单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28126 篇文献，本页显示第 4041 - 4060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4041 | 2025-03-25 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
|
research paper | 该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果 | 首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并展示了ALT-100单抗的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床试验验证 | 探索eNAMPT在肺纤维化中的作用并评估其作为治疗靶点的潜力 | IPF患者和小鼠模型 | NA | 肺纤维化 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | 血液、PBMCs、肺组织样本 | IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型 |
| 4042 | 2025-03-25 |
Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling
2025-Mar-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638
PMID:40122596
|
research paper | 该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，该亚型通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移 | 发现FAPα+CD144+内皮样CAFs(endoCAFs)并通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴阐明其促进转移的机制，开发了靶向siRNA递送纳米系统 | 未明确说明样本量大小，且机制研究主要在动物模型中进行 | 鉴定胰腺导管腺癌(PDAC)中具有血管生成拟态功能的新型CAF亚型并探索其促转移机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的FAPα+CD144+内皮样CAFs | 肿瘤微环境 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP-质谱、ChIP和荧光素酶分析 | KPC小鼠模型(LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre) | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA |
| 4043 | 2025-03-25 |
Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics
2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04057-3
PMID:40119898
|
review | 本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力 | 利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应 | 需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用 | 探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献 | 三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | digital pathology | breast cancer | spatial transcriptomics | AI-based spatial analysis | transcriptomic data | NA |
| 4044 | 2025-03-25 |
Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells
2025-Mar-22, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70021
PMID:40120139
|
research paper | 该研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过介导效应调节性T细胞（eTregs）的分化来阻碍PD-1阻断反应的机制 | 首次阐明了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进eTregs分化，从而导致免疫逃避和抗PD-1治疗抵抗的具体机制 | 研究主要基于HGSOC样本，其他类型卵巢癌或实体瘤的适用性需要进一步验证 | 阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤相关中性粒细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、肿瘤移植小鼠模型 | 患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植模型 | 临床样本数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 304例HGSOC样本（274例构成两个独立队列，30例用于建立PDTOs） |
| 4045 | 2025-03-25 |
SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639516
PMID:40093081
|
research paper | 本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制 | SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型 | NA | 开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系 | 深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs） | machine learning | NA | single-cell RNA-seq | DNNs, ViT | gene expression data, facial images | NA |
| 4046 | 2025-03-25 |
Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.641548
PMID:40093183
|
研究论文 | 通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达 | 研究样本量有限，未进行大规模临床验证 | 探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 头颈癌 | scRNA-seq | IRIS3 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 4047 | 2025-03-25 |
Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.637075
PMID:40093094
|
research paper | 本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱 | 开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率 | 研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织 | 评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用 | 119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层 | single-cell analysis | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq | interpretable machine learning (scOMM) | single-cell multimodal data | 119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者 |
| 4048 | 2025-03-25 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
|
research paper | 提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据 | jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力 | 虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系 | 开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs | 单细胞转录组数据中的eQTLs | 生物信息学 | 类风湿性关节炎 | scRNA-seq | 负二项模型 | 单细胞转录组数据 | 982个样本 |
| 4049 | 2025-03-25 |
Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641101
PMID:40093102
|
研究论文 | 本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义 | 首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联 | 研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证 | 探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用 | 小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs) | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅觉上皮组织 |
| 4050 | 2025-03-25 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程 | 开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制 | 研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证 | 解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接 | 果蝇腿部运动神经元和前运动神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学 | ConnectionMiner(新型计算工具) | 基因表达数据，神经连接数据 | 多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据 |
| 4051 | 2025-03-25 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
|
研究论文 | 介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据 | CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案 | 未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量 | 开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 抗体捕获技术，空间转录组学 | 数学优化模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本 |
| 4052 | 2025-03-25 |
Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain
2024-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01769-2
PMID:39349662
|
research paper | 该研究揭示了产前人类大脑中促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进生发基质出血的机制 | 首次展示了小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并发现GMH患儿CD45细胞中活化的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步验证这些发现在活体人类大脑中的适用性 | 探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制 | 产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞 | 神经发育疾病研究 | 生发基质出血(GMH) | 单细胞转录组学、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类早产儿样本 |
| 4053 | 2025-03-25 |
Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-09-27, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094
PMID:39331727
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征 | 首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点 | 研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群 | 探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化 | 同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据 | 同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列 |
| 4054 | 2025-03-25 |
Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.12.544372
PMID:37398026
|
研究论文 | 本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新 | 使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin | 研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证 | 探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs） | 分子病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析 | 3D球体共培养模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs） |
| 4055 | 2025-03-25 |
Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident
2024-06-28, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356
PMID:38941479
|
research paper | 该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并建立驻留记忆的能力 | 发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留记忆的灵活性 | 研究主要基于小鼠模型，人类KLRG1+ T细胞是否具有相同特性尚需验证 | 探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染中的行为特征和功能 | KLRG1+ CD8 T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 小鼠感染模型 | 基因表达数据 | NA |
| 4056 | 2025-03-25 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2024-Jun-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9173
PMID:38905344
|
研究论文 | 构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较 | 创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释 | 研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战 | 比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导 | 背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本 |
| 4057 | 2025-03-25 |
Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer
2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology
IF:1.9Q3
DOI:10.1093/jjco/hyae033
PMID:38521965
|
review | 本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术 | 介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法 | 传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应 | 探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用 | 乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞 | digital pathology | breast cancer | immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics | NA | image, omics data | NA |
| 4058 | 2025-03-25 |
Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748
PMID:39493754
|
研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用 | 首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff) | 研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征 | IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞 | 单细胞组学 | IgA肾病 | scRNAseq, scATACseq | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据 | 4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组 |
| 4059 | 2025-03-25 |
Single-Cell and Population Transcriptomics Reveal Pan-epithelial Remodeling in Type 2-High Asthma
2020-07-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107872
PMID:32640237
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究IL-13对人呼吸道上皮细胞的影响，揭示了2型细胞因子高表达哮喘（T2H）中上皮细胞的全域重塑 | 发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一种独特的转录状态，特别是诱导了所有细胞类型的黏液分泌程序，导致黏液和防御分泌细胞转化为具有新生黏蛋白产生和分泌的化生状态 | 研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂的环境 | 探究IL-13在2型细胞因子高表达哮喘中对上皮细胞的影响 | 人呼吸道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4060 | 2025-03-24 |
Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System
2025-Mar-22, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251325204
PMID:40119776
|
综述 | 本文探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用，特别是在神经退行性疾病研究中的应用 | 空间转录组学通过提供空间分辨的基因表达数据，革新了我们对中枢神经系统的理解，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 当前面临的挑战包括数据解释和分辨率的限制 | 探索空间转录组学在中枢神经系统研究中的影响，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 中枢神经系统，特别是神经退行性疾病如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化和肌萎缩侧索硬化症 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |