单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4041	2025-02-23	BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS 2024-Jan-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002199 PMID:37553903	研究论文	本文提出了一种基于现实医疗场景的条件控制方法，用于识别具有诊断价值的差异基因，并验证了DDX47在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	提出了一种新的条件控制方法，能够在现实医疗场景中识别独特的差异基因，并验证了DDX47在多种情况下的诊断价值	研究依赖于有限的数据库和单一医院的样本，可能影响结果的普适性	探索基因表达谱在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	脓毒症和感染性休克患者	生物信息学	脓毒症	基因表达谱分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	三个数据集，包括来自Gene Expression Omnibus数据库的两个数据集和四川大学华西医院2020-2021年ICU患者的第三个数据集
4042	2025-02-23	Steatosis drives monocyte-derived macrophage accumulation in human metabolic dysfunction-associated fatty liver disease 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100877 PMID:37869071	研究论文	本文研究了代谢功能障碍相关脂肪肝病（MAFLD）中脂肪变性如何驱动单核细胞来源的巨噬细胞在人类肝脏中的积累	揭示了人类MAFLD早期阶段巨噬细胞亚群的异质性，并发现这些变化与小鼠模型中的变化相似，建立了小鼠与人类疾病模型之间的转化联系	样本量较小（n=21），且单细胞RNA测序仅在3个样本中进行，可能限制了结果的普遍性	探讨MAFLD中肝脏巨噬细胞异质性与肝脏脂肪变性之间的关系	人类肝脏组织和小鼠模型	数字病理学	脂肪肝病	流式细胞术、免疫荧光、H&E显微镜、单细胞RNA测序、MRI	NA	组织样本、图像、RNA测序数据	21名参与者的肝脏组织，其中3个样本进行了单细胞RNA测序
4043	2025-02-23	Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease 2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550282 PMID:37546983	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，对早期和晚期阿尔茨海默病（AD）以及唐氏综合症相关AD（AD in DS）的皮质样本进行了转录组调查，旨在揭示AD的分子机制	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在AD和AD in DS中揭示了空间和细胞类型特异性的转录组变化，并通过跨物种比较和病理成像直接关联基因表达变化与病理积累	样本来源有限，主要集中在皮质区域，可能无法全面反映AD的分子机制	研究阿尔茨海默病的分子机制，特别是遗传性和散发性AD之间的差异	早期和晚期阿尔茨海默病、唐氏综合症相关AD的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的疾病时间进程样本	数字病理学	老年病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据、图像数据	早期和晚期AD、AD in DS的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的样本
4044	2025-02-23	SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells 2023-06-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39367-8 PMID:37322036	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的新方法，通过将单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征	开发了SEC-seq方法，首次将单细胞分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征和替代性浆细胞表面标记	NA	研究单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息的关联	单个人类B细胞	免疫学	NA	流式细胞术、成像流式细胞术、单细胞测序	NA	单细胞数据	数千个单个人类浆细胞
4045	2025-02-22	Identification of novel hub gene and biological pathways associated with ferroptosis in In-Stent restenosis 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149287 PMID:39880339	研究论文	本研究通过整合GEO数据库和单细胞测序数据，揭示了与铁死亡相关的分子靶点，并构建了lncRNA-miRNA-SP1调控网络，以探索支架内再狭窄（ISR）的治疗新策略	首次将铁死亡与血管平滑肌细胞在支架内再狭窄中的作用联系起来，并识别出SP1作为关键调控因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认SP1的功能和调控机制	揭示支架内再狭窄中与铁死亡相关的分子靶点，探索新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
4046	2025-02-22	scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling 2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00688-5 PMID:39982678	研究论文	本文介绍了一种名为scRDiT的生成方法，通过扩散变换器生成单细胞RNA测序数据，并加速采样过程	提出了一种基于去噪扩散概率模型（DDPMs）和扩散变换器（DiTs）的神经网络方法，能够从真实数据集中学习特征并生成虚拟单细胞RNA测序数据	未提及具体局限性	开发一种能够生成高质量虚拟单细胞RNA测序数据的方法，并加速采样过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	扩散变换器（DiTs）和去噪扩散概率模型（DDPMs）	单细胞RNA测序数据	两个不同的单细胞RNA测序数据集
4047	2025-02-22	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Feb-20, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究旨在探索克罗恩病（CD）纤维狭窄性回肠的转录组特征，以全面表征肠道纤维化的生物学和细胞机制	首次通过转录组学分析揭示了克罗恩病纤维狭窄性回肠的独特转录组特征，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小，仅包括9名患者，可能影响结果的普适性	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠的转录组特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	转录组学	克罗恩病	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	随机森林模型	RNA测序数据	9名克罗恩病患者的手术切除样本
4048	2025-02-22	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Feb-20, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的协议，能够将单个细胞的转录组与其分泌的蛋白质量联系起来	SEC-seq利用微尺度水凝胶颗粒Nanovials隔离细胞并捕获其分泌物，通过寡核苷酸标记的抗体标记分泌物，并结合流式细胞术和单细胞RNA测序平台进行读取，从而将基因表达与分泌强度联系起来	尽管SEC-seq提供了一种通用的解决方案，但其依赖于Nanovials的修饰和细胞加载，可能需要进一步优化以提高效率和适用性	研究目的是通过将单个细胞的转录组与其分泌的蛋白质量联系起来，以更好地理解细胞分泌的调控机制并改进细胞疗法	研究对象包括T细胞、间充质基质细胞和浆细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据和分泌蛋白质数据	数千个单细胞
4049	2025-02-22	[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing] 2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases DOI:10.3760/cma.j.cn121094-20230524-00184 PMID:38677987	研究论文	本文基于单细胞RNA测序技术，分析了百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路，为阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制提供线索	首次利用单细胞RNA测序技术研究百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及其功能	样本量较小，仅使用了6只小鼠，且仅验证了部分差异基因的表达	阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制	百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中的小胶质细胞亚群	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6只6周龄的C57BL/6雄性小鼠
4050	2025-02-22	Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011) 2024-Apr-09, Neurology IF:7.7Q1 DOI:10.1212/WNL.0000000000208131 PMID:39977876	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了多发性硬化症（MS）患者和健康对照者中HLA-DRB1*15:01单倍型状态对脑脊液（CSF）中B细胞基因表达模式的影响	首次在单细胞水平上揭示了HLA-DRB115:01单倍型状态对CSF中B细胞转录组模式的影响，并发现DRB115:01单倍型与特定基因（如SLC26A3和HSP90AA1）的表达变化相关	样本量相对较小（25个CSF样本），且仅关注了B细胞的转录组变化，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对MS患者CSF中B细胞基因表达模式的影响	多发性硬化症患者和健康对照者的脑脊液（CSF）样本	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	25个CSF样本，包含1376个B系细胞
4051	2025-02-22	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18083 PMID:38393307	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中M2巨噬细胞的分子特征	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，系统地分析了HNSC中M2巨噬细胞的分子特征，并提出了M2巨噬细胞相关特征（MRS）模型	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，可能受到数据来源和样本量的限制	研究HNSC中M2巨噬细胞的分子特征及其对肿瘤发展和预后的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	Consensus Clustering	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HNSC患者数据
4052	2025-02-21	ARP2/3 complex affects myofibroblast differentiation and migration in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Mar-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35246 PMID:39472297	研究论文	本研究探讨了ARP2/3复合物在胰腺导管腺癌（PDAC）中肌成纤维细胞分化和迁移的影响	揭示了ARP2/3复合物在癌症相关成纤维细胞（CAFs）迁移和分化中的关键作用，并提出了针对该复合物的治疗PDAC的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需进一步验证其在人体中的效果	阐明ARP2/3复合物对PDAC进展中CAFs活动的影响及其与患者预后的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	胰腺癌	微阵列分析、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）	NA	基因表达数据	p48; LSL-Kras小鼠模型、人类永生化胰腺星状细胞（PSCs）和原发性PDAC来源的CAFs
4053	2025-02-21	Schwann Cell-Secreted S100B Promotes Wound Healing via Paracrine Modulation 2025-Mar, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241296103 PMID:39711160	研究论文	本研究探讨了Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的关键作用及其通过S100B/RAGE/NF-κB/Notch旁分泌轴的机制	揭示了Schwann细胞通过分泌S100B蛋白在腭黏膜伤口愈合中的关键作用，并阐明了其通过RAGE受体激活NF-κB和Notch信号通路的机制	研究主要基于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的作用及其分子机制	腭黏膜、颊附着龈和皮肤的伤口愈合	生物医学	伤口愈合	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	非人灵长类动物、大鼠和猴子的皮肤样本
4054	2025-02-21	Potential therapeutic effect of dimethyl fumarate on Treg/Th17 cell imbalance in biliary atresia 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110439 PMID:39863040	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸（DMF）对胆道闭锁（BA）患者Treg/Th17细胞失衡的潜在治疗效果及其机制	首次将DMF应用于BA患者Treg/Th17细胞失衡的治疗研究，并揭示了其通过Nrf2/抗氧化反应元件（ARE）途径的作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证DMF的疗效	探索DMF对BA患者Treg/Th17细胞失衡的调节作用及其潜在机制	胆道闭锁（BA）患者的Treg和Th17细胞	免疫学	胆道闭锁	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、酶联免疫吸附试验（ELISA）、q-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、细胞频率数据、生化标志物数据、细胞因子数据	BA患者和胆总管囊肿（CC）患者的肝脏样本、BA小鼠模型
4055	2025-02-21	Unveiling ferroptosis genes and inhibitors in diabetic retinopathy through single-cell analysis and docking simulations 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101932 PMID:39968183	研究论文	本文通过单细胞分析和对接模拟揭示了糖尿病视网膜病变中的铁死亡基因和抑制剂	首次通过单细胞RNA测序数据集识别铁死亡相关基因，并利用分子对接和模拟技术探索药物与靶蛋白的相互作用稳定性	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨铁死亡在糖尿病视网膜病变中的作用，以推动对该复杂疾病的理解并开发创新治疗方法	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4056	2025-02-21	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关急性-慢性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞亚群的变化及其在炎症反应中的作用	首次在ACLF患者中通过单细胞转录组测序技术全面解析了B细胞亚群的变化，并发现幼稚B细胞在ACLF中的比例显著增加及其在炎症反应中的激活	研究样本量有限，且未深入探讨B细胞亚群变化的具体分子机制	探讨ACLF患者外周血中B细胞的免疫机制及其在疾病进展中的作用	乙型肝炎病毒相关急性-慢性肝衰竭（ACLF）患者和健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血单核细胞
4057	2025-02-21	Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111843 PMID:39967875	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了从原发性到转移性胃癌的多维动态异质性	首次全面描述了胃癌从原发到转移阶段的动态异质性，并识别了卵巢和腹膜转移中的免疫细胞变化	研究未涉及所有可能的转移部位，且样本量可能不足以代表所有胃癌亚型	探索胃癌从原发到转移阶段的肿瘤微环境动态变化	胃癌的原发肿瘤和器官特异性转移	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个胃癌队列
4058	2025-02-21	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Feb-20, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何通过转录变化和细胞间信号改变导致血脑屏障功能障碍	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨紫杉醇诱导的内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	紫杉醇处理的小鼠和对照小鼠的脑组织样本
4059	2025-02-21	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口中的机械传导，展示了verteporfin一次性治疗足以预防疤痕并促进伤口再生	首次在大型动物模型中验证了YAP抑制对伤口再生的影响，并揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用	研究主要基于红杜洛克猪模型，虽然与人类皮肤相似，但仍存在差异，需进一步验证在人类中的效果	探讨YAP抑制在大型动物伤口再生中的作用及其临床转化潜力	红杜洛克猪伤口及人类新生儿包皮移植到裸鼠的异种移植伤口模型	生物医学工程	皮肤损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间蛋白质组分析	NA	基因表达数据和蛋白质组数据	红杜洛克猪伤口及人类新生儿包皮移植到裸鼠的异种移植伤口模型
4060	2025-02-21	Exploring the Immune-Related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2025-Feb-19, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	本研究通过整合数据集分析，探索了颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）共病的免疫相关分子机制	首次通过系统分析基因表达谱，识别了TLE和MDD共有的关键基因，并阐明了其潜在的分子病理机制	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索TLE和MDD共病的分子机制，并评估这些基因在诊断和治疗中的潜在应用	颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达谱分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林模型、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林（RF）	基因表达数据	NA