APOE's role in gastric cancer prognosis and therapy 2025-Mar-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02100-6 PMID:40082390	研究论文	本研究利用人工智能驱动的单细胞RNA测序和转录组分析，探索了胃肿瘤微环境，并识别了新的预后标志物和治疗靶点	结合人工智能技术，首次揭示了APOE在胃癌中的免疫抑制作用及其通过M2巨噬细胞极化促进肿瘤进展的机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索胃癌的肿瘤微环境，识别新的预后标志物和治疗靶点	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析	AI增强的分析方法	RNA测序数据	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据集
4172	2025-03-19	Single-cell transcriptomic analyses reveal heterogeneity and key subsets associated with survival and response to PD-1 blockade in cervical squamous cell carcinoma 2025-Mar-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03725-x PMID:40082876	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境的异质性及其与生存和PD-1阻断治疗反应相关的关键细胞亚群	首次在CSCC中通过单细胞RNA测序结合TCGA数据，识别了10种主要细胞类型和35个基质及免疫细胞亚群，并发现PCLAF+ TAEpis与CD8+ T细胞数量、患者生存率及抗PD-1治疗反应呈负相关	研究样本量有限，且主要基于单中心数据，需要更大规模的多中心研究验证	探讨CSCC肿瘤微环境的异质性及其对PD-1阻断治疗反应的影响	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者肿瘤组织中的细胞	数字病理	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	50,649个细胞
4173	2025-03-19	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症条件下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程	首次验证了d-flow和高胆固醇血症共同作用下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程，并提供了单细胞RNA测序和免疫组化染色证据	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞的重编程机制	小鼠的颈动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	95只小鼠，98,553个单细胞
4174	2025-03-19	Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640852 PMID:40093136	研究论文	本研究利用基于图像的空间转录组学在亚细胞分辨率下对纵向人类心脏活检样本进行分析，以表征62名成人和儿童心脏移植受者在组织学诊断的排斥反应期间和之后的转录异质性	首次在亚细胞分辨率下应用空间转录组学技术，揭示了心脏移植排斥反应期间的转录异质性，并识别了与长期预后相关的基因	研究样本量相对较小（62名受者），且主要依赖于组织学诊断的排斥反应，可能存在诊断变异性的问题	研究心脏移植后排斥反应的分子表型，以分层治疗反应并改善移植后的短期和长期结果	62名成人和儿童心脏移植受者	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	图像	62名心脏移植受者
4175	2025-03-19	Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease 2025-Feb-28, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-710 PMID:40083491	研究论文	本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力	首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略	研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力	COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	COPD患者样本及COPD小鼠模型
4176	2025-03-19	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究通过全脑转录组分析，揭示了怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的长期影响，特别是背侧海马体在转录重塑中的关键作用	首次将多巴胺确定为怀孕诱导的神经适应的核心调节因子，揭示了女性生殖经历通过转录机制重塑母体大脑以维持长期行为适应的基本机制	研究主要关注背侧海马体，可能忽略了其他脑区在怀孕和产后神经适应中的作用	探讨怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的分子机制	母体大脑，特别是背侧海马体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，化学遗传学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及母体小鼠及其幼崽
4177	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
4178	2025-03-19	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	本文开发了一种基于图的三维空间基因邻域网络嵌入方法（3D-spaGNN-E），用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在三维空间中解析亚细胞基因邻近关系，并通过可解释性分析识别亚细胞通讯模式	三维数据的复杂性增加了分析难度，且需要新的分析方法来处理这些数据	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系及其模式	间充质干细胞（MSCs）、外周血单核细胞（PBMCs）、小鼠下丘脑和皮质的星形胶质细胞与神经元	数字病理学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮质组织
4179	2025-03-19	Multi-Omics Profiling Identifies a High-Risk Subgroup of Breast Cancer Stem Cells for Prognostic Stratification and Personalized Treatment 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.109589 PMID:40092692	研究论文	本研究通过多组学分析识别出乳腺癌干细胞中的一个高风险亚群，用于预后分层和个性化治疗	利用单细胞RNA测序数据集将乳腺癌干细胞分为两个亚群，并研究了它们的伪时间发育动态，揭示了BCSCs-2亚群的预后和治疗重要性	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA-BRCA的转录组数据，可能缺乏其他类型的数据验证	研究乳腺癌干细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态作用，以提供预后和治疗的生物标志物	乳腺癌干细胞（BCSCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	459个乳腺癌干细胞
4180	2025-03-19	Multi-omics analysis reveals lysosome-associated molecular subtype characterization and prognostic modeling system in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105351 PMID:40092704	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肺腺癌中与溶酶体相关的分子亚型特征，并构建了一个预后模型系统	首次通过多组学整合分析开发了基于溶酶体相关基因（LRGs）评分的肺腺癌预后风险分层系统，并验证了关键预后靶点SLC2A1的功能	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏大规模临床样本的验证	探索溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用，并构建预后风险分层系统	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	多组学分析、单细胞测序、Western blotting、PCR、集落形成实验、Transwell实验	LASSO回归、单变量和多变量Cox分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本