单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4141	2025-04-17	Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805 PMID:40230840	研究论文	本研究通过多维转录组学技术探讨了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制	首次鉴定了四种不同的肿瘤细胞亚群，并揭示了RPS4Y1+肿瘤细胞在胰腺癌免疫抑制微环境中的重要作用，提出了'牛磺酸-免疫互作'标准	研究主要基于单细胞和空间转录组数据分析，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系	胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序, 空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
4142	2025-04-17	CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797 PMID:40230851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现CD121b阳性中性粒细胞在脓毒性休克患者中的免疫抑制作用	首次识别出脓毒性休克患者外周血中的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群，并发现其与疾病严重程度及免疫抑制状态相关	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验和小鼠模型	探究中性粒细胞在脓毒性休克病理生理中的具体作用机制	健康供体和脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	免疫学	脓毒性休克	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	人源化小鼠脓毒症模型	RNA测序数据, 血清蛋白检测数据	健康供体和脓毒性休克患者（具体数量未说明）
4143	2025-04-17	Discovering biomarkers associated with infiltration of CD8+ T cells and tumor-associated fibrosis in colon adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing and gene co-expression network 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1496640 PMID:40230854	research paper	通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，发现与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物	识别了三个与CD8+ T细胞和结肠腺癌预后相关的关键基因（LARS2、SEZ6L2和SOX7），为结肠腺癌的诊断和治疗提供了新的预后生物标志物	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物，并评估其预后价值	结肠腺癌（COAD）样本	digital pathology	colon adenocarcinoma	single-cell RNA sequencing, gene co-expression network analysis, CIBERSORT, ESTIMATE, WGCNA, deconvolution algorithm, univariate Cox regression, LASSO analysis, immunohistochemistry, real-time PCR, western blot	prognostic model (LASSO and univariate COX regression)	RNA-seq data, protein-protein interaction data	COAD samples from GEO database (exact number not specified)
4144	2025-04-17	The role of transketolase in the immunotherapy and prognosis of hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529029 PMID:40230848	研究论文	探讨转酮醇酶(TKT)在肝细胞癌(HCC)免疫治疗和预后中的作用	采用多组学方法分析TKT在多种癌症中的表达及其与肿瘤免疫和预后的关联，揭示了TKT在HCC中的新作用机制	需要进一步研究以完全阐明TKT在免疫治疗中的作用	探索TKT在HCC免疫治疗和预后中的潜在作用	肝细胞癌(HCC)患者	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq分析、甲基化分析、单细胞分析、空间转录组学、RT-qPCR、siRNA转染、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	NA	多组学数据	多种癌症样本(具体数量未提及)
4145	2025-04-17	A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 2024-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442 PMID:38838779	research paper	该研究利用空间转录组学等技术，首次详细描绘了人类皮脂腺分化过程中的转录变化图谱	首次在细胞分辨率水平上揭示了皮脂腺分化过程中四个阶段的连续转录调控程序	研究主要基于皮脂腺增生样本，可能无法完全反映正常生理状态下的皮脂腺功能	解析皮脂腺细胞分化过程中的转录调控机制及其与皮肤健康的关系	人类皮脂腺细胞及其分化过程	转录组学	皮肤疾病	空间转录组学、伪时间分析、RNA速率分析	无监督聚类	转录组数据	未明确说明样本数量（使用皮脂腺增生样本）
4146	2025-04-17	Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development 2024-05-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adi7453 PMID:38815020	research paper	研究通过基因表达网络、谱系追踪和单细胞RNA-seq技术，揭示了多阶段皮肤鳞状细胞癌发展中干细胞状态的趋同现象	发现了表达谱系可塑性和耐药性标志物的癌前肿瘤细胞状态的趋同，并揭示了两种细胞状态（多谱系可塑性与增殖）之间的互斥关系	研究主要基于小鼠组织样本，尚未在人类样本中验证	探索干细胞状态在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用及其潜在治疗靶点	小鼠正常和肿瘤组织样本	癌症生物学	皮肤鳞状细胞癌	基因表达网络分析、谱系追踪、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个小鼠组织样本（正常与肿瘤）
4147	2025-04-17	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学揭示了自闭症谱系障碍(ASD)中的分子级联和细胞类型特异性特征	利用深度单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)及空间转录组学，鉴定了ASD中细胞类型特异性基因调控网络(GRNs)的失调	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	理解自闭症谱系障碍的分子机制及其与遗传易感性的关系	自闭症个体的死后脑组织	基因组学	自闭症谱系障碍	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞基因组数据	未明确提及样本数量
4148	2025-04-17	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-05-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	该研究通过单细胞转录组、B细胞受体库和染色质可及性数据，解码了20种不同癌症类型中肿瘤浸润B细胞的功能	揭示了B细胞的异质性，识别出15个亚群，并分为两条独立的发育路径（滤泡外与生发中心），发现滤泡外路径与较差的临床结果和免疫治疗抵抗相关	研究样本量相对有限（477个样本，269名患者），且未涵盖所有癌症类型	解码肿瘤浸润B细胞的功能，探索其在癌症中的作用	肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组测序、B细胞受体库分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、B细胞受体库数据、染色质可及性数据	477个样本，来自269名患者，涵盖20种癌症类型
4149	2025-04-17	Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing 2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65863 PMID:38314826	研究论文	本文提出了一种用于从小鼠颈动脉制备单细胞悬浮液的方案，以进行单细胞测序	设计了一种两步消化方法，结合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的消化过程，以减少细胞损伤	该方案可能需要针对其他组织的血管进行适当修改	开发一种适用于单细胞测序的小鼠颈动脉单细胞悬浮液制备方案	小鼠颈动脉	单细胞测序	颈动脉粥样硬化	单细胞测序，AO/PI双荧光计数	NA	单细胞转录组数据	小鼠颈动脉细胞
4150	2025-04-17	Graft dysfunction in compassionate use of genetically engineered pig-to-human cardiac xenotransplantation: a case report 2023-07-29, Lancet (London, England) DOI:10.1016/S0140-6736(23)00775-4 PMID:37393920	病例报告	报告了一例基因工程猪心脏异种移植的病例，详细分析了移植后功能障碍的原因	首次详细分析了基因工程猪心脏异种移植后的功能障碍原因，包括免疫学和组织病理学研究	仅基于单一病例，结果可能不具有普遍性	探讨异种心脏移植后功能障碍的原因及可能的改进措施	57岁男性终末期心力衰竭患者	异种移植	心力衰竭	DNA PCR、RNA转录、电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	临床监测数据、免疫学和组织病理学数据	1例患者
4151	2025-04-16	Precise measurement of CRISPR genome editing outcomes through single-cell DNA sequencing 2025-Jun-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2025.101449 PMID:40225018	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术精确测量CRISPR基因组编辑结果	采用Tapestri单细胞测序技术，首次在单细胞水平上同时分析超过100个位点的编辑结果，包括编辑合子性、结构变异和细胞克隆性	NA	开发更精确的基因编辑结果测量方法，以满足临床应用的安全标准	经过CRISPR编辑的细胞	基因编辑	NA	单细胞DNA测序（Tapestri）	NA	DNA序列数据	NA
4152	2025-04-16	Proline mitigates antibiotic resistance evolution induced by ciprofloxacin at environmental concentrations 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137561 PMID:39938368	research paper	本研究探讨了脯氨酸在环境浓度下减轻环丙沙星诱导的抗生素耐药性进化的潜力	首次发现脯氨酸能显著减轻环丙沙星诱导的耐药性进化，并揭示了其通过下调TCA循环基因表达和代谢通量的作用机制	研究主要针对土壤分离的大肠杆菌，对其他细菌和抗生素的适用性需要进一步验证	探索氨基酸特别是脯氨酸在环境抗生素耐药性进化控制中的作用	土壤分离的大肠杆菌及其他潜在细菌种群(如假单胞菌属和沙雷氏菌属)	环境微生物学	NA	转录组学、C代谢通量分析、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、代谢通量数据	24天进化实验的土壤分离大肠杆菌种群，土壤微观实验
4153	2025-04-16	Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918 PMID:40042995	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了与黑色素瘤检查点治疗反应相关的功能异质性耗竭CD8+ T细胞亚群	发现PD-1和CTLA4共表达的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（CPHi TIL）亚群与免疫治疗反应相关，并揭示该亚群由多种功能不同的T细胞亚群组成	研究主要关注黑色素瘤患者，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	寻找能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物	晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本量的晚期黑色素瘤患者
4154	2025-04-16	Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer 2025-Apr-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416921 PMID:40231585	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术指导罕见肿瘤细胞的标注，开发了一种基于深度学习的细胞病理学诊断方法，用于早期肺癌的诊断	使用单细胞DNA测序作为客观的肿瘤细胞标注依据，生成无偏且准确标注的数据集，并开发了深度学习模型以提高支气管肺泡灌洗细胞学的诊断敏感性	尽管模型在诊断性能上优于传统细胞学方法，但在验证队列中的敏感性仍有提升空间	提高早期肺癌的诊断准确率，特别是通过支气管肺泡灌洗细胞学方法	支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞	digital pathology	lung cancer	scDNA-Seq	DL	image	580 ETCs和1106良性细胞用于训练，发现队列(n=156)，验证队列(n=158)，外部验证队列(n=141)
4155	2024-12-21	Correction to: The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae184 PMID:39701072	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4156	2025-04-16	Single-cell and spatial transcriptomics reveals the key role of MCAM+ tip-like endothelial cells in osteosarcoma metastasis 2025-Apr-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00896-8 PMID:40221534	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学揭示了MCAM阳性的尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的关键作用	首次构建了骨肉瘤内皮细胞的单细胞图谱，并发现MCAM在尖端样内皮细胞中高表达，可能促进骨肉瘤转移	研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证MCAM的具体作用机制	探究尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的作用及其潜在治疗靶点	骨肉瘤患者的内皮细胞	digital pathology	osteosarcoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, qRT-PCR, tube formation, immunofluorescence	NA	transcriptomic data, spatial transcriptomic data	骨肉瘤原发肿瘤和转移灶样本，以及正常淋巴结样本
4157	2025-04-16	ITGB2 and ICAM3 predict increased survival of sepsis with decreased intercellular communication in cytotoxic CD8+ T cells 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93685-z PMID:40221459	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据识别与脓毒症免疫相关的关键基因，并验证其在脓毒症小鼠模型中的表达水平	发现ITGB2、SELL和ICAM3基因的低表达与脓毒症患者CD8+ T细胞的细胞间通讯减少及生存率降低相关，这些基因可能作为改善脓毒症预后的潜在治疗靶点	研究结果基于小鼠模型验证，尚未在人体临床试验中得到证实	识别与脓毒症免疫相关的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	脓毒症患者的CD8+ T细胞	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA), KEGG分析	NA	基因表达数据	GSE167363和GSE54514数据集，以及CLP诱导的脓毒症小鼠模型
4158	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing characterization of Holstein cattle blood and milk immune cells during a chronic Staphylococcus aureus mastitis infection 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96657-5 PMID:40221598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了荷斯坦奶牛在慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间血液和乳汁免疫细胞的特性	首次使用scRNA-seq技术对慢性乳腺炎感染期间的免疫细胞群进行详细表征，并揭示了乳腺局部免疫反应中粒细胞的特异性基因特征	研究仅涉及三头荷斯坦奶牛，样本量较小	探究慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间免疫反应的细胞和分子特征	荷斯坦奶牛的血液和乳汁免疫细胞	生物信息学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	RNA序列数据	3头荷斯坦奶牛
4159	2025-04-16	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的基因表达时空调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要聚焦于小鼠模型，结果在人类大脑发育中的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后的小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开的小鼠数据集
4160	2025-04-16	Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization Using RNAscope to Study Hematopoietic and Vascular Interactions in the Zebrafish Embryo and Larva 2025-Apr-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5269 PMID:40224667	研究论文	本文介绍了一种优化的RNAscope技术协议，用于在斑马鱼胚胎和幼虫阶段通过单分子荧光原位杂交研究造血和血管相互作用	优化的RNAscope技术协议提高了mRNA检测的灵敏度和空间分辨率，特别是在深层组织中的检测能力	研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物	理解造血干细胞前体如何从血管中产生并定植于发育和成体中的特定生态位	斑马鱼胚胎和幼虫阶段的造血干细胞前体及其生态位	发育生物学	NA	RNAscope技术，荧光共聚焦显微镜	NA	mRNA原位杂交图像	斑马鱼胚胎和幼虫