单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 37637 篇文献,本页显示第 4041 - 4060 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
4041 2026-01-21
The role of IRF-1 in mediating T-cell immune imbalance in systemic lupus erythematosus and the construction of a diagnostic model
2025-12-31, Autoimmunity IF:3.3Q3
研究论文 本研究探讨了IRF-1在系统性红斑狼疮中T细胞免疫失衡的作用,并构建了一个基于机器学习的诊断模型 整合单细胞转录组、批量转录组和临床样本数据,首次系统分析了IRF-1在SLE不同疾病阶段T细胞亚群中的动态变化,并开发了基于IRF-1相关基因的机器学习诊断模型 NA 阐明IRF-1在系统性红斑狼疮免疫失衡中的作用,并开发一种非侵入性诊断工具 系统性红斑狼疮患者和对照个体的T细胞亚群 自然语言处理 系统性红斑狼疮 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 广义线性模型, 偏最小二乘法, 以及其他四种机器学习模型 转录组数据, 临床数据 单细胞数据集GSE254176,6个批量转录组数据集(共1079名SLE患者和137名对照),以及临床样本(70名SLE患者和58名对照) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
4042 2026-01-21
Transcriptome-wide mapping reveals an RNA-dependent mechanism of platinum cancer drugs
2025-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过开发PlatRNA-seq技术,系统性地研究了铂类抗癌药物(如顺铂)与RNA的相互作用,揭示了其RNA依赖性作用机制 首次开发了PlatRNA-seq技术,在全转录组水平上绘制顺铂的RNA结合图谱,并发现顺铂通过结合RNA G-四链体结构介导细胞毒性,为非经典RNA作用机制提供了直接证据 研究主要聚焦于顺铂,其他铂类药物的RNA结合特性尚未全面探索;临床样本分析仅限于卵巢癌患者,需在其他癌症类型中验证 探究临床抗癌药物(特别是顺铂)与RNA的相互作用及其在化疗中的功能意义 临床批准的抗癌药物(以顺铂为代表)及其在癌细胞中的RNA靶标 转录组学 卵巢癌 PlatRNA-seq(点击化学增强的全转录组分析)、单细胞RNA-seq、基因组学、生物物理学和计算分析 NA RNA-seq数据 来自初治卵巢癌患者肿瘤活检的单细胞RNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4043 2026-01-21
PD-1 regulates CD4+ T cell-mediated CD8+ T cell responses in the brain to balance viral control and neuroinflammation
2025-Dec-12, Research square
研究论文 本研究探讨了PD-1在鼠多瘤病毒脑炎中如何通过调节CD4+ T细胞介导的CD8+ T细胞反应,平衡病毒控制与神经炎症 揭示了PD-1在脑部自主性作用中,通过CD4 T细胞内在信号调节CD8 T细胞效应功能,平衡抗病毒防御与神经损伤的新机制 研究基于鼠模型,可能不完全反映人类进行性多灶性白质脑病的复杂情况,且未详细探讨PD-1阻断治疗在患者中效果多变的临床因素 探究PD-1在多瘤病毒中枢神经系统感染中调节T细胞反应以平衡病毒清除与神经炎症的机制 鼠多瘤病毒感染模型中的脑部CD4和CD8 T细胞 免疫学 神经感染性疾病 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
4044 2026-01-21
Single-cell transcriptomic datasets of the amphibious plant Water wisteria
2025-Nov-29, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了水蓑衣在陆生和水生环境中的叶片细胞,以探索异叶性的分子机制 首次对水蓑衣这一新兴异叶性模型植物进行单细胞转录组测序,为在单细胞水平解析植物环境适应机制提供了基础数据 未明确提及实验样本量或技术重复次数,可能影响统计可靠性 探索异叶性(植物根据环境改变叶片形态的适应策略)的分子机制 水蓑衣(Hygrophila difformis)在陆生和水生环境中的叶片原生质体 植物生物学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
4045 2026-01-21
LMNA-PRKDC axis enhances DNA repair and promotes chemoresistance in glioblastoma
2025-Nov-21, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究揭示了胶质母细胞瘤中LMNA-PRKDC轴通过增强DNA修复能力驱动替莫唑胺耐药的新机制 首次发现LMNA-PRKDC轴通过形成DNA修复复合物增强胶质母细胞瘤的DNA修复能力,并鉴定PRKDC抑制剂可作为逆转耐药的新策略 研究主要基于患者来源的异种移植模型和单细胞测序数据,临床转化效果仍需进一步验证 探究胶质母细胞瘤对替莫唑胺产生耐药性的分子机制,并寻找逆转耐药的潜在治疗靶点 胶质母细胞瘤患者来源的肿瘤组织、异种移植模型以及原发和复发肿瘤标本 肿瘤生物学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、免疫共沉淀 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 患者来源的异种移植模型和原发/复发胶质母细胞瘤标本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4046 2026-01-21
Spatial transcriptomics of glioblastoma defines biologically and clinically significant reprogramming patterns across unique spatial microenvironments
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学技术分析胶质母细胞瘤,揭示了其在独特空间微环境中的生物学重编程模式及其临床意义 开发了一种新颖的空间信息整合方法,将基因共表达网络模块识别的生物学重编程与细胞间通讯的特定变化相结合,提供了对转录因子调控、细胞相互作用和生物通路活性的空间模式的新见解 研究样本量相对较小(14个样本),可能限制了结果的普遍性 定义胶质母细胞瘤的生物学重编程、肿瘤微环境重组和细胞间相互作用,以揭示空间微环境对肿瘤行为和治疗反应的影响 胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤样本,特别是来自Ivy胶质母细胞瘤图谱项目的空间定义区域 数字病理学 胶质母细胞瘤 空间转录组学 基因共表达网络模块 空间转录组数据 14个胶质母细胞瘤样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium Visium空间转录组学平台
4047 2026-01-21
Clinical Interventions and Inflammatory Signaling Shape the Transcriptional and Cellular Architecture of the Early Postnatal Lung
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞测序技术构建了人类出生后早期(0-2岁)肺部的细胞图谱,揭示了肺泡II型细胞的两种新转录状态及其与炎症信号和临床干预的关联 首次在人类出生后早期肺部发现了肺泡II型细胞的两种互斥转录状态,并建立了其与炎症信号通路及临床抗炎干预的直接联系 样本量相对有限(23例),且均为组织学正常的标本,可能无法完全代表疾病状态下的情况 探究人类出生后早期肺部的细胞发育和重塑机制,及其与肺部疾病的关系 人类出生后早期(0-2岁)的肺部组织 单细胞组学 肺部疾病 单核RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 23例个体的组织学正常肺部标本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
4048 2026-01-21
Cell and molecular profiles in peripheral nerves shift toward inflammatory phenotypes in diabetic peripheral neuropathy
2025-Oct-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过转录组学和空间转录组学分析,揭示了糖尿病周围神经病变(DPN)中周围神经的细胞和分子谱向炎症表型转变,并探讨了感觉轴突mRNA转运在神经退行性变中的潜在作用 首次在人类DPN神经中结合转录组学和空间转录组学分析,揭示了神经类型特异性免疫特征,并发现了感觉轴突中mRNA(如SCN9A和TRPV1)的显著定位现象 样本主要来自截肢手术的糖尿病患者,对照组来自跨面神经移植手术,可能存在组织来源和疾病状态的异质性 深入探究糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞表型变化 糖尿病患者的胫神经和腓肠神经,以及对照组的腓肠神经 数字病理学 糖尿病周围神经病变 转录组学, 空间转录组学 NA 转录组数据, 空间转录组数据 来自下肢截肢术的胫神经和腓肠神经(主要来自糖尿病患者),以及来自跨面神经移植手术的对照腓肠神经 NA 空间转录组学 NA NA
4049 2026-01-21
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
研究论文 本文介绍了一种名为Spatia的多模态模型,用于预测和生成空间细胞表型,通过融合细胞形态、基因表达和空间上下文信息来学习统一表示 Spatia首次提出了一种多尺度生成和预测模型,能够整合图像衍生的形态标记和转录组向量标记,并通过跨注意力机制和Transformer模块在单细胞、生态位和组织水平上捕获空间依赖性,同时利用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像 NA 学习统一的、空间感知的表示,以整合细胞形态、基因表达和空间上下文,从而理解组织功能 细胞形态、基因表达和空间组织 数字病理学 NA 空间转录组学 Transformer, 生成扩散模型 图像, 基因表达数据 涉及49名捐赠者、17种组织类型和12种疾病状态,包括1700万个细胞-基因对、100万个生态位-基因对和1万个组织-基因对 NA 空间转录组学 NA NA
4050 2026-01-21
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者中肝脏代谢的改变,特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常蛋白标志物 首次在唐氏综合征中系统报道了广泛的代谢变化,并利用小鼠模型和单细胞转录组学验证了胆汁酸代谢紊乱与肝脏病理的关联 研究样本量相对有限,且主要基于血浆分析,未深入探讨其他组织或长期临床影响 探究唐氏综合征中肝脏代谢的改变及其潜在机制 唐氏综合征患者和小鼠模型 代谢组学 唐氏综合征 多组学分析、bulk RNA-seq、单细胞转录组学 Dp16小鼠模型 血浆、RNA序列数据 超过400人 NA bulk RNA-seq, 单细胞转录组学 NA NA
4051 2026-01-21
Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法,用于单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态分析 scLANE测试基于可解释的广义线性模型,通过经验选择的基样条处理非线性,并扩展至估计方程和混合模型,以支持复杂实验设计下的可靠轨迹测试 NA 开发一种可解释的轨迹推断方法,以识别与生物轨迹进展显著相关的基因表达变化 单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态 生物信息学 NA 单细胞RNA-seq 广义线性模型(GLM)、基样条、估计方程、混合模型 单细胞RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
4052 2026-01-21
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了危重病(包括脓毒症)患者中CD4 T细胞的代谢适应如何以亚群特异性方式重塑其功能 揭示了调节性T细胞(Tregs)在危重病中通过获得糖酵解能力来稳定其抑制性标志物,并与临床疾病严重程度相关,同时通过单细胞转录组学鉴定了犬尿氨酸代谢在Tregs中的差异作用 未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有危重病亚型,且机制研究可能仅限于体外验证 旨在阐明危重病(包括脓毒症)中CD4 T细胞的代谢与免疫功能障碍之间的机制联系 人类CD4 T细胞,特别是来自危重病(有或无脓毒症)患者和健康成年人的样本 免疫学 脓毒症 单细胞转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
4053 2026-01-21
Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了香烟烟雾通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮细胞退行性异质性,并加速衰老的过程 首次结合snRNA-seq和snATAC-seq技术,揭示了香烟烟雾诱导的RPE细胞退行性异质性及其与衰老的差异,并在人类样本中验证了与早期年龄相关性黄斑变性的关联 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能无法完全反映人类疾病的复杂性 探究香烟烟雾如何通过表观遗传机制诱导视网膜色素上皮细胞的退行性异质性,并加速衰老过程 年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮/脉络膜组织,以及吸烟者、早期AMD患者和非吸烟者的人类视网膜样本 数字病理学 年龄相关性黄斑变性 snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记 NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织,以及来自吸烟者、早期AMD患者和非吸烟者的人类视网膜样本 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
4054 2026-01-21
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Dec-11, Research square
研究论文 本文介绍了一种名为DBiTplus的整合多模态空间组学方法,结合了基于测序的空间转录组学和基于成像的空间蛋白质分析,用于在同一组织切片上进行单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度生物通路研究 开发了DBiTplus方法,首次在同一组织切片上整合了测序和成像两种空间组学技术,实现了单细胞分辨率的转录组和蛋白质组空间图谱构建 在应用示例中,小鼠胚胎研究使用了有限的蛋白质标记物,可能限制了蛋白质分析的全面性 开发一种整合多模态空间组学方法,以在同一组织切片上同时分析转录组和蛋白质组空间信息 小鼠胚胎、正常人类淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 空间组学 淋巴瘤 空间转录组学、空间蛋白质分析、微流体技术 NA 空间转录组数据、蛋白质成像数据 多个组织样本,包括小鼠胚胎、人类淋巴结和淋巴瘤FFPE组织 NA 空间转录组学、空间蛋白质分析 DBiTplus、CODEX DBiTplus整合了测序和成像技术,CODEX用于高多重蛋白质成像
4055 2026-01-21
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了DBiTplus,一种整合成像和测序的空间组学方法,用于在同一组织切片上同时进行空间转录组学和蛋白质谱分析 DBiTplus通过微流体DNA寡核苷酸递送和RNaseH处理,首次实现了测序基空间转录组学与成像基高复用蛋白质谱在同一组织切片上的整合,支持单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度生物通路探索 在应用示例中,小鼠胚胎研究使用了有限的蛋白质标记物,可能影响蛋白质谱的全面性 开发一种多模态空间组学方法,以整合空间转录组学和蛋白质谱,促进对异质性细胞过程的理解 小鼠胚胎、正常人淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织 空间组学 淋巴瘤 空间转录组学、空间蛋白质谱、微流体技术、RNaseH处理 NA 空间转录组数据、蛋白质成像数据 包括小鼠胚胎、正常人淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞空间转录组学、空间蛋白质谱 DBiTplus、CODEX DBiTplus结合了测序基空间转录组学和CODEX高复用蛋白质成像技术,使用微流体DNA寡核苷酸进行空间条形码编码
4056 2026-01-21
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-10, Transplant immunology IF:1.6Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞的影响,并评估了抗炎细胞因子在减少T细胞激活中的作用 首次在大鼠肝脏中创建了肝脏驻留记忆T细胞的图谱,并在单细胞基因表达水平上展示了常温体外肝脏灌注对T细胞的影响 研究仅基于大鼠模型,未涉及人类样本,且样本规模有限,可能影响结果的普适性 研究常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞表型的影响,并评估抗炎细胞因子在灌注过程中的保护作用 大鼠肝脏及其中的组织驻留记忆T细胞 单细胞测序 肝脏移植相关疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 大鼠肝脏样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4057 2026-01-21
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为STAN的计算框架,用于从空间转录组学数据中推断空间信息化的转录因子活性 STAN是一种线性混合效应计算方法,首次整合了转录因子-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和形态学特征,以预测斑点特异性的空间转录因子活性 NA 系统性地估计调控细胞身份的转录因子活性,并揭示转录因子与空间组织之间的相互作用 淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组学数据集 计算生物学 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 空间转录组学 线性混合效应模型 空间转录组学数据, 成像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
4058 2026-01-21
The Transcriptional Landscape of Pericytes in Acute Ischemic Stroke
2024-08, Translational stroke research IF:3.8Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,在小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型中,探究了缺血性卒中后1、12和24小时周细胞转录组特征的时间差异 首次在急性缺血性卒中模型中,通过单细胞RNA测序揭示了周细胞在卒中后特定时间点(12和24小时)出现一个独特的亚群,该亚群以细胞因子信号和免疫反应相关基因上调为特征 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中得到验证;且仅关注了急性期(24小时内)的变化,未涉及更长期的转录组动态 探究急性缺血性卒中后周细胞的转录组变化,以寻找潜在的治疗靶点 小鼠模型中的周细胞 单细胞转录组学 缺血性卒中 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型在卒中后1、12和24小时的时间点样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4059 2026-01-21
Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过批量与空间RNA测序分析人类胫神经和腓肠神经,揭示了糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞转录组变化 首次结合批量与空间转录组学分析人类周围神经,发现感觉轴突mRNA运输在神经退行中的潜在作用 样本主要来自糖尿病患者截肢手术,可能无法完全代表早期或轻度病变 深入探究糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞变化 人类胫神经和腓肠神经 数字病理学 糖尿病周围神经病变 批量RNA测序, 空间转录组学 NA RNA测序数据 来自下肢截肢手术的胫神经和腓肠神经样本,主要来自糖尿病患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
4060 2026-01-21
SLC45A3 Serves as a Potential Therapeutic Biomarker to Attenuate White Matter Injury After Intracerebral Hemorrhage
2024-06, Translational stroke research IF:3.8Q2
研究论文 本研究通过生物信息学分析和动物实验,发现SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中作为潜在治疗生物标志物,其过表达可减轻脑损伤 首次结合加权基因共表达网络分析、差异表达基因筛选及单细胞RNA-seq技术,系统鉴定SLC45A3在脑出血后白质损伤中的关键作用,并验证其治疗潜力 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,尚未在人类临床样本中进行验证,且具体分子机制需进一步探索 探究脑出血后白质损伤的分子机制,并寻找潜在治疗靶点 脑出血小鼠模型(自体血或胶原酶诱导)及公共基因表达数据集(GSE24265、GSE125512、GSE167593) 生物信息学与神经科学 脑血管疾病(脑出血) 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达基因分析、单细胞RNA-seq、扩散张量成像(DTI)、基础医学实验 NA 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、影像数据 两个公共数据集(GSE24265和GSE125512)及一个单细胞RNA-seq数据集(GSE167593),具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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