单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 4061 - 4080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4061 | 2025-02-06 |
CD34hi subset of synovial fibroblasts contributes to fibrotic phenotype of human knee osteoarthritis
2025-Jan-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183690
PMID:39846253
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研究论文 | 本文通过单细胞分辨率分析人类滑膜样本，识别了与骨关节炎（OA）病理生理相关的滑膜细胞亚群 | 首次通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）识别出与炎症和纤维化表型相关的滑膜细胞亚群，特别是CD34hi成纤维细胞在OA中的独特作用 | 研究样本量未明确，且未涉及其他类型关节炎的比较 | 识别与骨关节炎病理生理相关的滑膜细胞亚群，并探索其调控机制 | 人类滑膜样本 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确 |
| 4062 | 2025-02-06 |
Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach
2025-Jan-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278812.123
PMID:39622637
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研究论文 | 本文提出了一种新的深度学习方法scIDST，用于推断单细胞转录组数据中的疾病进展阶段 | scIDST方法通过弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平，解决了患者来源组织中细胞异质性问题 | NA | 开发一种新的单细胞测序分析方法，以识别真实的疾病相关分子特征 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞/核基因组测序 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 4063 | 2025-02-06 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
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研究论文 | 本研究比较了基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样本中的性能 | 首次系统评估了商业化的空间转录组学平台在空间生物学研究中的性能，并揭示了组织年龄和探针设计等参数对数据质量的影响 | 研究仅限于肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，可能不适用于其他类型的肿瘤 | 比较不同单细胞空间转录组学平台的性能，以确定其在肿瘤生物学研究中的适用性 | 福尔马林固定、石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学（ST）、RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx数字空间分析仪、苏木精和伊红染色 | NA | 图像、RNA测序数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤样本的组织微阵列 |
| 4064 | 2025-02-06 |
Bypassing cisplatin resistance in Nrf2 hyperactivated head and neck cancer through effective PI3Kinase targeting
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.10.632413
PMID:39868226
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研究论文 | 本研究探讨了PI3K抑制剂在绕过Nrf2介导的顺铂耐药性中的疗效，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的应用 | 研究发现PI3K抑制剂gedatolisib能有效抑制顺铂耐药的HNSCC增殖，并通过激活自噬、衰老和破坏脂肪酸代谢来增强顺铂的疗效 | 研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证 | 评估PI3K抑制剂在克服Nrf2介导的顺铂耐药性中的效果 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC） | 癌症研究 | 头颈部鳞状细胞癌 | 转录组学、代谢组学、空间转录组学 | 皮下、原位和转移性异种移植模型 | 转录组数据、代谢组数据 | 使用免疫缺陷和人源化小鼠模型进行体内实验 |
| 4065 | 2025-02-06 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616802
PMID:39868275
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的变化 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化中外膜成纤维细胞的动态变化，并发现SERPINH1基因在其中的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用，寻找新的治疗靶点 | 小鼠主动脉外膜细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 雄性Ldlr -/-小鼠，每组3只，共两组 |
| 4066 | 2025-02-06 |
GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells
2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626638
PMID:39677753
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研究论文 | 本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态速度和分子机制 | GraphVelo通过保留向量大小和方向信息在不同数据表示之间的转换，扩展了RNA速度到多模态数据，并揭示了基因、病毒与宿主细胞之间以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系 | 现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据 | 研究目的是从高通量单细胞数据中提取时间分辨信息，并扩展RNA速度到多模态数据 | 单细胞数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 基于图的机器学习 | 单细胞数据 | 多个合成和实验scRNA-seq数据集 |
| 4067 | 2025-02-06 |
Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges
2025-Jan-07, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351956.124
PMID:39496456
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研究论文 | 本文探讨了利用空间转录组学技术解析正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的研究机会与挑战 | 利用新一代测序（NGS）、单细胞转录组学和空间转录组学技术，提供了高分辨率的疾病组织分子图谱，揭示了肿瘤内结构和细胞间交流 | 技术限制和计算工具的瓶颈仍然是当前研究的主要挑战 | 研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性，以揭示肿瘤异质性和治疗抗性的机制 | 正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 4068 | 2025-02-06 |
HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data
2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.19.629494
PMID:39763944
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研究论文 | 本文介绍了一个名为HapCNV的综合统计框架，用于在单细胞或低细胞DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测 | HapCNV框架通过构建新型基因组位置特异性伪参考，使用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留了常见的CNV，从而在CNV检测中表现出色，特别是在短CNV的检测上 | 虽然HapCNV在模拟和真实寄生虫数据集中表现出色，但其在更广泛的应用场景和不同生物样本中的普适性仍需进一步验证 | 开发一种适用于单细胞或低细胞DNA测序数据的CNV检测方法，以克服现有方法在单倍体基因组中的局限性 | 单细胞或低细胞DNA测序数据中的CNV | 基因组学 | NA | DNA测序 | 统计框架 | DNA测序数据 | 模拟数据和真实寄生虫数据集 |
| 4069 | 2025-02-06 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma
2025-Jan-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae258
PMID:39587400
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运规范的进化重构 | 利用单细胞转录组分析技术，比较了H. erythrogramma和Lytechinus variegatus的发育时间序列，揭示了胚胎模式中的多种进化变化 | 研究依赖于单细胞转录组数据，可能无法完全捕捉所有调控互作的变化 | 研究目的是识别发育机制中的进化变化，特别是在胚胎细胞命运规范方面 | 研究对象为海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 多个物种的胚胎细胞样本 |
| 4070 | 2025-02-06 |
GP73 reinforces cytotoxic T-cell function by regulating HIF-1α and increasing antitumor efficacy
2025-Jan-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009265
PMID:39762082
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研究论文 | 本研究探讨了GP73在调节T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制 | 揭示了GP73通过调节HIF-1α增强T细胞功能的新机制，为肿瘤免疫治疗提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本量有限，需要进一步验证 | 研究GP73在T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制 | 小鼠T细胞和临床肿瘤患者的T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞测序、RNA测序、实时定量PCR、Western blotting、流式细胞术、Seahorse分析、葡萄糖摄取和L-乳酸分泌测定 | GP73敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞代谢数据 | 小鼠模型和临床肿瘤患者的血液样本 |
| 4071 | 2025-02-06 |
Galaxy as a gateway to bioinformatics: Multi-Interface Galaxy Hands-on Training Suite (MIGHTS) for scRNA-seq
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae107
PMID:39775842
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研究论文 | 本文介绍了一个名为MIGHTS的多界面Galaxy实践培训套件，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，旨在降低生物信息学的学习门槛 | MIGHTS提供了图形界面和代码并行的分析方法，促进了生物学家与程序员之间的跨学科交流，并通过实际数据分析促进批判性思维和最佳实践 | NA | 降低生物信息学的学习门槛，提供有效的单细胞RNA测序分析培训 | 生物学家和生物医学科学家 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 4072 | 2025-02-06 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveal cellular heterogeneity and a novel cancer-promoting Treg cell subset in human clear-cell renal cell carcinoma
2025-Jan-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010183
PMID:39755578
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学技术揭示了人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的细胞异质性，并发现了一种新的促进癌症的Treg细胞亚群 | 发现了具有终末效应Treg细胞分子特征但表达多种细胞因子的特殊Treg细胞亚群，并揭示了其与MRC1 + FOLR2 +肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的协同促癌作用 | 样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞和空间转录组数据，并在15名患者的组织和血液样本中进行了验证 | 研究ccRCC中免疫抑制细胞的空间和功能异质性及其相互作用促进免疫抑制的机制 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞和空间转录组RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4名患者的单细胞和空间转录组数据，15名患者的组织和血液样本 |
| 4073 | 2025-02-06 |
Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1
PMID:39801515
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研究论文 | 本文通过小鼠模型研究嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的作用 | 首次发现嗜酸性粒细胞在限制鼠伤寒沙门氏菌在肉芽肿巨噬细胞中的利用方面发挥关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本 | 探讨嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的保护作用 | 小鼠模型中的鼠伤寒沙门氏菌感染 | 免疫学 | 感染性疾病 | 空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 |
| 4074 | 2025-02-06 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1
PMID:39801521
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度细胞间交互空间转录组学（MCIST）分析方法，结合多尺度拓扑表示和空间深度学习技术，用于空间转录组数据分析 | 首次提出多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法，填补了当前空间转录组分析中忽视多尺度细胞间交互的空白 | 未明确提及具体局限性 | 改进空间转录组数据分析方法，提升空间域检测、轨迹推断、差异表达基因检测和信号通路富集分析的性能 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | 空间深度学习技术 | 空间转录组数据 | 37个基准空间转录组数据集 |
| 4075 | 2025-02-06 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.02.530774
PMID:39803528
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研究论文 | 本文开发了一种结合统计和机制模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测细胞的电生理活动 | 结合统计和生物物理模型，将基因表达与细胞电生理特性联系起来，克服了数学模型与数据不匹配的挑战 | NA | 研究基因表达与细胞电生理特性之间的关系 | 皮质细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | Hodgkin-Huxley模型 | 多模态Patch-seq数据 | 多种皮质细胞类型 |
| 4076 | 2025-02-06 |
Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network
2025-Jan, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwae301
PMID:39758128
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研究论文 | 本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络 | 结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN） | 未明确提及具体限制 | 追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络 | 脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用 | 机器学习 | 脑部疾病 | scRNA-seq | SNN | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4077 | 2025-02-06 |
Single-Cell RNA-Sequencing of Zebrafish Olfactory Epithelium Identifies Odor-Responsive Candidate Olfactory Receptors
2025-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms
IF:1.3Q4
DOI:10.1111/gtc.13191
PMID:39789807
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研究论文 | 本文采用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼嗅觉感觉神经元，以识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体 | 通过优化单细胞分离程序和使用冷活性蛋白酶，最小化神经元激活的假象，成功分类了不同细胞类型，并验证了嗅觉受体在不同嗅觉感觉神经元簇中的非重叠表达 | NA | 分析斑马鱼嗅觉感觉神经元的基因表达谱，识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体 | 斑马鱼嗅觉感觉神经元 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4078 | 2025-02-06 |
Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer
2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.31.630523
PMID:39803458
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研究论文 | 本文通过单细胞技术构建了高分辨率的肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的细胞组成、功能状态、发育轨迹和多细胞交互网络图谱 | 首次构建了肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的高分辨率单细胞图谱，揭示了免疫抑制细胞表型的演变及其在疾病进展中的作用 | 研究主要基于单细胞技术，可能无法完全反映体内复杂的微环境变化 | 揭示肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的早期疾病发生和进展的决定因素 | 肺癌前侵袭和侵袭性腺癌的微解剖非固体（前侵袭）和固体（侵袭）部分 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq, 多重成像质谱流式细胞术, 空间转录组学 | NA | 单细胞数据, 空间数据 | 个体部分固体结节的微解剖样本 |
| 4079 | 2025-02-06 |
JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104135
PMID:39816691
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研究论文 | 本文探讨了JARID1D通过去甲基化H3K4激活雄激素受体和JunD信号通路，抑制前列腺癌骨转移的机制 | 揭示了JARID1D在前列腺癌骨转移中的关键作用及其通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 研究JARID1D在前列腺癌骨转移中的作用及其分子机制 | 前列腺癌细胞和小鼠模型 | 癌症研究 | 前列腺癌 | 染色质免疫共沉淀（ChIP）、免疫荧光（IF）、蛋白质印迹（western blotting）、单细胞测序 | 小鼠模型 | 分子生物学数据 | 未明确说明样本数量 |
| 4080 | 2025-02-06 |
Intratumoural CD8+ CXCR5+ follicular cytotoxic T cells have prognostic value and are associated with CD19+ CD38+ B cells and tertiary lymphoid structures in colorectal cancer
2024-Dec-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03887-z
PMID:39739032
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌中CD8+ CXCR5+滤泡细胞毒性T细胞（TFC细胞）的特性及其在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI-high）结直肠癌中的生物学功能 | 首次在结直肠癌中系统研究了TFC细胞的特性，并开发了基于TFC细胞的结直肠癌预后预测模型 | 未明确TFC细胞调控CD19+ CD38+ B细胞和三级淋巴结构（TLSs）的具体分子机制 | 探讨TFC细胞在结直肠癌中的特性及其在MSS和MSI-high结直肠癌中的生物学功能差异 | 结直肠癌患者肿瘤组织和外周血中的TFC细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、共培养实验 | 预后预测模型 | RNA测序数据、流式细胞数据 | 临床队列和公共数据集中的结直肠癌样本 |