单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4061	2025-02-14	Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer 2025-Feb-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673367232250102015441 PMID:39945264	研究论文	本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1（GLP-1）信号相关的可靠预后工具，以指导胰腺癌（PC）的治疗	开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型，用于评估胰腺癌的预后，并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且样本量有限	开发一个可靠的预后评估模型，以改善胰腺癌的诊断和治疗	胰腺癌患者	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA	RiskScore模型, nomogram模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据，GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析
4062	2025-02-14	Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges 2025-Feb-12, Current molecular medicine IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0115665240355043250130110501 PMID:39945269	综述	本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战	单细胞RNA测序技术的引入，使得研究者能够分析单个免疫细胞，克服了传统批量RNA测序的局限性，为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角	尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力，但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战	探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力	结直肠癌及其免疫反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
4063	2025-02-14	Benchmarking the translational potential of spatial gene expression prediction from histology 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56618-y PMID:39934114	研究论文	本文通过一项全面的基准研究，评估了从组织学图像预测空间基因表达的十一种方法	首次对从组织学图像预测空间基因表达的多种方法进行了全面评估，并使用了多样化的指标来捕捉预测性能、模型泛化能力、转化潜力、可用性和计算效率	研究依赖于现有的空间转录组学数据集，可能无法涵盖所有组织类型和疾病状态	评估从组织学图像预测空间基因表达的方法，以增强可获取且成本效益高的H&E染色组织学图像的实用性	空间基因表达预测方法	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	五个空间解析转录组学数据集和The Cancer Genome Atlas数据
4064	2025-02-14	Analysis of effector/memory regulatory T cells from arrhythmogenic cardiomyopathy patients identified IL-32 as a novel player in ACM pathogenesis 2025-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07364-y PMID:39934117	研究论文	本文研究了致心律失常性心肌病（ACM）患者中的效应/记忆调节性T细胞，并发现IL-32在ACM发病机制中的新作用	首次全面表征了ACM患者的循环免疫细胞，揭示了Treg的丰富性，并发现IL-32在ACM Treg中的高表达可能加速心脏重塑	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探讨ACM发病机制中的免疫介导因素	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞
4065	2025-02-14	Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56821-x PMID:39934142	研究论文	本文通过批量及全长单细胞RNA测序，全面研究了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）中的可变剪接失调，揭示了剪接失调如何更好地描绘肿瘤异质性，并有效区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型	利用可变剪接（AS）的转录多样性，揭示了PitNETs中剪接失调的普遍性，并在单细胞分辨率上描绘了基本的剪接异质性，有效区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型，并定义了一个与较差临床结果相关的TPIT谱系亚型	NA	增强对垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）分子分类的理解	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	批量及全长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4066	2025-02-14	Tendomodulin in pan-cancer analysis: exploring its impact on immune modulation and uncovering functional insights in colorectal cancer 2025-Feb-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13608-z PMID:39934677	研究论文	本研究探讨了Tendomodulin（TNMD）在结直肠癌（CRC）中的免疫调节作用及其在泛癌分析中的影响	首次全面分析了TNMD在多种癌症中的表达和基因突变情况，特别是在CRC中的免疫调节功能，揭示了其作为诊断和预后生物标志物的潜力	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探索TNMD在CRC中的免疫调节功能及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	生物信息学	结直肠癌	免疫荧光（IF）、免疫组化（IHC）、实时定量逆转录PCR（qPCR）、蛋白质印迹（western blotting）、细胞迁移实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多种癌症患者和CRC细胞系
4067	2025-02-14	HGATLink: single-cell gene regulatory network inference via the fusion of heterogeneous graph attention networks and transformer 2025-Feb-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06071-x PMID:39934680	研究论文	本文提出了一种名为HGATLink的单细胞基因调控网络推断框架，通过融合异构图注意力网络和简化Transformer，有效捕捉基因间的复杂相互作用	HGATLink结合了异构图注意力网络和简化Transformer，通过矩阵分解技术在低维空间中有效捕捉基因间的复杂相互作用，增强了建模复杂异构图结构的能力，并有效捕捉基因间的长程依赖关系	尽管HGATLink在基因调控网络推断任务中表现出良好的稳定性和准确性，但其在消除传递性相互作用和处理图数据中的多层次关系和非线性特征方面仍有改进空间	研究目的是开发一种能够准确推断单细胞基因调控网络的方法	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	异构图注意力网络（HGAT）和Transformer	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq数据集
4068	2025-02-14	Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing 2025-Feb-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02098-4 PMID:39934808	研究论文	本研究通过免疫浸润和单细胞RNA测序分析，探讨了与铁死亡相关的基因在脑缺血性卒中中的作用	首次结合单细胞RNA测序和免疫浸润分析，识别出五个关键的差异表达铁死亡相关基因，并揭示了Nfe2l2作为脑缺血性卒中诊断的潜在生物标志物	研究主要基于数据库分析和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨铁死亡相关基因在脑缺血性卒中中的生物标志物作用及其对免疫浸润的影响	脑缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	脑缺血性卒中	单细胞RNA测序、基因集富集分析、miRNA预测、Western blot、线粒体变化分析、HE染色、Nissl染色、ROS荧光染色、免疫组化、qRT-PCR	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、组织染色数据	数据库中的脑缺血性卒中患者数据和小鼠模型
4069	2025-02-14	Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04185-w PMID:39934849	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，比较了来自皮下和内脏脂肪组织的AD-MSCs与皮肤成纤维细胞，旨在识别它们之间的分化标志物	首次在相同供体的皮下和内脏脂肪组织中，通过单细胞RNA测序和qPCR验证，识别出AD-MSCs与成纤维细胞之间的30个显著差异表达基因	研究样本来源有限，仅来自同一供体，可能影响结果的普适性	识别和区分AD-MSCs与成纤维细胞的分化标志物，以促进再生医学中的个性化细胞治疗	人类皮下和内脏脂肪组织中的AD-MSCs及皮肤成纤维细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序, qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	来自同一供体的皮下和内脏脂肪组织样本
4070	2025-02-14	Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice 2025-Feb-11, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00378-2 PMID:39934865	研究论文	本研究探讨了羧酸酯酶1（CES1）在皮肤中通过代谢内源性大麻素2-AG影响黑色素瘤进展的机制	首次证明了CES1在皮肤中的表达及其在黑色素瘤进展中的作用，提出CES1可能成为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤亚型的CES1表达模式仍需进一步验证	探讨CES1介导的2-AG代谢在黑色素瘤进展中的作用	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型中的黑色素瘤组织	肿瘤生物学	黑色素瘤	靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质分析（ABPP）、靶向脂质组学、放射性示踪实验	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型	代谢物数据、蛋白质活性数据、单细胞RNA测序数据	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠的黑色素瘤组织及正常皮肤组织
4071	2025-02-14	Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes 2025-Feb-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06103-3 PMID:39934919	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在代谢亚型中的作用	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统地分析了结直肠癌中SFRP2+癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	研究样本量有限，且未对不同治疗方案的长期效果进行跟踪	探索结直肠癌代谢亚型及其与癌症相关成纤维细胞异质性的关系，以促进个性化治疗策略的开发	结直肠癌患者样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	结直肠癌患者样本
4072	2025-02-14	Induction of the p21/CDK6 pathway and alteration of the immune microenvironment by the stem cell marker CBX3 in melanoma 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04179-8 PMID:39934923	研究论文	本文研究了干细胞标志物CBX3在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗结果的影响	揭示了CBX3通过激活p21/CDK6通路和改变免疫微环境在黑色素瘤中的新机制	CBX3在黑色素瘤中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨CBX3在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗结果的影响	黑色素瘤细胞	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、qPCR、western blotting、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	使用Cancer Genome Atlas、Genotype-Tissue Expression portal和Gene Expression Omnibus数据库中的样本
4073	2025-02-14	Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer 2025-Feb-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001 PMID:39889705	研究论文	本文通过单细胞转录组学和T细胞受体克隆型分析，比较了肝细胞癌（HCC）患者在抗PD-1联合lenvatinib治疗前后的T细胞反应，揭示了与临床疗效和耐药性相关的T细胞亚群	发现了肿瘤浸润的GZMK CD8效应/效应记忆T细胞（Teff/Tem）在联合治疗中的积极作用，以及未充分研究的KIR CD8 T细胞亚群和FOXP3 CD4调节性T细胞在非响应者中的富集	研究样本仅限于肝细胞癌患者，未涵盖其他类型的癌症	探索抗PD-1联合lenvatinib治疗在癌症中的免疫学机制	肝细胞癌（HCC）患者	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学，T细胞受体克隆型分析	NA	单细胞RNA测序数据	肝细胞癌患者治疗前后的T细胞样本
4074	2025-02-14	Single-cell pseudotime and intercellular communication analysis reveals heterogeneity and immune microenvironment in oral cancer 2025-Feb-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01918-4 PMID:39928204	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、伪时间分析和细胞间通讯分析，揭示了口腔癌的异质性和免疫微环境	首次使用单细胞分析技术揭示口腔癌肿瘤微环境中的细胞间通讯复杂性，提供了新的视角	NA	研究口腔癌的异质性和免疫微环境，探索其在肿瘤进展和免疫反应中的作用	口腔癌细胞及其微环境	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, t-SNE	单细胞RNA测序数据	NA
4075	2025-02-14	The expression and functional role of proline-rich 15 in non-small cell lung cancer 2025-Feb-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07373-x PMID:39929816	研究论文	本研究探讨了脯氨酸丰富15（PRR15）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达、功能意义及其潜在机制	首次揭示了PRR15在NSCLC中的致癌作用及其通过Akt-mTOR信号通路的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨PRR15在NSCLC中的表达、功能及其作为治疗靶点的潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）组织和细胞	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序、shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、慢病毒构建	NA	RNA测序数据、细胞实验数据、动物模型数据	NSCLC组织和细胞样本
4076	2025-02-14	Single-cell characterization of the immune heterogeneity of pulmonary hypertension identifies novel targets for immunotherapy 2025-Feb-10, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00684-w PMID:39930365	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺动脉高压（PAH）中的免疫异质性，并识别了新的免疫治疗靶点	首次在单细胞分辨率上构建了PAH细胞通讯的全面景观，并识别了多个先前未记录的细胞亚群的功能特征和潜在调控相互作用	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索肺动脉高压（PAH）的免疫异质性，以开发新的精准治疗方法	健康对照和PAH患者的肺组织样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约124,561个细胞
4077	2025-02-14	Genome-wide characterization of circular RNAs in three rat models of pulmonary hypertension reveals distinct pathological patterns 2025-Feb-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11239-z PMID:39930385	研究论文	本研究通过高通量RNA测序分析了三种肺动脉高压（PH）大鼠模型中环状RNA（circRNA）的全基因组表达模式，揭示了circRNA在PH发病机制中的调控网络	首次全面展示了三种PH大鼠模型中肺动脉circRNA的调控网络，并揭示了circRNA在钙信号传导和肌肉收缩中的参与	研究仅限于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究肺动脉高压（PH）中circRNA的表达模式及其调控网络	三种PH大鼠模型（缺氧、缺氧/Sugen5416、单克罗塔林诱导）	基因组学	肺动脉高压	高通量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种PH大鼠模型的肺动脉样本
4078	2025-02-14	Neonatal sevoflurane exposures inhibits DHHC5-mediated palmitoylation of TfR1 in oligodendrocytes, leading to hypomyelination and neurological impairments 2025-Feb-08, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.009 PMID:39929269	研究论文	本研究探讨了新生儿麻醉暴露如何通过抑制DHHC5介导的TfR1棕榈酰化，导致少突胶质细胞中的铁积累和铁死亡，进而引起髓鞘形成不足和神经功能损伤	首次揭示了DHHC5在少突胶质细胞中的关键作用，阐明了TfR1相关铁死亡在新生儿麻醉相关神经毒性中的核心机制，并提出了DHHC5作为潜在治疗靶点的新视角	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	阐明铁稳态，特别是转铁蛋白受体1（TfR1）在新生儿麻醉易感性中的潜在作用和机制	少突胶质细胞和神经元	神经科学	新生儿麻醉相关神经损伤	共免疫沉淀实验、酰基树脂辅助捕获实验、单细胞RNA测序	Pdgfrα-CreERT小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	从出生后第6天到第8天的小鼠
4079	2025-02-14	Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf004 PMID:39932018	研究论文	本研究通过分析人类单细胞RNA测序数据，探讨了X染色体与常染色体之间的基因剂量补偿问题，并评估了不同基因选择策略对X:AA表达比的影响	揭示了单细胞RNA测序数据在评估X染色体剂量补偿模型时的局限性，并提出了X染色体对基因剂量变化不敏感的假说	单细胞RNA测序数据的稀疏性可能导致X:AA表达比的偏差，限制了其在剂量补偿模型测试中的有效性	探讨X染色体与常染色体之间的基因剂量补偿机制，并评估单细胞RNA测序数据在此问题上的适用性	人类单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	模拟和实证的Smart-seq2数据集
4080	2025-02-14	Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02555-5 PMID:39653820	研究论文	本文开发并验证了多重化大脑类器官的策略，用于高分辨率解析神经发育轨迹，并链接特定个体的轨迹与遗传变异	开发了新的计算方法和多重化策略，包括SCanSNP和共识调用，以解决双细胞和低质量细胞识别的关键问题	NA	为大脑疾病和神经多样性建模提供高度可扩展的资源	大脑类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCanSNP	单细胞RNA测序数据	多个多能干细胞（PSC）系