单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4121	2025-02-22	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Feb-20, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究旨在探索克罗恩病（CD）纤维狭窄性回肠的转录组特征，以全面表征肠道纤维化的生物学和细胞机制	首次通过转录组学分析揭示了克罗恩病纤维狭窄性回肠的独特转录组特征，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小，仅包括9名患者，可能影响结果的普适性	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠的转录组特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	转录组学	克罗恩病	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	随机森林模型	RNA测序数据	9名克罗恩病患者的手术切除样本
4122	2025-02-22	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Feb-20, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的协议，能够将单个细胞的转录组与其分泌的蛋白质量联系起来	SEC-seq利用微尺度水凝胶颗粒Nanovials隔离细胞并捕获其分泌物，通过寡核苷酸标记的抗体标记分泌物，并结合流式细胞术和单细胞RNA测序平台进行读取，从而将基因表达与分泌强度联系起来	尽管SEC-seq提供了一种通用的解决方案，但其依赖于Nanovials的修饰和细胞加载，可能需要进一步优化以提高效率和适用性	研究目的是通过将单个细胞的转录组与其分泌的蛋白质量联系起来，以更好地理解细胞分泌的调控机制并改进细胞疗法	研究对象包括T细胞、间充质基质细胞和浆细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据和分泌蛋白质数据	数千个单细胞
4123	2025-02-22	[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing] 2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases DOI:10.3760/cma.j.cn121094-20230524-00184 PMID:38677987	研究论文	本文基于单细胞RNA测序技术，分析了百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路，为阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制提供线索	首次利用单细胞RNA测序技术研究百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及其功能	样本量较小，仅使用了6只小鼠，且仅验证了部分差异基因的表达	阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制	百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中的小胶质细胞亚群	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6只6周龄的C57BL/6雄性小鼠
4124	2025-02-22	Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011) 2024-Apr-09, Neurology IF:7.7Q1 DOI:10.1212/WNL.0000000000208131 PMID:39977876	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了多发性硬化症（MS）患者和健康对照者中HLA-DRB1*15:01单倍型状态对脑脊液（CSF）中B细胞基因表达模式的影响	首次在单细胞水平上揭示了HLA-DRB115:01单倍型状态对CSF中B细胞转录组模式的影响，并发现DRB115:01单倍型与特定基因（如SLC26A3和HSP90AA1）的表达变化相关	样本量相对较小（25个CSF样本），且仅关注了B细胞的转录组变化，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对MS患者CSF中B细胞基因表达模式的影响	多发性硬化症患者和健康对照者的脑脊液（CSF）样本	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	25个CSF样本，包含1376个B系细胞
4125	2025-02-22	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18083 PMID:38393307	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中M2巨噬细胞的分子特征	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，系统地分析了HNSC中M2巨噬细胞的分子特征，并提出了M2巨噬细胞相关特征（MRS）模型	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，可能受到数据来源和样本量的限制	研究HNSC中M2巨噬细胞的分子特征及其对肿瘤发展和预后的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	Consensus Clustering	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HNSC患者数据
4126	2025-02-21	ARP2/3 complex affects myofibroblast differentiation and migration in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Mar-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35246 PMID:39472297	研究论文	本研究探讨了ARP2/3复合物在胰腺导管腺癌（PDAC）中肌成纤维细胞分化和迁移的影响	揭示了ARP2/3复合物在癌症相关成纤维细胞（CAFs）迁移和分化中的关键作用，并提出了针对该复合物的治疗PDAC的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需进一步验证其在人体中的效果	阐明ARP2/3复合物对PDAC进展中CAFs活动的影响及其与患者预后的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	胰腺癌	微阵列分析、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）	NA	基因表达数据	p48; LSL-Kras小鼠模型、人类永生化胰腺星状细胞（PSCs）和原发性PDAC来源的CAFs
4127	2025-02-21	Schwann Cell-Secreted S100B Promotes Wound Healing via Paracrine Modulation 2025-Mar, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241296103 PMID:39711160	研究论文	本研究探讨了Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的关键作用及其通过S100B/RAGE/NF-κB/Notch旁分泌轴的机制	揭示了Schwann细胞通过分泌S100B蛋白在腭黏膜伤口愈合中的关键作用，并阐明了其通过RAGE受体激活NF-κB和Notch信号通路的机制	研究主要基于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的作用及其分子机制	腭黏膜、颊附着龈和皮肤的伤口愈合	生物医学	伤口愈合	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	非人灵长类动物、大鼠和猴子的皮肤样本
4128	2025-02-21	Potential therapeutic effect of dimethyl fumarate on Treg/Th17 cell imbalance in biliary atresia 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110439 PMID:39863040	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸（DMF）对胆道闭锁（BA）患者Treg/Th17细胞失衡的潜在治疗效果及其机制	首次将DMF应用于BA患者Treg/Th17细胞失衡的治疗研究，并揭示了其通过Nrf2/抗氧化反应元件（ARE）途径的作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证DMF的疗效	探索DMF对BA患者Treg/Th17细胞失衡的调节作用及其潜在机制	胆道闭锁（BA）患者的Treg和Th17细胞	免疫学	胆道闭锁	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、酶联免疫吸附试验（ELISA）、q-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、细胞频率数据、生化标志物数据、细胞因子数据	BA患者和胆总管囊肿（CC）患者的肝脏样本、BA小鼠模型
4129	2025-02-21	Unveiling ferroptosis genes and inhibitors in diabetic retinopathy through single-cell analysis and docking simulations 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101932 PMID:39968183	研究论文	本文通过单细胞分析和对接模拟揭示了糖尿病视网膜病变中的铁死亡基因和抑制剂	首次通过单细胞RNA测序数据集识别铁死亡相关基因，并利用分子对接和模拟技术探索药物与靶蛋白的相互作用稳定性	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨铁死亡在糖尿病视网膜病变中的作用，以推动对该复杂疾病的理解并开发创新治疗方法	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4130	2025-02-21	Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111843 PMID:39967875	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了从原发性到转移性胃癌的多维动态异质性	首次全面描述了胃癌从原发到转移阶段的动态异质性，并识别了卵巢和腹膜转移中的免疫细胞变化	研究未涉及所有可能的转移部位，且样本量可能不足以代表所有胃癌亚型	探索胃癌从原发到转移阶段的肿瘤微环境动态变化	胃癌的原发肿瘤和器官特异性转移	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个胃癌队列
4131	2025-02-21	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Feb-20, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何通过转录变化和细胞间信号改变导致血脑屏障功能障碍	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨紫杉醇诱导的内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	紫杉醇处理的小鼠和对照小鼠的脑组织样本
4132	2025-02-21	Exploring the Immune-Related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2025-Feb-19, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	本研究通过整合数据集分析，探索了颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）共病的免疫相关分子机制	首次通过系统分析基因表达谱，识别了TLE和MDD共有的关键基因，并阐明了其潜在的分子病理机制	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索TLE和MDD共病的分子机制，并评估这些基因在诊断和治疗中的潜在应用	颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达谱分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林模型、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林（RF）	基因表达数据	NA
4133	2025-02-21	Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01955-z PMID:39961903	研究论文	本研究通过分子亚型分析与多组学数据结合，探讨了肝细胞癌（HCC）中TACE耐药性与肿瘤干性之间的潜在关联	首次将TACE耐药性与肿瘤干性联系起来，并提出了一种新的亚型分类方法以指导个性化治疗	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索TACE耐药性与HCC肿瘤干性之间的相关性及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序	无监督聚类	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	多个HCC数据集，包括RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序和临床队列
4134	2025-02-21	Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01982-w PMID:39961915	研究论文	本研究聚焦于脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用，特别是在代谢重编程影响下与程序性细胞死亡相关的致癌性腔细胞	发现了与程序性细胞死亡密切相关的腔细胞亚群，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用及其与肿瘤侵袭性和转移能力的关系	前列腺癌中的腔细胞及其亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、NMF、去卷积方法	NA	转录组数据	NA
4135	2025-02-21	ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies 2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.08.637251 PMID:39975093	研究论文	本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平	使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用	单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难	研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应	胰腺癌细胞和肿瘤	生物信息学	胰腺癌	迭代间接免疫荧光成像，互信息建模	互信息模型	蛋白质测量数据	NA
4136	2025-02-21	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39970285	研究论文	本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
4137	2025-02-21	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少HNF1A驱动的转移中的有效性	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在治疗作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证FGFR4抑制剂的效果	探索HNF1A在PDAC转移中的作用，并寻找针对HNF1A依赖性表型的靶向治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列（TMA）分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	RNA测序数据、组织微阵列数据	ATCC和患者来源的PDAC细胞、小鼠模型
4138	2025-02-21	Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.634947 PMID:39975181	研究论文	本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制	Sprague-Dawley大鼠	病理生理学	门静脉高压症	microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH	NA	图像、转录组数据	Sprague-Dawley大鼠
4139	2025-02-21	Single-cell Transcriptomics Unravel Stereocilia Degeneration as a Key Contributor to Age-related Vestibular Dysfunction in Mice and Humans 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636113 PMID:39975332	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了年龄相关前庭功能障碍（ARVD）中毛细胞（HCs）老化的分子机制，并指出毛束退化是ARVD的关键因素	首次在单细胞水平上揭示了小鼠和人类前庭毛细胞老化的分子特征，并发现毛束退化在HCs丢失之前发生，强调了机械转导退化在ARVD中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中也观察到类似特征，但仍需进一步验证	探究年龄相关前庭功能障碍（ARVD）的分子机制，特别是毛细胞老化的影响	小鼠和人类的前庭毛细胞（HCs）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞，以及老年人类前庭毛细胞
4140	2025-02-21	Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data 2025-Feb-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5205 PMID:39968356	研究论文	本文提出了一种基于三重增强的图神经网络（TENET）方法，用于从空间转录组学（ST）数据中重建细胞-细胞相互作用（CCI）网络	提出了一种新的三重增强图神经网络（TENET）方法，结合了多种CCI模式和下游基因调控网络（GRN）作为输入，考虑了全局和局部的细胞及遗传特征	未明确提及具体局限性	实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建	细胞-细胞相互作用网络	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	图神经网络（GNN）	空间转录组学数据	真实和合成的ST数据集