单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4081	2025-02-24	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-Feb-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	研究论文	本文通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了宿主对多房棘球蚴的免疫反应机制，并构建了感染病灶的高分辨率空间图谱	首次结合多种转录组技术，从时空维度揭示多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制，并发现中性粒细胞和巨噬细胞亚群在疾病进展中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	研究多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	数字病理学	棘球蚴病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	RNA-seq数据	感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本
4082	2025-02-24	Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes 2025-Feb-22, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70019 PMID:39985763	研究论文	本文研究了老年小鼠睾丸中非精子形成型精原干细胞（SSCs）的克隆扩展行为及其对精子生成的影响	揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成型SSCs的克隆扩展现象，并发现这些克隆在老年小鼠中占据生态位空间，可能影响精子生成和遗传多样性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的相关研究	探讨生理老化对睾丸开放生态位中精原干细胞克隆命运行为的影响	老年小鼠睾丸中的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	老年小鼠睾丸样本
4083	2025-02-24	Spatial transcriptomics in autoimmune rheumatic disease: potential clinical applications and perspectives 2025-Feb-20, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00369-2 PMID:39980019	综述	本文综述了空间转录组学技术的发展及其在自身免疫性风湿病中的潜在临床应用	空间转录组学技术结合高plex RNA测序与空间数据，提供了单细胞水平的精确空间评估，增强了对疾病过程中细胞相互作用的理解	NA	探讨空间转录组学在自身免疫性风湿病中的临床应用潜力	自身免疫性风湿病，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征	数字病理学	风湿病	空间转录组学，原位杂交，原位测序，原位空间条形码，显微切割方法	NA	基因表达数据	NA
4084	2025-02-20	Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2025-Feb-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02152-8 PMID:39966937	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4085	2025-02-24	Efficient Identification of Monoclonal Antibodies Against Rift Valley Fever Virus Using High-Throughput Single Lymphocyte Transcriptomics of Immunized Mice 2025-Feb-04, Antibodies (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antib14010012 PMID:39982227	研究论文	本文报告了使用10x Genomics技术进行高通量单细胞分析，以识别针对裂谷热病毒（RVFV）的稀有且强效的抗体	采用高通量单细胞转录组学技术，结合生物信息学分析，从免疫小鼠中筛选出针对RVFV表面糖蛋白Gc和Gn的单克隆抗体	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体试验	开发针对RVFV的高效治疗性抗体	裂谷热病毒（RVFV）及其表面糖蛋白Gc和Gn	生物信息学	裂谷热	10x Genomics高通量单细胞转录组学技术	NA	单细胞转录组数据	从小鼠脾脏中分选的记忆B细胞群体
4086	2025-02-24	Generation of super-resolution images from barcode-based spatial transcriptomics by deep image prior 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100937 PMID:39729996	研究论文	本文提出了一种名为SuperST的算法，通过深度图像先验从低分辨率空间转录组学库中重建高分辨率图像矩阵	SuperST算法利用深度图像先验技术，解决了现有空间转录组学方法在从稀疏分布的条形码重建高分辨率图像时的局限性，生成的图像更接近免疫荧光图像	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学图像的分辨率，解决零膨胀问题	空间转录组学数据	数字病理学	NA	深度图像先验	NA	图像	NA
4087	2025-02-24	TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625273 PMID:39896546	研究论文	本文介绍了TimeFlies，一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟，揭示了性别差异在衰老过程中的作用	TimeFlies是首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞RNA测序衰老时钟，能够识别与年龄相关的关键标记基因，并揭示性别差异在衰老中的不同作用	研究主要局限于果蝇头部，未涉及其他组织或物种	开发一种基于单细胞RNA测序的衰老时钟，以研究果蝇头部衰老过程中的性别差异	果蝇头部细胞	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
4088	2025-02-24	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497418 PMID:39959647	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用	首次从细胞类型特异性角度探讨了铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子机制，并发现了一个与铁死亡高度相关的小胶质细胞亚群	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探讨铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子联系	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	NA	RNA测序数据	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据，以及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织的scRNA-seq数据
4089	2025-02-23	Revealing the therapeutic targets, mechanisms, and heterogeneity of Huatan Jieyu Granules for Parkinson's disease through single-cell sequencing 2025-May-15, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jpba.2025.116679 PMID:39864142	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了化痰解郁颗粒（HGs）对帕金森病（PD）的治疗靶点、机制和异质性	首次使用单细胞测序技术揭示了HGs治疗PD的分子机制和关键细胞类型	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索HGs对PD的治疗效果及其分子机制	MPTP诱导的PD小鼠模型	数字病理学	帕金森病	单细胞测序	小鼠PD模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及空白组、PD模型组和药物治疗组的小鼠
4090	2025-02-23	Differential expression of the MYC-Notch axis drives divergent responses to the front-line therapy in central and peripheral extensive-stage small-cell lung cancer 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70112 PMID:39974662	研究论文	本研究比较了中央型和周围型广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）对一线治疗的反应差异，并通过单细胞RNA测序探讨了潜在的生物学机制	首次揭示了中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的不同反应，并发现MYC-Notch-non-NE轴的差异激活状态可能是导致这些差异的原因	样本量较小（9个治疗初期的ES-SCLC样本），需要更大规模的研究来验证结果	探讨中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的反应差异及其生物学机制	广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）患者	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	265名患者（临床数据）和9个治疗初期的ES-SCLC样本（scRNA-seq数据）
4091	2025-02-23	Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111837 PMID:39981511	研究论文	本研究通过基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠模型，探讨了肥胖与严重COVID-19之间的机制	首次使用瘦素敲除肥胖仓鼠模型模拟肥胖患者的严重COVID-19，并通过单细胞转录组学揭示了单核细胞来源的肺泡巨噬细胞在肺部过度炎症中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类肥胖患者的复杂情况	探讨肥胖与严重COVID-19之间的机制，并建立可靠的临床前动物模型	瘦素敲除肥胖仓鼠	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	瘦素敲除肥胖仓鼠模型	基因表达数据	NA
4092	2025-02-23	Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders 2025-Feb-11, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry DOI:10.1177/10738584251316558 PMID:39932233	研究论文	本文探讨了小胶质细胞在中枢神经系统中的重要作用及其与神经网络的复杂相互作用，特别是在神经精神疾病和神经退行性疾病中的影响	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞亚型的多样性，并深入探讨了其在神经精神疾病中的功能	未具体提及研究的局限性	研究小胶质细胞在神经精神疾病和神经退行性疾病中的作用，以探索新的治疗策略	小胶质细胞及其与神经网络的相互作用	神经科学	阿尔茨海默病、抑郁症、癫痫	单细胞测序技术	NA	NA	NA
4093	2025-02-23	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	评论	本文总结了免疫肿瘤学中基于组织的技术用于生物标志物发现和应用的最新进展	本文强调了多参数、多组学和计算平台在生成前所未有的深度数据方面的潜力，以发现更强大的生物标志物，从而增强患者选择和个性化治疗方法	需要权衡各种技术的优缺点，包括最小化患者采样、最大化数据输出、评估结果的再现性和代表性，同时减少数据碎片化以实现协调	评估和推进免疫肿瘤学中生物标志物技术的应用，以改善患者护理	免疫肿瘤学中的生物标志物	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
4094	2025-02-23	EPB41L4A-AS1 regulates cervical cancer by proliferative cells: mendelian randomization and single-cell transcriptomics analyses 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-949 PMID:39974380	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，探讨了增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	首次揭示了EPB41L4A-AS1通过调控增殖细胞在宫颈癌中的作用	研究主要基于单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，未涉及临床试验验证	探讨增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	宫颈癌组织中的增殖细胞	生物信息学	宫颈癌	单细胞转录组学、孟德尔随机化、MTT、流式细胞术、GSEA、WGCNA	NA	单细胞转录组数据	宫颈癌组织与健康组织的单细胞转录组数据
4095	2025-02-23	By integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing, plasma cells signature and tertiary lymphoid structures were verified to contribute to outcome in lung adenocarcinoma 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1746 PMID:39974398	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，验证了浆细胞特征和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的作用	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，首次系统性地探讨了浆细胞和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的具体作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立验证队列	探讨三级淋巴结构和浆细胞在肺腺癌预后中的作用	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床信息	来自GEO和TCGA数据库的肺腺癌患者数据
4096	2025-02-23	Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions 2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00798-0 PMID:39876020	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）中血管细胞的细胞特异性转录特征及其在靶向治疗中的意义	利用高通量单细胞转录组技术深入研究AD中脑血管细胞的转录异质性，并探讨了血管细胞与神经胶质单元之间的细胞交流障碍	主要基于已发表的单细胞转录组研究，可能受限于样本量和数据质量	探讨AD中脑血管细胞的转录特征及其在治疗中的潜在应用	AD患者和认知正常的老年人的脑血管细胞	数字病理学	老年病	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	人类死后脑组织样本
4097	2025-02-23	Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.627873 PMID:39896473	研究论文	本文开发了一种分子工具包ClonMapper Duo（CMDuo），用于在肿瘤细胞群体中追踪和分析单个细胞融合事件的起源和结果	开发了CMDuo平台，通过报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码相结合，识别经历细胞融合的细胞，并利用scRNA-seq对索引条形码进行测序，从而在整个细胞群体中映射每组亲本细胞和融合后代	未提及具体局限性	研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用	三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
4098	2025-02-23	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了慢性感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化，并确定了CD226在识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CD226在CD8 T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用，并证实了CD226在体内功能性T细胞中的表达	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究慢性结核感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化及其功能	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8 T细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠
4099	2025-02-23	HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes 2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633627 PMID:39896613	研究论文	本文研究了HPV整合在头颈癌中的影响，特别是其与不良临床结果的关系	通过分析大量HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，揭示了HPV整合的致癌网络，并基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现部分患者具有更差的临床结果	主要关注RNA而非DNA，可能忽略了DNA层面的重要信息	探讨HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结果的关系	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	癌症研究	头颈癌	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括102个HPV阳性参与者的DNA HPV整合事件
4100	2025-02-23	Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf001 PMID:39862403	研究论文	本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响	首次在人类双相体外卵母细胞成熟系统中研究了pro-cumulin对卵母细胞和卵丘细胞转录组的调节作用	未在蛋白质组水平上评估pro-cumulin的影响，也未评估其对胚胎学结果的影响	研究pro-cumulin在双相体外卵母细胞成熟系统中的作用，以提高卵母细胞的发育能力	人类卵母细胞和卵丘细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类卵母细胞和卵丘细胞