单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4041	2025-02-13	Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121 PMID:37715952	研究论文	本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导	未提及具体的研究局限性	探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	皮脂腺及其干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
4042	2025-02-13	Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells 2023-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39722-9 PMID:37429879	研究论文	本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性	利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联	目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别	解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能	胸腺上皮细胞（TEC）	单细胞分析	NA	大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习	NA	蛋白质和RNA数据	NA
4043	2025-02-13	Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121 PMID:36689623	研究论文	本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制	首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限	探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	PDAC患者的肿瘤样本
4044	2025-02-13	Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport 2023-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01728-4 PMID:36690742	研究论文	本文介绍了一种名为COMMOT的新方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通讯（CCC），考虑了配体和受体之间的竞争以及细胞间的空间距离	开发了一种集体最优传输方法，以处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因	NA	研究空间转录组学中的细胞间通讯（CCC）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	空间转录组技术	机器学习模型	空间转录组数据	八个空间数据集，使用五种不同技术获取
4045	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2019-Oct-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003 PMID:31647917	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4046	2025-02-12	Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer 2025-Mar, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16593-y PMID:39623187	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中成纤维细胞激活蛋白-α（FAP）的表达对结直肠癌（CRC）患者生存的影响及其与肿瘤免疫微环境（TIME）的关系	通过免疫组织化学染色和单细胞RNA测序技术，揭示了FAP高表达与CRC患者生存率低及免疫抑制性肿瘤微环境的相关性	研究样本量相对较小，且主要依赖于回顾性数据，可能影响结果的普遍性	探讨FAP在CRC患者生存和肿瘤免疫微环境中的作用	178名接受手术切除的CRC患者及10名未治疗的CRC患者的CAFs	数字病理学	结直肠癌	免疫组织化学染色（IHC），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	病理切片图像，基因表达数据	178名患者的180个病理切片，10名未治疗患者的CAFs
4047	2025-02-12	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	本研究探讨了应激诱导的结肠运动加速中肠胶质细胞CRF-R1/Cx43的作用	首次揭示了肠胶质细胞中的CRF-R1在应激诱导的结肠运动反应中的作用，并提出了通过靶向CRF-R1/Cx43信号通路来缓解应激引起的结肠运动变化的潜在治疗方法	研究仅使用了雄性C57BL/6小鼠，未涉及其他性别或种属的动物模型	研究应激诱导的结肠运动加速的机制，并探索潜在的治疗方法	雄性C57BL/6小鼠	生物医学	胃肠道疾病	免疫荧光、单细胞RNA测序	NA	实验数据	雄性C57BL/6小鼠
4048	2025-02-12	Exploring the therapeutic efficacy difference in claudin18.2-targeted cell therapy revealed by single-cell sequencing 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111768 PMID:39925434	研究论文	本文通过单细胞测序技术探索了CLDN18.2靶向细胞疗法的疗效差异	首次通过单细胞测序技术分析了CLDN18.2靶向CAR T细胞疗法在胃癌患者中的疗效差异，并发现了与疗效相关的关键因素	样本量较小，仅涉及5名患者，且仅分析了治疗后的3天和7天的数据	探索CLDN18.2靶向CAR T细胞疗法在胃癌患者中的疗效差异及其相关因素	接受CT041 CAR T细胞治疗的CLDN18.2阳性胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	5名患者的外周血和腹水样本
4049	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics reveal pre-metastatic subsets and therapeutic targets in penile carcinoma 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111765 PMID:39925432	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了阴茎癌中的预转移亚群及其治疗靶点	发现了MMP3+SPP1+预转移亚群和CK2α过表达，并验证了Silmitasertib作为潜在治疗药物的抗肿瘤效果	样本量相对较小，仅包括6个原发阴茎癌和6个转移淋巴结样本	研究阴茎癌中的肿瘤异质性及其预转移亚群，以优化治疗方案	阴茎癌的原发和转移样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、细胞实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	6个原发阴茎癌样本、6个转移淋巴结样本、4个晚期阴茎癌样本、98个单细胞数据集、6个空间数据集
4050	2025-02-12	PFKFB3 decreases α-ketoglutarate production while partial PFKFB3 knockdown in macrophages ameliorates arthritis in tumor necrosis factor-transgenic mice 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114102 PMID:39870011	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在类风湿性关节炎（RA）患者巨噬细胞中的病理意义及其对巨噬细胞活化的调节作用	揭示了PFKFB3通过调节巨噬细胞活化和α-酮戊二酸产生在RA中的新机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨PFKFB3在RA患者巨噬细胞中的作用及其对疾病发展的影响	RA患者的PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠的骨髓源性巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	共免疫沉淀、单细胞测序	条件性基因敲除小鼠模型	细胞实验数据、基因表达数据	RA患者PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠
4051	2025-02-12	m6A related metabolic genes in breast cancer and their relationship with prognosis 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114121 PMID:39889412	研究论文	本研究探讨了m6A相关代谢基因在乳腺癌中的作用及其与预后的关系	首次通过单细胞转录组数据分析乳腺癌患者外周血中的m6A相关代谢基因，并构建了乳腺癌风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能实验的深入验证	探讨m6A相关代谢基因在乳腺癌中的调控作用及其对预后的影响	乳腺癌患者的外周血单细胞转录组数据和TCGA中的乳腺癌及对照转录组数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（qRT-PCR）、Western blot（WB）	Lasso-Cox回归模型	转录组数据	乳腺癌患者的外周血单细胞转录组数据和TCGA中的乳腺癌及对照转录组数据
4052	2025-02-12	Dapagliflozin alleviated seizures and cognition impairment in pilocarpine induced status epilepticus via suppressing microglia-mediated neuroinflammation and oxidative stress 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114117 PMID:39889414	研究论文	本研究探讨了Dapagliflozin通过抑制小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，减轻癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的效果	首次揭示了Dapagliflozin通过抑制SGLT2调节小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，对SE及其相关认知障碍的神经保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨Dapagliflozin对癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的治疗效果	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞	神经科学	癫痫	单细胞转录组分析、免疫荧光染色、免疫组化、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、行为数据、生化数据	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞
4053	2025-02-12	Exploring the dynamic responses of group 3 innate lymphoid cells at different times in response to LPS challenge 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114162 PMID:39889415	研究论文	本研究探讨了第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）在不同时间对LPS挑战的动态响应	结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了ILC3亚群的功能，并发现了肠道ILC3s可能迁移至肺部的证据	研究主要依赖于已有数据库的数据，缺乏实验验证	阐明ILC3s在急性炎症中对LPS挑战的动态响应	第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）	免疫学	肺炎	微阵列数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、qRT-PCR	NA	基因表达数据	NA
4054	2025-02-12	Cardiac Reprogramming and Gata4 Overexpression Reduce Fibrosis and Improve Diastolic Dysfunction in Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Feb-11, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.067504 PMID:39673349	研究论文	本文研究了心脏重编程和Gata4过表达在保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中减少纤维化和改善舒张功能的效果	首次在HFpEF模型中验证了心脏重编程和Gata4过表达的治疗效果，并揭示了其通过抑制心脏成纤维细胞（CFs）激活来减少纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类CFs的效果仍需进一步验证	探讨心脏重编程和Gata4过表达在HFpEF中的治疗效果及其机制	Tcf21iCre/Tomato/MGTH2A转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞	心血管疾病	心力衰竭	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞
4055	2025-02-12	Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor 2025-Feb-11, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00951g PMID:39679936	研究论文	本文介绍了一种新型微流控设备，结合多层互连Si/SiO控制电路，用于高效组合多个单细胞	引入了确定性单细胞组合反应器（DSCR）设备，通过局部电场实现单细胞的高效捕获和组合	NA	实现多个单细胞的高效组合，以促进单细胞转录组分析和细胞间相互作用的研究	PC3细胞	微流控技术	NA	微流控技术	NA	细胞图像	三组不同荧光染料标记的PC3细胞
4056	2025-02-12	Exploring Parkinson's through the Lens of Genomics and Bioinformatics 2025-Feb-10, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041621 PMID:39929729	研究论文	本文探讨了基因组学和生物信息学在帕金森病研究中的应用，旨在揭示该疾病的分子机制并寻找新的治疗靶点	应用单细胞转录组学技术揭示了帕金森病中细胞类型特异性的失调和脆弱性，超越了多巴胺能神经元的损失	未具体提及研究的局限性	通过基因组学和生物信息学技术解析帕金森病的分子机制，寻找新的治疗靶点	帕金森病的遗传和分子机制	生物信息学	帕金森病	基因分型、基因组测序、转录组学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	大规模人类群体或模式生物
4057	2025-02-12	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Feb-10, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析与动态T细胞行为相关的基因程序	BGT协议结合了BEHAV3D平台的活体成像数据和单细胞RNA测序技术，能够揭示与T细胞动态行为相关的分子驱动因素，从而发现新的生物标志物	该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期较长，需要一个月时间完成	研究目的是通过整合T细胞活体成像数据和单细胞转录组学，揭示与T细胞动态行为相关的分子机制，以增强癌症免疫治疗的疗效	研究对象为患者来源的肿瘤类器官（PDO）和工程化T细胞的共培养体系	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	图像、转录组数据	NA
4058	2025-02-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Feb-10, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	本文探讨了Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation在俱乐部细胞衰老中的关键作用，并提出了针对neddylation的策略可能逆转肺老化和俱乐部细胞衰老	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类中进行验证	研究KL在COPD中调节俱乐部细胞衰老和分化的机制	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型
4059	2025-02-12	Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model 2025-Feb-10, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12527 PMID:39930922	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病（AD）与肺癌在5xFAD转基因小鼠模型中的共病关系	首次在5xFAD转基因小鼠模型中建立了AD与肺癌的共病模型，揭示了AD通过铁稳态失衡和氧化应激增加抑制肺癌进展的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类患者中验证	阐明AD如何抑制肺癌进展的机制	5xFAD转基因小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病, 肺癌	单细胞测序, 分子病理分析	5xFAD转基因小鼠模型	病理图像, 分子数据	5xFAD转基因小鼠和野生型（WT）小鼠
4060	2025-02-12	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-Feb-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了乳腺癌中CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用与化疗耐药性的关联	首次系统性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和公共基因表达数据，揭示了CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用网络，为化疗耐药性提供了新的治疗靶点	研究主要基于单细胞转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示乳腺癌中肿瘤异质性和肿瘤微环境相互作用在化疗耐药性中的作用	乳腺癌患者和鼠模型中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、公共基因表达数据	175,825个单细胞转录组数据，来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的活检样本