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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4141 | 2026-05-01 |
Multiomics Analysis Reveals Stromal Cell State Changes and INHBA-Associated Remodeling in Calcific Aortic Valve Disease
2026-Apr-30, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.126.324799
PMID:42059080
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示钙化性主动脉瓣疾病中基质细胞状态变化及INHBA相关的重塑机制 | 首次整合GWAS、单细胞RNA测序和体外模型,系统解析胎儿、健康成人及CAVD瓣膜中基质细胞亚群状态转变,并鉴定INHBA在VIC成骨重塑中的关键作用 | 未明确说明具体局限性 | 阐明CAVD的细胞和分子机制,特别是基质细胞状态变化及INHBA在疾病相关重塑中的作用 | 主动脉瓣膜间质细胞和瓣膜源性基质细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、GWAS、bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胎儿、健康成人和CAVD患者的瓣膜样本,以及体外VIC钙化模型 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序用于scRNA-seq; Illumina NovaSeq用于bulk RNA-seq和GWAS |
| 4142 | 2026-05-01 |
Integrating single-cell RNA and bulk RNA sequencing data to identify prognostic genes associated with pyrimidine metabolism in triple-negative breast cancer by machine learning algorithm combinations
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05118-6
PMID:42060238
|
研究论文 | 利用机器学习算法整合单细胞和批量RNA测序数据,识别三阴性乳腺癌中与嘧啶代谢相关的预后基因 | 首次通过101种机器学习算法组合筛选与嘧啶代谢相关的预后基因,并基于单细胞RNA测序分析揭示上皮细胞与预后基因表达的相关性 | 所有数据来自公共数据库,缺乏独立外部验证队列;预后基因的功能验证仅限于SEPT3,其他基因的机制未深入探讨 | 识别三阴性乳腺癌中与嘧啶代谢相关的预后基因 | 三阴性乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq | 加权基因共表达网络分析、单变量Cox回归、101种机器学习算法组合 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中的三阴性乳腺癌样本(具体数量未说明) | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4143 | 2026-05-01 |
Spatial-aware detection of copy number alterations from spatial transcriptomics using SpaCNA
2026-Apr-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72284-0
PMID:42056094
|
研究论文 | 提出SpaCNA框架,整合空间转录组学多模态信息,实现肿瘤拷贝数变异的高精度检测 | 首次将隐马尔可夫随机场模型与空间连续性及形态学特征结合,实现空间转录组数据中CNAs的稳健检测,并扩展到3D空间连续切片的重建 | 未提及计算资源需求或对低质量数据的适应性等局限性 | 开发空间转录组数据中拷贝数变异检测的计算方法 | 模拟数据及多种真实癌症数据集(乳腺癌、结直肠癌、头颈鳞癌) | 计算生物学 | 乳腺癌, 结直肠癌, 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场 | 空间转录组数据 | 模拟数据及多种癌症数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4144 | 2026-05-01 |
RUNX2 drives adenoma-to-carcinoma transition in colon cancer
2026-Apr-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08801-2
PMID:42056097
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术揭示RUNX2驱动结肠腺瘤向腺癌转变的关键机制 | 首次发现RUNX2通过CD8耗竭T细胞-TNF-α-TNFRSF1A通路驱动结肠腺瘤向腺癌转变,并验证了其特异性抑制剂CADD522的抑制作用 | 未明确说明实验样本量及临床转化验证的局限性 | 阐明结肠腺瘤向腺癌转变的分子机制 | 结肠腺瘤和腺癌组织中的CD8耗竭T细胞和上皮细胞 | 机器学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | 九基因风险评分模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4145 | 2026-05-01 |
Clec3b⁺ fibroblasts are the primary effectors of portal fibrosis following activation via a KLF4/periostin axis
2026-Apr-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72394-9
PMID:42056126
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪,鉴定Clec3b⁺成纤维细胞为门脉纤维化的主要效应细胞,并揭示KLF4/Periostin轴调控其活化 | 首次明确Clec3b⁺成纤维细胞是胆道损伤后门脉纤维化的主要效应细胞,并发现KLF4/Periostin信号轴是调控其活化的关键机制 | 研究主要基于小鼠模型,可能不完全代表人类疾病,且未涉及其他慢性肝病中的门脉纤维化机制 | 探究胆道疾病中门脉纤维化的细胞和分子机制,特别是寻找关键效应细胞和调控通路 | 小鼠模型中的门脉成纤维细胞,特别是Clec3b⁺成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 胆道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型样本,具体数量文中未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于小鼠门脉成纤维细胞分析 |
