单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 4021 - 4040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4021 | 2025-02-25 |
Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma
2025-Feb-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991
PMID:39992403
|
研究论文 | 本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点 | 研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性 | 探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点 | 102例肾细胞癌患者的生物样本 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 转录组分析、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 102例肾细胞癌患者 |
| 4022 | 2025-02-25 |
Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion
2025-Feb-24, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580
PMID:39992708
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研究论文 | 本文研究了肿瘤内微生物群对胃癌（GC）恶性进展过程中肿瘤免疫微环境（TIME）的影响，特别是Fusobacterium nucleatum（F. nucleatum）的作用 | 揭示了F. nucleatum通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TANs）重塑肿瘤免疫微环境，并激活IL-17/NF-κB/RelB信号通路，促进GC免疫逃逸的机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类GC组织样本，尚未在更大规模的人类临床试验中验证 | 探讨肿瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，以改进治疗方法 | 胃癌组织和Fusobacterium nucleatum感染的小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据，组织样本 | 人类GC组织样本和小鼠模型 |
| 4023 | 2025-02-25 |
Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation†
2025-Feb-23, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf036
PMID:39987557
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学分析，研究了牛胎盘中的基因调控网络，特别是滋养层细胞分化过程中的分子机制 | 首次在牛胎盘中使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化中的转录因子结合位点和候选基因调控网络 | 研究仅针对牛胎盘，结果可能不直接适用于其他物种 | 研究牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以理解牛妊娠失败的机制 | 牛胎盘中的细胞群体，包括滋养层细胞、间充质细胞、内皮细胞、免疫细胞和上皮细胞 | 单细胞组学 | 妊娠失败 | 10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq） | NA | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 发育中（第40天）和成熟（第170天）的牛胎盘样本 |
| 4024 | 2025-02-25 |
Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression
2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637729
PMID:39990481
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响 | 揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体 | 研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC | 探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响 | 人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点 |
| 4025 | 2025-02-25 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用 | 揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型 | 研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证 | 探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用 | 刺鼠的耳部组织 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 刺鼠耳部组织样本 |
| 4026 | 2025-02-25 |
CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation
2025-Feb-11, ArXiv
PMID:39990788
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研究论文 | 本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据 | CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制 | 现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60% | 提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | Causal Attention Transformer | 基因表达数据 | 10个组织数据集 |
| 4027 | 2025-02-25 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子（TR）表达最协调的基因伙伴，构建单细胞共表达网络，并评估跨物种和细胞类型的TR共表达模式的一致性 | 通过整合120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种和细胞类型的TR共表达网络，并结合ChIP-seq数据识别跨方法和物种支持的候选调控相互作用 | 研究主要关注跨细胞类型的可重复性，可能忽略了特定生物背景下的信号 | 识别跨物种和细胞类型的转录调控因子共表达模式，并评估其一致性 | 人类和小鼠的转录调控因子（TR）及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞） |
| 4028 | 2025-02-25 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本文研究了危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下 | 研究发现CD4 T细胞在危重病中表现出增加的亚群特异性代谢可塑性，特别是调节性T细胞（Tregs）获得糖酵解能力，稳定了抑制性标志物FOXP3和TIGIT，并与临床疾病严重程度相关 | 研究中未明确这些代谢和免疫功能障碍是否在所有危重病患者中普遍存在，且样本量可能有限 | 探讨危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下 | 危重病患者的CD4 T细胞，包括有和无败血症的患者，以及健康成年人 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 危重病患者和健康成年人的CD4 T细胞样本 |
| 4029 | 2025-02-25 |
Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635092
PMID:39974918
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研究论文 | 本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常 | 首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统地研究了与J型储袋失败相关的分子机制 | 研究为回顾性病例对照研究，可能存在选择偏倚，且样本量有限 | 探讨炎症性肠病患者J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制 | 接受IPAA手术的炎症性肠病患者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 组织样本和转录组数据 | 417名患者 |
| 4030 | 2025-02-25 |
Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635096
PMID:39974955
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研究论文 | 本文研究了香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮（RPE）细胞的退化异质性，并加速老化过程 | 研究发现香烟烟雾通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，这种变化与老化不同，并且老化使RPE对香烟烟雾的损害更加敏感 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，并加速老化过程 | 年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮（RPE）细胞 | 生物医学 | 老年性黄斑变性（AMD） | snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记 | NA | 单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据 | 年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织 |
| 4031 | 2025-02-25 |
Evaluation of T Cell Receptor Construction Methods from scRNA-Seq Data
2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae086
PMID:39666949
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研究论文 | 本文评估了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据构建T细胞受体（TCR）的不同方法，并引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR | 引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR，能够生成包含不同测序深度和读长的TCR衍生序列的scTCR-seq数据 | 测序深度对成功构建TCR具有关键限制 | 评估从scRNA-seq数据构建TCR的不同方法的性能 | T细胞受体（TCR） | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 实验性单细胞免疫分析数据集 |
| 4032 | 2025-02-25 |
Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors
2024-Dec, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506
PMID:39551173
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据探索了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达能显著增强CAR-T细胞的功能，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果 | 利用临床肿瘤样本的单细胞测序数据寻找增强CAR-T细胞功能的策略，并首次发现NKG7的异位表达能显著提高CAR-T细胞的治疗效果 | 缺乏治疗后的活检数据，尤其是在实体肿瘤中，限制了CAR-T细胞体内特性的理解 | 探索增强CAR-T细胞功能的策略，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果 | 消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞（TILs） | 生物医学 | 消化系统癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CAR-T细胞模型 | RNA测序数据 | 19个临床样本 |
| 4033 | 2025-02-25 |
Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4
2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.08.574714
PMID:39131381
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研究论文 | 本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的病理过程 | 揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现Epsins通过增强OCT4活性和抑制KLF4来促进平滑肌细胞向有益细胞类型转化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究 | 探索Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其在冠状动脉疾病中的潜在治疗价值 | 平滑肌细胞 | 分子生物学 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 小鼠动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞 |
| 4034 | 2025-02-25 |
Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk
2024-08-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786
PMID:38824778
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研究论文 | 本研究探讨了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化的机制 | 揭示了VOCs暴露通过Gas6-Axl信号通路激活成纤维细胞的新机制，并发现Atf3基因在调控PANoptosis表型中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人体内的机制仍需进一步验证 | 阐明VOCs暴露诱导肺纤维化的潜在分子机制 | 小鼠模型及肺微血管内皮细胞与成纤维细胞 | 生物医学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4035 | 2025-02-25 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间表达分析，定义了小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元谱系中的保守作用 | 首次定义了胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元分化与存活中的保守功能 | 研究主要聚焦于胚胎期，未涉及成年期的分子机制 | 研究小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性及其发育机制 | 小脑核内侧兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | scRNA-seq, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据 | 胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元 |
| 4036 | 2025-02-24 |
Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer
2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-024-01577-4
PMID:39722065
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各种免疫细胞的功能，特别是CD8 + T细胞的浸润与预后的关系 | 通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，揭示了CD8 + T细胞在胃癌中的活性状态及其与预后的关联 | 样本量相对较小（34例患者进行单细胞RNA测序），且仅分析了Epstein-Barr病毒阴性病例的TCR库 | 探讨胃癌肿瘤免疫微环境中CD8 + T细胞的功能及其对预后的影响 | 胃癌患者及其肿瘤组织中的CD8 + T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化 | NA | RNA测序数据、免疫组化数据 | 34例胃癌患者的肿瘤和正常组织进行单细胞RNA测序，157例胃癌患者进行免疫组化分析 |
| 4037 | 2025-02-24 |
Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis
2025-Feb-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405914
PMID:39985260
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研究论文 | 本文通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了宿主对多房棘球蚴的免疫反应机制，并构建了感染病灶的高分辨率空间图谱 | 首次结合多种转录组技术，从时空维度揭示多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制，并发现中性粒细胞和巨噬细胞亚群在疾病进展中的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 研究多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制 | 感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本 | 数字病理学 | 棘球蚴病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组技术 | NA | RNA-seq数据 | 感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本 |
| 4038 | 2025-02-24 |
Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes
2025-Feb-22, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70019
PMID:39985763
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研究论文 | 本文研究了老年小鼠睾丸中非精子形成型精原干细胞（SSCs）的克隆扩展行为及其对精子生成的影响 | 揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成型SSCs的克隆扩展现象，并发现这些克隆在老年小鼠中占据生态位空间，可能影响精子生成和遗传多样性 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的相关研究 | 探讨生理老化对睾丸开放生态位中精原干细胞克隆命运行为的影响 | 老年小鼠睾丸中的精原干细胞 | 生殖生物学 | NA | 单细胞RNA测序、谱系追踪、活体成像 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 老年小鼠睾丸样本 |
| 4039 | 2025-02-24 |
Spatial transcriptomics in autoimmune rheumatic disease: potential clinical applications and perspectives
2025-Feb-20, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00369-2
PMID:39980019
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的发展及其在自身免疫性风湿病中的潜在临床应用 | 空间转录组学技术结合高plex RNA测序与空间数据，提供了单细胞水平的精确空间评估，增强了对疾病过程中细胞相互作用的理解 | NA | 探讨空间转录组学在自身免疫性风湿病中的临床应用潜力 | 自身免疫性风湿病，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征 | 数字病理学 | 风湿病 | 空间转录组学，原位杂交，原位测序，原位空间条形码，显微切割方法 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4040 | 2025-02-20 |
Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2025-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02152-8
PMID:39966937
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |