单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4101	2025-06-12	CACIMAR: cross-species analysis of cell identities, markers, regulations, and interactions using single-cell RNA sequencing data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae283 PMID:38856169	研究论文	介绍了一个名为CACIMAR的工具，用于跨物种分析单细胞RNA测序数据，以识别细胞身份、标记物、调控和相互作用	开发了CACIMAR工具，能够通过加权和模型计算保守特征，测量细胞类型、调控网络和细胞间相互作用的保守性	未提及具体局限性	揭示跨物种的保守基因调控和细胞分子机制	小鼠、斑马鱼和小鸡的视网膜再生单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	加权和模型	单细胞RNA测序数据	公开可用的小鼠、斑马鱼和小鸡的scRNA-seq数据
4102	2025-06-11	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2026-01-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微极细胞的极化途径及针对活化微极细胞的治疗药物	阐明了促炎和抗炎微极细胞涉及的信号通路，并回顾了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临诸多挑战	探讨创伤性脑损伤中微极细胞的极化途径及治疗策略	微极细胞及其在创伤性脑损伤中的作用	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
4103	2025-06-11	Changes in border-associated macrophages after stroke: Single-cell sequencing analysis 2026-01-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01092 PMID:39927762	研究论文	本文通过单细胞测序分析研究了中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用	首次全面分析了中风后边界相关巨噬细胞的动态转录变化及其参与的炎症相关通路调控，并提出了Stat3抑制作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用机制	小鼠边界相关巨噬细胞	单细胞测序分析	中风	单细胞测序	动物模型	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE174574和GSE225948)
4104	2025-06-11	Progress in single-cell sequencing of retinal vein occlusion or ischemic hypoxic retinopathy 2025-Aug, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110436 PMID:40414336	综述	本文综述了单细胞测序技术在视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性缺氧性视网膜病变（IHR）研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示视网膜血管疾病的细胞和分子异质性，探索整合snRNA-seq、空间转录组学和多组学方法以增强视网膜反应的空间和时间映射	当前挑战包括样本保存、视网膜细胞类型注释和跨物种翻译	为临床医生和研究人员提供视网膜缺血性疾病单细胞分析前沿领域的全面更新	视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性缺氧性视网膜病变（IHR）	数字病理学	视网膜疾病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学, 多组学方法	NA	RNA测序数据	NA
4105	2025-06-11	Targeting SPP1+ macrophages via the SPP1-CD44 axis reveals a key mechanism of immune suppression and tumor progression in ovarian cancer 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114906 PMID:40446696	研究论文	该研究通过整合分析卵巢癌单细胞测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴促进T细胞耗竭和免疫抑制的机制	首次发现SPP1+巨噬细胞亚群通过SPP1-CD44轴驱动卵巢癌中的免疫抑制和T细胞耗竭，并验证了nilotinib作为潜在SPP1抑制剂的治疗潜力	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索卵巢癌中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)促进免疫抑制和肿瘤进展的分子机制	高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)中的肿瘤相关巨噬细胞和T细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	单细胞测序数据	六个HGSOC单细胞测序数据集
4106	2025-06-11	Mefunidone treats pulmonary fibrosis by targeting SDH to regulate fibro-promoting macrophages 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114971 PMID:40449267	研究论文	本研究揭示了Mefunidone通过靶向SDH并调节促纤维化巨噬细胞转化来治疗肺纤维化的新机制	首次发现Mefunidone通过结合并抑制SDH活性来抑制琥珀酸生成，进而调控促纤维化巨噬细胞表型转化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明Mefunidone治疗肺纤维化的分子靶点和潜在机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和促纤维化巨噬细胞	基础医学研究	肺纤维化	单细胞测序技术	动物模型	实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠
4107	2025-06-11	Multi-omics identifies OSM-OSMR as a key receptor-ligand in the tumor environment of endometrial adenocarcinoma 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114933 PMID:40450916	研究论文	本研究通过多组学方法识别了OSM-OSMR作为子宫内膜腺癌肿瘤微环境中的关键受体-配体，并构建了一个预后模型	首次发现OSM信号在子宫内膜癌组织中的细胞通讯中显著升高，并基于OSM基因集将子宫内膜腺癌分为四种亚型，构建了七基因特征的预后模型	研究主要基于公开数据集和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	探索子宫内膜腺癌肿瘤微环境中细胞间的配体-受体关系并构建预后模型	子宫内膜腺癌组织和细胞系	肿瘤微环境研究	子宫内膜腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据和临床数据	来自GEO和TCGA的公开数据集及Ishikawa细胞系
4108	2025-06-11	Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β 2025-Jul, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017 PMID:40359720	研究论文	本研究探讨了连翘苷（PHN）通过抑制GSK-3β信号通路缓解脓毒症相关急性肺损伤（ALI/ARDS）的潜在机制	首次发现PHN能与GSK-3β形成稳定复合物，并证实其通过抑制GSK-3β促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞募集来缓解ALI/ARDS	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，临床转化效果需进一步验证	阐明PHN缓解脓毒症相关ALI/ARDS的分子机制	连翘苷（PHN）、GSK-3β信号通路、ALI/ARDS动物模型	分子药理学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	分子对接、动力学模拟、孟德尔随机化分析、单细胞测序	LPS诱导的小鼠和斑马鱼炎症模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、细胞表型数据	从公共数据库筛选8331个ALI/ARDS相关靶基因，并进行了体内外实验验证
4109	2025-06-11	The glia-immune network: Astrocytes and oligodendrocytes as microglial co-ordinators in health and disease 2025-Jun-10, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287015 PMID:40492604	综述	本文探讨了星形胶质细胞和少突胶质细胞作为小胶质细胞协调者在健康和疾病中的作用，特别是在中枢神经系统免疫系统中的功能	强调了巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）在免疫信号通路中的参与，挑战了传统认为免疫功能仅限于免疫细胞的观点	需要进一步研究以阐明胶质细胞之间具体的分子对话机制	探讨巨胶质细胞来源的免疫信号及其在健康和疾病中的相关性	星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
4110	2025-06-11	Tumor microenvironment heterogeneity and progression mechanisms in intrahepatic cholangiocarcinoma: A study based on single-cell and spatial transcriptomic sequencing 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001423 PMID:40489753	研究论文	基于单细胞和空间转录组测序研究肝内胆管癌肿瘤微环境异质性及进展机制	揭示了肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，鉴定了ASPH作为侵袭亚型的标志基因，并发现CEP作为ASPH抑制剂可有效抑制肿瘤进展	样本量相对较小（12例单细胞测序样本和4例空间转录组样本），验证队列虽较大（87例RNA-seq样本），但仍需更大规模研究验证	探索肝内胆管癌的发病和进展机制	肝内胆管癌患者样本（肿瘤组织、淋巴转移灶）及小鼠模型	数字病理	肝内胆管癌	单细胞测序、空间转录组测序、RNA-seq、多重免疫荧光	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	12例单细胞测序样本、4例空间转录组样本、87例RNA-seq验证样本
4111	2025-06-11	KRT5high TP63-expressing urothelial basal cells act as a driver to bladder urothelium regeneration in rabbit 2025-Jun-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04417-z PMID:40483513	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了一组具有干细胞特性的KRT5高表达TP63阳性基底细胞，这些细胞在兔膀胱粘膜全层切除后能够激活并分化为中间层和表层伞状细胞，为膀胱组织工程提供了理想的种子细胞	首次鉴定并验证了KRT5high TP63-expressing基底细胞亚群在膀胱尿路上皮再生中的驱动作用，并开发了基于胶囊血管床的生物工程尿路上皮构建策略	研究仅在兔模型中进行，尚未验证在人类或其他大型动物模型中的适用性	探索膀胱尿路上皮再生的细胞机制并开发组织工程新策略	兔膀胱尿路上皮基底细胞	组织工程	膀胱疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞片移植技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	兔膀胱粘膜样本(具体数量未明确说明)
4112	2025-06-11	Heterogeneous characteristics of γδ T cells in peripheral blood of diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jun-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00795-x PMID:40483533	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者外周血中γδ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次在DLBCL患者中鉴定出6种不同的γδ T细胞亚群，并发现TIGIT高表达的γδ T细胞亚群与不良预后显著相关	样本量较小(6例患者和3例健康对照)，需要更大规模的队列验证	探究DLBCL患者外周血中γδ T细胞的异质性及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者和健康个体的外周血样本	肿瘤免疫学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	9例血液样本(6例DLBCL患者和3例健康个体)
4113	2025-06-11	Cholangiocytes contribute to hepatocyte regeneration after partial liver injury during growth spurt in zebrafish 2025-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60334-y PMID:40480975	research paper	该研究探讨了斑马鱼在快速生长期部分肝脏损伤后，胆管细胞如何参与肝细胞再生的机制	揭示了快速生长期胆管细胞向肝细胞转分化的主要再生机制，并发现mTORC1信号在胆管细胞可塑性增强中的调控作用	研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物或人类中验证	阐明快速生长期肝脏再生的细胞来源和分子机制	斑马鱼肝脏	发育生物学	肝脏疾病	单细胞转录组学、谱系追踪、基因组编辑	斑马鱼模型	基因表达数据	两种部分肝脏损伤模型的斑马鱼
4114	2025-06-11	RAN potentiates nuclear export of phosphorylated AMPK, reshaping lipid metabolism and impairing immune efficacy in lung adenocarcinoma 2025-Jun-06, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00977-8 PMID:40481101	研究论文	本文研究了RAN在肺腺癌中通过调节磷酸化AMPK的核输出，重塑脂质代谢并影响免疫治疗效果的作用机制	揭示了RAN通过调节p-AMPK的核输出影响脂质代谢和免疫逃逸的新机制，并提出了Selinexor与免疫治疗联合的新策略	样本量较小（n=15），且机制研究主要在细胞水平进行	探究肺腺癌中代谢重编程与免疫治疗抵抗的分子机制	肺腺癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例接受抗PD-1治疗的肺癌患者
4115	2025-06-11	Identification of immune-associated genes and single-cell sequencing analysis in diagnosing Behçet's disease 2025-Jun-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05086-x PMID:40481130	研究论文	本研究通过分析Behçet病(BD)的批量测序和单细胞测序数据，探讨了BD的免疫浸润景观，并发现了单核细胞可能是BD发生和发展的触发细胞，同时鉴定了5个新的潜在诊断生物标志物	首次在单细胞分辨率下探讨了BD的免疫浸润景观，并通过机器学习筛选出5个新的潜在诊断生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探索BD的免疫机制并寻找新的诊断生物标志物	Behçet病(BD)患者和小鼠模型	生物信息学	Behçet病	批量测序(bulk-seq), 单细胞测序(single-cell seq), qRT-PCR	LASSO(最小绝对收缩和选择算子)	基因表达数据	来自GEO数据库的BD测序数据和小鼠模型
4116	2025-06-11	BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024 PMID:39894227	研究论文	研究BNT162b2 COVID-19疫苗接种后引发的CD16+CD8+ T细胞亚群的扩增及其自然杀伤细胞特征	揭示了BNT162b2 mRNA疫苗能诱导CD16+CD8+ T细胞的扩增，这些细胞具有自然杀伤细胞的功能特征，并能通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)对抗更广泛的疾病	研究样本量较小（30名健康个体），且未探讨这些细胞在长期免疫保护中的作用	表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群	30名接受BNT162b2 mRNA疫苗接种的健康个体的外周血T细胞	免疫学	COVID-19	多参数流式细胞术和单细胞转录组分析	NA	外周血样本	30名健康个体
4117	2025-06-11	Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308 PMID:40383330	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，识别了乳腺癌中的癌症干细胞标记基因，并验证了其功能	通过单细胞RNA测序和实验验证，确定了驱动蛋白家族成员4A等基因在乳腺癌干细胞特性中的核心作用	研究主要基于特定数据集（GSE180286和TCGA乳腺癌数据集），可能不适用于所有乳腺癌亚型	识别乳腺癌中的癌症干细胞标记基因并验证其功能	乳腺癌干细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, WGCNA	NA	RNA测序数据	GSE180286数据集和TCGA乳腺癌数据集中的样本
4118	2025-06-11	Integrative genome-wide association studies, proteome-wide Mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380 PMID:40409638	research paper	该研究通过整合全基因组关联研究、蛋白质组孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据，识别出白细胞介素-6受体蛋白作为主动脉瘤的治疗靶点	整合多种组学数据识别新的生物标志物和治疗靶点，特别是IL6R在主动脉瘤中的潜在作用	靶向IL6R的药物可能存在副作用，需要进一步考虑	识别主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点	主动脉瘤患者和对照组的遗传数据	基因组学和蛋白质组学	心血管疾病	GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序	NA	遗传数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	8125名主动脉瘤患者和381,977名对照
4119	2025-06-11	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-05-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇癌中具有抗肿瘤活性的中性粒细胞亚群	发现微波热化疗（MTC）能促进具有抗肿瘤活性的MNDA TANs（N1表型）浸润，并揭示了这些TANs通过IL1B-IL1R激活T&NK细胞和成纤维细胞的机制	需要进一步验证MX2作为N1-TANs标记物在临床中的实用性	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制	唇鳞状细胞癌（LSCC）患者样本	数字病理学	唇癌	scRNA-seq, ST, 深度学习	深度学习	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像	NA
4120	2025-06-11	Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00345-5 PMID:40246878	研究论文	本研究通过单细胞测序系统分析了Emdogain（EMD）在延迟再植牙周膜修复中的作用机制	首次在单细胞分辨率下揭示EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制，并发现Vtn+成纤维细胞在组织再生中的关键作用	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制	大鼠延迟再植牙模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞测序、Micro-CT、HE染色、TRAP染色、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、影像数据	大鼠延迟再植牙模型（具体数量未明确说明）