单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 4101 - 4120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4101 | 2025-02-20 |
Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis
2025-Feb, Glycoconjugate journal
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s10719-025-10177-y
PMID:39883364
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研究论文 | 本研究利用空间和单细胞转录组技术探讨了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用 | 首次整合空间和单细胞转录组数据，揭示了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的关键作用及其与代谢活性的关联 | 研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证 | 探讨ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用及其临床意义 | 卵巢癌上皮细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组技术、空间转录组技术、RNA测序 | RCTD（稳健细胞类型分解） | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA测序数据 | GSE130000（单细胞转录组数据集）、GSE211956（空间转录组数据集）、The Cancer Genome Atlas（RNA测序数据） |
| 4102 | 2025-02-18 |
Spatial transcriptomics reveals regional characteristics of lupus nephritis in murine kidneys and immune response to prednisolone or Gancao Nourishing-Yin decoction therapies
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70236
PMID:39956926
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4103 | 2025-02-20 |
A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain
2025-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01786-1
PMID:39695302
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研究论文 | 本文通过单细胞质谱流式技术绘制了发育中鼠脑的图谱，揭示了不同细胞谱系的分子变化 | 首次使用单细胞质谱流式技术对发育中鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行表征，填补了单细胞RNA测序在蛋白质水平上的空白 | 研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑发育的复杂性 | 研究哺乳动物大脑发育过程中不同细胞谱系的分子变化 | C57/BL6小鼠的胚胎期（E11.5-E12.5）和出生后（E13.5-P4）的脑组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞质谱流式技术（mass cytometry），单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（immunohistochemistry），RNAscope原位杂交（ISH） | NA | 单细胞蛋白质和RNA表达数据 | 24,290,787个细胞，每个样本2到4个生物学重复 |
| 4104 | 2025-02-20 |
Mendelian randomization and multiomics comprehensively reveal the causal relationship and potential mechanism between atrial fibrillation and gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1446661
PMID:39963672
|
研究论文 | 本研究利用双样本孟德尔随机化方法和多组学数据，全面揭示了心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制 | 通过构建包含136个AF相关SNPs的遗传工具，揭示了AF对胃癌风险的潜在因果效应，并识别了62个AF-GC共关联基因，构建了关键基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 研究依赖于遗传工具和现有数据，可能无法完全捕捉所有潜在的混杂因素 | 研究心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制 | 心房颤动（AF）和胃癌（GC） | 生物信息学 | 胃癌 | 双样本孟德尔随机化方法、高通量测序、单细胞测序 | NA | 遗传数据、高通量测序数据、单细胞测序数据 | 包含136个AF相关SNPs的遗传工具 |
| 4105 | 2025-02-20 |
Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1519677
PMID:39963673
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研究论文 | 本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析，预测肺腺癌患者的免疫治疗反应 | 构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后 | 研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值，并构建预后特征以预测免疫治疗疗效 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）分析 | NA | 基因表达数据 | GSE26939和GSE19188芯片数据 |
| 4106 | 2025-02-20 |
Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S491298
PMID:39963682
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因 | 首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具，系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用 | 研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的分子机制研究 | 探索COPD中免疫浸润的关键基因，特别是NK细胞亚型的作用 | COPD患者的免疫细胞，特别是NK细胞亚型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病（COPD） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归 | RNA测序数据 | GSE57148作为训练集，GSE8581作为验证集 |
| 4107 | 2025-02-20 |
SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505237
PMID:39963684
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研究论文 | 本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用 | 首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性，并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用 | 需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效 | 探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 胶质瘤及其他癌症类型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集 |
| 4108 | 2025-02-20 |
NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data
2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae747
PMID:39705170
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于非负最小二乘的新型细胞类型反卷积方法NLSDeconv及其Python包，用于空间转录组数据的细胞类型贡献估计 | NLSDeconv是一种新的基于非负最小二乘的细胞类型反卷积方法，具有竞争性的统计性能和卓越的计算效率 | NA | 开发一种高效的空间转录组数据细胞类型反卷积方法 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非负最小二乘法 | 基因表达数据 | 多种空间转录组数据集 |
| 4109 | 2025-02-20 |
Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels
2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae727
PMID:39705183
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据 | Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计 | 现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析 | 开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据 | 单细胞RNA测序图谱数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 500万COVID-19血液和免疫细胞 |
| 4110 | 2025-02-20 |
Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2024-Dec-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-02085-8
PMID:39696422
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为VeloVGI的新方法，用于在批量单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度，以揭示复杂的细胞谱系 | VeloVGI通过使用最优传输（OT）和互近邻（MNN）方法在批量数据中构建邻居，并改进VeloVI的速度估计，将图结构整合到编码器中以进行更有效的特征提取 | 现有RNA速度方法受限于批量效应，无法直接校正输入数据中的批量效应，可能导致速度流估计错误 | 改进RNA速度估计方法，以更好地理解细胞发育过程 | 小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq | VeloVGI | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集 |
| 4111 | 2025-02-20 |
B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B
2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae280
PMID:38847286
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研究论文 | 本文研究了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态 | 首次通过RNA测序和流式细胞术分析了慢性HBV患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态 | 研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的比较分析 | 探讨慢性HBV感染患者B细胞的激活状态及其基因表达特征 | 慢性HBV感染患者的血液和肝脏B细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 慢性HBV患者和健康对照的血液和肝脏B细胞样本 |
| 4112 | 2025-02-20 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证，研究了炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞的影响 | 首次全面验证了单细胞RNA测序与流式细胞术结合的方法，可重复识别小鼠骨髓中的关键细胞群，并揭示了炎症对不同骨髓区室的特异性影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探讨炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞调控的影响 | 小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞（HSPC）及基质细胞 | 生物医学 | 炎症 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 多种小鼠品系 |
| 4113 | 2025-02-20 |
Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07797-z
PMID:39112713
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研究论文 | 本文通过体外和体内模型研究了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响 | 揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并定义了致癌剂量驱动的OIS谱，调和了衰老和肿瘤起始表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类肝癌的适用性需要进一步验证 | 研究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响 | 肝细胞 | 肿瘤学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型中的肝细胞 |
| 4114 | 2025-02-20 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
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研究论文 | 本研究探讨了特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）局部高浓度对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响，使用体外模型系统和三维离体人体组织模型进行评估 | 研究首次揭示了局部高浓度重金属暴露对鞘脂代谢途径的差异调节作用，并识别了氧化应激的转录组特征 | 研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响及其在哮喘中的作用 | 特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）暴露的细胞和人体肺组织 | 生物医学 | 哮喘 | 空间转录组学、定量实时PCR | 体外模型系统、三维离体人体组织模型 | 基因表达数据、代谢物数据 | 未明确说明样本数量 |
| 4115 | 2025-02-20 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601271
PMID:38979337
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子 | 通过单细胞RNA测序分析，识别了与细胞迁移相关的转录途径，并预测了年龄依赖性修复反应程序的上游调节因子，如CSF-1 | 研究机制尚不明确，且仅在猪模型中进行验证，未涉及人类样本 | 研究缺血损伤肠道中上皮修复的潜在调节机制，特别是年龄依赖性的修复反应 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞RNA测序 | 猪模型 | RNA测序数据 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞 |
| 4116 | 2025-02-20 |
Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598515
PMID:38915507
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研究论文 | 本文研究了斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力及其在脊髓修复中的作用 | 发现斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力是其修复的关键，并通过跨物种比较识别了相关基因 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证 | 探讨脊髓损伤后免疫细胞的吞噬能力对修复的影响 | 斑马鱼和哺乳动物的脊髓损伤模型 | 生物医学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学、诱导性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4117 | 2025-02-20 |
Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47933-x
PMID:38670973
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的转录和染色质可及性变化 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学，首次展示了人类视网膜发育过程中早期视网膜祖细胞在睫状缘区的短暂存在 | 研究仅涵盖人类视网膜发育至中期，未涉及后期发育阶段 | 揭示人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的规范和分化机制 | 人类视网膜发育过程中的视网膜祖细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类早期眼组织样本 |
| 4118 | 2025-02-20 |
Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109397
PMID:38510120
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组 | 首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性 | 研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异 | 研究人类视网膜早期发育的分子信息 | 多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据 | NA |
| 4119 | 2025-02-20 |
The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564
PMID:39963655
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）之间的相互作用及其在疾病进展中的作用 | 揭示了MF中恶性T细胞从组织驻留记忆T细胞（TRMs）向中央记忆T细胞（TCMs）表型转变的轨迹，并发现了CAFs在肿瘤微环境中的活跃作用及其与恶性T细胞之间的正反馈机制 | 研究样本量有限，且主要关注晚期MF患者，未涵盖早期MF的全面分析 | 探讨MF的发病机制及肿瘤微环境在疾病进展中的作用 | 晚期MF患者及健康对照者的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单核细胞（PBMC） | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 晚期MF患者及健康对照者的样本 |
| 4120 | 2025-02-20 |
High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays
2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65715
PMID:38189499
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研究论文 | 本文描述了为10X Genomics多组学分析流程准备高质量脑和骨髓样本的两种协议 | 提供了针对脑和骨髓样本的标准化样本准备协议，确保生成高质量的细胞和核悬浮液，适用于下游的多组学分析 | 协议主要针对脑和骨髓样本，可能不适用于其他类型的组织 | 开发适用于10X Genomics多组学分析流程的高质量样本准备方法 | 脑和骨髓样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单核RNA测序（snRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）、多组学分析 | NA | 单细胞数据 | NA |