单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4081	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本
4082	2025-02-12	Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598858 PMID:38948758	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联	NA	提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织	生物信息学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本
4083	2025-02-12	Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn1640 PMID:38838158	研究论文	本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用	首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用	研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育	探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用	雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观	表观遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4084	2025-02-12	Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice 2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166134 PMID:38015629	研究论文	本文探讨了年龄相关的Notch3信号丢失如何导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、淋巴功能障碍和神经退行性变	揭示了Notch3信号在脑血管老化中的关键作用，并发现其缺失导致血管反应性下降和神经退行性变	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	研究年龄相关Notch3信号丢失对脑血管功能和神经退行性变的影响	小鼠和人类脑血管	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组学、MRI	Notch3-null小鼠模型	基因表达数据、影像数据	小鼠和人类脑血管样本
4085	2025-02-12	Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166 PMID:39926598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别是免疫细胞浸润的作用	结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别与金属离子转运相关的关键基因，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络和细胞间通讯分析揭示T2D的潜在治疗靶点	研究主要基于T2D和ND患者的胰岛细胞数据，可能无法完全反映其他组织或细胞类型在T2D中的作用	探索T2D的分子机制，特别是免疫细胞浸润和金属离子转运相关基因的作用	T2D和非糖尿病（ND）患者的胰岛细胞	机器学习	2型糖尿病	scRNA-seq, ssGSEA, 机器学习, AlphaFold 3	Stepglm[backward] plus GBM	RNA测序数据	T2D和ND患者的胰岛细胞数据
4086	2025-02-12	Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747 PMID:39926603	研究论文	本文通过单细胞测序技术探索了DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型	DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明	开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和逐步回归算法	RNA-seq和微阵列数据	来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据
4087	2025-02-12	Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease 2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.548027 PMID:38076913	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病（AD）中tau病理选择性脆弱性的细胞基础，通过单细胞RNA测序（scRNAseq）数据和转基因小鼠模型，揭示了不同细胞类型对tau病理的脆弱性和抗性	首次在全脑水平上探索了细胞类型对tau病理选择性脆弱性的影响，并发现细胞类型分布比区域基因表达更能预测tau病理	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类AD的复杂性	揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性脆弱性的细胞基础	小鼠脑中的神经元和非神经元细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	转基因小鼠模型	基因表达数据	12种不同的PS19小鼠模型
4088	2025-02-11	Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice 2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402182R PMID:39921473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发育中的膈肌，并生成条件性视黄酸受体显性负性敲入以抑制发育中膈肌间充质中的视黄酸信号传导，揭示了视黄酸信号在膈肌间充质中的正常发育是必需的	首次通过单细胞RNA测序分析发育中的膈肌，并生成条件性视黄酸受体显性负性敲入模型，直接证明视黄酸信号在膈肌间充质中的重要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	更好地理解膈肌发育和先天性膈疝（CDH）的病因	小鼠发育中的膈肌	发育生物学	先天性膈疝	单细胞RNA测序	条件性视黄酸受体显性负性敲入模型	RNA测序数据	小鼠胚胎
4089	2025-02-11	Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics 2025-Feb-10, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070782 PMID:39925267	研究论文	本文通过开发一种先进的双重组酶介导的交集遗传系统，研究不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性	开发了一种新的双重组酶介导的交集遗传系统，能够精确靶向不同发育起源的平滑肌细胞，并结合单细胞RNA测序技术研究TGF-β信号在不同主动脉段的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性，并研究其机制	小鼠的平滑肌细胞	遗传学	主动脉疾病	双重组酶介导的交集遗传系统，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
4090	2025-02-11	Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics 2025-Feb-09, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.202400011 PMID:39924789	综述	本文综述了CITE-Seq技术，一种同时分析单个细胞中基因表达和蛋白质丰度的先进单细胞测序方法	本文详细介绍了CITE-Seq的工作流程，并提供了使用抗体衍生标签（ADTs）染色细胞的关键考虑因素	本文主要基于微孔单细胞分析系统，可能不涵盖所有CITE-Seq应用场景	探讨CITE-Seq技术在单细胞多组学分析中的应用	单个细胞中的基因表达和蛋白质丰度	单细胞测序	NA	CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签（ADTs）	NA	基因表达数据, 蛋白质丰度数据	NA
4091	2025-02-11	Retrotrans-genomics identifies aberrant THE1B endogenous retrovirus fusion transcripts in the pathogenesis of sarcoidosis 2025-Feb-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56567-6 PMID:39920152	研究论文	本文通过短读和长读RNA-seq分析，识别了19种THE1B融合转录本，其中15种是之前未映射的，并在16名患有结节病性肌病（SM）的个体中显示出较高的表达	首次通过retrotrans-genomics方法识别了THE1B融合转录本在结节病发病机制中的作用，并揭示了新的读穿转录本SIRPB1-SIRPD和TREM2.1	研究样本量相对较小，且主要集中于结节病性肌病，可能限制了结果的普遍性	探索THE1B融合转录本在结节病发病机制中的作用	结节病性肌病（SM）患者和对照组	基因组学	结节病	短读和长读RNA-seq分析，单细胞或单核RNA-seq分析	NA	RNA-seq数据	16名SM患者和400名其他肌肉疾病患者
4092	2025-02-11	Multiomics identify the gene expression signature of the spinal cord during aging process 2025-Feb-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07475-4 PMID:39920442	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了脊髓在衰老过程中的基因表达特征	结合bulk RNA测序和空间转录组学技术，首次全面描绘了衰老脊髓的转录组特征，并发现Fth1基因在衰老混合胶质细胞中介导铁死亡抗性的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究衰老过程中脊髓的分子变化特征及其机制	年轻和衰老的脊髓组织	生物信息学	老年疾病	bulk RNA测序，空间转录组学，流式细胞术，CCK-8实验，siRNA和慢病毒实验	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	年轻和衰老的脊髓组织样本
4093	2025-02-11	Transcriptomic profiles of single-cell autophagy-related genes (ATGs) in lung diseases 2025-Feb-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09990-w PMID:39920481	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，揭示了自噬相关基因（ATGs）在肺部疾病中的转录组图谱，重点关注肺上皮细胞和淋巴细胞	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）全面研究了健康人和不同肺部疾病患者肺组织中ATGs的RNA表达谱，揭示了ATGs在不同肺上皮细胞亚群中的显著表达差异	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	阐明ATGs在肺部疾病中的表达变化及其在疾病进展和预后中的潜在作用	健康人和患有不同肺部疾病（如COVID-19相关急性肺损伤、特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺病、系统性硬化症和肺腺癌）的患者的肺组织	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	健康人和患有不同肺部疾病的患者的肺组织样本
4094	2025-02-11	Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer 2025-Feb-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01842-7 PMID:39920524	研究论文	本研究旨在构建基于NK细胞标记基因的签名，以预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	通过整合单细胞RNA测序数据和TCGA结直肠癌样本的WGCNA分析，识别出NK细胞相关的核心基因和特征基因，并构建了一个新的预后签名	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归分析	RNA测序数据	587个TCGA结直肠癌样本，124和201个GEO验证样本
4095	2025-02-11	Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling 2025-Feb-07, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-025-02623-w PMID:39920783	研究论文	本文探讨了壁细胞功能障碍如何通过促进内皮功能障碍和血管重塑导致舒张性心力衰竭	首次探索了壁细胞在HFpEF中的作用，并揭示了壁细胞通过TNFα依赖性旁分泌信号传导诱导内皮细胞生长停滞的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究壁细胞功能障碍在HFpEF中的作用及其机制	糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg小鼠	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序、NicheNet分析、组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg小鼠
4096	2025-02-11	Decoding SFRP2 progenitors in sustaining tooth growth at single-cell resolution 2025-Feb-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04190-z PMID:39920788	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，揭示了小鼠和人类牙齿中Sfrp2hi成纤维祖细胞在维持牙齿持续生长中的关键作用	首次识别出小鼠门牙和人类臼齿发育根部特有的Sfrp2hi成纤维祖细胞群，并阐明了其通过MAPK磷酸化调控Twist1转录因子结合Sfrp2启动子，进而调节Wnt信号通路以维持干细胞特性的分子机制	将小鼠牙齿的研究结果应用于人类疾病的研究仍显不足	探索小鼠和人类牙齿中组织相似性和物种特异性差异，特别是牙齿持续生长的机制	小鼠门牙和人类臼齿的牙髓细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	多个单细胞数据集
4097	2025-02-11	TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development 2025-Feb-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02326-x PMID:39915463	研究论文	本文探讨了TP63基因的不同亚型在肿瘤抑制和发育中的作用，特别是TAp63γ的功能	首次通过CRISPR-cas9技术生成p63γ缺陷小鼠模型，揭示了TAp63γ在肿瘤抑制中的主要作用，而非发育	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索TP63基因不同亚型在肿瘤抑制和发育中的具体功能	TP63基因的不同亚型，特别是TAp63γ	分子生物学	肿瘤	CRISPR-cas9, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	p63γ缺陷小鼠
4098	2025-02-11	Myeloma cell-derived CXCL7 facilitates proliferation of tumor cells and occurrence of osteolytic lesions through JAK/STAT3 pathway 2025-Feb-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07413-6 PMID:39915476	研究论文	本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）细胞衍生的CXCL7通过JAK/STAT3途径促进肿瘤细胞增殖和溶骨性病变的发生	发现了CXCL7在MM中的关键作用，揭示了其通过JAK/STAT3途径促进肿瘤细胞增殖和溶骨性病变的机制	研究主要基于小鼠异种移植肿瘤模型，尚未在人类临床试验中验证	研究CXCL7在多发性骨髓瘤中的作用及其对溶骨性病变的影响	多发性骨髓瘤细胞和小鼠异种移植肿瘤模型	癌症研究	多发性骨髓瘤	转录组数据分析、单细胞RNA-seq	小鼠异种移植肿瘤模型	RNA-seq数据	来自本中心和GEO数据库的转录组数据和单细胞RNA-seq数据
4099	2025-02-11	Single-cell atlas of human pancreatic islet and acinar endothelial cells in health and diabetes 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55415-3 PMID:39915484	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞在健康和糖尿病状态下的分子特征	首次开发了富集胰岛特异性内皮细胞（ISECs）和腺泡特异性内皮细胞（ASECs）的策略，并揭示了它们在健康和糖尿病状态下的独特分子特征	研究仅基于三个人类胰腺样本，样本量较小	研究人类胰腺内皮细胞在健康和糖尿病状态下的分子特征及其在胰腺病理生理学中的作用	人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个人类胰腺样本
4100	2025-02-11	MiR-18a-LncRNA NONRATG-022419 pairs targeted PRG-1 regulates diabetic induced cognitive impairment by regulating NGF\BDNF-Trkb signaling pathway 2025-Feb-06, Proteome science IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12953-025-00239-2 PMID:39915794	研究论文	本研究探讨了糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）中PRG-1的分子机制和细胞异质性，以及其在突触可塑性调节中的作用	揭示了PRG-1通过NGF/BDNF-Trkb信号通路在DCD中的突触可塑性调节作用，并发现了miR-18a-LncRNA NONRATG-022419对PRG-1的靶向调控	研究主要基于体外高糖诱导的HT22细胞损伤模型，尚未在体内模型中验证	探讨糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）的分子机制和细胞异质性，以及PRG-1在该过程中的功能作用	海马细胞、HT22细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA转录组分析	NA	RNA测序数据	NA