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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4101 | 2025-10-06 |
CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201537R
PMID:36468677
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研究论文 | 本研究探讨CD73通过产生细胞外腺苷在胰腺炎中促进中性粒细胞介导的组织损伤修复和抑制化生的作用机制 | 首次揭示CD73缺失导致胰腺炎中持续化生和炎症的机制,并证明中性粒细胞清除可显著减少化生 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 阐明CD73在胰腺炎炎症消退和组织修复中的作用机制 | CD73基因敲除小鼠和野生型C57BL/6小鼠 | 分子病理学 | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | CD73敲除和野生型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4102 | 2025-10-06 |
The Simple prEservatioN of Single cElls method for cryopreservation enables the generation of single-cell immune profiles from whole blood
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1271800
PMID:38090590
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研究论文 | 开发了一种名为SENSE的单步冷冻保存全血方法,用于生成高质量单细胞免疫图谱 | 开发了单步冷冻保存全血的新方法,在单细胞检测过程中同时进行粒细胞去除,简化了传统多步骤流程 | 样本量较小(n=6),在髓系细胞中存在批次效应 | 开发简化的全血单细胞冷冻保存方法,促进单细胞RNA测序在临床中的应用 | 人类全血样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 6个全血样本,获得22,353个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4103 | 2025-10-06 |
EasyCellType: marker-based cell-type annotation by automatically querying multiple databases
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad029
PMID:36998720
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研究论文 | 开发了一个名为EasyCellType的用户友好计算工具,用于基于标记基因自动注释单细胞RNA测序数据的细胞类型 | 通过自动查询多个数据库并提供图形化注释建议,解决了手动检查细胞标记列表的困难 | NA | 促进单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的自动化过程 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因集富集分析,改进的Fisher精确检验 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4104 | 2025-10-06 |
Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854
PMID:36595885
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研究论文 | 本文介绍了用于单细胞和空间转录组学分析的人类输尿管组织处理与冷冻保存优化方案 | 开发了针对人类输尿管组织的单细胞悬液制备和冷冻保存优化方案,以及适用于10x Genomics Visium空间基因表达平台的组织冷冻保存方法 | NA | 建立人类输尿管组织的单细胞和空间转录组学分析样本制备标准流程 | 人类输尿管组织(来自膀胱切除术后) | 单细胞测序技术 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间基因表达平台 |
4105 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional profiling reveals heterogeneity and developmental trajectories of Ewing sarcoma
2022-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04073-3
PMID:35713707
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示尤文肉瘤的异质性、发育轨迹及其与神经嵴细胞起源的关系 | 首次在单细胞分辨率揭示尤文肉瘤的发育轨迹异质性,发现JAK1基因在肿瘤发生中的关键作用及潜在治疗价值 | 样本量较小(仅4个肿瘤组织),需要更大规模验证 | 探究尤文肉瘤的细胞异质性、发育轨迹和肿瘤发生机制 | 尤文肉瘤肿瘤组织样本 | 单细胞转录组学 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | K-近邻算法, Monocle2伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 4个尤文肉瘤肿瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4106 | 2025-10-06 |
Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4
2022-11-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007
PMID:36347256
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研究论文 | 本研究通过小鼠遗传学和单细胞RNA测序揭示了心内膜向冠状动脉分化过程中Bmp2和Cxcl12/Cxcr4信号的时序调控机制 | 首次发现Bmp2表达的心内膜过渡群体特异性存在于妊娠中期,并证实CXCL12/CXCR4信号特异性调控动脉形态发生而非血管生成 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类心脏中验证 | 揭示心内膜血管生成的分子机制,寻找促进心脏损伤后血管再生的潜在治疗靶点 | 小鼠胚胎心内膜细胞和冠状动脉内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 小鼠遗传学, 谱系追踪, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 遗传学数据 | 小鼠胚胎心脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4107 | 2025-10-06 |
A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine
2022-11-15, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641
PMID:36384107
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研究论文 | 本研究通过生理指标和单细胞转录组学揭示了高脂饮食对肠道上皮细胞的快速适应性反应 | 首次系统揭示了肠道上皮细胞在饮食改变后1天内的快速转录组适应机制 | 研究仅关注短期反应,长期影响仍需进一步探索 | 探究饮食改变对肠道上皮细胞的即时响应机制 | 小鼠肠道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞转录组学,计算轨迹分析 | NA | 转录组数据,生理指标数据 | 高脂饮食处理的小鼠肠道样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4108 | 2025-10-06 |
ClampFISH 2.0 enables rapid, scalable amplified RNA detection in situ
2022-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01653-6
PMID:36280724
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研究论文 | 介绍了一种名为clampFISH 2.0的新型原位RNA检测方法,能够快速、可扩展地检测和扩增RNA信号 | 采用反向挂锁设计,可同时高效检测多种RNA物种并指数级扩增信号,相比前代方法显著减少时间和成本 | NA | 开发高效的多重RNA原位检测和信号扩增技术 | RNA分子在单细胞和组织切片中的检测 | 空间转录组学 | NA | clampFISH 2.0, 原位RNA标记 | NA | RNA检测信号 | 超过100万个细胞 | NA | 空间转录组学, 多重信号扩增, 顺序检测 | NA | NA |
4109 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome highlights a multilayer regulatory network on an invasive trajectory within colorectal cancer progression
2022-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04020-2
PMID:35523976
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌中从癌症干细胞到侵袭性细胞的多层调控网络 | 首次构建了结直肠癌中'干细胞-侵袭路径'的分支轨迹,并建立了多层调控网络来阐明肿瘤细胞获得侵袭特性的关键机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证 | 探索结直肠癌中癌症干细胞向侵袭性细胞转化的分子机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的细胞,特别是恶性上皮细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序,生物信息学分析 | 聚类分析,伪时间分析,基因集变异分析,基因本体富集分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4110 | 2025-10-06 |
α Cell dysfunction in islets from nondiabetic, glutamic acid decarboxylase autoantibody-positive individuals
2022-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI156243
PMID:35642629
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研究论文 | 本研究探讨了非糖尿病但谷氨酸脱羧酶自身抗体阳性个体胰岛中α细胞功能异常的特征 | 首次发现在胰岛自身免疫早期阶段,当β细胞数量仍正常时α细胞功能已出现异常 | 样本量有限,需要更大规模研究验证 | 研究单自身抗体阳性个体胰岛细胞功能异常的早期特征 | 非糖尿病GADA+供体和1型糖尿病供体的胰岛组织 | 糖尿病研究 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,分子表型分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织学数据,功能测定数据 | 非糖尿病GADA+供体和1型糖尿病供体的胰岛样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4111 | 2025-10-06 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
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研究论文 | 开发了一个基于神经网络的单细胞RNA测序细胞注释工具,提供网页应用和图形用户界面 | 首个采用神经网络架构的网页应用工具,提供超过20个常用组织类型的预训练分类器 | NA | 开发自动细胞类型注释工具,促进单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4112 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic landscapes of a rare human laryngeal chondrosarcoma
2022-Apr, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-021-03883-1
PMID:34931260
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示罕见人类喉软骨肉瘤的细胞组成和肿瘤微环境特征 | 首次系统研究喉软骨肉瘤的单细胞转录组景观,发现SLAMF9基因在肿瘤非免疫细胞中的特异性表达 | 仅分析单一样本,样本量有限 | 解析喉软骨肉瘤的细胞类型组成和分子机制 | 74岁男性原发性喉软骨肉瘤患者 | 数字病理学 | 喉软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 1例患者,5455个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4113 | 2025-10-06 |
Mechanotherapy Reprograms Aged Muscle Stromal Cells to Remodel the Extracellular Matrix during Recovery from Disuse
2022, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqac015
PMID:35434632
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现机械疗法能够重编程衰老肌肉基质细胞,促进废用性萎缩恢复期间的细胞外基质重塑 | 首次揭示机械疗法通过调节衰老肌肉中基质细胞的基因表达模式,使其更接近年轻肌肉状态,从而促进细胞外基质重塑 | 研究主要基于大鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 探究机械疗法是否能够促进衰老肌肉在废用性萎缩恢复期间的细胞外基质重塑 | 成年和老年大鼠的腓肠肌单核细胞 | 单细胞转录组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,同位素示踪,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织学图像数据 | 成年和老年大鼠腓肠肌单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4114 | 2025-10-06 |
IFN-γ transforms the transcriptomic landscape and triggers myeloid cell hyperresponsiveness to cause lethal lung injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1011132
PMID:36203588
