本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4101 | 2025-10-06 |
Transcriptional programs of neoantigen-specific TIL in anti-PD-1-treated lung cancers
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03752-4
PMID:34290408
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析抗PD-1治疗的非小细胞肺癌中新生抗原特异性T细胞的转录程序 | 首次利用T细胞受体作为条形码追踪分析肿瘤微环境中新生抗原特异性TIL的转录程序,揭示了其独特的组织驻留记忆特征和功能状态 | 样本量有限,仅针对非小细胞肺癌患者,需要更大规模验证 | 研究抗PD-1治疗中新生抗原特异性肿瘤浸润淋巴细胞的转录特征和功能状态 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据,T细胞受体序列数据 | 抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4102 | 2025-10-06 |
New insights for precision treatment of glioblastoma from analysis of single-cell lncRNA expression
2021-Jul, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-021-03584-9
PMID:33693962
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞lncRNA表达谱对胶质母细胞瘤进行重新分型,并提出新的精准治疗策略 | 首次将lncRNA作为分型标志物结合单细胞表达谱对胶质母细胞瘤进行重新分型,揭示了传统组织分型的局限性 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本量有限 | 基于单细胞lncRNA表达谱改进胶质母细胞瘤分子分型并开发精准治疗策略 | 胶质母细胞瘤患者单细胞测序数据和TCGA数据库组织数据 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | t-SNE,Seurat无监督聚类 | 单细胞测序数据,基因表达数据 | GSE84465数据库单细胞数据,TCGA数据库组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4103 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases
2021-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03794-2020
PMID:33602861
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4104 | 2025-10-06 |
Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control
2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751
PMID:32840568
|
研究论文 | 系统分析人类和小鼠组织中线粒体比例,为单细胞RNA测序数据质量控制提供新参考值 | 首次系统评估跨物种、组织和细胞类型的线粒体比例阈值,提出针对不同组织的特异性参考值 | 分析基于公开数据库数据,未进行实验验证 | 改进单细胞RNA测序数据质量控制中线粒体比例阈值的准确性 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5,530,106个细胞,来自1349个注释数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4105 | 2025-10-06 |
Airspace Macrophages and Monocytes Exist in Transcriptionally Distinct Subsets in Healthy Adults
2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202005-1989OC
PMID:33079572
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康成人肺泡和气道中存在转录水平不同的巨噬细胞和单核细胞亚群 | 首次在健康人呼吸道中发现两个新的巨噬细胞亚群:促炎症基因表达谱和金属硫蛋白基因表达谱亚群 | 样本量较小(仅10名受试者),且仅针对健康成人 | 确定健康成人支气管肺泡灌洗液中人类细胞的转录异质性 | 健康成人的支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10名健康成人 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4106 | 2025-10-06 |
Single-cell immunophenotyping of the fetal immune response to maternal SARS-CoV-2 infection in late gestation
2021-Mar-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-311000/v1
PMID:33758834
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析母体SARS-CoV-2感染对晚期妊娠胎儿免疫系统的影响 | 首次在单细胞水平系统描述母体SARS-CoV-2感染引起的胎儿免疫表型变化,发现胎儿TCR受体库扩张等新现象 | 样本量有限,仅针对晚期妊娠感染病例,无法评估早期感染的影响 | 表征母体SARS-CoV-2感染对胎儿免疫反应的影响 | 第三孕期感染SARS-CoV-2母亲的新生儿脐带血单核细胞 | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | 感染组与未感染对照组新生儿脐带血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
4107 | 2025-10-06 |
GLP-1 receptor signaling increases PCSK1 and β cell features in human α cells
2021-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.141851
PMID:33554958
|
研究论文 | 本研究揭示了GLP-1受体激动剂通过β细胞GLP-1R依赖机制增强人α细胞中PCSK1表达和β细胞特征的分子通路 | 首次发现GLP-1介导的调节人α细胞功能的新通路,并应用新型单细胞RNA测序技术DART-Seq进行验证 | 研究机制尚未完全阐明,动物实验仅在小鼠中进行 | 探索α细胞中PC1/3表达激活机制,为糖尿病治疗寻找新靶点 | 人胰岛α细胞和小鼠模型 | 分子生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 人胰岛样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | DART-Seq | 新型高灵敏度单细胞RNA测序技术 |
4108 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0244743
PMID:33411796
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析首次在儿童胆汁淤积性肝脏中鉴定出三种不同的巨噬细胞亚群 | 首次对人类儿童胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序,发现与健康肝脏巨噬细胞不同的三个新亚群 | 样本量较小(BA和ALGS各6例),需要进一步分析不同病因胆汁淤积疾病中巨噬细胞亚群的异同 | 表征儿童胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱特征 | 胆道闭锁(BA)、Alagille综合征(ALGS)和非胆汁淤积性儿童肝脏的肝免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 胆汁淤积性肝病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | BA患者6例, ALGS患者6例, 非胆汁淤积儿童肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4109 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human islet ontogeny defines the molecular basis of β-cell dedifferentiation in T2D
2020-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.101057
PMID:32739450
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类胰岛细胞发育成熟的分子程序以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础 | 首次详细描绘了人类胰岛α和β细胞在个体发育过程中的成熟程序,并揭示了2型糖尿病中胰岛细胞转录组成熟度丧失的分子机制 | 研究样本量有限,未能确定β细胞去分化在2型糖尿病中的普遍程度和可塑性 | 阐明人类胰岛细胞发育成熟的分子程序以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础 | 人类胰岛α细胞和β细胞 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非糖尿病和2型糖尿病供体的胰岛组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4110 | 2025-10-06 |
Multimodal Mapping of the Tumor and Peripheral Blood Immune Landscape in Human Pancreatic Cancer
2020-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-00121-4
PMID:34296197
|
研究论文 | 通过多模态分析方法揭示人类胰腺癌中肿瘤和外周血的免疫景观特征 | 首次采用CyTOF、单细胞RNA测序和多重免疫组化相结合的多模态方法,系统解析胰腺癌免疫抑制微环境的细胞互作网络 | 样本量相对有限,需要在更大队列中验证发现的患者特异性免疫变化 | 阐明胰腺导管腺癌的免疫景观特征及其对免疫治疗的影响 | 胰腺癌患者肿瘤组织、匹配血液样本和非恶性组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | CyTOF, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 图像数据 | 患者肿瘤、匹配血液和非恶性样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 多重免疫组织化学 | NA | NA |
4111 | 2025-10-06 |
Analysis of Dual Class I Histone Deacetylase and Lysine Demethylase Inhibitor Domatinostat (4SC-202) on Growth and Cellular and Genomic Landscape of Atypical Teratoid/Rhabdoid
2020-Mar-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12030756
PMID:32210076
|
研究论文 | 研究表观遗传调节剂Domatinostat(4SC-202)对非典型畸胎样/横纹肌样瘤生长及细胞基因组景观的影响 | 首次探索双重I类组蛋白去乙酰化酶和赖氨酸去甲基化酶抑制剂Domatinostat在ATRT中的抗癌作用机制 | 目前仅为体外研究,缺乏体内实验验证 | 评估表观遗传药物对ATRT肿瘤生长的抑制作用及其机制 | 非典型畸胎样/横纹肌样瘤(ATRT)细胞系 | 癌症表观遗传学 | 非典型畸胎样/横纹肌样瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,多组学富集分析 | 2D和3D支架细胞培养模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | ATRT-06细胞球状体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4112 | 2025-10-06 |
scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz830
PMID:31697351
|
研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱 | 提供了全面的单细胞RNA测序数据分析功能,包含图形用户界面,支持第三方工具集成 | 未在摘要中明确说明 | 开发单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4113 | 2025-10-06 |
Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples
2025-Sep, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
|
研究论文 | 通过分析人牙髓组织样本,评估不可逆性牙髓炎中PANoptosis的激活状态 | 首次在牙髓炎中系统研究PANoptosis三种细胞死亡途径的激活情况及其在不同细胞类型中的分布 | 未检测到caspase-8和PYCARD的相互作用,且仅证实凋亡和焦亡的激活 | 研究牙髓炎中PANoptosome的激活机制 | 健康与炎症牙髓组织 | 生物信息学 | 牙髓疾病 | RNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀, scRNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 人类牙髓组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4114 | 2025-10-06 |
siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis
2025-Sep, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究探讨了负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过调控巨噬细胞极化和铁死亡改善慢性鼻窦炎的分子机制 | 首次揭示HIF-1α通过激活TFRC转录驱动M1巨噬细胞极化和铁死亡的新机制,并开发了基于纳米技术的siRNA递送系统用于CRS治疗 | 需要进一步验证长期安全性和临床转化潜力 | 研究纳米颗粒递送siHIF-1α对慢性鼻窦炎中巨噬细胞极化和铁死亡的调控作用 | 慢性鼻窦炎小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系 | 生物医学工程 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告实验, 流式细胞术, 动态光散射, 凝胶阻滞实验 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 组织病理数据 | GSE10406数据集和CRS小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用Seurat软件包进行单细胞RNA测序数据分析 |
4115 | 2025-10-06 |
Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury
2025-Sep, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示了特异性蛋白1通过抑制抑制素1诱导巨噬细胞M1极化并削弱吞噬功能,从而加剧脓毒症相关急性肺损伤的分子机制 | 首次发现SP1/PHB1轴在调控巨噬细胞极化和功能中的关键作用,并阐明其通过炎症因子分泌、线粒体功能障碍和氧化应激介导脓毒症诱导的急性肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型,未来需要临床验证;靶向治疗策略尚未进行临床前评估 | 探究SP1/PHB1轴在脓毒症相关急性肺损伤中调控巨噬细胞极化和功能的分子机制 | CLP诱导的脓毒症小鼠模型和巨噬细胞 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, 高通量测序, 机器学习算法, 免疫荧光, ELISA, RT-qPCR, Western blot | 机器学习算法 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 高通量测序 | NA | NA |
4116 | 2025-10-06 |
Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells
2025-Sep, Toxicology and applied pharmacology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.taap.2025.117458
PMID:40618790
|
研究论文 | 本研究开发新型NLRP3抑制剂并通过抑制肺泡上皮细胞焦亡来减轻急性辐射性肺损伤 | 首次设计靶向NLRP3蛋白NACHT结构域的喹喔啉酮衍生物抑制剂,并证实其通过NLRP3/GSDMD通路特异性抑制肺泡2型细胞焦亡 | 研究主要聚焦早期辐射损伤阶段,长期疗效和安全性需进一步验证 | 开发针对辐射性肺损伤的新型治疗策略 | 肺泡上皮细胞(A549、MLE-12细胞系)和C57BL/6小鼠模型 | 分子药理学 | 辐射性肺损伤 | 单细胞测序、分子对接、高内涵筛选、Western blot、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、蛋白质印迹数据、组织病理图像 | 细胞系实验和小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4117 | 2025-10-06 |
A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis
2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20241174
PMID:40392549
|
研究论文 | 首次报道由ThPOK基因变异引起的人类免疫缺陷疾病,该变异导致T细胞发育异常和纤维化 | 首次发现ThPOK基因变异导致的人类疾病,揭示了该变异具有多态性功能异常 | 仅基于单个病例研究,样本量有限 | 研究ThPOK基因变异对人类免疫系统和组织纤维化的影响 | 携带ThPOKK360N变异的患者、健康对照者的T细胞和成纤维细胞 | 免疫学 | 先天性免疫缺陷 | 单细胞RNA测序,慢病毒转导,转录组分析 | NA | 基因测序数据,转录组数据 | 1例患者和健康对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4118 | 2025-10-06 |
Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma
2025-Aug, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031
PMID:39900120
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示肝母细胞瘤的分化连续谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制 | 首次发现肝母细胞瘤细胞存在连续分化谱系,并揭示Wnt信号通过上调midkine改变巨噬细胞表型驱动免疫逃逸 | 需要进一步的机制和临床验证来实现这些发现的临床转化 | 全面分析肝母细胞瘤肿瘤微环境,揭示其空间结构和关键信号机制 | 经治疗、未治疗和转移性儿童肝母细胞瘤样本,包括肝母细胞瘤、非肿瘤和胎儿肝脏样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞/单核RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色, Western blotting | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 单细胞RNA-seq (n=15), 空间转录组学 (n=22), 多重免疫荧光 (n=7), RNA-seq验证队列 (n=110) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4119 | 2025-10-06 |
A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions
2025-Aug, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2025.102585
PMID:40505496
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术在银屑病研究中的应用及其对细胞作用的新见解 | 整合空间转录组学与单细胞RNA测序技术,揭示银屑病皮肤组织中细胞空间分布特征及细胞间相互作用 | NA | 总结空间转录组学在银屑病研究中的应用进展 | 银屑病皮肤组织 | 空间转录组学 | 银屑病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4120 | 2025-10-06 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025
PMID:40602784
|
研究论文 | 本研究探讨了甲基硫代腺苷磷酸化酶(MTAP)抑制对实验性急性肾损伤的保护作用 | 首次证明MTAP抑制在急性肾损伤模型中的保护作用,并揭示其通过调节肾小管应激和修复相关基因程序发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自单细胞测序分析,缺乏临床干预验证 | 评估MTAP抑制对急性肾损伤的治疗潜力 | 小鼠急性肾损伤模型和人类肾脏单细胞测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类肾脏活检样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |