单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4101	2025-06-21	Identifying a prognostic signature for clear cell renal cell carcinoma: the convergence of single-cell and bulk sequencing with machine learning 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1560095 PMID:40535574	研究论文	通过单细胞和批量测序与机器学习的结合，构建了一个预测透明细胞肾细胞癌预后的机器学习相关特征（MLRS）	使用了一个新颖的计算框架构建MLRS，整合了10种机器学习方法，并在多个独立数据集中验证了其预测预后的能力	未提及具体的研究样本量限制或数据来源的局限性	预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后并筛选可能受益于免疫治疗的患者	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	机器学习	肾癌	单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8检测	机器学习（整合10种方法）	基因表达数据	NA
4102	2025-06-21	Revealing Potential Therapeutic Targets in Gastric Cancer through Inflammation and Protein-Protein Interaction Hub Networks 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.112218 PMID:40535808	研究论文	通过炎症和蛋白质-蛋白质相互作用中心网络揭示胃癌的潜在治疗靶点	发现了18个可作为胃癌靶向治疗的生物标志物，特别是SPP1-CD44配体-受体轴的新炎症信号通路	研究基于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索胃癌的潜在治疗靶点和生物标志物	胃癌相关基因和免疫细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集
4103	2025-06-21	A Comprehensive Analysis of the Role of DSN1 in Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.111585 PMID:40535813	研究论文	本文通过公共数据库分析了DSN1在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	首次全面分析了DSN1在泛癌中的表达模式、预后价值及其与免疫治疗反应的相关性	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探索DSN1在癌症发生、发展和免疫治疗中的作用	多种癌症类型（如COAD、LUAD、UCEC等）	癌症基因组学	泛癌	mRNA测序、蛋白质组学、单细胞测序、基因集富集分析	生存分析模型	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	多种癌症类型的公共数据库样本
4104	2025-06-21	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成驻留记忆细胞的灵活性	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)尽管不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留的能力	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究KLRG1+记忆T细胞在二次感染后的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
4105	2025-06-21	Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling 2024-Jun-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011 PMID:38599212	研究论文	本文探讨了谷氨酸能神经元活动通过Norrin/β-catenin信号通路对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的影响	揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-catenin信号通路来调控视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究谷氨酸能神经元活动对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的调控机制	小鼠视网膜中的谷氨酸能神经元和血管系统	神经血管生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体内遗传学研究, 功能验证	小鼠遗传模型(Vglut1和Gnat1视网膜)	基因表达数据, 功能实验数据	未明确说明小鼠数量
4106	2025-06-21	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测多个组学研究中的多类生物标志物，并通过全局测试和事后分析提高检测的准确性和稳健性	现有方法主要针对两类别场景，MICA虽然解决了多类别问题，但在某些特定情况下可能仍需进一步优化	提高生物标志物检测的统计功效、准确性和稳健性	多类设计的组学研究（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	四个小鼠代谢相关转录组研究组织和三个雌激素治疗表达谱来源
4107	2025-06-21	leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.556 PMID:36495292	研究论文	该研究利用leptin b（lepb）及其组织再生增强子元素（TREE）解析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性	发现lepb可作为再生特异性标记物，用于区分损伤激活的内皮细胞，并揭示了lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞互动的促再生作用	研究局限于斑马鱼模型，未验证在高等哺乳动物中的保守性	解析心脏再生过程中的细胞异质性和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜细胞等）	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析、转基因品系	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼心脏损伤模型
4108	2025-06-21	BOTH THE INFECTION STATUS AND INFLAMMATORY MICROENVIRONMENT INDUCE TRANSCRIPTIONAL REMODELING IN MACROPHAGES IN MURINE LEISHMANIAL LESIONS 2023-05-01, The Journal of parasitology IF:1.0Q4 DOI:10.1645/22-94 PMID:37270767	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了感染利什曼原虫的巨噬细胞与未感染的旁观者巨噬细胞在转录水平上的差异，揭示了寄生虫和炎症微环境对巨噬细胞转录重塑的独立影响	首次在体内模型中区分了寄生虫感染和炎症微环境对巨噬细胞转录组的独立影响，并发现两者均能下调EIF2信号通路	研究仅限于小鼠利什曼病模型，人类样本中的适用性尚需验证	探究利什曼原虫感染和炎症微环境对巨噬细胞转录组的独立影响	感染利什曼原虫的小鼠皮肤巨噬细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
4109	2025-06-20	Predictive significance of MPT-driven necrosis-related genes signature in gastric cancer and their impact on the tumor microenvironment 2025-Jul, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03832-7 PMID:39690336	research paper	该研究探讨了MPT驱动的坏死相关基因（MPTDNRGs）在胃癌中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了MPTDNRGs在胃癌中的突变率和表达差异，并构建了一个预后风险模型，能够有效预测患者生存期和免疫治疗反应	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	研究MPT驱动的坏死相关基因在胃癌中的预测价值及其对肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者及其肿瘤组织样本	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO regression	RNA sequencing data	来自TCGA和GEO数据库的胃癌患者样本
4110	2025-06-20	Circulating monocytes upregulate CD52 and sustain innate immune function in cirrhosis unless acute decompensation emerges 2025-Jul, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.031 PMID:39818234	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，特别是CD52在单核细胞中的表达及其对免疫功能的影响	首次发现CD52在肝硬化患者单核细胞中的表达变化，并揭示了其在维持先天免疫功能中的作用及在急性失代偿期的功能丧失机制	研究主要基于体外实验，临床样本量有限，且未探讨CD52稳定化的具体治疗方法	解析肝硬化不同阶段循环单核细胞的异质性及功能变化，探索CD52在免疫抑制中的作用	健康人群及肝硬化患者的循环单核细胞	免疫学	肝硬化	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外功能实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	健康人群及肝硬化患者（补偿期和非急性失代偿期）的单核细胞样本
4111	2025-06-20	The bone marrow NK-cell profile predicts MRD negativity in patients with multiple myeloma treated with daratumumab-based therapy 2025-Jun-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026455 PMID:40019438	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、流式细胞术和功能实验，探讨了多发性骨髓瘤患者骨髓中NK细胞的特征及其与治疗效果的关系	揭示了骨髓中CD16+ NK细胞比例与达雷妥尤单抗治疗效果的相关性，为多发性骨髓瘤免疫治疗提供了新的生物标志物	研究样本来自特定临床试验(CASSIOPEIA)，结果可能不适用于其他治疗方案	探究骨髓NK细胞特征对多发性骨髓瘤免疫治疗效果的影响	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学, 流式细胞术, 功能实验	NA	转录组数据, 流式细胞数据	CASSIOPEIA临床试验中的患者样本
4112	2025-06-20	Elevated 5-HTR7 deteriorates dysregulated megakaryocytopoiesis in immune thrombocytopenic purpura via up-regulating the PKA/Orai1/ERK1/2 pathway 2025-Jun-19, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.287287 PMID:40534501	研究论文	本研究探讨了5-HTR7在免疫性血小板减少性紫癜(ITP)中对巨核细胞成熟的影响及其机制	首次揭示了5-HTR7通过PKA/Orai1/ERK1/2通路调控巨核细胞成熟的分子机制，并证实其作为ITP潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证治疗效果	阐明ITP中巨核细胞成熟障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	免疫性血小板减少性紫癜(ITP)患者和小鼠模型中的巨核细胞	血液病学	免疫性血小板减少性紫癜	流式细胞术、免疫荧光、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blot、共聚焦显微镜	NA	细胞生物学数据、基因表达数据	ITP患者和健康对照的巨核细胞样本，以及ITP小鼠模型
4113	2025-06-20	T Cells Expressing Ras Homolog Family Member a Display Enhanced Cytotoxicity but are Reduced in Lupus Peripheral Blood 2025-Jun-19, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2517364 PMID:40536306	research paper	本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者T细胞亚群中Ras同源家族成员A（RhoA）的表达及其临床相关性	发现RhoA+ T细胞具有增强的细胞毒性潜力，并可能作为SLE早期免疫学标志物	样本量较小，且仅针对新诊断的SLE患者	探索RhoA在SLE患者T细胞亚群中的表达及其临床意义	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、受试者工作特征（ROC）曲线分析	NA	外周血样本、scRNA-seq数据	新诊断的SLE患者和年龄性别匹配的健康对照者
4114	2025-06-20	WISP2/CCN5 revealed as a potential diagnostic biomarker for endometriosis based on machine learning and single-cell transcriptomic analysis 2025-Jun-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01631-z PMID:40536575	研究论文	本文通过机器学习和单细胞转录组分析，揭示了WISP2/CCN5作为子宫内膜异位症潜在诊断生物标志物的可能性	首次将WISP2/CCN5基因表达与子宫内膜异位症的诊断联系起来，并发现其在异位子宫内膜中的表达显著高于在位子宫内膜	研究未涉及大规模临床验证，且生物标志物的具体作用机制仍需进一步研究	寻找子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物	子宫内膜组织（在位和异位）	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞转录组分析，机器学习	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
4115	2025-06-20	Single-cell transcriptome unveils mesenchymal cell diversity in endometriosis 2025-Jun-18, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf065 PMID:40302519	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性及其在疾病发病机制中的关键作用	首次构建了子宫内膜异位症的单细胞图谱，鉴定了六个不同的间充质亚群，并阐明了它们在蛋白质合成、细胞粘附和代谢过程中的关键功能	样本量较小（仅3个患病组织和3个正常组织），可能影响结果的普遍性	探究子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性和功能	卵巢组织中的间充质细胞	单细胞组学	子宫内膜异位症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	3个子宫内膜异位症卵巢组织和3个正常卵巢组织
4116	2025-06-20	Microglial pruning of glycinergic synapses disinhibits spinal PKCγ interneurons to drive pain hypersensitivity in mice 2025-Jun-18, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8096 PMID:40531965	research paper	该研究探讨了脊髓小胶质细胞通过修剪抑制性突触在神经病理性疼痛中的作用	揭示了脊髓小胶质细胞通过修剪抑制性突触导致PKCγ中间神经元去抑制的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究脊髓小胶质细胞在调节神经病理性疼痛相关神经回路中的确切作用	小鼠脊髓小胶质细胞和PKCγ中间神经元	神经科学	神经病理性疼痛	药理学、光遗传学、遗传操作、行为测试、共聚焦成像、膜片钳技术、单细胞RNA测序	小鼠保留神经损伤(SNI)模型	行为数据、电生理数据、RNA测序数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
4117	2025-06-20	Rescue of naïve porcine circovirus type 3 and its pathogenesis in CD pigs 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00341-25 PMID:40353661	研究论文	本研究成功拯救了原始猪圆环病毒3型（PCV3）并研究了其在剖腹产猪（CD猪）中的致病机制	首次通过TEM观察PCV3病毒颗粒，并阐明了其在CD猪中的免疫抑制机制	由于病毒分离失败，PCV3在猪中的致病机制尚未准确阐明	研究PCV3病毒的致病机制及其对猪免疫系统的影响	原始猪圆环病毒3型（PCV3）和剖腹产猪（CD猪）	病毒学	猪圆环病毒感染	免疫荧光检测（IFA）、Western blotting、透射电子显微镜（TEM）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	分子生物学数据、细胞学数据、组织病理学数据	剖腹产猪（CD猪）和PK-15细胞
4118	2025-06-20	Dissection of the global responses of mandarin fish pyloric cecum to an acute ranavirus (MRV) infection reveals the formation of serositis and then ascites 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.02308-24 PMID:40366173	research paper	研究揭示了急性MRV感染如何通过靶向鳜鱼幽门盲囊的浆膜层，导致纤维性浆膜炎和腹水的形成	首次在单细胞水平上解析了鳜鱼幽门盲囊对急性MRV感染的全局响应，明确了病毒驱动的浆膜炎是严重腹水的根本原因	研究主要关注急性感染阶段，对慢性感染或长期影响未做探讨	阐明MRV感染导致鳜鱼出现严重腹水的病理机制	鳜鱼幽门盲囊组织	兽医学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为鳜鱼个体
4119	2025-06-20	Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00555-25 PMID:40396761	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示高毒力PEDV毒株与宿主之间的互作机制	首次利用单细胞测序技术系统解析PEDV感染后的宿主细胞组成、基因表达和细胞间通讯变化，发现病毒可在B/T淋巴细胞内启动复制并诱导T细胞凋亡	未阐明病毒在免疫细胞内复制受阻的具体分子机制	探究高毒力PEDV毒株与宿主的互作关系及致病机制	猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞	病毒学	猪流行性腹泻	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪）
4120	2025-06-20	ECT2+ cell group acts as cancer stem cell in malignant pleomorphic adenoma 2025-Jun-17, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00974-x PMID:40523903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)的综合图谱，并鉴定出ECT2+细胞群作为CXPA中的癌症干细胞	首次在CXPA中鉴定出ECT2+细胞群作为癌症干细胞，并证实其与肿瘤侵袭性和预后的关联	CXPA中癌症干细胞的研究仍处于初步阶段，需要进一步验证	探索CXPA的肿瘤异质性和癌症干细胞特征	唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)患者肿瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	唾液腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	CXPA患者肿瘤组织样本和细胞系