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研究论文 | 本研究揭示了流感诱导的IFN-γ通过触发髓系细胞过度反应导致MRSA共感染时致命性肺损伤的机制 | 首次证明IFN-γ受体信号驱动髓系细胞(特别是CD11c单核吞噬细胞)转录组重编程和过度反应,导致炎症因子风暴和肺组织损伤 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究急性呼吸窘迫综合征(ARDS)发病机制中IFN-γ信号通路的作用 | 小鼠模型中的免疫细胞,特别是髓系细胞和单核吞噬细胞 | 免疫学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4115 | 2025-10-06 |
Longitudinal Analysis of Biologic Correlates of COVID-19 Resolution: Case Report
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.915367
PMID:35783607
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病例报告 | 通过一例重症COVID-19康复期血浆输注后完全缓解的病例,分析疾病消退的关键生物学动态 | 首次通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学联合分析,揭示康复期血浆输注后免疫稳态重建的生物学过程 | 单病例报告,结果需要更大规模研究验证 | 探索COVID-19疾病消退过程中的关键生物学相关因素 | 重症COVID-19患者 | 单细胞分析 | COVID-19 | 无偏蛋白质组学分析,单细胞转录组学 | NA | 蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 1例患者 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组分析 | NA | NA |
4116 | 2025-10-06 |
Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.837842
PMID:35392082
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研究论文 | 研究发现人类循环B细胞通过同时表达多种TNF超家族配体介导先天性抗癌细胞毒性 | 首次揭示B细胞作为适应性免疫介质也具有先天性抗癌细胞毒性功能,通过同时表达四种跨膜TNFSF配体协同作用 | 研究样本主要来自头颈鳞状细胞癌患者,需要验证在其他癌症类型中的普适性 | 探索B细胞在先天性抗癌免疫中的作用机制 | 人类外周血B细胞及多种白血病和实体瘤细胞 | 免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 健康个体和头颈鳞状细胞癌患者的外周血B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4117 | 2025-10-06 |
CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection
2021-12-21, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02749-21
PMID:34749524
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了CCR2信号通路在限制SARS-CoV-2感染中的保护作用机制 | 首次在小鼠模型中证明CCR2信号通过促进单核细胞肺内浸润限制SARS-CoV-2病毒载量 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明COVID-19先天免疫保护机制 | SARS-CoV-2感染小鼠模型 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 活体抗体标记 | 小鼠感染模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4118 | 2025-10-06 |
NK and CD8+ T cell phenotypes predict onset and control of CMV viremia after kidney transplant
2021-11-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.153175
PMID:34609965
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研究论文 | 本研究通过分析肾移植受者中NK细胞和CD8+ T细胞的表型特征,预测巨细胞病毒病毒血症的发生和控制 | 首次在肾移植受者中纵向表征CMV特异性免疫反应,发现未成熟CD56bright NK细胞与病毒血症发生相关,而记忆NK细胞和NK样CD28-CD8+ T细胞与病毒控制相关 | 样本量较小(31例患者),仅针对肾移植受者,结果可能不适用于其他器官移植类型 | 研究肾移植后CMV病毒血症的免疫预测因子和控制机制 | 31例肾移植受者(包括CMV病毒血症患者和匹配的非病毒血症患者) | 免疫学 | 巨细胞病毒感染 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, Luminex多重蛋白检测, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表型数据 | 31例肾移植受者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白检测 | NA | NA |
4119 | 2025-10-06 |
Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes
2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021
PMID:34217893
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研究论文 | 本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSC和肝细胞中的Z突变,减少错误折叠蛋白积累 | 首次在AATD患者iPSC来源的肝细胞中应用腺嘌呤碱基编辑技术纠正致病突变 | 研究未通过全基因组测序发现脱靶突变,但可能存在其他未知限制 | 探索碱基编辑技术纠正α-1抗胰蛋白酶缺乏症致病突变的可行性 | AATD患者诱导多能干细胞及其分化的肝细胞 | 基因编辑 | α-1抗胰蛋白酶缺乏症 | 腺嘌呤碱基编辑,单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 患者来源的iPSC和分化肝细胞 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
4120 | 2025-10-06 |
The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment
2021-Oct-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103112
PMID:34622165
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研究论文 | 本研究通过多学科方法揭示了肝细胞生长因子/c-met信号通路在调控纤维化肾脏局部微环境形成中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和数学建模结合条件性基因敲除小鼠验证,系统阐明了c-met信号通路在肾脏纤维化微环境调控中的核心机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类慢性肾脏病中的直接适用性需要进一步验证 | 探索肝细胞生长因子/c-met信号通路在肾脏纤维化微环境形成中的调控作用 | 慢性肾脏病模型中的肾小管上皮细胞和巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序,数学建模,条件性基因敲除 | 数学预测模型,基因敲除动物模型 | 单细胞转录组数据 | 多种慢性肾脏病模型小鼠的回顾性单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |