单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4081	2025-02-06	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞测序和TCR库分析的新方法，用于选择最佳TCR转基因克隆，并生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	利用单细胞测序和TCR库分析技术，无需杂交瘤选择，快速筛选出最佳TCR克隆，并成功生成特异性TCR转基因小鼠	该方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能需要较高的技术门槛和设备支持	研究抗原特异性T细胞激活的早期步骤，并生成特异性TCR转基因小鼠	T细胞受体（TCR）转基因克隆	免疫学	COVID-19	单细胞测序，TCR库分析，PCR克隆	NA	单细胞RNA表达数据，TCR序列数据	NA
4082	2025-02-06	A novel biomarker of COVI-19: MMP8 emerged by integrated bulk RNAseq and single-cell sequencing 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82227-8 PMID:39730651	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞测序数据，发现MMP8作为COVID-19的新型生物标志物，并探讨了其在疾病进展中的潜在作用	首次将MMP8识别为COVID-19的潜在治疗靶点，并通过单细胞测序揭示了其在髓细胞中的异质性表达及与其他细胞的相互作用	研究主要基于测序数据的分析，缺乏实验验证，且样本量有限	探索COVID-19的病理进展和分子变化，以解决诊断和治疗问题	健康供体、非重症和重症COVID-19患者	数字病理学	COVID-19	RNA-seq, 单细胞测序	NA	RNA测序数据	健康供体、非重症和重症COVID-19患者的RNA-seq数据
4083	2025-02-06	Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.628014 PMID:39763802	研究论文	本文研究了在癌症中1型树突状细胞（cDC1）对三级淋巴结构（TLS）形成、维持和功能的关键作用	揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制，并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类癌症患者中验证	探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型	免疫学	肺癌	空间转录组学、多重成像	小鼠模型	图像、转录组数据	多种人类肿瘤样本及小鼠模型
4084	2025-02-06	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和孟德尔随机化（MR）分析，首次确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍（ED）的新治疗靶点	首次整合scRNA-Seq、MR分析以及eQTL和pQTL数据，发现OAS1通过靶向成纤维细胞在ED中起关键作用	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在ED病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍（ED）的新治疗靶点	勃起功能障碍（ED）患者	生物信息学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、孟德尔随机化（MR）分析、eQTL、pQTL	NA	基因表达数据	NA
4085	2025-02-06	Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes 2024-Dec-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1 PMID:39764102	研究论文	本文提出了一种多尺度聚类方法（MSC），用于在单细胞RNA测序数据中无监督地识别细胞类型和亚型的层次结构	开发了一种新的多尺度聚类方法，能够以更高的分辨率解析复杂的细胞景观结构	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法，以揭示细胞类型和亚型的层次结构	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度聚类（MSC）	单细胞RNA测序数据	模拟数据、银标准数据、金标准数据以及真实疾病相关的单细胞RNA测序数据
4086	2025-02-06	Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors 2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03839-7 PMID:39708127	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者的预后基因特征	结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，开发了一种预测膀胱癌基因特征（BC-GS），并验证了其在预后分层中的重要性	研究依赖于特定数据集（GSE176307和GSE135337），可能需要更多独立数据集进行进一步验证	识别可靠的生物标志物以增强对膀胱癌患者免疫检查点抑制剂治疗结果的预测	接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GSE176307和GSE135337数据集的膀胱癌患者样本
4087	2025-02-06	Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG 2024-Dec-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1 PMID:39764138	研究论文	本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法，用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	ctSVG方法能够准确地将Visium方块分配给细胞，并识别出细胞类型特异性的空间变异基因，这些基因与样本范围内的空间变异基因或细胞类型标记基因不重叠，揭示了真实空间数据集中的重要生物学功能	NA	开发一种计算方法，以在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性的空间变异基因	Visium HD空间转录组学数据	数字病理学	NA	Visium HD空间转录组学	ctSVG	空间转录组学数据	NA
4088	2025-02-06	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本文通过结合成像空间转录组学（MERFISH）和免疫组化共染色的方法，优化了视网膜平片上的神经节细胞（RGCs）的空间分布和微环境分析	首次系统地分析了视网膜神经节细胞在二维视网膜表面的空间分布及其与局部微环境的关系，揭示了血管周围RGCs的分布特征及其在神经退行性反应中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类视网膜的研究仍需进一步验证	研究视网膜神经节细胞的空间分布及其与局部微环境的关系，以揭示其在视觉编码和神经退行性反应中的作用	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	数字病理	神经退行性疾病	成像空间转录组学（MERFISH）、免疫组化共染色	NA	图像、转录组数据	小鼠视网膜样本，涉及45种RGC类型
4089	2025-02-06	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文提供了一个关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述，涵盖从基础到新兴的平台和方法	动态更新，涵盖成熟和新兴的商业平台，强调关键方法和趋势	主要关注商业平台，可能未涵盖所有非商业或实验性技术	理解和导航单细胞和空间组学技术在生物医学研究和药物开发中的应用	商业单细胞和空间组学技术	生物信息学	NA	微流体、板基方法、组合索引、下一代测序、成像空间转录组学	NA	单细胞数据、空间组学数据	NA
4090	2025-02-06	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-Dec-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统（IcNS）的分子、细胞和功能异质性	揭示了IcNS中神经元的多样性，并发现了一类具有类似中枢模式生成网络中的起搏/节律生成神经元特征的神经元	研究主要基于斑马鱼模型，可能无法完全代表人类心内神经系统的复杂性	探索心内神经系统的组织结构和功能，以理解其在心脏节律调节中的关键作用	斑马鱼心内神经系统（IcNS）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	RNA测序数据、解剖学数据、电生理数据	NA
4091	2025-02-06	Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression 2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae249 PMID:39045638	研究论文	本文通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉转录组的变化，以及与疾病进展相关的早期异常	首次应用单核RNA测序技术分析LOPD患者肌肉活检样本，结合GeoMx空间转录组学技术，揭示了肌肉细胞核内的转录异质性及疾病进展的分子机制	样本量较小（8名患者和4名健康对照），且研究结果需要进一步验证	研究晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉损伤的分子机制及疾病进展的早期标志物	8名LOPD患者和4名年龄和性别匹配的健康对照的肌肉活检样本	数字病理学	庞贝病	单核RNA测序，GeoMx空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	8名LOPD患者和4名健康对照的肌肉活检样本
4092	2025-02-06	VICTOR: Validation and inspection of cell type annotation through optimal regression 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.028 PMID:39296808	研究论文	本文介绍了一种名为VICTOR的新方法，用于通过最优回归验证和检查细胞类型注释	VICTOR通过弹性网络正则化回归和最优阈值来评估细胞注释的置信度，优于现有方法	未明确提及具体局限性	评估单细胞RNA测序数据中细胞注释的可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性网络正则化回归	单细胞RNA测序数据	多种单细胞数据集，包括平台内、跨平台、跨研究和跨组学设置
4093	2025-02-06	AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae166 PMID:39660254	研究论文	本文提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据中的自动细胞类型注释	结合广义类别发现（GCD）和异常检测（AD），提出了一种半监督方法，能够准确分类已知细胞类型并发现新细胞类型	依赖于标记和未标记数据的结合，可能在某些数据稀缺的情况下表现受限	解决单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的挑战	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督学习	单细胞RNA测序数据	五个人类scRNA-seq数据集和一个小鼠模型图谱
4094	2024-12-21	Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae179 PMID:39703422	研究论文	本文提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式	首次利用椭圆参数化方法分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种转录模式，这些模式反映了剪接、转录或降解速率的变化	研究仅在细胞周期和结直肠癌数据集上进行了验证，需要进一步在更多数据集上验证其普适性	探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式，以揭示基因表达分析中未被发现的基因	双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式	基因组学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	细胞周期和结直肠癌数据集
4095	2025-02-06	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'亲和力基础化学'DNA测序技术，在单细胞RNA测序中通过引物进行准确配对末端读取对齐和多聚腺苷酸化位点精确量化的能力	使用Element Aviti仪器通过胸腺嘧啶均聚物进入后续cDNA序列进行测序，无需检测到准确性损失，直接独立地将读取分配到多聚腺苷酸化位点，绕过了传统方法的复杂性和限制	尽管在扩展读取长度的情况下，无论平台如何，都需要对适配器修剪和序列对齐进行必要的调整，但并未一致提高读取映射率	改进3'单细胞RNA测序文库的表征，特别是多聚腺苷酸化位点的测量	单细胞RNA测序文库	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，亲和力基础化学DNA测序	NA	DNA序列数据	NA
4096	2025-02-06	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Dec, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2024.100276 PMID:39801676	研究论文	本研究开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的水平来检测腺样囊性癌（ACC）的转移	利用肿瘤特异性MYB表达特征，开发了一种敏感、经济且微创的诊断测试，用于早期检测ACC的转移	样本量较小，特别是转移性ACC组仅有5例样本	开发一种通过血液液体活检检测腺样囊性癌（ACC）转移的快速且敏感的方法	腺样囊性癌（ACC）患者及健康对照组的血液样本	数字病理学	腺样囊性癌	qPCR, scRNA-seq	NA	血液样本	49例样本（23例健康对照，15例无病ACC患者，6例局部ACC患者，5例转移性ACC患者）
4097	2025-02-06	Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf031 PMID:39899596	研究论文	本文系统评估了九种使用单细胞RNA测序数据作为参考的去卷积方法，旨在提高组织细胞类型比例的准确估计	首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的去卷积方法，并提出了针对不同场景的推荐指南	研究结果可能受到参考数据集构建策略、数据集大小、细胞类型细分和细胞类型不一致性的影响	评估和比较使用单细胞RNA测序数据作为参考的去卷积方法的准确性和鲁棒性	九种去卷积方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五个单细胞RNA测序数据集生成的模拟批量数据以及通过流式细胞术验证细胞比例的真实批量数据
4098	2024-11-15	Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Nov-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10053-2 PMID:39514125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4099	2025-02-06	ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm 2024-Nov-07, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10050-5 PMID:39508893	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与腹主动脉瘤（AAA）中CD4+ T细胞浸润相关的生物标志物，特别是NUPR1基因	首次将NUPR1基因与AAA中CD4+ T细胞浸润联系起来，并验证了其在血管平滑肌细胞中的表达及其对AAA直径的影响	研究主要依赖于GEO数据库的现有数据，且实验验证部分样本量可能有限	识别与AAA中CD4+ T细胞浸润相关的分子标志物，以提高AAA的诊断和治疗策略	腹主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qPCR，免疫组化，免疫荧光	NA	RNA测序数据	NA
4100	2025-02-06	Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion 2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03851-x PMID:39487896	研究论文	本文研究了肿瘤细胞上的Ly6E如何通过影响肿瘤微环境中的M2巨噬细胞来抑制抗肿瘤T细胞反应	首次揭示了Ly6E通过促进M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的积累，导致CD8+ T细胞排斥的免疫调节机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨Ly6E在肿瘤微环境中的免疫调节机制及其对癌症免疫治疗的影响	人类乳腺癌组织和肿瘤细胞系，以及小鼠肿瘤模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类乳腺癌组织样本、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型