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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4041 | 2026-01-14 |
CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308115
PMID:38308181
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CIRI-deep的深度学习模型,用于在单细胞和空间转录组数据中全面预测环状RNA的调控 | 开发了首个能够处理单细胞和空间转录组数据的深度学习模型,专门用于环状RNA的全面预测和调控分析 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 解决单细胞和空间转录组技术在环状RNA分析中的效率限制,扩展环状RNA研究的应用范围 | 环状RNA及其在单细胞和空间转录组数据中的调控事件 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度学习 | RNA-seq数据 | 基于2500万个高置信度环状RNA调控事件的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4042 | 2026-01-14 |
Quantifying Landscape-Flux via Single-Cell Transcriptomics Uncovers the Underlying Mechanism of Cell Cycle
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308879
PMID:38353329
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA速度重建细胞周期的连续向量场,量化单细胞全局非平衡动态景观-通量,揭示细胞周期调控机制 | 首次将景观-通量理论与单细胞转录组数据结合,量化细胞周期启动的基本能量成本,并识别维持细胞周期动力学的关键基因 | 方法主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平或其他层面的调控机制 | 理解细胞周期的转录调控机制和驱动力量 | 细胞周期过程 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 向量场模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4043 | 2026-01-14 |
Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307280
PMID:38380499
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研究论文 | 本文提出了一种名为Bis的分布无关深度学习模型,用于准确恢复单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 | Bis模型基于最优传输的自编码器架构,无需严格数据假设,能捕获复杂数据分布,并通过批量RNA测序数据引导重建以确保表达一致性 | 未明确提及模型在极端稀疏数据或跨物种应用中的局限性 | 开发一种能准确恢复单细胞RNA测序数据中缺失表达值的深度学习模型,以提升下游分析效果 | 单细胞RNA测序数据,包括模拟数据集、真实数据集以及头颈鳞状细胞癌微环境中的罕见细胞亚群 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 基于最优传输的自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4044 | 2026-01-14 |
NAMPT-Driven M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages Leads to an Immunosuppressive Microenvironment in Colorectal Cancer
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303177
PMID:38308188
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研究论文 | 本研究探讨了NAMPT在结直肠癌肿瘤相关巨噬细胞M2极化中的作用及其对免疫抑制微环境的影响 | 首次利用单细胞RNA测序数据揭示NAMPT在SPP1肿瘤相关巨噬细胞中的高表达,并发现其与预后不良相关,同时通过小鼠模型证明NAMPT缺失可改变巨噬细胞极化状态并增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,人类样本验证有限,且NAMPT靶向治疗策略的临床转化潜力尚未在人体试验中证实 | 探究NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对巨噬细胞极化和免疫调节的作用机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量,但涉及小鼠模型和人类结直肠癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4045 | 2026-01-14 |
Identification of Potent siRNA Delivery Peptides Using Computer Modeling
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308345
PMID:38311577
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研究论文 | 本文介绍了一种基于计算机建模和单细胞RNA测序的筛选程序,用于识别有效的siRNA递送肽 | 结合计算机建模和单细胞RNA测序进行多阶段筛选,以识别具有理想组装、递送能力和体内组织安全性的siRNA递送肽 | NA | 开发基于肽的RNA干扰疗法,用于siRNA递送 | siRNA递送肽 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算机建模 | 序列数据 | 包含12个氨基酸的文库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4046 | 2026-01-14 |
Melanoma Derived Exosomes Amplify Radiotherapy Induced Abscopal Effect via IRF7/I-IFN Axis in Macrophages
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202304991
PMID:38286661
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研究论文 | 本研究揭示了黑色素瘤来源的外泌体通过circPIK3R3/miR-872-3p/IRF7轴促进巨噬细胞分泌I型干扰素,从而增强放疗诱导的远隔效应 | 首次发现肿瘤来源外泌体携带的circPIK3R3通过调控巨噬细胞IRF7/I-IFN轴介导放疗远隔效应的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究多依赖体外实验 | 探究放疗诱导肿瘤远隔效应的详细分子机制 | 黑色素瘤荷瘤小鼠模型(皮下肿瘤和肺转移灶) | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、荧光素酶报告基因、RNA Pull-down、荧光原位杂交 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据、成像数据、流式数据 | 荷瘤小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4047 | 2026-01-14 |
Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306515
PMID:38229179
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术,揭示了口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的口腔鳞状细胞癌(OSCC)及其肿瘤微环境中的细胞空间分布、转录组和代谢组景观 | 首次在OSF衍生的OSCC组织中,利用空间多组学技术揭示了部分癌细胞在原位癌区域经历部分上皮-间质转化(pEMT),获得成纤维细胞样表型并参与胶原沉积,同时发现了异常的聚胺代谢在促进肿瘤发生和免疫逃逸中的关键作用 | 研究样本可能有限,且空间多组学技术的分辨率或覆盖范围可能存在技术限制,需要进一步验证和扩展研究 | 探究OSF恶性转化为OSCC的具体分子机制,包括细胞表型变化、肿瘤微环境相互作用及代谢重编程 | OSF衍生的OSCC组织样本,包括癌细胞、成纤维细胞和免疫细胞 | 空间多组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学(ST)、空间代谢组学(SM) | NA | 空间转录组数据、空间代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间代谢组学 | NA | NA |
| 4048 | 2026-01-14 |
Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305592
PMID:38192178
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研究论文 | 本研究开发了一个整合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序的新技术平台,以揭示结核病患者免疫细胞功能异质性 | 开发了一个整合基因组和表型信息的新技术平台,首次在结核病研究中同时分析单细胞转录组和表面抗体序列 | 样本量相对较小,仅基于外周血单个核细胞,未涉及组织特异性免疫反应 | 阐明结核分枝杆菌与人类免疫细胞相互作用的功能异质性,以确定宿主免疫强度和结核病结局 | 原发性结核病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 细胞表面抗体测序 | NA | 单细胞转录组数据, 抗体序列数据 | 23,990个外周血单个核细胞,来自新队列的原发性结核病患者和健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4049 | 2026-01-13 |
Spatial transcriptomics in the human left atrial appendage and pulmonary vein sleeve
2026 Mar-Apr, Cardiovascular pathology : the official journal of the Society for Cardiovascular Pathology
IF:2.3Q2
DOI:10.1016/j.carpath.2025.107802
PMID:41314481
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析人类左心耳和肺静脉袖组织的基因表达空间分布 | 首次在人类肺静脉和左心耳组织中应用空间转录组学技术,揭示了AF相关基因PITX2、SHOX2和HCN4的空间表达模式 | 样本来源于未使用的移植供体,可能无法完全代表AF患者的病理状态 | 探究心房颤动(AF)治疗中肺静脉隔离的分子机制和基因表达特征 | 人类肺静脉(PV)和左心耳(LAA)组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | Seurat聚类分析 | 空间转录组数据 | 未使用的移植供体组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4050 | 2026-01-13 |
NeuN expression in health and disease: A histological perspective on neuronal heterogeneity
2026-Feb, Histology and histopathology
IF:2.5Q2
DOI:10.14670/HH-18-965
PMID:40697072
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综述 | 本文综述了NeuN(Rbfox3)作为神经元标记物在健康和疾病状态下的表达模式、分子调控机制及其在神经科学研究与诊断中的意义 | 提出NeuN不应被视为二元标记物,而是神经元状态的动态指标,并建议采用多标记策略和空间转录组学等分子工具来提高神经元分析的分辨率 | NA | 探讨NeuN在神经元异质性中的表达变化及其在病理条件下的调控,以改进神经元识别和功能评估 | 成熟神经元,特别是嗅球僧帽细胞、小脑浦肯野细胞和视网膜光感受器等NeuN阴性神经元类型 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 免疫组织化学、空间转录组学、RNA测序 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学、RNA测序 | NA | NA |
| 4051 | 2026-01-13 |
Deciphering the role of angiogenesis in glioblastoma: Integrative insights from transcriptomic profiling, single-cell sequencing and interpretable machine learning approaches
2026-Feb, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156305
PMID:41380386
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析、单细胞测序和可解释机器学习方法,揭示了血管生成相关基因在胶质母细胞瘤中的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 | 识别了六个核心血管生成相关基因(BMP2、FSCN1、NET1、AEBP1、SEMA3G和RAB37),构建了新的风险分层模型,并通过SHAP分析增强了模型的可解释性,同时结合免疫荧光验证了FSCN1蛋白的多功能定位 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步的前瞻性验证和实验研究来确认这些基因的生物学机制和临床转化潜力 | 系统研究血管生成相关基因在胶质母细胞瘤疾病进展中的功能意义,并开发预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者及其肿瘤微环境 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序,转录组分析 | LASSO回归,Cox回归,多种生存预测算法 | 转录组数据,单细胞测序数据 | CGGA-GBM、GSE43378和GSE7696队列中的患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4052 | 2026-01-13 |
New insight into the risk stratification and treatment priority of breast cancer: TMT scoring system
2026-Jan-13, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004615
PMID:41427575
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研究论文 | 本研究引入了一种基于17个核心基因的肿瘤线粒体转移(TMT)评分系统,用于评估线粒体动力学及其对肿瘤微环境的影响,并探讨其与乳腺癌临床结局的关联 | 开发了新的TMT评分系统,结合多细胞和单细胞分辨率分析线粒体转移与免疫代谢特征的关联,并通过共培养实验验证发现 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证 | 改善乳腺癌的风险分层和治疗优先级,探索线粒体动力学作为预后生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),共培养实验 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 基于TCGA-BRCA和GEO数据库的综合数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4053 | 2026-01-13 |
Extracellular matrix-derived mechanical force induces CDK4/6 inhibitor resistance by inhibiting NEK10 dependent cell cycle regulation in breast cancer
2026-Jan-12, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004527
PMID:41427545
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研究论文 | 本研究探讨了细胞外基质来源的生物力学信号如何通过抑制NEK10依赖的细胞周期调控,介导HR+、HER2-乳腺癌对CDK4/6抑制剂的耐药性 | 首次揭示了ECM生物力学信号通过细胞骨架依赖途径下调NEK10,进而抑制p53/CDKN1A轴并激活CDK2信号,导致CDK4/6抑制剂耐药的分子机制 | 研究主要基于体外模型和有限临床样本,体内验证和更大规模的前瞻性临床研究仍需进行 | 探究ECM来源的生物力学信号在乳腺癌CDK4/6抑制剂耐药中的作用及机制 | HR+、HER2-乳腺癌细胞、患者肿瘤组织及临床样本 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质印迹数据、临床预后数据 | 23例乳腺癌患者的单细胞测序数据、1092例TCGA患者数据、25例临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4054 | 2026-01-13 |
HMGB2-RAD21 Axis Promotes Fibro/Adipogenic Progenitor Proliferation and Regulates Fat Infiltration
2026-Jan-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514363
PMID:41524172
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了HMGB2-RAD21轴在调控猪胚胎肌肉中纤维/脂肪祖细胞增殖和脂肪浸润中的关键作用 | 首次构建了猪胚胎肌肉的发育图谱,并识别出HMGB2亚群作为调控FAP池大小的关键决定因素,揭示了HMGB2通过靶向RAD21在体内调控FAP增殖的新机制 | 研究主要基于猪和小鼠模型,在人类疾病中的直接应用仍需进一步验证,且对HMGB2-RAD21轴的具体分子通路细节有待深入探索 | 探究肌肉间脂肪浸润的分子和细胞机制,以改善肉类品质并减轻病理性的脂肪浸润 | 猪胚胎肌肉组织和小鼠模型中的纤维/脂肪祖细胞 | 单细胞测序 | 肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 猪胚胎肌肉样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4055 | 2026-01-13 |
RTCB is Essential for Early Mouse Embryogenesis
2026-Jan-12, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag008
PMID:41524728
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研究论文 | 本研究通过构建Rtcb条件性敲除小鼠模型,揭示了RTCB在早期小鼠胚胎发育中的关键作用及其通过YY1-RTCB-NUSAP1轴调控原肠胚形成的机制 | 首次在小鼠模型中系统证明了RTCB对早期胚胎发育的必需性,并提出了一个由转录因子YY1调控、通过RTCB稳定Nusap1 mRNA来维持细胞增殖的原肠胚形成新调控轴 | 研究主要基于小鼠模型,在人类胚胎中的保守性需要进一步验证;YY1-RTCB-NUSAP1轴的具体分子机制仍需深入解析 | 探究RTCB在哺乳动物生殖和早期胚胎发育中的功能 | 小鼠胚胎、NIH 3T3细胞系 | 发育生物学 | 胚胎发育障碍 | 条件性基因敲除、组织学分析、免疫组化、定量PCR、单细胞RNA测序 | Ddx4-Cre条件敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织图像、单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠胚胎及细胞系实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4056 | 2026-01-13 |
Progenitor CD8+ T cells and hyper-Treg crosstalk: a driver of immune checkpoint inhibitor resistance in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Jan-12, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02256-0
PMID:41524793
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探索了食管鳞状细胞癌中肿瘤抗原呈递和肿瘤微环境内细胞间相互作用如何驱动免疫检查点抑制剂耐药性 | 首次在ESCC中系统揭示了抗原呈递恶性上皮细胞的异质性,并发现了由祖细胞样CD8+ T细胞和过度活化Treg细胞通过CLEC2C-KLRB1轴介导的细胞间通讯是驱动ICI耐药的关键机制 | 研究基于公开的24例患者数据,样本量相对有限,且为回顾性分析,需要前瞻性研究进一步验证 | 阐明食管鳞状细胞癌中免疫检查点抑制剂耐药的机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 接受化疗和免疫检查点抑制剂治疗的24例食管鳞状细胞癌患者的肿瘤样本 | 单细胞组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,空间蛋白表达数据 | 24例食管鳞状细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4057 | 2026-01-13 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal mTOR-driven cellular fate of spindle cells and immune evasion in classic Kaposi's sarcoma
2026-Jan-12, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04063-0
PMID:41525037
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了经典卡波西肉瘤中mTOR驱动的纺锤状细胞命运和免疫逃逸机制,并评估了二甲双胍的治疗潜力 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,系统解析了经典卡波西肉瘤中纺锤状细胞的分化状态及其与免疫细胞的相互作用机制 | 研究仅纳入两名患者样本,样本量较小,需要更大规模研究验证 | 评估mTOR抑制剂二甲双胍在经典卡波西肉瘤中的治疗潜力及其分子机制 | 经典卡波西肉瘤患者组织样本 | 数字病理学 | 卡波西肉瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 2名经典卡波西肉瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4058 | 2026-01-13 |
Pathological mechanisms and treatment strategies for immune checkpoint inhibitor-associated myocarditis: insights from single-cell sequencing
2026-Jan-11, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01156-3
PMID:41520297
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在免疫检查点抑制剂相关心肌炎(ICI-M)研究中的应用进展,并探讨了基于机制见解的靶向治疗策略 | 系统总结了单细胞测序技术在揭示ICI-M这一罕见但严重的心脏毒性疾病的细胞组成变化和基因表达特征方面的关键作用,并提出了在不损害抗肿瘤免疫的前提下减轻心脏炎症的精准干预框架 | 本文是一篇综述,未报告原始实验数据;单细胞测序技术在ICI-M研究中的应用仍处于早期阶段,相关临床转化证据有限 | 阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制,并探讨基于单细胞测序技术发现的靶向治疗策略 | 免疫检查点抑制剂相关心肌炎 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4059 | 2026-01-13 |
Reconstructing Coherent Functional Landscape From Multi-Modal Multi-Slice Spatial Transcriptomics by a Variational Spatial Gaussian Process
2026-Jan-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520423
PMID:41521465
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研究论文 | 本文介绍了一种名为stVGP的变分空间高斯过程框架,用于从多模态、多切片空间转录组数据中重建连贯的功能景观 | stVGP通过整合空间高斯过程与空间分层变换器,实现了跨切片对齐、批次效应校正和虚拟组织切片生成,支持连续3D重建和基因表达插值 | NA | 开发一个统一、可扩展的框架,用于建模复杂组织和发育系统中的3D空间景观 | 多模态、多切片空间转录组数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 变分空间高斯过程框架 | 空间转录组数据和病理图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4060 | 2026-01-13 |
Prior high fiber intake impinges on the cellular responses of mesenteric adipose and intestinal tissues to subsequent high fat feeding
2026-Jan-10, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116801
PMID:41520334
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研究论文 | 本研究通过饮食转换实验,利用单核及空间转录组学技术,揭示了高纤维饮食预处理如何重塑肠系膜脂肪和肠道组织对后续高脂饮食的细胞反应 | 首次结合单核转录组学和空间转录组学,系统描绘了饮食转换过程中脂肪和肠道组织的时空动态响应,并发现了性别二态性细胞群重塑现象 | 研究基于小鼠模型,人类组织的直接适用性需进一步验证;长期饮食效应的分子机制仍需深入探索 | 探究高纤维饮食预处理对后续高脂饮食挑战下组织特异性反应的调控机制 | C57BL/6J小鼠的肠系膜白色脂肪组织和肠道组织(十二指肠和结肠) | 空间转录组学 | 肥胖症 | 单核转录组测序、空间转录组测序 | NA | 转录组数据、空间基因表达数据 | C57BL/6J小鼠群体(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |