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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4141 | 2025-10-06 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-Jul, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
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研究论文 | 本研究揭示了Asperosaponin VI通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs与PODXL+ ECs的偶联,促进骨质疏松性骨折愈合 | 首次发现Asperosaponin VI可靶向Piezo1激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路,促进骨形成和血管生成的偶联 | 研究主要基于动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并开发新的治疗方案 | LEPR+骨髓间充质干细胞和PODXL+内皮细胞 | 分子生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序,分子对接,CETSA,DARTS,三维培养,免疫荧光,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 卵巢切除结合股骨骨折小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4142 | 2025-10-06 |
Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-025-01916-5
PMID:40537735
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研究论文 | 通过基因表达和单细胞RNA测序分析探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序确认免疫相关基因在睾丸不同细胞群体中的差异表达 | 研究基于现有数据集分析,需要进一步实验验证 | 探讨免疫失调在非梗阻性无精子症发病机制中的作用 | 非梗阻性无精子症患者睾丸组织和细胞 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 差异表达分析 | 基因表达数据 | 多个数据集中的睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4143 | 2025-10-06 |
Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241
PMID:40623094
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研究论文 | 本文通过引入动力学矩阵分析单细胞突变负荷分布与位点频率谱、细胞分裂分布之间的关系 | 开发了新的数学框架——动力学矩阵,首次统一分析三种突变统计分布并推导了死亡情况下的近似表达式 | NA | 研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布规律 | 肿瘤细胞群体的突变分布 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞测序 | 动力学矩阵 | 突变数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
4144 | 2025-10-06 |
Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases
2025-Jul, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00909-y
PMID:40579478
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研究论文 | 本研究通过基因编辑技术创建携带线粒体tRNA突变的小鼠模型,揭示了这些突变在肾脏中的年龄依赖性积累规律及其与线粒体肾病的关系 | 首次利用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术构建多种致病性线粒体tRNA突变小鼠模型,并结合多组学技术揭示肾脏不同细胞类型的异质性突变动态 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累模式及其与线粒体肾病的机制联系 | 携带三种不同致病性线粒体tRNA突变的基因编辑小鼠模型 | 生物医学 | 线粒体肾病 | DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序 | 基因编辑小鼠模型 | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 三种不同突变类型的小鼠模型 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 线粒体单细胞转座酶可及染色质测序(mtscATAC-seq) |
4145 | 2025-10-06 |
Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning
2025-Jun, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70009
PMID:40666234
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研究论文 | 通过机器学习方法识别神经母细胞瘤基因表达谱中的预后生物标志物 | 提出了一种基于网络的整合机器学习方法,结合bulk和单细胞RNA测序数据发现神经母细胞瘤预后相关生物标志物 | NA | 识别神经母细胞瘤的预后生物标志物和治疗靶点 | 神经母细胞瘤基因表达数据 | 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 支持向量机 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4146 | 2025-10-06 |
Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
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研究论文 | 通过695个脑样本的交叉表达元分析,揭示了空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出交叉表达概念,避免基因列表筛选或细胞类型注释,直接从空间相邻细胞中发现协调表达的基因对 | NA | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 成年小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | 元分析网络 | 空间转录组数据 | 约2500万个细胞,695个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 8种不同技术平台 |
4147 | 2025-10-06 |
Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage
2025-Apr, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2505347
PMID:40384395
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研究论文 | 本研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术,对支气管肺泡灌洗液中的细胞群体进行联合分析 | 首次在同一支气管肺泡灌洗液样本中同时应用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术进行互补验证 | 研究样本仅来自健康参与者,未包括疾病状态样本 | 评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞群体表征中的一致性和互补性 | 支气管肺泡灌洗液中的细胞群体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA表达数据,蛋白质表达数据 | 健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
4148 | 2025-10-06 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury
2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639065
PMID:40027701
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研究论文 | 本研究探讨抑制甲基硫腺苷磷酸化酶(MTAP)对实验性急性肾损伤的保护作用 | 首次提出MTAP抑制作为急性肾损伤的新型肾脏保护策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床适用性有待验证 | 开发急性肾损伤的新型治疗策略 | 急性肾损伤小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4149 | 2025-10-06 |
Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521
PMID:40280276
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研究论文 | 本研究探讨了分层蛋白在急性胃损伤后胃主细胞转分化为表达解痉多肽的化生细胞过程中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示分层蛋白在胃主细胞转分化过程中的调控机制,并发现其通过调节EGFR/ERK信号通路发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究分层蛋白在胃主细胞转分化和SPEM发育过程中的分子机制 | Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型中的胃主细胞 | 单细胞生物学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组化,组织学检查 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4150 | 2025-10-06 |
Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1602234
PMID:40666074
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综述 | 本文综述了基于单细胞Hi-C数据的染色质拓扑关联域生物信息学工具及其在人工智能背景下的应用 | 首次系统综述了单细胞水平TAD结构计算分析中的人工智能策略,特别关注深度神经网络在处理大规模单细胞Hi-C数据中的优势 | 单细胞Hi-C数据存在超稀疏性、噪声干扰、实验伪影和细胞异质性等挑战 | 探讨单细胞Hi-C数据中拓扑关联域的计算分析方法及其在人工智能时代的发展趋势 | 染色质拓扑关联域(TADs) | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C测序 | 深度神经网络 | 基因组三维结构数据 | NA | NA | 单细胞Hi-C | NA | NA |
4151 | 2025-10-06 |
SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1606195
PMID:40666097
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA-seq数据,建立了基于SPP1和FOLR2特征的肝细胞癌TAMs新型分类系统 | 超越传统的M1/M2范式重新定义TAMs异质性,将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来 | TAMs的临床和治疗意义仍需进一步探索 | 探索肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的临床和治疗意义 | 肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq,轨迹分析,多重免疫荧光 | 无监督聚类 | RNA测序数据,基因表达数据 | 大规模单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
4152 | 2025-10-06 |
Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184
PMID:40666516
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序揭示胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序识别出ANLN、NT5E和CTSV作为胰腺癌新型预后生物标志物,并揭示恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用机制 | 样本量相对有限(74个单细胞RNA测序样本),需要在更大队列中进一步验证 | 探索胰腺癌中恶性导管细胞的异质性并鉴定预后相关基因标志物 | 胰腺癌患者样本中的恶性导管细胞和肿瘤微环境细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,染色体拷贝数变异分析,非负矩阵分解,机器学习特征选择 | 非负矩阵分解,机器学习特征选择算法 | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据 | 74个单细胞RNA测序样本,TCGA数据集和两个独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4153 | 2025-10-06 |
Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193
PMID:40666524
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研究论文 | 通过整合转录组和单细胞RNA测序分析,鉴定并验证与干细胞和端粒维持机制相关的乳腺癌生物标志物 | 首次整合转录组和单细胞RNA测序分析干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因在乳腺癌中的作用,并识别关键细胞亚群 | 样本量较小(8对样本),需要更大规模研究验证 | 探索干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物的潜力 | 乳腺癌肿瘤组织和配对癌旁正常组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, RT-qPCR, LASSO算法, PPI网络分析 | LASSO | RNA测序数据, 单细胞数据 | 8对乳腺癌肿瘤和癌旁组织(共16个样本) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
4154 | 2025-10-06 |
Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review
2025, Mediastinum (Hong Kong, China)
DOI:10.21037/med-25-12
PMID:40666538
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综述 | 本文综述了早发型重症肌无力中胸腺滤泡增生的病理特征、免疫机制及研究进展 | 整合了单细胞和空间转录组学等新兴技术对胸腺增生机制的研究前景 | 基于文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 探讨早发型重症肌无力中胸腺增生的病理机制和未来研究方向 | 乙酰胆碱受体抗体阳性重症肌无力患者的胸腺病理 | 病理学 | 重症肌无力 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 胸腺类器官模型 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4155 | 2025-10-06 |
Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627758
PMID:39713449
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研究论文 | 本研究揭示了出生后主动脉生长的设计原则,发现其扩张与脊柱长度而非体重相关,并通过两波细胞增殖和内皮细胞挤出实现稳态生长 | 首次发现主动脉生长与脊柱长度直接相关,识别了两波具有独特细胞周期动力学的增殖波,并证明内皮细胞挤出对稳态生长至关重要 | 研究主要聚焦于主动脉,未涉及其他血管类型;遗传模型仅限于软骨发育不全 | 解析控制出生后血管生长和比例缩放的设计原则 | 小鼠主动脉和血管细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 数学建模, 多尺度计算方法 | 数学模型 | 基因表达数据, 细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4156 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals vascularization-associated cell subpopulations in dental pulp: PDGFRβ+ DPSCs with activated PI3K/AKT pathway
2024-10-09, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae051
PMID:39167061
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出牙髓中与血管化相关的PDGFRβ+ DPSCs细胞亚群,并揭示其通过PI3K/AKT通路发挥促血管生成功能 | 首次在牙髓发育过程中鉴定出具有显著促血管生成能力的PDGFRβ+ DPSCs新亚群,并阐明其通过PDGFR/PI3K/AKT信号通路发挥作用 | NA | 解决牙髓再生治疗中的挑战,特别是针对不同年龄和条件供体来源的干细胞移植问题 | 牙髓干细胞(DPSCs)、人脐静脉内皮细胞(HUVEC)、基因编辑小鼠模型 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、假时序分析、转录组测序、基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4157 | 2025-10-06 |
Unveiling impaired vascular function and cellular heterogeneity in diabetic donor-derived vascular organoids
2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae043
PMID:39049437
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研究论文 | 本研究通过糖尿病供体来源的血管类器官揭示了糖尿病血管功能障碍和细胞异质性 | 首次在糖尿病供体来源的血管类器官中发现特异性内皮细胞亚群,揭示其ROS通路过度表达和血管生成特征表达不足 | 类器官可能需要额外的器官特异性分化因子来促进器官特异性身份的形成 | 研究糖尿病血管病变的体外模型和药物筛选平台 | 糖尿病和非糖尿病供体来源的诱导多能干细胞生成的血管类器官 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病和非糖尿病供体来源的血管类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4158 | 2025-10-06 |
Dual-specificity phosphatases 13 and 27 as key switches in muscle stem cell transition from proliferation to differentiation
2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae045
PMID:38975693
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研究论文 | 本研究揭示了双特异性磷酸酶DUSP13和DUSP27在肌肉干细胞从增殖向分化转变过程中的关键调控作用 | 首次发现MyoD直接靶向调控Dusp13和Dusp27,并证明这两个磷酸酶在肌肉干细胞命运转变中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类肌肉干细胞中的功能需要进一步验证 | 探究肌肉干细胞从增殖向分化转变的分子调控机制 | 肌肉干细胞(MuSCs) | 发育生物学 | 肌肉再生障碍 | 单细胞RNA测序,基因敲除,基因过表达 | NA | 基因表达数据 | MyoD敲入小鼠和Dusp13:Dusp27双敲除小鼠的肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4159 | 2025-10-06 |
Integrative analysis of long isoform sequencing and functional data identifies distinct cortical layer neuronal subtypes derived from human iPSCs
2024-09-01, Journal of neurophysiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1152/jn.00045.2024
PMID:38988287
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研究论文 | 比较两种培养基中人类iPSCs分化为神经元的效果,发现E8M培养基能更高效生成功能性皮层神经元 | 首次结合长读长单细胞RNA测序和功能验证,鉴定出人类iPSCs来源的特定皮层神经元亚型 | 研究仅观察了35天内的分化效果,未评估长期稳定性 | 优化人类iPSCs向神经元分化的方法,提高分化效率 | 人类诱导多能干细胞(iPSCs) | 干细胞生物学 | 神经系统疾病 | 长读长单细胞RNA测序, 免疫细胞化学, 全细胞膜片钳记录 | NA | 单细胞RNA测序数据, 电生理记录数据, 免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4160 | 2025-10-06 |
Re-analysis of single-cell RNA-seq data reveals the origin and roles of cycling myeloid cells
2024-07-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae030
PMID:38655770
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研究论文 | 通过重新分析单细胞RNA测序数据揭示了循环髓系细胞的起源、分化和功能 | 首次系统揭示循环髓系细胞的起源、分化过程及其在生理和病理条件下的功能 | NA | 研究循环髓系细胞的起源、分化和功能 | 循环髓系细胞,特别是aCMCs亚群 | 单细胞生物学 | 创伤损伤、癌症、病原体感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |