单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4141	2025-02-02	MetaQ: fast, scalable and accurate metacell inference via single-cell quantization 2025-Jan-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56424-6 PMID:39885131	研究论文	本文介绍了一种名为MetaQ的元细胞算法，旨在解决大规模单细胞测序数据分析中的计算障碍	MetaQ通过将细胞量化为离散码本，实现了线性运行时间和恒定内存使用，显著降低了计算复杂度，同时保持或超越了现有元细胞算法的性能	未明确提及具体限制	开发一种能够高效、准确地推断元细胞的算法，以支持大规模单细胞测序数据的分析	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	数百万个细胞的数据集
4142	2025-02-05	Role of hepatocyte RIPK1 in maintaining liver homeostasis during metabolic challenges 2025-Jan-31, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96798 PMID:39886919	研究论文	本研究揭示了肝细胞中RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的关键作用	首次发现肝细胞特异性RIPK1缺失会加剧短期禁食引起的肝损伤和炎症反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的机制	肝细胞特异性RIPK1缺失的小鼠	代谢研究	肝病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	雄性及雌性小鼠
4143	2025-02-05	Assessment of XCI skewing and demonstration of XCI escape region based on single-cell RNA sequencing: comparison between female Grave's disease and control 2025-Jan-31, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-025-00533-z PMID:39891056	研究论文	本文通过单细胞RNA测序评估了X染色体失活（XCI）偏斜和逃逸现象，并比较了女性Grave's病患者与正常女性的差异	首次基于单细胞RNA测序技术，系统评估了XCI偏斜和逃逸在女性Grave's病中的表现，揭示了与XCI相关的基因	样本量较小，仅包括一名Grave's病患者和一名正常女性，可能影响结果的普适性	研究X染色体失活偏斜和逃逸现象对自身免疫性疾病性别差异的影响	女性Grave's病患者和正常女性	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	一名Grave's病患者和一名正常女性
4144	2025-02-05	Flexible analysis of spatial transcriptomics data (FAST): a deconvolution approach 2025-Jan-31, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06054-y PMID:39891065	研究论文	本文提出了一种名为FAST的新型无参考解卷积方法，用于分析空间转录组数据，结合基因表达数据、空间信息和组织学信息	FAST方法基于正则化非负矩阵分解（NMF），能够有效整合基因表达数据、空间信息和组织学信息，减少分布假设，利用组织空间结构信息，并鼓励可解释的分解结果	现有无参考方法依赖于分布假设、标记基因或缺乏利用组织学和空间信息的能力，FAST方法虽然解决了这些问题，但仍需进一步验证其在不同数据集上的适用性	开发一种高度灵活、稳健且用户友好的无参考解卷积方法，用于分析空间转录组数据，以揭示组织中的复杂细胞类型组成	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	正则化非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据、空间信息、组织学信息	NA
4145	2025-02-05	Multi-omics analysis reveals that neutrophil extracellular traps related gene TIMP1 promotes CRC progression and influences ferroptosis 2025-Jan-31, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03643-y PMID:39891145	研究论文	本文通过多组学分析揭示了与中性粒细胞胞外陷阱（NETs）相关的基因TIMP1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其对铁死亡的影响	首次通过机器学习筛选出与NETs相关的核心基因TIMP1，并验证了其在CRC增殖、侵袭和迁移中的作用	研究中未涉及TIMP1在其他类型癌症中的作用，且样本来源和数量可能限制了结果的普适性	探索基于NETs的新标志物以辅助CRC治疗	结直肠癌（CRC）患者及癌细胞	生物信息学	结直肠癌	RNA转录组分析、单细胞转录组分析、小干扰RNA敲低实验、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验、细胞克隆形成实验	机器学习	RNA转录组数据、单细胞转录组数据	大样本RNA转录组数据和单细胞转录组数据
4146	2025-02-05	Exploratory analysis of a Novel RACK1 mutation and its potential role in epileptic seizures via Microglia activation 2025-Jan-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03350-5 PMID:39891152	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和全外显子组测序技术，发现RACK1基因及其新突变RACK1-p.L206P与癫痫发作相关，并揭示了该突变通过增强小胶质细胞的增殖、迁移、吞噬能力和炎症激活，影响神经元兴奋性和突触功能，最终导致癫痫症状	首次发现RACK1-p.L206P突变与癫痫发作的关联，并揭示了其通过小胶质细胞激活影响神经元功能的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索RACK1基因突变在癫痫发作中的分子机制	RACK1基因及其突变RACK1-p.L206P，小胶质细胞，神经元	神经科学	癫痫	单细胞转录组测序（scRNA-seq），全外显子组测序（WES），CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	基因序列数据，细胞功能数据	NA
4147	2025-02-05	Ionizing radiation-induced disruption of Rela-Bclaf1-spliceosome regulatory axis in primary spermatocytes causing spermatogenesis dysfunction 2025-Jan-31, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02067-5 PMID:39891142	研究论文	本研究揭示了电离辐射通过破坏Rela-Bclaf1-剪接体调控轴导致初级精母细胞功能障碍的机制，并提出了NF-κB激动剂作为潜在的治疗策略	首次揭示了电离辐射通过抑制NF-κB/Rela和Bclaf1活性，破坏剪接体通路，导致初级精母细胞分化能力受损的机制，并提出了Rela作为潜在药物靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究电离辐射诱导的精子发生障碍的分子机制，并开发有效的放射防护剂	Balb/c小鼠的睾丸模型	生殖生物学	男性不育	Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 蛋白质印迹 (WB), 逆转录定量PCR (RT-qPCR)	NA	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	Balb/c小鼠睾丸模型
4148	2025-02-05	Myeloid cell-derived apCAFs promote HNSCC progression by regulating proportion of CD4+ and CD8+ T cells 2025-Jan-31, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03290-1 PMID:39891284	研究论文	本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中抗原呈递癌相关成纤维细胞（apCAFs）的来源、机制和功能，揭示了其通过调节CD4+和CD8+ T细胞比例促进肿瘤进展的作用	首次揭示了apCAFs主要来源于髓系细胞，并通过MIF激活的JAK/STAT3信号通路促进肿瘤进展，提出了MIF和p-STAT3抑制剂作为HNSCC治疗的潜在新靶点	研究主要基于单细胞转录组学和体内实验，缺乏大规模临床样本验证	探索HNSCC中apCAFs的来源、机制和功能，寻找新的治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的抗原呈递癌相关成纤维细胞（apCAFs）	肿瘤生物学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞转录组学、细胞轨迹分析、Cellchat分析、谱系追踪实验	NA	单细胞转录组数据、TCGA数据库数据	NA
4149	2025-02-05	Dissecting macrophage heterogeneity and kaempferol in lung adenocarcinoma: a single-cell transcriptomic approach and network pharmacology 2025-Jan-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01832-9 PMID:39884998	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和网络药理学方法，探讨了肺腺癌中巨噬细胞的异质性及中药成分山柰酚的潜在治疗作用	首次结合单细胞RNA测序和网络药理学，系统分析了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并从中药黄芪中筛选出具有调节巨噬细胞极化潜力的活性成分山柰酚	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证；样本量相对有限，需要更大规模的研究进一步验证结果	探讨肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在肿瘤免疫逃逸中的作用，并筛选具有调节巨噬细胞极化潜力的中药成分	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），网络药理学，假时间轨迹分析，免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，仅提及肺腺癌样本
4150	2025-02-05	A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy 2025-Jan-30, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04510-1 PMID:39885244	研究论文	本文介绍了针对长期COVID患者使用草药治疗的外周血细胞单细胞RNA测序数据集	提供了首个针对长期COVID患者使用草药治疗的单细胞RNA测序数据集，包含治疗前后的免疫细胞群体比较分析	对草药治疗长期COVID的有效性和安全性的理解仍然有限	探讨草药治疗在长期COVID管理中的作用	长期COVID患者的外周血细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	181,205个通过质量控制的细胞
4151	2025-02-05	Single cell RNA sequencing improves the next generation of approaches to AML treatment: challenges and perspectives 2025-Jan-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01085-w PMID:39885388	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在急性髓性白血病（AML）治疗中的应用及其挑战与前景	利用scRNA-seq技术对AML进行分类，指导治疗方法，识别新的治疗靶点，并提高造血干细胞移植（HSCT）的疗效	scRNA-seq应用面临大量高维数据分析、技术噪音、批次效应和寻找小生物模式等挑战	提高AML治疗的精准性和有效性	急性髓性白血病（AML）患者	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4152	2025-02-05	Epithelial cell diversity and immune remodeling in bladder cancer progression: insights from single-cell transcriptomics 2025-Jan-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06138-6 PMID:39885578	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的动态变化，包括糖酵解增强、T细胞耗竭和免疫细胞重塑，这些变化有助于免疫逃逸和肿瘤进展	首次在单细胞水平上详细描述了膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的异质性和动态变化，并识别了关键的细胞群体和通路作为潜在的治疗靶点	样本量较小（11个膀胱癌样本），且未涵盖所有膀胱癌亚型	研究膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的异质性和动态变化，以识别潜在的治疗靶点	膀胱癌样本（包括非肌层浸润性膀胱癌和肌层浸润性膀胱癌）及邻近正常组织	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组学、RNA-seq、免疫组织化学（IHC）、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、RNA-seq数据、蛋白质表达数据	11个膀胱癌样本（4个NMIBC、4个MIBC、3个邻近正常组织）
4153	2025-02-05	Bioinformatics combining machine learning and single-cell sequencing analysis to identify common mechanisms and biomarkers of rheumatoid arthritis and ischemic heart failure 2025-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e41641 PMID:39897930	研究论文	本研究结合机器学习和单细胞测序分析，旨在识别类风湿性关节炎（RA）和缺血性心力衰竭（IHF）的共同机制和生物标志物	通过整合多个RA和IHF数据集的RNA测序数据，识别出177个共同差异表达基因，并通过PPI网络分析和机器学习确定了五个枢纽基因，揭示了炎症免疫反应在RA患者IHF进展中的关键作用	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	识别RA和IHF的共同机制和生物标志物，为早期诊断、个性化治疗和预防策略提供方向	类风湿性关节炎（RA）和缺血性心力衰竭（IHF）患者	生物信息学	类风湿性关节炎, 缺血性心力衰竭	RNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	五个RA和IHF数据集
4154	2025-02-05	scSMD: a deep learning method for accurate clustering of single cells based on auto-encoder 2025-Jan-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06047-x PMID:39881248	研究论文	本文提出了一种基于自编码器的深度学习模型scSMD，用于单细胞RNA测序数据的精确聚类	SMD模型结合了非线性降维技术和多孔扩张注意力门组件，能够有效捕捉单细胞聚类特征并动态调整特征权重	NA	探索深度学习在单细胞数据聚类中的应用，特别是处理稀疏高维数据	单细胞RNA测序数据	机器学习	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	卷积自编码器	RNA测序数据	公共数据集和专有的骨肉瘤数据
4155	2025-02-05	Exploring the role of oxidative stress in carotid atherosclerosis: insights from transcriptomic data and single-cell sequencing combined with machine learning 2025-Jan-29, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00600-7 PMID:39881407	研究论文	本研究通过结合转录组数据和单细胞测序技术，探讨了氧化应激在颈动脉粥样硬化中的作用，并利用机器学习模型分析了关键氧化应激相关基因和免疫细胞浸润的关系	结合单细胞测序和机器学习模型，揭示了氧化应激相关基因在颈动脉粥样硬化斑块形成和进展中的关键作用，为潜在治疗靶点的识别提供了新见解	未提及样本量或数据集的详细信息，可能限制了结果的普适性	探讨氧化应激和免疫炎症在颈动脉粥样硬化斑块形成、进展和稳定中的作用	颈动脉粥样硬化斑块中的氧化应激相关基因和免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、转录组数据分析、机器学习	机器学习模型	转录组数据、单细胞数据	NA
4156	2025-02-05	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-Jan-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本文研究了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞的糖萼低岩藻糖基化特征	揭示了前体细胞和黑色素细胞在角膜缘干细胞微环境中糖萼的低岩藻糖基化特征，并发现抑制岩藻糖基化可刺激角膜缘上皮细胞的增殖潜力	研究主要基于体外实验，未在体内验证其治疗效果	探讨糖萼在成人干细胞自我更新和分化中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的上皮细胞	细胞生物学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）结合单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
4157	2025-02-05	Inhibition of Retinal Neovascularization by BEZ235: Targeting the Akt/4EBP1/Cyclin D1 Pathway in Endothelial Cells 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.66 PMID:39888634	研究论文	本研究探讨了BEZ235（一种双重PI3K/mTOR抑制剂）在抑制氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型中的病理性新生血管形成中的治疗效果，并探讨了cyclin D1在内皮细胞周期调控中的作用	首次使用BEZ235通过抑制PI3K/Akt/mTOR通路和4EBP1磷酸化来下调cyclin D1表达，从而抑制视网膜新生血管形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探讨BEZ235在抑制视网膜新生血管形成中的治疗效果及其作用机制	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）和人视网膜微血管内皮细胞（HRMECs）	生物医学	视网膜病变	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光染色、H&E染色、ERG	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞活性数据、组织学数据	OIR小鼠模型、HUVECs、HRMECs
4158	2025-02-05	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	本文通过CRISPR筛选和单细胞转录组学技术，研究了人类CD4 T细胞中动态基因调控网络，揭示了MED12在调控T细胞静息和激活状态中的关键作用	首次在多种人类CD4 T细胞环境中进行CRISPR筛选，揭示了MED12作为动态调控因子的关键作用，并构建了状态特异性调控网络	研究主要集中于CD4 T细胞，未涉及其他免疫细胞类型	研究T细胞中动态基因调控网络，以理解T细胞静息和激活状态的调控机制	人类CD4 T细胞	分子生物学	免疫相关疾病	CRISPR筛选, 单细胞转录组学, 免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据	多种人类CD4 T细胞环境
4159	2025-02-05	Integration of unpaired single cell omics data by deep transfer graph convolutional network 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012625 PMID:39821189	研究论文	本文提出了一种基于图卷积网络的深度迁移模型scTGCN，用于整合未配对的单细胞组学数据	scTGCN模型在保持生物变异的同时，能够快速整合数十万个细胞，且内存消耗低，展示了在跨模态知识转移中的高准确性和有效性	当前标签转移方法在保留细粒度细胞群和数据集间内在或外在异质性方面能力有限	提高单细胞组学数据的整合效率和准确性	单细胞RNA序列和单细胞染色质可及性数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, APSA-seq, CITE-seq	图卷积网络(GCN)	单细胞组学数据	数十万个细胞
4160	2025-02-05	Multi-omics analysis of core E3 ubiquitin ligase identifies prognostic biomarkers associated with immune infiltration and drug sensitivity in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104837 PMID:39895786	研究论文	本文通过多组学分析核心E3泛素连接酶，识别了与肺腺癌免疫浸润和药物敏感性相关的预后生物标志物	首次系统研究了E3泛素连接酶在肺腺癌中的表达、预后、免疫浸润、药物敏感性及潜在分子机制，并发现其与不良预后和特定免疫细胞浸润相关	研究主要基于数据库分析和计算机模拟，缺乏实验验证	研究E3泛素连接酶在肺腺癌中的调控作用及其作为预后和药物敏感性标志物的潜力	肺腺癌（LUAD）患者及肿瘤细胞系	生物信息学	肺癌	多组学分析、免疫荧光分析、免疫组化、单细胞分析、空间转录组学、分子对接	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	NA