单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4101	2025-02-23	Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.16.589816 PMID:38659838	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞RNA测序数据中细胞周期状态的分类	ccAFv2能够分类六种细胞周期状态和一个类似静止的G0状态，并在多种细胞类型中表现出色	G0、G1和Late G1状态在非神经上皮细胞类型中的分类准确性较低	开发一种高精度的细胞周期分类器，以解析细胞异质性和细胞周期对细胞过程的影响	人类神经干细胞和其他细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ccAFv2分类器	单细胞RNA测序数据	人类和小鼠的细胞、细胞核和空间转录组数据
4102	2025-02-23	Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578123 PMID:38352551	研究论文	本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，采用了一种新的损失函数SmoothF1 loss，该函数近似F1分数以直接惩罚假阳性和假阴性	提出了SmoothF1损失函数，这是一种新的损失函数，能够近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练	NA	开发一种全自动的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，以提高RNA FISH成像数据的分析准确性和高通量处理能力	荧光显微镜图像中的斑点	计算机视觉	NA	RNA FISH	深度学习	图像	358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像
4103	2025-02-23	Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607784 PMID:39185246	研究论文	本文探讨了实验和计算方法如何改进单核RNA测序（snRNA-seq）数据中的等位基因失衡分析	开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据，用于等位基因特异性表达（ASE）分析，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度、基因分型等）提高ASE方法的效力	未明确提及研究的局限性	改进单细胞水平上的等位基因失衡分析方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响	单核RNA测序（snRNA-seq）数据	生物信息学	帕金森病	单核RNA测序（snRNA-seq），等位基因特异性表达（ASE）分析	NA	RNA测序数据	94名帕金森病患者的队列
4104	2025-02-23	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1 PMID:39877092	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态组学速度和分子机制	GraphVelo通过使用现有方法推断的RNA速度作为输入，推断出位于单细胞数据低维流形切空间的速度向量，保留了向量大小和方向信息，并扩展了RNA速度到多模态数据	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	提取高通量单细胞数据中的时间分辨信息，并揭示基因、病毒和宿主细胞之间的定量非线性调控关系	单细胞数据，包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验性scRNA-seq数据集
4105	2025-02-23	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应，特别是NK细胞和炎症反应的差异	样本量相对较小，且仅针对婴儿群体，可能无法推广到其他年龄段	比较RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中的免疫反应差异，以揭示其潜在机制	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	血液样本	RSV感染婴儿19例，SARS-CoV-2感染婴儿30例，健康对照17例
4106	2025-02-23	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和再生研究中的应用，探讨了脑衰老过程中细胞类型的变化及细胞间相互作用，并提出了新的研究方向	利用单细胞组学技术提供了脑衰老和再生的无偏视图，强调了组合再生方法的潜力，并提出了新的研究方向，如脑衰老模型和神经干细胞作为再生焦点	NA	探讨脑衰老过程中单个细胞的变化如何导致与年龄相关的功能障碍，并评估再生干预措施的效果	脑细胞	单细胞组学	阿尔茨海默病, 帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
4107	2025-02-23	The landscape of cell regulatory and communication networks in the human dental follicle 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1535245 PMID:39974190	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类牙囊的细胞组成和调控网络，揭示了牙囊在发育和生物学功能中的复杂调控机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析了人类牙囊的细胞组成和基因调控网络，揭示了血管和免疫细胞在牙囊生物学活动中的相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示人类牙囊的细胞组成和调控机制，以理解其在牙周组织发育和生物学功能中的作用	人类牙囊	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4108	2025-02-23	Research hotspots and frontiers in the tumor microenvironment of colorectal cancer: a bibliometric study from 2014 to 2024 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1525280 PMID:39975599	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究现状、热点和未来趋势	首次对2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究进行文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和未来趋势	研究仅基于Web of Science核心合集数据库，可能未涵盖所有相关文献	提供结直肠癌肿瘤微环境领域的当前研究状态、热点和未来趋势的全面图景	结直肠癌肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	文献计量分析	NA	文献数据	748篇出版物
4109	2025-02-23	Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis 2024-Dec-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024123 PMID:39378586	研究论文	本文研究了由于线粒体腺苷酸激酶2（AK2）功能丧失导致的严重免疫缺陷综合征——网状发育不全，探讨了代谢检查点在造血过程中的作用	通过结合单细胞转录组学分析和CRISPR模型，揭示了AK2缺陷在造血系统中的影响，特别是在晚期粒细胞生成过程中代谢检查点的失效机制	研究主要基于患者样本和体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨AK2缺陷对造血系统的影响及代谢检查点在维持代谢稳态中的作用	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞	细胞生物学	免疫缺陷综合征	单细胞转录组学、CRISPR	CRISPR模型	基因表达数据	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞
4110	2025-02-23	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并利用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	结合遗传推断和单细胞表达分析，揭示心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并通过实验验证ITM2B基因在乳腺癌中的作用	研究主要依赖于GWAS数据和单细胞RNA测序技术，可能存在样本选择偏差和技术局限性	探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并评估这些靶点的因果关系	心力衰竭和乳腺癌的遗传变异及其表达模式	基因组学	心力衰竭, 乳腺癌	GWAS, 单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
4111	2025-02-23	Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory 2024-Aug-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406787121 PMID:39163337	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（MuSCs）对微环境硬度的记忆效应及其对细胞功能的影响	使用动态水凝胶生物材料，能够在光照下软化和硬化，揭示了MuSCs对基质硬度的持久记忆效应及其分子机制	研究主要基于体外实验，未完全验证在体内环境中的适用性	探讨MuSCs是否具有对过去微环境的记忆，以及这种记忆是否可以被克服	骨骼肌干细胞（MuSCs）	生物材料	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
4112	2025-02-23	Astrocytes Modulate a Specific Paraventricular Thalamus→Prefrontal Cortex Projection to Enhance Consciousness Recovery from Anesthesia 2024-Aug-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1808-23.2024 PMID:38926088	研究论文	本研究通过动物模型和电生理记录，揭示了星形胶质细胞在促进从七氟醚麻醉中恢复意识中的作用	发现了特定的PVT→前额叶皮层投射在意识恢复中的作用，并揭示了七氟醚通过抑制PVT星形胶质细胞Kir4.1电导来调节这一过程	研究主要基于雄性小鼠模型，未涉及其他性别或物种	探索星形胶质细胞在麻醉恢复中的具体调节机制	雄性小鼠的星形胶质细胞和谷氨酸能神经元	神经科学	麻醉恢复	单细胞RNA测序、电生理记录	NA	电生理数据、RNA测序数据	雄性小鼠
4113	2025-02-23	Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report 2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320797 PMID:38695172	研究论文	本文研究了Trem2激动剂AL002a对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响，发现其通过促进泡沫巨噬细胞的存活和增殖，改善斑块稳定性	首次展示了Trem2激动剂AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能，增强胆固醇外流和胶原沉积，从而改善动脉粥样硬化斑块稳定性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探讨Trem2激动剂对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响	动脉粥样硬化易感小鼠（Ldlr-/-）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	动脉粥样硬化易感小鼠
4114	2025-02-23	Pharmacological suppression of the OTUD4/CD73 proteolytic axis revives antitumor immunity against immune-suppressive breast cancers 2024-Mar-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176390 PMID:38530357	研究论文	本文探讨了通过药理学手段抑制OTUD4/CD73蛋白水解轴，以恢复对免疫抑制性乳腺癌的抗肿瘤免疫反应	发现了OTUD4/CD73蛋白水解轴作为治疗免疫抑制性三阴性乳腺癌的新靶点，并开发了特异性抑制剂ST80	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索针对免疫抑制性乳腺癌的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤免疫学	乳腺癌	多组学分析、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	临床前TNBC模型
4115	2025-02-23	BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS 2024-Jan-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002199 PMID:37553903	研究论文	本文提出了一种基于现实医疗场景的条件控制方法，用于识别具有诊断价值的差异基因，并验证了DDX47在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	提出了一种新的条件控制方法，能够在现实医疗场景中识别独特的差异基因，并验证了DDX47在多种情况下的诊断价值	研究依赖于有限的数据库和单一医院的样本，可能影响结果的普适性	探索基因表达谱在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	脓毒症和感染性休克患者	生物信息学	脓毒症	基因表达谱分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	三个数据集，包括来自Gene Expression Omnibus数据库的两个数据集和四川大学华西医院2020-2021年ICU患者的第三个数据集
4116	2025-02-23	Steatosis drives monocyte-derived macrophage accumulation in human metabolic dysfunction-associated fatty liver disease 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100877 PMID:37869071	研究论文	本文研究了代谢功能障碍相关脂肪肝病（MAFLD）中脂肪变性如何驱动单核细胞来源的巨噬细胞在人类肝脏中的积累	揭示了人类MAFLD早期阶段巨噬细胞亚群的异质性，并发现这些变化与小鼠模型中的变化相似，建立了小鼠与人类疾病模型之间的转化联系	样本量较小（n=21），且单细胞RNA测序仅在3个样本中进行，可能限制了结果的普遍性	探讨MAFLD中肝脏巨噬细胞异质性与肝脏脂肪变性之间的关系	人类肝脏组织和小鼠模型	数字病理学	脂肪肝病	流式细胞术、免疫荧光、H&E显微镜、单细胞RNA测序、MRI	NA	组织样本、图像、RNA测序数据	21名参与者的肝脏组织，其中3个样本进行了单细胞RNA测序
4117	2025-02-23	Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease 2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550282 PMID:37546983	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，对早期和晚期阿尔茨海默病（AD）以及唐氏综合症相关AD（AD in DS）的皮质样本进行了转录组调查，旨在揭示AD的分子机制	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在AD和AD in DS中揭示了空间和细胞类型特异性的转录组变化，并通过跨物种比较和病理成像直接关联基因表达变化与病理积累	样本来源有限，主要集中在皮质区域，可能无法全面反映AD的分子机制	研究阿尔茨海默病的分子机制，特别是遗传性和散发性AD之间的差异	早期和晚期阿尔茨海默病、唐氏综合症相关AD的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的疾病时间进程样本	数字病理学	老年病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据、图像数据	早期和晚期AD、AD in DS的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的样本
4118	2025-02-23	SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells 2023-06-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39367-8 PMID:37322036	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的新方法，通过将单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征	开发了SEC-seq方法，首次将单细胞分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征和替代性浆细胞表面标记	NA	研究单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息的关联	单个人类B细胞	免疫学	NA	流式细胞术、成像流式细胞术、单细胞测序	NA	单细胞数据	数千个单个人类浆细胞
4119	2025-02-22	Identification of novel hub gene and biological pathways associated with ferroptosis in In-Stent restenosis 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149287 PMID:39880339	研究论文	本研究通过整合GEO数据库和单细胞测序数据，揭示了与铁死亡相关的分子靶点，并构建了lncRNA-miRNA-SP1调控网络，以探索支架内再狭窄（ISR）的治疗新策略	首次将铁死亡与血管平滑肌细胞在支架内再狭窄中的作用联系起来，并识别出SP1作为关键调控因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认SP1的功能和调控机制	揭示支架内再狭窄中与铁死亡相关的分子靶点，探索新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
4120	2025-02-22	scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling 2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00688-5 PMID:39982678	研究论文	本文介绍了一种名为scRDiT的生成方法，通过扩散变换器生成单细胞RNA测序数据，并加速采样过程	提出了一种基于去噪扩散概率模型（DDPMs）和扩散变换器（DiTs）的神经网络方法，能够从真实数据集中学习特征并生成虚拟单细胞RNA测序数据	未提及具体局限性	开发一种能够生成高质量虚拟单细胞RNA测序数据的方法，并加速采样过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	扩散变换器（DiTs）和去噪扩散概率模型（DDPMs）	单细胞RNA测序数据	两个不同的单细胞RNA测序数据集