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当前共找到 37421 篇文献，本页显示第 4021 - 4040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4021 | 2026-01-14 |
scANMF: Prior Knowledge and Graph-Regularized NMF for Accurate Cell Type Annotation in scRNA-seq
2025-Dec-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27010125
PMID:41516004
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scANMF的细胞类型注释框架，它通过整合先验知识和图正则化非负矩阵分解来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | scANMF创新性地将标记基因信息、部分标签监督和局部流形结构整合到一个统一的注释模型中，解决了现有工具依赖单一先验知识的局限性 | 方法在高质量先验知识受限的应用中表现突出，但未明确讨论其在完全无先验知识情况下的性能 | 开发一个准确且稳健的单细胞RNA测序数据细胞类型注释框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 多个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4022 | 2026-01-14 |
Integrative Multi-Omics and Machine Learning Reveal Shared Biomarkers in Type 2 Diabetes and Atherosclerosis
2025-Dec-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27010136
PMID:41516018
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示了2型糖尿病与动脉粥样硬化之间的共享生物标志物和分子机制 | 结合多组学分析、机器学习算法（包括人工神经网络）和单细胞RNA测序数据，识别了IL1B、MMP9和P2RY13作为共享枢纽基因，并强调了巨噬细胞极化失衡在两种疾病中的核心作用 | 研究结果具有初步性，受限于现有数据和方法，需要进一步的实验和临床研究来验证其有效性 | 阐明2型糖尿病与动脉粥样硬化之间的共享分子机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 基因表达谱数据，包括来自GEO数据库的动脉粥样硬化和2型糖尿病相关基因表达数据，以及单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 基因表达分析，功能富集分析（GO/KEGG），蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，机器学习方法，单细胞RNA测序 | 人工神经网络（ANN） | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4023 | 2026-01-14 |
From Genes to Malformations: Molecular Mechanisms Driving the Pathogenesis of Congenital Anomalies of the Kidney and Urinary Tract
2025-Dec-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27010017
PMID:41515896
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综述 | 本文综述了先天性肾脏和尿路畸形（CAKUT）的分子机制，包括基因变异、信号通路、纤毛功能及细胞外基质异常在疾病发生中的作用 | 整合了全外显子组和全基因组测序、拷贝数变异分析的最新发现，并强调了人类肾脏类器官、基因编辑及单细胞或空间转录组学等新兴工具在机制探索中的应用 | CAKUT具有高度异质性，其临床表现受遗传背景、表观遗传调控及环境因素（如母体糖尿病和胎儿缺氧）的复杂影响，机制尚未完全阐明 | 阐明CAKUT的分子发病机制，以改善诊断、加深生物学理解并支持靶向治疗策略的开发 | 先天性肾脏和尿路畸形（CAKUT） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 全外显子组测序、全基因组测序、拷贝数变异分析、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 4024 | 2026-01-14 |
APOBEC3 promotes squamous differentiation via IL-1A/AP-1 signaling
2025-Dec-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67033-8
PMID:41390483
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研究论文 | 本研究通过基因工程小鼠模型和转录组学分析，揭示了APOBEC3家族在膀胱尿路上皮癌中促进鳞状分化的机制 | 首次建立了结合Pten和Trp53条件性敲除及小鼠Apobec3过表达的UPPA小鼠模型，并发现APOBEC3通过IL-1α/AP-1信号通路促进鳞状分化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限，且未深入探讨APOBEC3A在其他癌症类型中的作用 | 探究APOBEC3在膀胱尿路上皮癌中的功能作用及其促进鳞状分化的分子机制 | 膀胱尿路上皮癌（UC） | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 基因工程小鼠模型、bulk RNA-seq、单细胞转录组学、空间转录组学 | UPPA小鼠模型（条件性敲除Pten和Trp53并过表达小鼠Apobec3） | RNA-seq数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | UPPA小鼠膀胱肿瘤样本及人类UC样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4025 | 2026-01-14 |
Hematopoietic EphA4 deficiency alters microglial heterogeneity and improves chronic spatial memory after brain injury
2025-Dec-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30648-4
PMID:41350381
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研究论文 | 本研究探讨了造血细胞特异性EphA4缺失如何通过影响小胶质细胞异质性和神经免疫重塑，改善创伤性脑损伤后的慢性空间记忆功能 | 首次揭示了外周免疫来源的EphA4信号在调控小胶质细胞异质性及长期神经功能恢复中的关键作用，并利用单细胞RNA测序技术鉴定了特定的小胶质细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人类中的适用性有待验证；且未深入探讨EphA4信号影响小胶质细胞功能的具体分子机制 | 探究外周免疫细胞来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后小胶质细胞动态变化及神经功能恢复中的作用 | 造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠及创伤性脑损伤模型 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，使用骨髓嵌合小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4026 | 2026-01-14 |
The SPI1/LILRB2 axis modulates macrophage tolerance via crosstalk with TLR8 signaling: implications for sepsis immunotherapy
2025-Oct-27, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02125-1
PMID:41144021
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子SPI1通过上调抑制性受体LILRB2来抑制TLR8信号通路，从而调控巨噬细胞LPS耐受的新分子机制 | 首次发现SPI1/LILRB2轴通过抑制TLR8介导的MyD88/NF-κB信号来增强免疫抑制表型，为脓毒症免疫治疗提供了新靶点 | SPI1作用的特异性需进一步确认，LILRB2抑制TLR8的配体特异性和背景需阐明，TLR8在LPS耐受中的主导作用需更多验证 | 探究巨噬细胞LPS耐受的分子机制及其在脓毒症免疫治疗中的应用潜力 | 巨噬细胞 | 分子免疫学 | 脓毒症 | 分子生物学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4027 | 2026-01-14 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIGEL的上下文感知基因组表示学习框架，用于从空间转录组数据中生成具有空间信息的基因表示 | 开发了一种成本效益高的框架，通过利用空间基因组上下文从ST数据中推导基因流形，生成的基因表示具有上下文感知、生物学意义明确且跨样本稳健的特点 | NA | 为空间基因组分析开发一种能够生成具有空间信息的基因表示的计算框架 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4028 | 2026-01-14 |
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661367
PMID:40667251
|
研究论文 | 本研究揭示了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和成骨分化中的关键作用 | 首次发现SLC6A6表达在MSCs中富集，并证明牛磺酸摄取通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化调节MSC的维持和成骨命运决定 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MSCs数据有限，且未深入探讨牛磺酸在其他细胞类型中的间接效应 | 探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和骨组织发育中的作用机制 | 小鼠和人类原代间充质基质细胞，以及TauT基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序，RNA测序，shRNA敲低 | 遗传功能丧失模型 | 单细胞RNA测序数据，RNA测序数据 | 小鼠非免疫骨和骨髓单细胞RNA测序数据集，原代人类MSCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4029 | 2026-01-14 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654974
PMID:40475448
|
研究论文 | 本文通过标准化PBMCs样本，全面比较了多种商业单细胞RNA测序技术的性能，包括细胞回收率、测序效率、灵敏度、细胞注释和差异基因表达等指标 | 首次对七种全转录组mRNA测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行标准化比较，强调实验约束对细胞亚型分辨能力的影响 | 研究仅使用PBMCs样本，可能无法完全代表其他组织或细胞类型的性能差异 | 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 | 来自不同供者的标准化外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个供者的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4030 | 2026-01-14 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ISOSCELES的新框架，通过整合单细胞基因表达数据和药物反应签名，量化胶质母细胞瘤细胞对药物的敏感性和耐药性景观 | ISOSCELES框架首次整合单细胞RNA测序数据和L1000表达签名，以预测不同细胞状态对药物的差异反应，并识别出OLIG2抑制剂与Depatux-M的新型组合疗法 | 研究未明确说明样本量大小或验证实验的详细范围，可能限制结果的普适性 | 开发一个预测胶质母细胞瘤不同细胞状态对药物敏感性和耐药性的平台，以促进治疗开发 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4031 | 2026-01-14 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率的模式 | SPLISOSM利用多元测试来考虑位点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论依据充分的性能 | NA | 研究转录多样性（包括剪接和替代3'端使用）的空间协调机制 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 神经精神疾病，胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 多元统计模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4032 | 2026-01-14 |
HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data
2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.19.629494
PMID:39763944
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研究论文 | 本文介绍了一个名为HapCNV的综合性统计框架，用于在单倍体或低输入DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测 | HapCNV通过构建新颖的基因组位置特异性伪参考，利用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留常见CNV，并在模拟和真实寄生虫数据集中显示出优于现有方法的性能，尤其对短CNV检测更准确 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个针对单倍体或低细胞数DNA测序数据的CNV检测框架，以克服现有方法在单倍体基因组和参考样本选择上的局限性 | 单倍体和二倍体生物的低输入DNA测序数据，包括单细胞或少数细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 低输入DNA测序，包括低细胞和单细胞测序 | 统计框架 | DNA测序数据 | 未在摘要中明确指定 | NA | NA | NA | NA |
| 4033 | 2026-01-14 |
Molecular landscape of the mouse adrenal gland and adjacent adipose tissue by spatial transcriptomics
2025, Folia histochemica et cytobiologica
IF:1.7Q4
DOI:10.5603/fhc.108988
PMID:41311243
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，生成了成年雄性小鼠肾上腺及其邻近脂肪组织的高分辨率分子图谱 | 首次提供了成年雄性小鼠肾上腺的空间分辨转录组参考图谱，揭示了肾上腺分区、更新和区域间相互作用的细胞与分子框架 | 研究仅针对成年雄性CD1 IGS小鼠，未涉及雌性、其他品系或不同发育阶段，可能限制结果的普适性 | 旨在解析肾上腺分区和皮质更新的分子机制，以及肾上腺与周围组织的相互作用 | 成年CD1 IGS雄性小鼠的肾上腺及其邻近的棕色和白色脂肪组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 无监督聚类、差异基因表达分析、通路和基因本体富集、细胞类型反卷积、伪时间轨迹推断 | 空间转录组数据 | 成年CD1 IGS雄性小鼠的肾上腺样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium CytAssist | 10x Genomics Visium CytAssist平台 |
| 4034 | 2026-01-14 |
Human-Mouse Chimeric Brain Models to Study Human Glial-Neuronal and Macroglial-Microglial Interactions
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.03.601990
PMID:39005270
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研究论文 | 本文介绍了一种通过共移植人类诱导多能干细胞衍生的神经细胞构建人鼠嵌合脑模型的方法，用于在体内研究人类神经胶质细胞与神经元之间的相互作用 | 创新性地开发了人鼠嵌合脑模型，通过共移植人类诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞和原始巨噬细胞祖细胞，首次在体内同时模拟人类小胶质细胞、大胶质细胞和神经元的相互作用 | 模型基于小鼠脑环境，可能无法完全复制人类脑的复杂生理条件，且移植细胞的长期行为和功能稳定性需进一步验证 | 研究人类神经胶质细胞与神经元在体内的相互作用机制，以揭示脑功能复杂性并为神经系统疾病治疗提供新见解 | 人类诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞、原始巨噬细胞祖细胞及其在鼠脑中的共移植模型 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、超分辨率成像、3D重建技术 | 人鼠嵌合脑模型 | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4035 | 2026-01-14 |
Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function
2024-11-20, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c15013
PMID:39520323
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现Wnt信号通路可促进修复型雪旺细胞转化，并开发了一种负载Wnt3a蛋白的聚合物支架，在大鼠坐骨神经缺损模型中验证了其优异的神经修复效果 | 首次结合单细胞测序技术阐明Wnt通路在周围神经再生中的作用机制，并创新性地将Wnt3a蛋白整合到电纺纤维支架表面 | 研究仅在大鼠动物模型中进行验证，尚未开展临床转化研究 | 探索通过调控雪旺细胞功能促进周围神经再生的新策略 | 雪旺细胞、大鼠坐骨神经缺损模型 | 组织工程与再生医学 | 周围神经损伤 | 单细胞测序、电纺丝技术、动物模型实验 | NA | 测序数据、组织学数据、电生理数据 | 大鼠坐骨神经缺损模型（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4036 | 2026-01-14 |
Actin Dysregulation Induces Neuroendocrine Plasticity and Immune Evasion: A Vulnerability of Small Cell Lung Cancer
2024-Nov-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528365
PMID:36824957
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研究论文 | 本研究揭示了CRACD作为肿瘤抑制因子，通过调控肌动蛋白聚合来限制小细胞肺癌的神经内分泌可塑性和免疫逃逸，并提出EZH2阻断作为潜在治疗策略 | 首次将CRACD与SCLC的神经内分泌可塑性和免疫逃逸机制联系起来，并通过单细胞转录组学验证了其在患者肿瘤中的临床相关性 | 研究主要基于基因敲除模型和体外实验，临床样本验证和体内治疗效果的长期数据可能有限 | 探究小细胞肺癌中肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的分子机制 | 小细胞肺癌肿瘤细胞、CRACD基因、NOTCH1信号通路、EZH2介导的组蛋白修饰 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞转录组学、基因敲除、药理学阻断 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4037 | 2026-01-14 |
A prognostic matrix gene expression signature defines functional glioblastoma phenotypes and niches
2024-Jun-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4541464/v1
PMID:38947019
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研究论文 | 本研究通过计算基因组学和蛋白质组学方法，分析胶质母细胞瘤中细胞外核心基质蛋白表达的功能和临床相关性，并开发了一个17基因的基质组表达特征用于患者分层 | 识别了基质蛋白表达特征，将胶质母细胞瘤分为高表达和低表达组，并发现该特征与患者生存、致癌改变、间充质状态及免疫检查点基因表达相关，且比MGMT启动子甲基化状态和经典亚型具有更强的预后价值 | 未明确说明样本量或数据来源的具体限制，可能依赖于现有数据库的覆盖范围和准确性 | 探究胶质母细胞瘤中细胞外核心基质蛋白表达的功能和临床意义，以改善患者分层和治疗策略优化 | 胶质母细胞瘤肿瘤组织 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 计算基因组学，蛋白质组学，单细胞转录组分析，空间解剖分析 | NA | 基因组数据，蛋白质组数据，单细胞转录组数据，空间解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 4038 | 2026-01-14 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
|
研究论文 | 本研究通过绘制骨组织的体感传入神经回路，揭示了骨折愈合过程中神经源性营养信号的关键作用 | 首次系统性地绘制了长骨体感传入神经的神经解剖学回路，并发现神经元来源的FGF9是骨折修复的重要调节因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证；单细胞测序样本量相对有限 | 阐明骨骼伤害感受和再生过程中的精确神经解剖学回路及神经源性信号机制 | 小鼠长骨的体感背根神经节（DRG）传入神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆向标记技术，多组织相互作用分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6,648个DRG神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4039 | 2026-01-14 |
Shared and Compartment-Specific Processes in Nucleus Pulposus and Annulus Fibrosus During Intervertebral Disc Degeneration
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309032
PMID:38403470
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和病变人类椎间盘中的纤维环和髓核细胞，揭示了椎间盘退变过程中共享和特异性的细胞变化 | 首次在单细胞水平上同时比较了纤维环和髓核在椎间盘退变中的细胞变化，并识别出新的疾病相关细胞亚群及其调控网络 | 样本数量有限，且仅基于手术分离的组织，可能无法完全代表早期退变阶段 | 阐明椎间盘退变的细胞机制，为精准治疗提供靶点 | 人类椎间盘的纤维环和髓核组织 | 单细胞组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 纤维环：19,978和26,983个细胞；髓核：20,884和24,489个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4040 | 2026-01-14 |
Myeloid-Mas Signaling Modulates Pathogenic Crosstalk among MYC+CD63+ Endothelial Cells, MMP12+ Macrophages, and Monocytes in Acetaminophen-Induced Liver Injury
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306066
PMID:38350725
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和活体成像技术，揭示了骨髓细胞-Mas信号在调节对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中MYC+CD63+内皮细胞、MMP12+巨噬细胞和单核细胞之间致病性串扰的作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和长时间活体成像，系统解析了骨髓细胞-Mas信号在AILI微环境中的调控机制，并在患者样本中验证了其临床相关性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大规模；Mas信号的具体下游效应分子机制有待进一步阐明 | 阐明对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中微环境的细胞互作和分子机制 | Mas1缺陷小鼠和对乙酰氨基酚诱导的肝损伤患者样本 | 单细胞组学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 活体成像 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 影像数据 | Mas1缺陷小鼠模型和急性肝衰竭患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |