单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4101	2025-02-19	A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac616 PMID:36631398	研究论文	本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性	提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法	未明确提及具体局限性	提高细胞类型去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	贝叶斯框架（tranSig）	RNA测序数据	外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据
4102	2025-02-19	The regenerating skeletal muscle niche drives satellite cell return to quiescence 2022-Jun-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104444 PMID:35733848	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）在肌肉再生过程中重新获得静止状态的机制	揭示了SCs在肌肉损伤后5-10天内重新获得静止状态的时间窗口，并发现非细胞自主信号网络在SCs命运决定中的作用	未详细探讨SCs重新获得静止状态的具体分子机制	研究骨骼肌干细胞在肌肉再生过程中的命运决定机制	骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
4103	2025-02-19	Distinct Injury Responsive Regulatory T Cells Identified by Multi-Dimensional Phenotyping 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.833100 PMID:35634302	研究论文	本研究通过多维表型分析技术，全面表征了小鼠中响应损伤的调节性T细胞（Tregs），揭示了CD44 Tregs在损伤后的扩增及其高度抑制性	首次通过多维表型分析技术全面表征了损伤响应性Tregs，并揭示了CD44 Tregs在损伤后的独特转录和表型特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究损伤响应性Tregs的表型和功能特征，以了解其在控制免疫反应中的作用	小鼠中的CD4调节性T细胞（Tregs）	免疫学	NA	多维表型分析技术、T细胞受体（TCR）谱分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠Tregs样本
4104	2025-02-19	Cobolt: integrative analysis of multimodal single-cell sequencing data 2021-12-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02556-z PMID:34963480	研究论文	本文介绍了一种名为Cobolt的新方法，用于整合多模态单细胞测序数据的分析	Cobolt不仅能够分析联合模态平台的数据，还提供了一个整合不同模态测量的多个数据集的统一框架	NA	开发一种方法来整合和分析多模态单细胞测序数据	单细胞测序数据，特别是基因表达和染色质可及性的多模态数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
4105	2025-02-18	RETRACTION: Prognostic Value and Potential Mechanism of Cellular Senescence and Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma: Insights From Bulk Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24453 PMID:39584580	撤稿	本文因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	同行评审过程存在问题	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4106	2025-02-18	Revolutionizing prognosis: Introducing cell death index (CDI) as a powerful prognostic tool for CSCC patients 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24265 PMID:39887534	研究论文	本研究引入了一种新的预后指标——细胞死亡指数（CDI），用于宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的预后评估	首次提出细胞死亡指数（CDI）作为CSCC患者的预后工具，并构建了基于23个基因的预后模型	研究依赖于公开的RNA-seq和scRNA-seq数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种新的预后指标，以改善CSCC患者的预后评估和治疗策略	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者	数字病理学	宫颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	从GEO和TCGA数据库下载的RNA-seq和scRNA-seq数据集
4107	2025-02-18	Spatial transcriptomic analysis identifies epithelium-macrophage crosstalk in endometriotic lesions 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111790 PMID:39935459	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用	揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色	研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，可能不适用于其他类型的子宫内膜异位症	识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用	浅表腹膜子宫内膜异位症病变和患者匹配的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
4108	2025-02-18	Peptide amphiphiles alleviate myocardial endoplasmic reticulum stress to enhance cardiomyocyte-macrophage communication and promote macrophage M2 polarization 2025-Feb-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.12.042 PMID:39710208	研究论文	本研究开发了一种级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，用于靶向受损心肌细胞并控制ER应激抑制剂Salubrinal的释放，以改善心肌缺血再灌注损伤	开发了一种新型级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，具有优越的靶向效率和增强的药物生物利用度，能够在受损心肌细胞内实现响应性释放	缺乏针对受损心肌细胞的有效ER应激抑制剂是机制理解转化为治疗实施的主要障碍	开发一种靶向药物递送系统，以治疗心肌缺血再灌注损伤	心肌细胞和巨噬细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序和生物信息学分析	NA	NA	NA
4109	2025-02-18	Prevention of Intrauterine Adhesion with Platelet-Rich Plasma Double-Network Hydrogel 2025-Feb, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400336 PMID:39673358	研究论文	本研究探讨了血小板富集血浆双网络水凝胶（DN凝胶）在预防宫腔粘连（IUA）中的应用及其效果	创新性地开发了一种基于海藻酸钠的血小板富集血浆双网络水凝胶，通过单细胞测序分析其促进子宫内膜再生和增强子宫内膜接受性的机制	研究未提及DN凝胶的长期效果和潜在副作用	研究目的是评估DN凝胶在预防和治疗宫腔粘连中的效果	研究对象为宫腔粘连患者	生物医学工程	妇科疾病	单细胞测序	NA	生物样本数据	未明确提及样本数量
4110	2025-02-18	TIMD4hiMHCⅡhi Macrophages Preserve Heart Function Through Retnla 2025-Jan, JACC. Basic to translational science DOI:10.1016/j.jacbts.2024.08.009 PMID:39906591	研究论文	本文通过遗传命运映射和单细胞RNA测序技术，确认了TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并发现其通过Retnla基因保护心脏功能	首次确认TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并揭示其通过Retnla基因保护心脏功能的机制	未详细探讨TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在其他疾病中的作用	研究TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在心脏功能保护中的作用	TIMD4MHCⅡ巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4111	2025-02-18	CBX1 is involved in hepatocellular carcinoma progression and resistance to sorafenib and lenvatinib via IGF-1R/AKT/SNAIL signaling pathway 2024-Oct, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-024-10696-0 PMID:38769286	研究论文	本研究探讨了CBX1在肝细胞癌（HCC）进展及对索拉非尼和乐伐替尼耐药中的作用及其机制	首次揭示了CBX1通过IGF-1R/AKT/SNAIL信号通路促进HCC进展和增加TKI耐药性的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CBX1在HCC中的作用及其对TKI耐药性的影响	肝细胞癌（HCC）细胞及小鼠模型	癌症研究	肝细胞癌	RT-PCR, Western Blotting, 免疫组化分析, 单细胞RNA测序, CCK-8, 集落形成, Transwell侵袭, 划痕实验, 异种移植实验	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多种癌症样本及HCC组织样本
4112	2025-02-18	Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions 2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586434 PMID:38798560	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用	揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色	研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，未涉及深部病变或其他类型的子宫内膜异位症	识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用	浅表腹膜子宫内膜异位症病变及患者匹配的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
4113	2025-02-18	Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Feb, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.23881 PMID:37449672	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中内皮细胞（ECs）的多样性及其对临床结果的影响	首次在PDAC中识别出七种不同的ECs簇，并探讨了它们与恶性细胞的相互作用及其对患者预后的影响	样本量相对较小，仅包括24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本	阐明PDAC肿瘤微环境中ECs的多样性及其对治疗效果和患者预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的内皮细胞（ECs）	生物信息学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本
4114	2025-02-18	Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.26.577407 PMID:38352458	研究论文	本文探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响	通过单细胞RNA测序和体外器官模型揭示了干扰素-γ在食管上皮细胞中的功能影响	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内情况	揭示免疫细胞与上皮细胞在嗜酸性食管炎中的相互作用及其功能意义	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞	生物医学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 体外器官模型	NA	RNA测序数据	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本
4115	2025-02-17	Inhibiting ceramide synthase 5 expression in microglia decreases neuroinflammation after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01933 PMID:39610106	研究论文	本文研究了抑制小胶质细胞中神经酰胺合成酶5（ceramide synthase 5）表达对脊髓损伤后神经炎症的影响	首次揭示了神经酰胺合成酶5在脊髓损伤后小胶质细胞焦亡和神经炎症中的关键作用，并发现其通过NLRP3信号通路介导这一过程	研究主要基于小鼠模型和细胞共培养系统，尚未在人类中进行验证	探讨小胶质细胞在脊髓损伤后调控神经炎症反应的分子机制	小胶质细胞、脊髓损伤小鼠模型、PC12-BV2细胞共培养系统	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、siRNA注射、分子抑制剂注射	小鼠脊髓损伤模型、PC12-BV2细胞共培养系统	RNA测序数据、细胞实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和细胞实验
4116	2025-02-17	Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina 2025-Feb-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70001 PMID:39954235	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠视网膜在老化过程中的转录异质性和杆状光感受器通路的差异反应	揭示了视网膜老化过程中不同细胞类型的转录失调动态，并识别了受影响的通路，特别是发现了杆状光感受器和双极细胞的转录异质性亚群	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜老化的直接证据	识别视网膜老化的分子机制，寻找改善老化相关视力障碍的生物标志物	小鼠视网膜	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	3、12、18和24个月大的小鼠视网膜
4117	2025-02-17	Deconvolution and inference of spatial communication through optimization algorithm for spatial transcriptomics 2025-Feb-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07625-8 PMID:39948133	研究论文	本文提出了一种基于非负最小二乘和优化搜索的去卷积方法（NODE），用于空间转录组学数据的细胞类型推断和细胞间通信分析	NODE方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的细胞类型特异性信息和组织中的细胞间通信信息，并利用优化方法推断空间转录组学数据的去卷积结果，减少过拟合情况，同时合理推断空间通信	现有大多数去卷积方法忽略了组织的空间信息和细胞或点之间的通信，NODE方法虽然解决了这些问题，但其在更广泛数据集上的适用性仍需进一步验证	开发一种新的去卷积方法，用于空间转录组学数据的细胞类型推断和细胞间通信分析	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负最小二乘和优化搜索	空间转录组学数据	四个数据集
4118	2025-02-17	Cryoablation-induced modulation of Treg cells and the TGF-β pathway in lung adenocarcinoma: implications for increased antitumor immunity 2025-Feb-14, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-03926-1 PMID:39948553	研究论文	本研究探讨了冷冻消融对肺腺癌局部免疫微环境的影响，特别是对调节性T细胞（Tregs）和TGF-β通路的作用	通过单细胞测序和批量RNA测序揭示了冷冻消融对Tregs的抑制作用及其通过TGF-β通路激活抗肿瘤免疫的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本量有限，需进一步验证	探索冷冻消融对肺腺癌免疫微环境的调节作用及其抗肿瘤免疫机制	肺腺癌组织、小鼠肿瘤组织、Tregs细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞测序、批量RNA测序、细胞冷冻消融、小鼠皮下肿瘤移植模型	NA	RNA测序数据、细胞实验数据、动物实验数据	肺腺癌组织及邻近非癌组织样本、小鼠肿瘤组织样本
4119	2025-02-17	Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8631 PMID:39951527	研究论文	本文研究了糖皮质激素（GC）暴露对人类神经类器官中基因调控和谱系规范的影响，揭示了其在神经分化过程中的长期细胞类型特异性变化	通过单细胞和细胞类型特异性技术，揭示了GC暴露对神经发育的长期影响，特别是抑制性神经元谱系的调控机制	研究主要基于未引导的人类神经类器官，可能无法完全模拟体内环境	探讨环境因素（如GC暴露）对人类神经发育的影响	人类神经类器官	神经科学	自闭症	单细胞转录组学、染色质可及性数据整合	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	NA
4120	2025-02-17	Dissecting the role of CAR signaling architectures on T cell activation and persistence using pooled screens and single-cell sequencing 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4008 PMID:39951542	研究论文	本文通过设计组合CAR信号域库，并进行重复抗原刺激实验、池筛选和单细胞测序，系统地研究了修改CAR信号域对T细胞激活和持久性的影响	揭示了膜近端域在驱动T细胞表型中的主导作用，并发现CD40共刺激对于培养强大且持久的T细胞反应至关重要	NA	理解CAR信号架构如何影响T细胞功能，以改进CAR T细胞疗法	CAR T细胞	生物医学工程	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA