单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4081	2025-02-14	iFlpMosaics enable the multispectral barcoding and high-throughput comparative analysis of mutant and wild-type cells 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02534-w PMID:39672980	研究论文	本文介绍了一种名为iFlpMosaics的工具包，用于在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪	iFlpMosaics工具包提供了新的遗传工具和小鼠品系，能够在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪	当前技术在小鼠中诱导遗传嵌合体时缺乏准确性、通量或条形码多样性	研究基因功能及其在组织发育、稳态和疾病中对单个细胞生物学的影响	野生型和Cre突变细胞	生物医学	NA	多光谱成像、荧光激活流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
4082	2025-02-14	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39919897	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	发现了一种新型的组织重塑CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞群体，并揭示了其在RA进展中的调控机制	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，需要进一步实验验证其临床应用的可行性	研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	滑膜成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术、细胞共培养、RNA测序	NA	单细胞数据、空间基因表达数据	两个队列（PEAC和R4RA）的样本
4083	2025-02-14	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39919907	研究论文	本研究采用多组学方法，识别了膝关节骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）中的主要细胞类型及其转录组特征，并探讨了KOA、性别和肥胖状态对IFP的影响	首次提供了人类IFP的细胞和转录组多样性的全面图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小，仅包括21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA患者）	探讨膝关节骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性，并分析KOA、性别和肥胖状态对IFP的影响	髌下脂肪垫（IFP）中的细胞类型及其转录组特征	生物信息学	骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA患者）
4084	2025-02-09	Unveiling heterogeneity in rare cells by combining RNA-based sorting and scRNA-seq 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02073-2 PMID:39920268	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4085	2025-02-14	Dynamic Activation of NADPH Oxidases in Immune Responses Modulates Differentiation, Function, and Lifespan of Plasma Cells 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350975 PMID:39931760	研究论文	本研究探讨了NADPH氧化酶（NOX）在B细胞二次免疫反应中的活性及其对细胞分化、功能、代谢和生存的影响	通过单细胞转录组学和NOX活性检测，揭示了NOX1和NOX2在B细胞亚群中的动态表达及其与代谢途径、乳酸生成、IgG分泌率和细胞寿命标志物的关联	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类B细胞反应的验证	探讨NOX活性及其衍生的活性氧（ROS）在B细胞激活过程中的作用	小鼠B细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学、NOX活性检测	NA	单细胞数据	NA
4086	2025-02-14	Construction of the Single-Cell Landscape of Hashimoto's Thyroiditis Tissue and Peripheral Blood by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70153 PMID:39931830	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了桥本甲状腺炎（HT）组织和外周血的单细胞图谱，探索了疾病状态下不同细胞亚群丰度的变化	构建了HT的单细胞图谱，发现了新的细胞亚群B_MEF2B_BCL6和TFC_PAX8_NKX2-1，并推测MEF2B主要通过激活转录抑制因子BCL6的表达水平导致HT的发展	样本量较小，仅包括6名HT患者的甲状腺组织和4名HT患者的外周血单个核细胞，以及1名健康对照的正常甲状腺组织	探索桥本甲状腺炎的发病机制，特别是在细胞水平上验证免疫细胞的作用	桥本甲状腺炎患者的甲状腺组织和外周血单个核细胞，以及健康对照的正常甲状腺组织	数字病理学	桥本甲状腺炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	6名HT患者的甲状腺组织、4名HT患者的外周血单个核细胞、1名健康对照的正常甲状腺组织
4087	2025-02-14	The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy 2025-Jan-31, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00812-24 PMID:39641620	研究论文	本文研究了在慢性持续性HIV/SIV感染中，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产生的影响	首次揭示了在cART治疗或自然控制者中，SIV-Gag特异性fCD8 T细胞频率与Tfh细胞中SIV RNA量的负相关关系，并通过scRNA-seq分析了不同条件下SIV-Gag特异性fCD8 T细胞的基因表达模式	研究样本量较小，仅涉及15只猕猴，且未探讨fCD8 T细胞功能改善的具体机制	探讨SIV特异性fCD8 T细胞在慢性HIV/SIV感染中对潜伏感染细胞的影响	15只感染SIVmac239的猕猴	免疫学	HIV/SIV感染	scRNA-seq, 组织切片分析	NA	单细胞RNA测序数据, 组织切片数据	15只猕猴（8只进展者，7只自然控制者）
4088	2025-02-14	Single-cell profiling of SLC family transporters: uncovering the role of SLC7A1 in osteosarcoma 2025-Jan-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06086-1 PMID:39844299	研究论文	本文通过单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了SLC7A1在骨肉瘤中的关键作用，并构建了SLC相关的预后模型	首次在单细胞水平上揭示了SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式，并发现SLC7A1在骨肉瘤细胞中的关键作用及其与免疫微环境的相互作用	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	骨肉瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序, RNA-seq, LASSO回归分析, 虚拟对接	LASSO回归模型	单细胞测序数据, RNA-seq数据	GSE152048, GSE162454, TARGET和GSE21257队列的数据
4089	2025-02-14	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	研究论文	本文通过Xenium空间转录组学技术，识别了在伤口愈合过程中诱导产生的一种独特的p21高表达衰老细胞群体，并发现清除这些细胞可以加速伤口愈合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞在伤口愈合中的独特作用，并揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	未明确说明p21高表达衰老细胞的具体清除方法及其长期影响	研究p21高表达衰老细胞在伤口愈合中的作用及其机制	p21高表达的衰老细胞	数字病理学	NA	Xenium空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4090	2025-02-14	Detection of hepatitis B virus mRNA from single cell RNA sequencing data without prior knowledge 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0314060 PMID:39932940	研究论文	本文介绍了一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测乙型肝炎病毒mRNA的方法	无需16S rRNA扩增或先验知识，直接从单细胞RNA测序数据中检测病毒mRNA	仅针对含有poly-A尾的病毒mRNA进行检测，可能不适用于所有病毒类型	研究目的是开发一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测病毒mRNA的方法	研究对象为慢性乙型肝炎病毒感染患者的肝脏样本	数字病理学	乙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	慢性乙型肝炎病毒感染患者的肝脏样本
4091	2025-02-14	Integrative multi-omics analysis for identifying novel therapeutic targets and predicting immunotherapy efficacy in lung adenocarcinoma 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2024.91 PMID:39935429	研究论文	本研究通过整合多组学分析，识别了肺腺癌的新型治疗靶点并预测了免疫治疗的疗效	采用单细胞RNA测序、批量转录组分析和全基因组关联研究数据，结合贝叶斯反卷积和机器学习算法，全面表征了肺腺癌的肿瘤微环境，并开发了稳健的预后模型	研究依赖于多个患者队列的数据整合，可能存在样本异质性问题	识别肺腺癌的新型细胞亚群和分子亚型，探索潜在治疗靶点以提高治疗效果和患者预后	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、全基因组关联研究（GWAS）	贝叶斯反卷积、机器学习算法	RNA测序数据、基因组数据	多个肺腺癌患者队列
4092	2025-02-14	Identification of WDR74 and TNFRSF12A as biomarkers for early osteoarthritis using machine learning and immunohistochemistry 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1517646 PMID:39935469	研究论文	本研究通过整合泛素化相关基因（URGs）表达数据和机器学习（ML）技术，识别出WDR74和TNFRSF12A作为早期骨关节炎（OA）的生物标志物	首次将URGs表达数据与ML结合，用于早期OA的生物标志物识别，并构建了高精度的诊断模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量有限，且需要进一步的大规模临床验证	提高早期OA的诊断和预后	骨关节炎患者	机器学习	骨关节炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组化（IHC）	XGBoost	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集
4093	2025-02-14	Exploring Core Genes Associated with Sepsis and Systemic Inflammatory Response Syndrome Using Single-Cell Sequencing Technology 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S448900 PMID:39935525	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析脓毒症死亡和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的单细胞转录组数据，以识别免疫反应中的独特标志物和模式	通过UMAP细胞聚类揭示了血液样本中四种主要细胞类型的十二个细胞簇的状态，以及死亡患者和SIRS患者之间主要细胞群体的差异，为早期诊断和治疗提供了新的理论框架	研究中未提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	探索与脓毒症和全身炎症反应综合征相关的核心基因，以改善疾病的早期检测和识别	脓毒症死亡患者和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的血液样本	数字病理	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
4094	2025-02-14	Single-cell sequencing reveals cell heterogeneity and aberrantly activated pathways associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1449624 PMID:39944086	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，深入分析了肝细胞癌（HCC）中微血管侵犯（MVI）相关的细胞异质性和异常激活的信号通路	首次在单细胞水平上揭示了MVI阳性恶性细胞的分子特征和功能异质性，并识别了与MVI相关的特定恶性细胞亚型和关键基因MARCKSL1	样本量较小，仅涉及5名患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，未来研究需要进一步验证MARCKSL1在MVI进展中的作用	探索肝细胞癌中微血管侵犯的细胞异质性、相关生物标志物及细胞间信号相互作用	肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	5名肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，其中3名患者表现出微血管侵犯
4095	2025-02-14	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术，探讨了支气管肺发育不良（BPD）中肺泡简化病理机制，特别是肌成纤维细胞增殖受损的作用	揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD中肺泡简化的核心特征，并指出逆转这一过程可能具有治疗价值	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨BPD中肺泡简化的病理机制，特别是肌成纤维细胞增殖的作用	小鼠模型和单细胞RNA测序数据	数字病理学	支气管肺发育不良（BPD）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	多个小鼠模型
4096	2025-02-14	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，研究了免疫检查点抑制剂相关心肌炎（irMyocarditis）患者的心脏、肿瘤和血液中的免疫反应	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了irMyocarditis患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应特征，并识别了潜在的生物标志物	样本量相对较小，仅包括28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体，可能限制结果的普适性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系	irMyocarditis患者的心脏、肿瘤和血液样本	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质组学数据	28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体
4097	2025-02-14	Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data 2024-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii IF:0.9Q3 DOI:10.18699/vjgb-24-104 PMID:39944798	综述	本文综述了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据重建基因调控网络（GRNs）的方法和程序	本文特别关注了利用其他组学数据（主要是转录因子结合位点和开放染色质图谱）来提高单细胞转录组数据重建GRN的准确性	单细胞组学数据的技术和生物学特性需要特定的GRN推断方法	理解和研究细胞在发育过程中及响应各种内外刺激时使用的机制	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
4098	2025-02-14	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	本研究揭示了冠状动脉心脏病（CHD）与认知障碍之间的分子联系，并评估了星状神经节阻滞（SGB）的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出FKBP5和DDIT3这两个关键衰老相关基因在CHD和认知障碍中的上调作用，并展示了SGB通过自主神经调节对这些基因相关通路的调控作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	阐明关键衰老相关基因在CHD和认知障碍病理生理学中的作用，并评估SGB的治疗潜力	冠状动脉心脏病（CHD）和认知障碍	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠模型
4099	2025-02-14	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-Oct-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	本文开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析丙型肝炎病毒（HCV）特异性T细胞	使用AIM检测方法，无需MHC多聚体即可高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，并成功应用于单细胞RNA测序分析	研究仅基于一个受试者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	开发一种高灵敏度检测和分选HCV特异性T细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	一个受试者的HCV特异性T细胞
4100	2025-02-14	Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70043 PMID:39440457	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了经典半乳糖血症（CG）女童卵巢组织的基因表达变化和信号通路异常，揭示了早发性卵巢功能不全（POI）的分子机制	首次创建了CG女童卵巢的单核转录组图谱和空间转录组景观，揭示了与POI相关的内质网应激、氧化应激和DNA损伤反应的基因激活	研究样本量有限，仅针对CG女童的卵巢组织，未涉及其他年龄段或非CG患者的卵巢组织	探讨CG患者早发性POI的分子机制，为未来治疗干预提供依据	经典半乳糖血症（CG）女童的卵巢组织	数字病理学	经典半乳糖血症	单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA测序数据	CG女童的卵巢组织样本