单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4101	2025-02-21	Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer 2025-Jan-29, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726 PMID:39889965	研究论文	本研究利用数字空间分析技术比较了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录组特征	首次在空间上揭示了PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录异质性，并发现侵袭前沿的细胞具有更高的细胞应激、增殖、糖酵解和上皮-间质转化（EMT）相关通路活性	研究样本量较小，仅包括4个PDAC病例，且未涵盖所有PDAC亚型	探究PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	数字空间分析（GeoMx系统）	NA	转录组数据	4个PDAC病例，17个PDAC样本用于免疫组化验证
4102	2025-02-21	FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635115 PMID:39975391	研究论文	本文介绍了FastCCC，一种无需排列的框架，用于在单细胞转录组学研究中实现可扩展、稳健且基于参考的细胞间通讯分析	FastCCC采用快速傅里叶变换卷积计算p值，无需排列，引入模块化代数操作框架捕捉广泛的细胞间通讯模式，并能利用大规模单细胞参考数据增强用户收集数据集的细胞间通讯分析	NA	开发一种新的方法来检测单细胞转录组学研究中的细胞间通讯，以理解多细胞生物的功能	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	快速傅里叶变换卷积	单细胞转录组数据	约1600万细胞，涵盖19种不同组织类型和450多种独特细胞类型
4103	2025-02-21	Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension 2025-Jan, ERJ open research IF:4.3Q1 DOI:10.1183/23120541.00486-2024 PMID:39811555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，评估了肺动脉高压（PAH）患者外周血单核细胞（PBMCs）在血管扩张剂治疗前后的基因表达和网络连接变化，揭示了血管扩张剂对炎症转录和通路的逆转作用	首次通过单细胞RNA测序技术系统地评估了PAH患者PBMCs在血管扩张剂治疗前后的炎症转录和网络连接变化，揭示了血管扩张剂的抗炎活性	样本量较小，特别是对照组和治疗组之间的样本量不平衡，可能影响结果的普遍性	研究血管扩张剂对PAH患者炎症反应的逆转作用，并探索其作为诊断和预后工具的潜力	肺动脉高压（PAH）患者，包括特发性PAH（iPAH）和系统性硬化症相关PAH（sscPAH）患者，以及非PAH对照组	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	对照组3人，未治疗的PAH患者4人，PDE5i治疗3个月后的PAH患者7人，PDE5i+macitentan治疗3个月后的PAH患者6人
4104	2025-02-21	Competing endogenous RNA networks in ovarian cancer: from bench to bedside 2025, EXCLI journal IF:3.8Q1 DOI:10.17179/excli2024-7827 PMID:39967908	综述	本文综述了竞争性内源RNA（ceRNA）网络在卵巢癌中的重要性，包括其在癌症发生、治疗、诊断和预后中的作用	提供了关于ceRNA网络在卵巢癌中作用的最新综述，并展望了单细胞RNA测序和个性化医疗时代的未来研究方向	主要基于已有文献的综述，缺乏新的实验数据支持	探讨ceRNA网络在卵巢癌中的作用及其在治疗、诊断和预后中的潜在应用	卵巢癌细胞中的miRNAs、circRNAs、lncRNAs和ceRNAs	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
4105	2025-02-21	SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的斑点聚合成“元斑点”，以减少数据的大小和稀疏性	提出了SuperSpot工作流程，通过图表示和层次聚类方法将空间转录组学数据中的斑点聚合成元斑点，便于分析大规模数据集	未明确提及具体局限性	开发一种方法来简化空间转录组学数据的分析	空间转录组学数据中的斑点	生物信息学	NA	空间转录组学	图表示和层次聚类	空间转录组学数据	数百万个斑点
4106	2025-02-21	FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae699 PMID:39570606	研究论文	本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法，称为FastTENET，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上加速，性能提升高达973倍	尽管FastTENET显著提升了计算速度，但其性能提升依赖于硬件（如GPU）的支持	解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	TENET算法	基因表达数据	NA
4107	2025-02-21	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过随机微分方程系统和核心转录因子调控网络生成布尔网络，能够准确模拟细胞状态转换和终末细胞状态	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	小鼠骨髓祖细胞的单细胞RNA测序数据	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	布尔网络	单细胞RNA测序数据	NA
