单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4061	2025-03-24	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Mar-21, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	研究论文	本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪	DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码	需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间	研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态	小鼠模型	生物信息学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）	DARLIN小鼠模型	测序数据	NA
4062	2025-03-24	Spatially resolved multiomics of human cardiac niches 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06311-1 PMID:37438528	研究论文	本文结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域内的细胞微环境，并绘制了细胞到微观解剖位置的图谱	结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏传导系统细胞的独特离子通道、G蛋白偶联受体和调控网络，并引入了新的药物靶点预测工具drug2cell	研究仅限于人类心脏的八个区域，可能无法全面反映整个心脏的复杂性	揭示人类心脏不同区域的细胞微环境及其功能	人类心脏的八个区域及其细胞微环境	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	单细胞数据、空间转录组数据	人类心脏的八个区域
4063	2025-03-23	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-Apr, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4水平降低介导的RAB7A泛素化如何破坏正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎中的关键作用，并验证了USP4上调可减轻牙周炎	研究主要基于小鼠模型和临床牙龈样本，尚未在更广泛的人群中进行验证	探讨自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子生物学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、组织样本数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠
4064	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
4065	2025-03-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本文通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，探讨了不同方法在识别小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）时的选择性差异	首次比较了不同NSC标记物在识别特定NSC状态时的选择性，并提供了一个优化NSC状态富集方法的框架	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类数据，且未验证所有可能的NSC标记物	探讨不同方法在识别脑室下区神经干细胞时的选择性差异，并优化NSC状态富集方法	小鼠脑室下区的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
4066	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
4067	2025-03-23	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-Mar-10, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	研究论文	本文通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了小鼠肺发育的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究局限于小鼠模型，未直接涉及人类肺发育	研究小鼠肺发育过程中的空间和时间转录组变化	小鼠肺发育过程中的细胞类型及其状态	生物信息学	NA	高通量空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺组织样本
4068	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
4069	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
4070	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
4071	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
4072	2025-03-23	Identification and validation of up-regulated TNFAIP6 in osteoarthritis with type 2 diabetes mellitus 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82985-5 PMID:39733138	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了2型糖尿病（T2DM）与骨关节炎（OA）之间的关系，并验证了TNFAIP6在T2DM相关OA中的上调表达	首次在转录水平上研究了T2DM与OA之间的关系，并发现TNFAIP6在T2DM相关OA中的关键作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏更深入的分子机制验证	探讨T2DM与OA之间的分子关联，寻找潜在的诊断和治疗靶点	2型糖尿病（T2DM）和骨关节炎（OA）患者	生物信息学	骨关节炎	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	大鼠软骨细胞和人类关节软骨样本
4073	2025-03-23	A prognostic molecular signature of hepatic steatosis is spatially heterogeneous and dynamic in human liver 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101871 PMID:39657669	研究论文	本文通过整合临床表型、循环蛋白质组学和组织转录组学，识别了肝脂肪变性的动态功能生物标志物	使用多模态成像和广泛的蛋白质组分析，识别了与肝脂肪变性进展相关的蛋白质，并通过空间转录组学揭示了这些转录本在脂肪变性区域中的差异表达	NA	识别肝脂肪变性的动态功能生物标志物，并探索其在脂肪肝疾病和多系统代谢结果中的关联	人类肝脏	生物医学	脂肪肝	多模态成像、蛋白质组分析、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
4074	2025-03-23	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	本文介绍了一项关于沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型（CHIM）的安全性和反应原性的研究	首次提供了人类皮肤利什曼病病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱，揭示了离散的免疫生态位	由于CL和活检程序的结合，疤痕明显	促进疫苗开发，建立沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型	14名暴露于L. major感染的Phlebotomus duboscqi的参与者	传染病学	皮肤利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	受控人类感染模型（CHIM）	临床数据	14名参与者
4075	2025-03-23	Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03249-3 PMID:39284953	研究论文	本研究探讨了在早期三阴性乳腺癌患者中，使用纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合伊匹木单抗进行新辅助免疫治疗的潜在疗效	研究首次在早期三阴性乳腺癌患者中探索了不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	样本量较小（每组15例患者），且研究仅针对早期三阴性乳腺癌患者，结果可能不适用于其他类型乳腺癌或晚期患者	评估不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗在早期三阴性乳腺癌患者中的疗效和安全性	早期三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	45例患者（3个队列，每组15例）
4076	2025-03-23	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-associated platelet bias are evolutionarily conserved 2024-08-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3469 PMID:39178276	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，研究了人类骨髓造血干细胞（HSCs）的功能和转录谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs及其在衰老过程中的变化	首次在人类骨髓HSCs中证实了功能和转录谱系偏向性，并发现血小板偏向性HSCs在衰老过程中比例和转录血小板启动水平增加	研究主要基于小鼠模型和人类骨髓HSCs的异种移植，可能不完全反映人类体内HSCs的真实情况	研究人类骨髓HSCs的功能和转录谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs及其在衰老过程中的变化	人类骨髓造血干细胞（HSCs）	生物医学	血液系统疾病	高通量单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	年轻和年老小鼠的骨髓HSCs
4077	2025-03-23	Timing and location dictate monocyte fate and their transition to tumor-associated macrophages 2024-07-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3981 PMID:39058763	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的来源、演化及其在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	揭示了单核细胞在肿瘤发展过程中如何分化为具有不同基因表达谱、表型和肿瘤内定位的终末分化TAMs	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究TAMs在PDAC中的来源和演化过程	胰腺导管腺癌（PDAC）中的单核细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学和高维流式细胞术	NA	单细胞转录组数据和高维流式细胞数据	诱导性单核细胞命运映射小鼠和PDAC患者肿瘤样本
4078	2025-03-23	Age-associated CD4+ T cells with B cell-promoting functions are regulated by ZEB2 in autoimmunity 2024-03-29, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk1643 PMID:38330141	研究论文	本文通过流式细胞术和批量RNA测序分析了354名自身免疫性疾病患者和健康对照的CD4 T细胞亚群，发现了一种随着年龄增长而扩增的CXCR3CD4效应记忆T细胞亚群，命名为'年龄相关T辅助细胞（TA细胞）'	发现了一种新的年龄相关T细胞亚群（TA细胞），并揭示了其在自身免疫性疾病中的作用及其调控机制	研究主要基于流式细胞术和RNA测序，未涉及功能验证实验	探讨年龄与自身免疫性疾病之间的关系	354名自身免疫性疾病患者和健康对照的CD4 T细胞亚群	免疫学	自身免疫性疾病	流式细胞术，批量RNA测序，单细胞RNA测序	NA	细胞数据，RNA测序数据	354名患者和健康对照
4079	2025-03-23	Increased Chemokine Production is a Hallmark of Rhesus Macaque Natural Killer Cells Mediating Robust Anti-HIV Envelope-Specific Antibody-Dependent Cell-Mediated Cytotoxicity 2024, Pathogens & immunity DOI:10.20411/pai.v10i1.734 PMID:39911143	研究论文	本文研究了恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）在介导抗HIV包膜特异性抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）反应中的异质性及其功能子集	通过单细胞RNA测序分析，发现CD107a+ RMNK细胞亚群产生更多的趋化因子，表明这些细胞不仅清除感染细胞，还提供免疫调节信号并可能抑制HIV-1复制	研究中使用的抗CD16抗体与ADCC抗体的结合效果存在显著差异，导致脱颗粒和趋化因子产生的幅度减少了6至30倍	探讨恒河猴自然杀伤细胞在抗HIV ADCC反应中的功能异质性及其对HIV-1复制的潜在抑制作用	恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4080	2025-03-23	Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice 2023-Dec, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00515-w PMID:37996758	研究论文	本研究探讨了老化对CD8 T细胞在动脉粥样硬化中的作用，发现老化小鼠中CD8 T细胞的耗竭能减轻动脉粥样硬化	首次发现老化相关的CD8 T细胞在动脉粥样硬化斑块中的克隆扩增及其转录组特征	研究仅使用雌性小鼠，未涉及人类样本	探讨老化对CD8 T细胞在动脉粥样硬化中的作用	老化小鼠和年轻小鼠的CD8 T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	雌性小鼠