单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4121	2025-02-20	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	研究论文	本文通过整合22个单细胞RNA测序库的数据，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	首次整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化细胞图谱，并揭示了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	揭示人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	118,578个细胞
4122	2025-02-20	Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer 2023-Jun-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11100-0 PMID:37391708	研究论文	本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联	首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞	在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联	寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施	90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列	随机森林生存分析、多变量回归分析	血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据	90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本
4123	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4124	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01215-0 PMID:35624211	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）进展过程中免疫景观的演变	揭示了GBM进展过程中免疫细胞组成的大规模纵向变化，并识别了不同阶段的特定免疫细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究GBM进展过程中免疫微环境的变化	胶质母细胞瘤（GBM）小鼠模型和患者活检样本	数字病理	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	小鼠模型和患者活检样本
4125	2025-02-19	Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04893-y PMID:39636551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了与原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞中甲氨蝶呤耐药相关的多种分子特征	首次在单细胞水平上对甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞进行了基因表达网络分析，并识别出关键基因和潜在的治疗药物	研究局限于体外培养的PCNSL细胞，未涉及体内模型或临床试验	探索甲氨蝶呤耐药的分子机制，为复发性PCNSL的挽救性化疗提供新策略	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞	生物信息学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及亲代和甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞
4126	2025-02-07	Correction to: Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04922-w PMID:39913048	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4127	2025-02-19	Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data 2025-Feb-18, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009 PMID:39963994	研究论文	本文介绍了Deconer，一个用于评估基于参考的去卷积方法的全面工具包	Deconer提供了多种模拟和真实的基因表达数据集，并提供了多个可视化界面，系统地比较了16种基于参考的去卷积方法	目前缺乏对现有基于参考的去卷积方法的全面评估和指导	评估和比较基于参考的去卷积方法在细胞比例去卷积分析中的表现	基于参考的去卷积方法	生物信息学	NA	基因表达数据分析	NA	基因表达数据	多种模拟和真实的基因表达数据集，包括批量测序和单细胞测序数据
4128	2025-02-19	The molecular mechanism by which CTSB degrades FPN to disrupt macrophage iron homeostasis and promote the progression of atherosclerosis 2025-Feb-17, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05228-9 PMID:39960586	研究论文	本文研究了CTSB通过降解FPN破坏巨噬细胞铁稳态并促进动脉粥样硬化进展的分子机制	首次揭示了CTSB通过降解FPN诱导巨噬细胞铁死亡，从而促进动脉粥样硬化进展的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨CTSB在动脉粥样硬化进展中的作用及其与铁死亡的关系	ApoE敲除小鼠、高脂饮食SD大鼠和人类动脉粥样硬化组织	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	ApoE敲除小鼠、高脂饮食SD大鼠和人类动脉粥样硬化组织样本
4129	2025-02-19	Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400991 PMID:39962810	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS，用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性	开发了scPDS模型，通过整合大规模细胞系数据集的bulk RNA-seq数据，提高了单细胞RNA测序分析的准确性和计算效率	NA	预测癌症药物反应，优化个性化治疗策略	乳腺癌细胞	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	RNA-seq数据	NA
4130	2025-02-19	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	本文提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组学数据中解析细胞间通信和基因表达，以揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	SpaDCN通过生成空间图表示的节点层和边层，并采用动态图卷积来切换节点图和边图的传播，从而有效地转移细胞间通信对表达变异的影响	NA	解决在组织微环境中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组学数据	数字病理学	癌症	空间分辨转录组学	动态图卷积网络	基因表达数据	NA
4131	2025-02-19	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Feb-17, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色技术，探讨了口腔扁平苔藓（OLP）中诱导性三级淋巴结构（iTLSs）的作用及其与疾病严重程度的关系	首次揭示了CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化及iTLSs形成中的关键作用，并发现iTLSs的存在与OLP疾病严重程度显著相关	研究为回顾性研究，样本量有限，且未进行长期随访以评估iTLSs对疾病预后的影响	阐明口腔扁平苔藓中适应性免疫的启动机制，特别是iTLSs和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 图像数据	回顾性收集的口腔扁平苔藓患者临床数据
4132	2025-02-19	Landscape of four different stages of human gastric cancer revealed by single-cell sequencing 2025-Feb-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i2.97125 PMID:39958562	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胃癌四个不同阶段的细胞分布和动态变化	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析胃癌不同阶段的肿瘤微环境中的细胞分布和相互作用	样本量较小，仅涉及四名患者的八个组织样本	探索胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化	胃癌患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	四名患者的八个组织样本，共73645个单细胞
4133	2025-02-19	Single-cell transcriptomes reveal cell-type-specific and sample-specific gene function in human cancer 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42218 PMID:39959484	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了一个基于共表达网络和邻居投票方法的评估框架，以探索其在癌症基因功能理解中的作用	揭示了scRNA-seq在细胞类型特异性和样本特异性基因功能发现中的独特作用，尤其是在免疫细胞中发现了癌症细胞中未发现的免疫相关功能	研究中使用的细胞数量较多（116,814个），但未详细讨论样本来源的多样性或潜在的批次效应问题	探索单细胞RNA测序在癌症基因功能注释中的作用	人类癌症中的细胞类型和样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共表达网络和邻居投票方法	单细胞RNA测序数据	116,814个细胞
4134	2025-02-19	One-carbon metabolism is distinct metabolic signature for proliferative intermediate exhausted T cells of ICB-resistant cancer patients 2025-Feb-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02332-z PMID:39952933	研究论文	本研究探讨了一碳代谢（1CM）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的功能作用，特别是在免疫检查点阻断（ICB）耐药癌症患者的增殖性中间耗竭T细胞（Tex）中的作用	首次将1CM与增殖性中间耗竭T细胞（Tex）联系起来，并发现1CM在免疫治疗耐药患者中显著扩增，提出1CM作为增强免疫治疗疗效的新治疗靶点	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的实验验证，且样本类型和数量有限	阐明1CM在肿瘤免疫微环境中的功能作用，特别是其在免疫治疗耐药中的作用	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌和三阴性乳腺癌患者的T细胞	肿瘤免疫学	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌、三阴性乳腺癌	bulk-RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多种癌症患者的RNA测序数据，具体样本数量未明确
4135	2025-02-19	CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing 2025-Feb-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01927-3 PMID:39953263	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组测序揭示了CCR7在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体机制	首次结合单细胞RNA测序和TCGA-ESCA数据，系统分析了CCR7在ESCC中的表达及其与KRAS信号通路的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	揭示CCR7在食管鳞状细胞癌中的具体机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序	NA	RNA测序数据	28,281个细胞
4136	2025-02-19	A morphological cell atlas of the freshwater sponge Ephydatia muelleri with key insights from targeted single-cell transcriptomes 2025-Feb-14, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-025-00237-7 PMID:39953556	研究论文	本文通过研究淡水海绵Ephydatia muelleri的形态、行为和转录组学，填补了非双侧对称动物细胞和组织形态学理解的空白	描述了新的细胞特征，如极化的外上皮、新的收缩筛细胞、在choanocyte室出口处的运动纤毛以及在excurrent canal和oscula细胞上的非运动纤毛	研究主要集中在一种淡水海绵物种，可能无法完全代表所有海绵的细胞和组织特征	理解动物细胞类型、组织和区域体型的起源，特别是非双侧对称动物与双侧对称动物之间的过渡	淡水海绵Ephydatia muelleri的细胞和组织	进化发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	三种细胞类型（cystencytes, choanocytes, archaeocytes）的活体样本
4137	2025-02-19	Activation of STAT6 in Intestinal Epithelial Cells Predisposes to Gut Inflammation 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451394 PMID:39670708	研究论文	本文研究了STAT6在肠道上皮细胞中的激活如何导致肠道炎症	首次揭示了STAT6在肠道上皮细胞中的激活与肠道炎症的关联	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨STAT6在肠道上皮细胞中的激活对肠道炎症的影响	小鼠模型（VillinCre_STAT6vt小鼠）和人类IBD患者单细胞RNA测序数据	生物医学	炎症性肠病（IBD）	RNA测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类IBD患者单细胞RNA测序数据集
4138	2025-02-19	Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures 2025-Feb, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.70004 PMID:39956958	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）在不同培养系统中的异质性，并鉴定出一组具有高成骨和软骨生成潜能的Ultroser-G-MSCs亚群	首次创建了hUC-MSCs在不同培养系统中的单细胞转录组图谱，并鉴定出具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSCs亚群	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现的临床适用性	揭示hUC-MSCs在不同培养系统中的异质性，并鉴定出具有特定功能的亚群以实现精准临床应用	人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
4139	2025-02-19	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a potential role of ATF3 in brain metastasis of lung adenocarcinoma 2025-Jan-24, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-784 PMID:39958219	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，并识别了ATF3作为潜在的治疗靶点	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞异质性和空间定位，并识别了ATF3在间充质-上皮转化程序中的关键作用	样本量较小，仅分析了3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，并使用了10个公开的单细胞RNA测序数据进行验证	解析肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，识别潜在的治疗靶点	肺腺癌脑转移肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），Western blotting，定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	NA	RNA测序数据	3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，10个公开的单细胞RNA测序数据
4140	2025-02-19	Evaluation of Salivary Diagnostics: Applications, Benefits, Challenges, and Future Prospects in Dental and Systemic Disease Detection 2025-Jan, Cureus DOI:10.7759/cureus.77520 PMID:39958008	综述	本文综述了唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用、益处、挑战及未来前景	强调了唾液作为生物标志物在诊断和监测系统性疾病（如糖尿病和心血管疾病）中的潜力，并探讨了新技术如ELISA、唾液组学和单细胞测序在唾液诊断中的应用	需要进一步研究以解决唾液诊断中的变异性和标准化问题	探讨唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用及其潜力	人类唾液样本	生物医学	糖尿病、心血管疾病、胰腺癌、前列腺癌	ELISA、唾液组学、单细胞测序、定量质谱（qMS）、拉曼光谱（RS）	NA	唾液样本	涉及人类参与者的相关研究