4108	2025-02-21	Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis 2024-Nov-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae950 PMID:39494521	研究论文	本文通过综合分析ChIP-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq和DNA甲基化数据，揭示了NEUROG2和NEUROD2在神经元分化中间阶段对CAT-CAT E-boxes的结合及其在染色质重塑中的重要作用	首次提出NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体结合CAT-CAT E-boxes，在神经元分化中间阶段发挥最大染色质重塑影响	研究主要基于小鼠皮层发育数据，人类数据未涉及	探究NEUROG2和NEUROD2在不同E-box类型上的协作及其染色质重塑机制	NEUROG2和NEUROD2在发育中的小鼠皮层中的结合位点和染色质状态	表观遗传学	神经精神疾病	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, 结构建模, DNA足迹法	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	发育中的小鼠皮层样本
4109	2025-02-21	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	研究论文	本文研究了外周免疫系统对中枢神经系统再生的阻碍作用，特别是单核细胞对视网膜中Müller胶质细胞神经元再生的负面影响	揭示了外周免疫系统中的单核细胞通过Osteopontin信号轴抑制哺乳动物神经元再生的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨外周免疫系统对视网膜神经元再生的影响	小鼠视网膜中的Müller胶质细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠	基因表达数据	不同性别的小鼠
4110	2025-02-21	Microfluidic Chip-Based Automatic System for Sequencing Patient-Derived Organoids at the Single-Cell Level 2024-10-22, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05111 PMID:39399894	研究论文	本研究介绍了一种基于微流控芯片的自动系统MASSO，用于在单细胞水平上对患者来源的类器官进行测序	MASSO系统通过在单一微流控芯片上执行所有必要步骤，避免了珍贵PDO的损失，并确保了单PDO细胞的全基因组扩增的高质量，自动化操作过程消除了人为错误，提高了数据重复性	NA	解决现有单细胞测序技术在处理临床组织样本来源的PDO时效率低下的问题	患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	肺癌	全基因组测序	NA	基因组数据	NA
4111	2025-02-21	DEPICT-seq: Single-Cell Transcriptomic Analysis of Rare Cell Subsets Isolated via Nucleic Acid Cytometry 2024-10-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03075 PMID:39287475	研究论文	本文介绍了一种名为DEPICT-seq的高通量液滴核酸细胞计数方法，用于分离和分析基于核酸标记的稀有细胞亚群	DEPICT-seq方法结合了批量细胞固定、双乳液数字PCR细胞分选和单细胞分辨率下的全长转录组分析，能够针对感兴趣的核酸标记进行细胞分选和转录组分析	NA	开发一种能够深入分析稀有细胞亚群的方法，以理解组织生理学和病理学	稀有细胞亚群，特别是T细胞受体（TCR）工程化的T细胞	单细胞转录组学	NA	双乳液数字PCR、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4112	2025-02-21	Correlation of LLT-1 and NLRC4 inflammasome and its effect on glioblastoma prognosis 2024-Sep, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04750-y PMID:38907949	研究论文	本研究探讨了LLT-1与NLRC4炎症小体在胶质母细胞瘤（GBM）组织中的表达及其相互作用，揭示了它们与肿瘤恶性程度和预后的潜在关联	揭示了LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的共表达及其与肿瘤炎症和进展的潜在关联，提出了新的NK细胞介导的抗胶质瘤途径	研究样本量相对较小，且主要基于中国人群数据，可能限制了结果的普适性	探讨LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的表达及其相互作用，以揭示其与肿瘤恶性程度和预后的关联	胶质母细胞瘤（GBM）组织	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序（RNA-seq）、免疫荧光实验、单细胞RNA测序分析	NA	RNA-seq数据、免疫荧光图像	296名患者来自中国胶质瘤基因组图谱，52名患者来自CHA医疗记录
4113	2025-02-21	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.08.607264 PMID:39149388	研究论文	本文介绍了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较不同实验条件下收集的高维数据集，以提取在某一条件下富集的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调参且无法对称比较两个实验条件的问题	NA	开发一种无需超参数调整的高维数据集比较方法，以提取不同实验条件下的低维模式	高维生物数据	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA测序	gcPCA	高维数据	NA
4114	2025-02-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-Jun-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本文研究了肝星状细胞（HSCs）中的糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化的放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放的机制，并发现糖酵解缺陷小鼠的EV能够抑制肝纤维化的放大	未明确糖酵解调控EV释放的具体分子机制，且未涉及其他潜在调控途径	探讨HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用	肝星状细胞（HSCs）及其释放的纤维化纳米级细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
4115	2025-02-21	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一种名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过使用由核心转录因子调控网络控制的随机微分方程系统，生成能够忠实模拟真实生物系统细胞状态转换的合成细胞	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	细胞状态转换	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程系统	单细胞RNA测序数据	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集
4116	2025-02-21	MAPPING ALZHEIMER'S DISEASE PSEUDO-PROGRESSION WITH MULTIMODAL BIOMARKER TRAJECTORY EMBEDDINGS 2024-May, Proceedings. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging DOI:10.1109/isbi56570.2024.10635249 PMID:39371469	研究论文	本研究提出了一种新方法，通过医学影像和其他模态的纵向生物标志物数据来理解阿尔茨海默病的异质性进展路径	采用单细胞转录组学领域的PHATE和Slingshot两种流行机器学习方法，将多模态生物标志物轨迹投影到低维空间，作为伪时间估计	目前尚未提及具体局限性	旨在更准确地测量阿尔茨海默病的进展，以便早期发现脑功能丧失、及时干预和开发有效治疗方法	阿尔茨海默病患者	机器学习	阿尔茨海默病	PHATE, Slingshot	NA	医学影像数据, 多模态生物标志物数据	阿尔茨海默病神经影像倡议（ADNI）数据集
4117	2025-02-21	The transcription factor Aiolos restrains the activation of intestinal intraepithelial lymphocytes 2024-Jan, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01693-w PMID:38049581	研究论文	本文研究了转录因子Aiolos在肠道上皮内淋巴细胞（IELs）激活中的调控作用	揭示了Aiolos通过调控IL-15信号和细胞溶解程序来限制IELs的激活，并发现Ikzf3缺陷增加了染色质可及性和组蛋白乙酰化	Ikzf3缺陷仅部分解释了观察到的表型，其他机制可能也参与其中	探讨Aiolos在IELs激活中的调控机制	肠道上皮内淋巴细胞（IELs）	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Ikzf3缺陷和正常小鼠的IELs
4118	2025-02-21	High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1516656 PMID:39968047	研究论文	本文验证了使用微流控和半透胶囊技术从污水和猪粪便样本中分离单个细菌细胞的方法，并通过高通量测序揭示了微生物多样性	结合微流控和半透胶囊技术，实现了单个细菌细胞的高通量测序，并成功应用于污水和粪便样本的微生物多样性研究	样本来源仅限于污水和猪粪便，未涉及其他环境或临床样本	开发并验证一种高通量单细胞测序方法，用于研究复杂微生物群落中的单个细菌细胞	污水和猪粪便样本中的微生物群落	微生物组学	NA	单细胞测序、微流控技术、半透胶囊技术、组合拆分-合并单扩增基因组（SAG）条形码技术、短读长测序	NA	基因组数据	污水样本：1,796 SAGs（深度测序）和12,731 SAGs（浅度测序）；猪粪便样本：1,220 SAGs（深度测序）和17,909 SAGs（浅度测序）
4119	2025-02-21	A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs 2022-07-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050 PMID:35793622	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了早期青春期猪胸腺的细胞图谱，揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞在细胞状态和类型上的保守特征及物种特异性差异	首次使用单细胞RNA测序技术对猪胸腺进行细胞图谱分析，揭示了猪iNKT细胞功能多样性与小鼠iNKT0/1/2/17亚群分化模式的不同	研究仅针对早期青春期猪胸腺，未涵盖其他发育阶段或不同生理状态下的胸腺细胞	改善猪的健康状况并利用猪作为临床前模型	早期青春期猪胸腺细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过11,000个分化中的不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）
4120	2025-02-21	Immunostimulatory Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations Can Predict Immunotherapy Response in Head and Neck Cancer 2022-05-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-3570 PMID:35262677	研究论文	本文通过高维单细胞RNA测序技术，研究了头颈癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群对免疫检查点治疗反应的预测作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与免疫治疗反应相关的CAF亚群，并验证了其功能相关性	研究样本量较小，仅包括4名患者的肿瘤样本，可能影响结果的普适性	探索头颈癌中CAF亚群在免疫检查点治疗中的免疫调节作用	头颈鳞状细胞癌患者	数字病理	头颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名患者的肿瘤样本（预处理和后处理）