| 4146 | 2026-05-01 |
CXCL5 is associated with neutrophil-driven intestinal inflammation and IL-17-associated epithelial signaling in inflammatory bowel disease
2026-Apr-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49523-x
PMID:42056229
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研究论文 | 探究CXCL5在炎症性肠病中的功能,重点关注其与IL-17信号通路的相互作用及中性粒细胞驱动的肠道炎症机制 | 首次揭示CXCL5在肠上皮细胞中的特异性表达及其与IL-17协同调控中性粒细胞趋化的阶段依赖性作用,提出CXCL5/IL-17轴作为IBD潜在治疗靶点 | 慢性结肠炎模型中CXCL5缺失未显著改变疾病严重程度,需要进一步机制研究阐明其阶段特异性作用的分子基础 | 阐明CXCL5在炎症性肠病发病机制中的作用及其与IL-17信号通路的交互关系 | IBD患者结肠组织样本、公开单细胞RNA测序数据、急性及慢性小鼠结肠炎模型、人肠上皮细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | IBD患者结肠组织样本及公开单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4147 | 2026-05-01 |
Spatial transcriptomic mapping of canine osteosarcoma reveals immune microenvironment features linked to survival
2026-Apr-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10152-9
PMID:42056464
|
研究论文 | 利用空间转录组技术绘制犬骨肉瘤的免疫微环境图谱,揭示与生存相关的特征 | 首次使用10x Genomics Visium平台对犬骨肉瘤进行空间转录组分析,结合单细胞数据解卷积,识别与生存相关的免疫细胞空间共定位模式 | 样本量较小(11只犬的14个肿瘤样本),未提及技术重复或批次效应校正 | 探究犬骨肉瘤肿瘤内异质性和肿瘤微环境的空间特征,识别与生存相关的免疫微环境特征 | 11只犬的14个骨肉瘤肿瘤样本(包括原发、转移和复发肿瘤),按生存结果分层 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 11只犬的14个肿瘤样本,共18,834个组织斑点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium平台用于新鲜冷冻犬骨肉瘤组织切片的空间基因表达分析 |
| 4148 | 2026-05-01 |
Therapeutic effects of mesenchymal stem cell-derived extracellular vesicles from different tissue sources on diminished ovarian reserve and the related mechanisms
2026-Apr-29, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04403-4
PMID:42057118
|
研究论文 | 该论文比较了脂肪组织和脐带来源的间充质干细胞外泌体对环磷酰胺诱导的卵巢储备功能减退小鼠模型的治疗作用及机制 | 首次系统比较不同组织来源的间充质干细胞外泌体在卵巢储备功能减退治疗中的效果差异,并揭示脐带来源外泌体具有更广泛调控作用 | 研究对象为小鼠模型,缺乏临床样本验证;外泌体长期疗效和安全性需进一步评估 | 探讨不同组织来源的间充质干细胞外泌体对卵巢储备功能减退的治疗效果及机制 | 环磷酰胺诱导的卵巢储备功能减退小鼠模型 | 数字病理学 | 生殖疾病 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 环磷酰胺诱导的卵巢储备功能减退小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4149 | 2026-05-01 |
Integrated bioinformatics analysis of the shared molecular mechanisms between Parkinson's disease and COVID-19
2026-Apr-28, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00908-25
PMID:41930954
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序,探讨帕金森病与COVID-19之间的共享分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序揭示CHI3L1在星形胶质细胞中的表达增加是连接COVID-19与帕金森病的关键分子机制,并发现星形胶质细胞通过多种信号分子与神经细胞活跃通讯 | 研究基于公开数据库,样本量有限,且缺乏进一步的实验验证 | 揭示帕金森病与COVID-19共享的分子机制,为治疗靶点提供新见解 | 帕金森病和COVID-19患者的基因表达数据及脑组织单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病,新冠肺炎 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | 差异表达分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络,细胞通讯分析 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 公开数据库中COVID-19和帕金森病患者的样本 | 不适用 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 4150 | 2026-05-01 |
Targeting GPR34 in damage-associated macrophages enhances anti-tumor immunity and the efficacy of Surufatinib in pancreatic cancer
2026-Apr-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02641-4
PMID:42045172
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序识别出高表达GPR34的损伤相关巨噬细胞亚群,并证明靶向GPR34可增强胰腺癌抗肿瘤免疫和索凡替尼疗效 | 首次在胰腺癌中发现GPR34+损伤相关巨噬细胞亚群,揭示其通过释放LysoPS促进CXCL16分泌和胞葬作用导致CD8 T细胞耗竭的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外共培养,尚需进一步的临床试验验证 | 探究靶向GPR34在胰腺癌免疫治疗中的潜在价值 | 胰腺导管腺癌患者标本、Gpr34小鼠模型及体外共培养体系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 接受索凡替尼联合化疗的患者标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4151 | 2026-05-01 |
The emergence of neurogenic lineage motifs in building the vertebrate retina
2026-Apr-28, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102479
PMID:42054855
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综述 | 该综述综合了分子和谱系逻辑,探讨脊椎动物视网膜单个祖细胞池如何产生神经元的多样性 | 发现并强调了神经源性谱系基序——跨物种的神经源性视网膜祖细胞可重复的神经元输出,揭示了兄弟细胞命运协调的基本约束,并作为理解细胞类型特化的基本单元 | 主要基于现有单细胞测序研究的整合,可能受限于不同研究间的技术差异和样本覆盖度 | 解析视网膜神经元多样性产生的分子和谱系逻辑 | 脊椎动物视网膜祖细胞及其产生的神经元类型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组和表观遗传数据 | 多发育阶段的多种脊椎动物视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4152 | 2026-05-01 |
Deep profiling of lupus nephritis kidneys reveals dynamic changes in myeloid cells associated with disease progression
2026-Apr-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2026.03.004
PMID:42055919
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学深度分析狼疮性肾炎肾脏,揭示与疾病进展相关的髓系细胞动态变化 | 首次大规模结合scRNA-seq和空间转录组学,系统描绘狼疮性肾炎肾脏中髓系细胞亚群的动态变化及其与组织损伤和炎症的关系 | 未明确说明,但样本量有限(6例LN患者和2例对照用于空间转录组学) | 探究狼疮性肾炎中髓系细胞介导的免疫反应及其与组织学异质性的关联 | 狼疮性肾炎患者的肾脏样本(156例患者和30例健康对照用于scRNA-seq;6例患者和2例对照用于空间转录组学) | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 156例LN患者和30例健康对照(scRNA-seq),6例LN患者和2例对照(空间转录组学) | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 4153 | 2026-05-01 |
Neutrophil-derived reactive oxygen species and bystander tissue damage in inflammatory bowel disease
2026-Apr-22, Free radical biology & medicine
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综述 | 探讨中性粒细胞来源的活性氧在炎症性肠病中旁观者组织损伤的作用机制 | 整合了氧化还原蛋白质组学、空间转录组学、活体成像和单细胞分析等最新技术,揭示了中性粒细胞氧化损伤并非不可规避的炎症副产物,而是动态、情境依赖且具有治疗靶向潜力的过程 | 未明确指出具体的实验数据或临床验证,属于文献综述,缺乏原创实验证据 | 综述中性粒细胞氧化自由基生物学在胃肠道黏膜中的知识,评估减轻旁观者损伤同时保留宿主防御的治疗策略 | 中性粒细胞及其在炎症性肠病中产生的活性氧和活性氮物种 | 数字病理学, 机器学习, 自然语言处理 | 炎症性肠病 | 氧化还原蛋白质组学, 空间转录组学, 活体成像, 单细胞分析 | NA | 文本, 图像 | NA | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium空间转录组学平台,Illumina NovaSeq测序系统 |
| 4154 | 2026-05-01 |
Metabolic reprogramming and signalling networks in microglial activation: Implications for neurodegeneration
2026-Apr-22, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2026.103138
PMID:42031319
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评论 | 综述小胶质细胞激活中的代谢重编程和信号网络,及其在神经退行性疾病中的作用 | 提出将小胶质细胞激活视为代谢-炎症整合网络,并强调炎症消退失败而非持续激活是慢性神经炎症的关键 | 代谢抑制剂的临床不可行性,需转向TREM2免疫调节剂和消退激动剂 | 整合单细胞转录组学、空间蛋白质组学和代谢组学,提供小胶质细胞激活的综合视角 | 小胶质细胞,特别是疾病相关小胶质细胞 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4155 | 2026-05-01 |
Deciphering IFN signaling in gastric cancer: A single-cell and bulk transcriptomic integration reveals CXCR4 as a key immunomodulator and prognostic determinant
2026-Apr-21, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102778
PMID:42019279
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研究论文 | 通过单细胞和批量转录组学整合,解析胃癌中干扰素信号通路,发现CXCR4作为关键免疫调节因子和预后决定因子 | 首次在单细胞分辨率下深入解析胃癌肿瘤微环境中干扰素信号网络,并识别出CXCR4作为与干扰素信号紧密相关的关键免疫调节因子和预后生物标志物 | 研究主要基于公开数据集和体外细胞实验,缺乏体内验证和临床队列的进一步证实 | 解析胃癌肿瘤微环境中干扰素信号通路的作用,识别可干预的靶点以优化免疫治疗策略 | 胃癌患者的肿瘤组织样本及AGS胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、批量转录组分析、qRT-PCR、Western blot、流式细胞术、CCK-8、Transwell、划痕实验 | NA | 基因表达数据 | 多个胃癌患者样本数据集(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4156 | 2026-05-01 |
Single-Cell sequencing investigation of endoplasmic reticulum stress-related genes in gastric cancer prognostic models and identification of NOX5 as a novel therapeutic target
2026-Apr-20, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102780
PMID:42013548
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研究论文 | 利用单细胞测序研究内质网应激相关基因在胃癌预后模型中的作用,并鉴定NOX5为新治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序分析构建基于内质网应激的胃癌预后模型,并发现NOX5作为新潜在治疗靶点 | NA | 开发基于单细胞分析的内质网应激相关预后标志物,并鉴定潜在治疗靶点 | 胃癌细胞系AGS和MKN-45 | 机器学习,自然语言处理 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归,LASSO | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4157 | 2026-05-01 |
A self-perpetuating cycle of Type H vessel proliferation and T-2 induced inflammation drives KBD pathogenesis
2026-Apr-16, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2026.04.004
PMID:42000119
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研究论文 | 本研究探讨了T-2毒素诱导的H型血管增殖与炎症在大骨节病(KBD)发病机制中的作用,并验证了其形成自循环驱动KBD进展 | 首次发现H型血管在大骨节病发病中的关键中介作用,揭示了T-2毒素运输、炎症与软骨损伤之间的恶性循环机制 | 未明确说明 | 探究H型血管在大骨节病(KBD)发病机制中的作用 | 大鼠KBD模型、H型血管 | 机器学习 | 其他疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、免疫荧光、组织病理学 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 大鼠分为四组:对照组、低硒+T-2组、低硒+T-2+Roxadustat组、低硒+T-2+Halofuginone组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4158 | 2026-05-01 |
Locat: Joint enrichment and depletion testing identifies localized marker genes in single-cell transcriptomics
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.03.716370
PMID:41993378
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研究论文 | 提出一种名为Locat的框架,通过联合评估单细胞转录组数据中基因表达的富集和缺失,识别高度特异性的局部化标记基因 | 传统方法仅关注基因在候选群体内的富集,Locat同时检测表达在群体外是否显著缺失,并整合两者形成统一的局部化评分 | NA | 开发一种新的统计框架,以识别单细胞转录组数据中具有高度空间特异性的标记基因 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权高斯混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4159 | 2026-05-01 |
Spatial Transcriptomics and Dual Dye Mapping Identify Wnt-Driven BBB Protection in Endothelial EphA4-Deficiency
2026-Apr-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9261231/v1
PMID:41994141
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研究论文 | 通过空间转录组学和双染料标记技术,揭示EphA4缺失内皮细胞中Wnt信号驱动的血脑屏障保护机制 | 首次结合双染料标记系统与空间转录组学,解析创伤性脑损伤后血脑屏障破坏的时空动态及EphA4/Wnt信号通路的作用 | 未明确说明局限性 | 研究创伤性脑损伤后血脑屏障破坏的分子和空间特征,以及EphA4/Wnt信号在保护血脑屏障中的作用 | 内皮细胞特异性EphA4基因敲除小鼠和野生型小鼠 | 数字病理学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学, 双染料标记, 免疫组化 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | 小鼠样本,具体数量未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4160 | 2026-05-01 |
Defining the RNA Modification Landscape of Multiple Myeloma Reveals METTL3-Dependent m6A Regulation of NEAT1
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.04.716518
PMID:41993494
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研究论文 | 通过整合质谱、Nanopore直接RNA测序和甲基化RNA免疫沉淀测序,定义了多发性骨髓瘤的RNA修饰景观,并揭示了METTL3依赖的m6A修饰对NEAT1的调控作用 | 首次系统描绘多发性骨髓瘤中RNA修饰的全景图谱,发现了超过15000个m6A位点,并鉴定了m6A修饰的长链非编码RNA NEAT1在疾病中的关键调控作用 | 未明确提及研究的局限点 | 解析多发性骨髓瘤中的RNA修饰图谱及m6A修饰的长链非编码RNA在疾病中的作用机制 | 多发性骨髓瘤细胞和健康细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 质谱, Nanopore直接RNA测序, 甲基化RNA免疫沉淀测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多发性骨髓瘤细胞和健康细胞样本 | Oxford Nanopore Technologies | Nanopore直接RNA测序, 单细胞RNA测序 | Nanopore测序平台 | Nanopore直接RNA测序用于鉴定RNA修饰类型和m6A位点 |