单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4101	2025-02-06	Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes 2024-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70063 PMID:39579041	研究论文	本文描述了超声引导下细针穿刺（FNA）技术在人类淋巴结采样中的应用，特别是头颈部颈淋巴结的采样	采用超声引导下细针穿刺技术，能够同时收集免疫细胞和无细胞材料，适用于神经免疫疾病和基础淋巴功能研究	采样技术需要专业操作，且仅限于特定部位的淋巴结	研究人类淋巴结中的细胞和可溶性因子，以了解其在免疫反应中的作用	人类颈淋巴结	数字病理学	神经免疫疾病	超声引导下细针穿刺（FNA），RNA-seq，流式细胞术	NA	细胞样本，无细胞上清液	未明确说明样本数量
4102	2025-02-06	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了高糖条件下人类胰岛细胞在24小时内的基因表达变化，揭示了与2型糖尿病相关的候选效应基因	首次在单细胞分辨率下全面描述了人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定了与2型糖尿病相关的候选效应基因	研究仅基于两名供体的胰岛细胞，样本量较小，可能限制了结果的普适性	探索高糖条件下人类胰岛细胞的基因表达变化及其与2型糖尿病的关系	人类胰岛细胞（包括α、β、γ、δ、导管和腺泡细胞）	单细胞转录组学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR干扰	离散时间和连续时间模型	单细胞转录组数据	两名供体的胰岛细胞
4103	2025-02-06	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	评论	本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力	未具体提及研究的局限性	探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍	低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
4104	2025-02-06	Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model 2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05952-7 PMID:39294534	研究论文	本研究通过生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建了一个与线粒体自噬相关基因（MRGs）的诊断模型，旨在提高对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	通过单细胞RNA测序数据提取MRGs，并基于细胞间相互作用数据构建网络图，利用机器学习算法构建临床预后模型，并通过大量临床数据进行验证和优化	NA	提高对宫颈癌发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	宫颈癌患者和对照组的基因组数据	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、通路富集分析	机器学习算法	基因表达谱、单核苷酸多态性（SNP）数据	NA
4105	2025-02-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	本文提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据	Sunbear框架能够填补单细胞时间序列数据中的缺失，对齐多数据集和多模态数据，并预测缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞时间序列数据的建模	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞时间序列数据	NA
4106	2025-02-06	Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases 2024-Sep, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03142-z PMID:39039249	研究论文	本研究通过整合41,931名个体的血浆蛋白质组数据和临床信息，开发了稀疏预测模型，用于预测218种常见和罕见疾病的10年发病率	利用稀疏蛋白质模型预测疾病发病率，其性能优于仅使用基本临床信息或结合临床检测数据的模型	研究结果需要在外部研究中进一步验证，且样本主要来自英国生物银行，可能存在地域和种族偏差	提高常见和罕见疾病的早期诊断和风险预测能力	41,931名来自英国生物银行的个体	生物信息学	多种疾病（包括多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、运动神经元疾病、肺纤维化和扩张型心肌病等）	蛋白质组学、单细胞RNA测序	稀疏预测模型	血浆蛋白质组数据、临床信息	41,931名个体
4107	2025-02-06	Stem-like T cells in cancer and autoimmunity 2024-08, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13356 PMID:38804499	综述	本文综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其发现背景	综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的双重作用，并探讨了微生物群和代谢对干细胞样T细胞池的影响	NA	探讨干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其临床治疗策略	干细胞样T细胞	NA	癌症, 自身免疫	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 谱系追踪技术	NA	NA	NA
4108	2025-02-06	BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae432 PMID:39242194	研究论文	本文提出了一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架（BANMF-S），用于单细胞RNA测序数据中的技术零值填补	BANMF-S通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络，结合外部PPI网络和最小生成树，增强潜在空间中相似基因和细胞对的一致性，并采用分块策略通过分布式随机梯度下降法加速优化	NA	解决单细胞RNA测序数据中的技术零值问题，提高下游聚类和伪轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	公开可用的数据集，具体样本数量未明确说明
4109	2025-02-06	Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial 2024-07-05, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460 PMID:38969370	研究论文	本研究旨在评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻（POI）的治疗效果	采用多中心、随机、假对照试验设计，结合单细胞RNA测序技术探讨电针治疗POI的机制	样本量较小（80例患者），且仅在中国进行，可能限制结果的普遍性	评估术前电针对POI恢复的促进作用	结直肠癌腹腔镜手术后出现POI的患者	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	80例患者
4110	2025-02-06	Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07563-1 PMID:38898271	研究论文	本文提出了一种多尺度方法，利用转录组信息和空间上下文在亚细胞水平自动分类细胞类型	首次提出直接利用亚细胞分辨率的转录组信息进行细胞类型注释的方法，并通过拓扑管道识别细胞空间关系	依赖于转录组数据的质量和空间分辨率，可能受限于样本的异质性	开发一种在亚细胞水平自动分类细胞类型的方法，并应用于人类肾脏组织和小鼠免疫细胞	人类肾脏组织和小鼠免疫细胞	空间转录组学	狼疮性肾炎	空间转录组技术	多尺度拓扑方法	转录组数据和空间数据	人类肾脏组织和小鼠免疫细胞样本
4111	2025-02-06	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	本研究探讨了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得药物耐药的机制	首次结合多组学和空间转录组学技术，定义了Gorlin综合征患者中SMO抑制剂耐药肿瘤的细胞和组织水平特征，并提出了PCYT2、ETNK1及磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为基底细胞向鳞状细胞癌转变耐药的遗传抑制因子	研究仅基于一个长期使用SMO抑制剂治疗的Gorlin综合征患者的耐药肿瘤案例，样本量较小	探究Gorlin综合征患者中SMO抑制剂耐药肿瘤的耐药机制	Gorlin综合征患者的SMO抑制剂耐药肿瘤	肿瘤学	基底细胞癌	多组学、空间转录组学、空间全外显子基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	一个Gorlin综合征患者的耐药肿瘤样本
4112	2025-02-06	Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation 2024-05, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13327 PMID:38563448	综述	本文综述了小鼠第1组先天淋巴细胞（ILCs）的基本特征，探讨了其发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控的最新发现	利用单细胞RNA测序技术揭示了第1组ILCs的异质性，并通过命运图谱研究加深了对这些细胞发育和效应成熟程序的理解	主要基于小鼠模型，人类ILCs的研究可能有所不同	探讨第1组先天淋巴细胞的发育、表型异质性、可塑性及转录调控	小鼠第1组先天淋巴细胞（ILC1s和自然杀伤细胞NK cells）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4113	2025-02-06	Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges 2024-Apr-30, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09553-y PMID:38689046	综述	本文综述了单细胞转录组学技术的最新进展，包括技术方法、工作流程、数据处理统计方法及其潜在应用和挑战	介绍了单细胞转录组学技术的最新进展，包括空间转录组学和多组学的切入点	单细胞测序技术的高成本和技术限制最初阻碍了其广泛应用	探讨单细胞转录组学技术的应用、机会和挑战	单细胞转录组学技术及其应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4114	2025-02-06	Maternal factor Trim75 contributes to zygotic genome activation program in mouse early embryos 2024-Apr-20, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09349-0 PMID:38643284	研究论文	本研究探讨了母源因子Trim75在小鼠早期胚胎合子基因组激活（ZGA）中的作用	首次将Trim75识别为次要ZGA的潜在驱动因子，并揭示了其通过招募EP300和建立H3K27ac在基因体内促进哺乳动物胚胎植入前发育的机制	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，未直接在人类胚胎中验证Trim75的功能	阐明母源因子在哺乳动物合子基因组激活中的作用	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	基于已发表的小鼠胚胎干细胞单细胞RNA测序数据
4115	2025-02-06	Immune microniches shape intestinal Treg function 2024-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07251-0 PMID:38570678	研究论文	本文研究了肠道免疫系统中T调节细胞（Treg）功能的空间机制，特别是在耐受和炎症条件下的微环境作用	通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肠道固有层中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	研究主要聚焦于Helicobacter hepaticus反应性T细胞，可能不适用于其他微生物或抗原的反应	探索肠道免疫系统中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	Helicobacter hepaticus反应性T细胞	免疫学	炎症性疾病	活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
4116	2025-02-06	Single-cell nanobiopsy enables multigenerational longitudinal transcriptomics of cancer cells 2024-Mar-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl0515 PMID:38446884	研究论文	本文介绍了一种纳米活检平台，能够从单个细胞及其后代中进行多代纵向细胞质采样和外源分子注射	利用扫描离子电导显微镜（SICM）技术，实现了单细胞及其后代的多代纵向转录组分析，突破了传统单细胞RNA测序方法的局限	目前仅在体外实验中应用，尚未在体内环境中验证其效果	研究癌症细胞的动态转录组变化，特别是治疗前后的转录稳定性	胶质母细胞瘤（GBM）脑肿瘤细胞	数字病理学	脑癌	扫描离子电导显微镜（SICM）	NA	转录组数据	体外培养的胶质母细胞瘤细胞，实验持续72小时
4117	2025-02-06	Single-cell analysis reveals the transcriptional alterations in the submandibular glands of aged mice 2024-03, Journal of oral biosciences IF:2.6Q1 DOI:10.1016/j.job.2023.12.002 PMID:38142941	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了成年和老年小鼠颌下腺中各类细胞基因表达的变化	首次在单细胞水平上分析了老年小鼠颌下腺的基因表达变化，揭示了细胞衰老标志物的表达增加与唾液腺老化的关联	研究仅局限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨MHC I类分子表达增加的具体机制	探讨老年小鼠颌下腺细胞基因表达的变化及其与唾液腺老化的关系	成年和老年小鼠的颌下腺细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	成年和老年小鼠的颌下腺细胞样本
4118	2025-02-06	COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment 2024-Jan-25, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-08918-z PMID:38270688	研究论文	本研究探讨了COL6A3基因在骨质疏松微环境中通过促进线粒体自噬增强骨髓间充质干细胞（BMSCs）成骨分化潜力的机制	首次揭示了COL6A3基因通过促进线粒体自噬来增强BMSCs在骨质疏松微环境中的成骨分化能力，为骨质疏松的干细胞治疗提供了新的策略	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且未探讨COL6A3在其他疾病模型中的作用	探讨COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的影响及其机制	骨髓间充质干细胞（BMSCs）	细胞生物学	骨质疏松	单细胞测序、Western blotting、免疫荧光、TUNEL检测、JC-1染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据	未明确说明具体样本数量，但涉及BMSCs的体外实验
4119	2025-02-06	Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia 2024-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176479 PMID:37971878	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，识别了良性前列腺增生（BPH）中可能的基质驱动因子	首次通过激光显微切割和转录组分析，识别了BPH基质中可能介导前列腺腺体上皮诱导的分泌因子，特别是IGF1和CXCL13	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索良性前列腺增生的基质驱动因子及其分子机制	良性前列腺增生（BPH）的基质和腺体上皮	数字病理学	前列腺癌	激光显微切割，转录组分析，RNA原位杂交，3D培养	NA	转录组数据	NA
4120	2025-02-06	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics 2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.21.23295864 PMID:37790472	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证	研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统