单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4001	2025-06-03	Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612 PMID:40272982	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示慢性肉芽肿病在自然模型中的发病机制	建立了通过环境控制自然发生的慢性肉芽肿病模型，并揭示了肉芽肿形成的机制及潜在的治疗干预措施	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究慢性肉芽肿病的发病机制及治疗干预	Ncf2小鼠模型	数字病理学	慢性肉芽肿病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	Ncf2小鼠模型
4002	2025-06-03	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定微环境细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定微环境细胞	NA	探索通用成纤维细胞是否具有分化为特定组织成纤维细胞的潜力	造血干细胞及其微环境细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自肺、结肠和肌肉的CD248通用成纤维细胞
4003	2025-06-03	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	本研究通过结合表达型慢病毒细胞条形码和单细胞RNA测序技术，探究了人类乳腺癌单细胞衍生克隆的适应性和转录可塑性	首次将克隆生长与单细胞转录组直接关联，揭示了罕见传播克隆的高度保守模型特异性分化程序及其在原始异种移植中转录组景观的可重复再生能力	研究仅基于5个模型的167,375个单细胞RNA谱，样本量相对有限	探究乳腺癌克隆适应性和可塑性的分子机制	人类乳腺癌单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	表达型慢病毒细胞条形码技术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26个患者来源的乳腺癌异种移植模型中的110个异种移植体，超过20,000个单细胞衍生克隆
4004	2025-06-03	Time-resolved single-cell atlas identifies the spatiotemporal transcription dynamics in vernalization response in Brassica rapa 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115725 PMID:40378040	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了Brassica rapa植物在春化过程中的单细胞水平基因表达动态	首次在单细胞水平揭示了春化反应的时空转录动态，发现了叶片细胞和维管组织在低温下的不同基因表达模式	仅研究了Brassica rapa一个物种，结果可能不具有普遍性	探究植物春化过程中单细胞水平的基因表达动态	Brassica rapa植物	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但涉及多个单细胞测序样本
4005	2025-06-03	The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703 PMID:40378044	research paper	研究乳腺癌放疗对肿瘤基因组和免疫微环境的影响	首次使用单细胞DNA测序(scDNA-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术，在放疗前后对乳腺癌患者的肿瘤样本进行分析，揭示了放疗对免疫细胞和肿瘤细胞亚克隆的选择性影响	样本量较小(20例患者)，且仅针对雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	探索放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境	20例雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	scDNA-seq, scRNA-seq	NA	single-cell sequencing data	20例ER+乳腺癌患者(8例进行scDNA-seq，11例进行scRNA-seq)
4006	2025-06-03	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	research paper	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中五大挑战的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性研究假设，并通过专家评估其新颖性和可行性	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考虑	探索人工智能在心脏毒性研究中生成创新假设的潜力	心脏毒性研究的五大挑战：机制复杂性、患者变异性、检测灵敏度不足、可靠生物标志物缺乏和动物模型局限性	machine learning	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, multi-omics approaches, machine learning	GPT-4o	text	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
4007	2025-06-03	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	探讨慢性乙型肝炎(CHB)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者中滤泡毒性T细胞(Tfc)的异质性及其功能失调	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损，并提出通过维持氧化还原平衡增强Tfc效应记忆细胞特性的创新治疗策略	样本量相对较小(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)，且为横断面研究	探索CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的异质性及其功能状态	慢性乙型肝炎患者、非酒精性脂肪性肝病患者及其Tfc细胞	免疫学	慢性乙型肝炎、非酒精性脂肪性肝病	多色流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	87人(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)
4008	2025-06-03	Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 2025-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535 PMID:39374811	research paper	本研究通过整合批量、单细胞和空间转录组数据，探究了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并利用机器学习构建了预测模型	识别了与术前化疗和结直肠癌预后相关的三个细胞亚群（NOTCH3+Fib、TNNT1+Epi和HSPA1A+Epi），并构建了独立的预后预测模型PCRSM	研究样本量相对较小（22个独立队列），且未进行大规模临床验证	探究术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并构建预测模型	结直肠癌患者中的成纤维细胞和上皮细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk, single-cell, and spatial transcriptomic sequencing	machine learning	transcriptomics data	22个独立队列的结直肠癌样本
4009	2025-06-03	Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279037.124 PMID:39438113	研究论文	该研究通过modENCODE和modERN联盟的努力，系统地测定了果蝇和线虫中转录因子（TF）的结合事件，揭示了组织特异性的调控关系	发现了转录因子与染色质结合的'metapeaks'集群，并展示了这些集群的特性及其在基因表达调控中的作用	研究主要局限于两种模式生物（果蝇和线虫），可能无法完全代表其他生物的调控机制	解析转录因子在基因组中的结合位点及其调控关系	果蝇和线虫中的转录因子	基因组学	NA	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据	605个果蝇TF和356个线虫TF，分别识别了3.6M和0.9M的结合位点
4010	2025-06-03	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	研究论文	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传学改变如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过筛选人类GWAS和孟德尔随机化研究，鉴定了影响SMC功能的SNPs，并利用新型SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型揭示了JMJD3在高血压动脉重塑中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限	探索高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关动脉重塑	表观遗传学	心血管疾病	GWAS、孟德尔随机化研究、scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型
4011	2025-06-03	Deciphering the heterogeneity of differentiating hPSC-derived corneal limbal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-07-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.06.001 PMID:38942029	研究论文	通过单细胞RNA测序解析hPSC分化为角膜缘干细胞过程中的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了hPSC向LSC分化过程中的九个细胞簇，其中五个为预期的LSC分化路径，四个为先前未描述的细胞状态	研究仅涉及三种hPSC细胞系，可能无法代表所有hPSC的分化特性	深入理解hPSC分化为角膜缘干细胞的分子机制，为hPSC-based治疗提供理论基础	人类多能干细胞(hPSC)及其分化的角膜缘干细胞(LSCs)	干细胞生物学	眼科疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据	三种hPSC细胞系
4012	2025-06-03	Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids reveal tubular epithelial pathobiology of heterozygous HNF1B-associated dysplastic kidney malformations 2024-06-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.04.011 PMID:38788724	研究论文	通过CRISPR-Cas9基因编辑的人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞生成杂合HNF1B突变肾脏类器官，研究HNF1B相关发育不良肾脏畸形的管状上皮病理生物学	首次揭示了HNF1B在人类肾小管分化和形态发生中的形态、分子和生理作用，阐明了突变HNF1B导致肾脏疾病的发育起源	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境	理解HNF1B杂合突变导致的发育不良肾脏畸形的病理生物学机制	HNF1B杂合突变的人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官	干细胞与发育生物学	肾脏发育不良畸形	CRISPR-Cas9基因编辑, RNA-seq, scRNA-seq	肾脏类器官模型	基因表达数据	来自一个HNF1B相关DKMs家族的诱导多能干细胞和基因编辑的胚胎干细胞
4013	2025-06-03	The Contribution of Meckel's Cartilage-Derived Type II Collagen-Positive Cells to the Jawbone Development and Repair 2024-Jun-05, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241259059 PMID:38836522	research paper	本研究探讨了源自Meckel软骨的II型胶原阳性细胞在颌骨发育和修复中的作用	发现了II型胶原阳性细胞在颌骨发育和修复中的关键作用，特别是在胚胎和出生后阶段的成骨过程中	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	揭示II型胶原阳性细胞在颌骨发育和修复中的具体作用和机制	小鼠颌骨中的II型胶原阳性细胞及其在胚胎和出生后阶段的成骨作用	developmental biology	NA	单细胞RNA测序、命运图谱实验、他莫昔芬诱导的CreER系统	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎10.5天的颌骨组织
4014	2025-06-03	Multi-omic profiling reveals potential biomarkers of hepatocellular carcinoma prognosis and therapy response among mitochondria-associated cell death genes in the context of 3P medicine 2024-Jun, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00362-8 PMID:38841626	research paper	该研究通过多组学分析，开发了一种基于线粒体相关细胞死亡基因的新型预测模型MCDI，用于肝细胞癌的预后和治疗反应预测	结合10种机器学习算法和67种不同组合，构建了共识线粒体细胞死亡指数（MCDI），并在多个队列中验证了其预测性能	研究依赖于公开数据集和有限的内部临床队列，需要更大规模的外部验证	开发肝细胞癌预后和治疗反应的预测模型，推动预测性、预防性和个性化医学（PPPM/3PM）策略的应用	肝细胞癌（LIHC）患者	digital pathology	liver cancer	多组学分析（包括bulk、单细胞和空间转录组学）、RT-qPCR、western blotting、免疫组化染色	机器学习集成模型（10种算法组合）	多组学数据（基因组、转录组等）	多个公开数据集和内部临床队列（具体数量未明确说明）
4015	2025-06-03	The diversification of methods for studying cell-cell interactions and communication 2024-Jun, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00685-8 PMID:38238518	review	本文探讨了研究细胞间相互作用和通讯方法的多样化进展	介绍了新一代计算工具的演变，这些工具能够处理更复杂的数据集，如单细胞和空间转录组学，并考虑细胞的异质性、空间组织、多种配体类型和细胞内信号事件	未具体提及研究的局限性	加速发现细胞在其群落中的作用，推动细胞间相互作用和通讯的研究	细胞间相互作用和通讯	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4016	2025-06-03	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	本研究探讨了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得耐药性的机制	首次揭示了Gorlin综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得SMO抑制剂耐药性的机制，并提名了PCYT2、ETNK1和磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为耐药性的遗传抑制因子	研究仅基于一个病例，样本量较小	探究Gorlin综合征肿瘤对SMO抑制剂产生耐药性的机制	Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤	肿瘤学	基底细胞痣综合征/基底细胞癌	多组学分析、空间转录组学、空间全外显子组基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	1例Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤
4017	2025-06-03	Unique challenges and best practices for single cell transcriptomic analysis in toxicology 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100475 PMID:38645720	综述	本文探讨了单细胞转录组学在毒理学中应用的独特挑战及最佳实践	提出了针对毒理学中单细胞转录组数据分析的具体挑战和解决方案	NA	解决毒理学中单细胞转录组数据分析的关键挑战并提供实用分析方案	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
4018	2025-06-03	Endothelial Cell Flow-Mediated Quiescence Is Temporally Regulated and Utilizes the Cell Cycle Inhibitor p27 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320671 PMID:38602102	研究论文	研究内皮细胞在血流介导的静止状态下的细胞周期调控机制及其时间调节特性	揭示了血流介导的内皮细胞静止状态具有时间调节特性，并依赖于细胞周期抑制剂p27的转录调控	研究主要基于体外实验和小鼠、斑马鱼模型，人类体内应用的直接证据有限	探究血流介导的内皮细胞静止状态的建立和维持机制	人原代内皮细胞、小鼠和斑马鱼的内皮细胞	细胞生物学	血管功能障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、基因表达调控	NA	基因表达数据、细胞行为数据	NA
4019	2025-06-03	Performing Suction Blister Skin Biopsies 2024-Jun, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.1073 PMID:38924322	研究论文	本文介绍了一种替代传统皮肤活检方法的无创、无疤痕的吸疱皮肤活检技术	提出了一种使用负压和温和加热诱导皮肤吸疱的微创活检方法，避免了传统方法的疼痛和疤痕	NA	开发一种更温和的皮肤采样方法用于表皮和真皮上层的细胞及液体成分分析	人体皮肤组织	NA	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	生物样本（皮肤组织、疱液）	每次活检可产生最多5个直径10mm的吸疱
4020	2025-06-03	IL-1β Inhibition Partially Negates the Beneficial Effects of Diet-Induced Atherosclerosis Regression in Mice 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320800 PMID:38695167	研究论文	本研究探讨了IL-1β抑制对饮食诱导的动脉粥样硬化逆转在小鼠中的部分负面影响	揭示了IL-1β在维持饮食诱导的动脉粥样硬化斑块负担减少和稳定性增加中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法直接外推到人类	研究减少饮食脂质对晚期动脉粥样硬化病变组成和稳定性的影响及其调控机制	Apoe-/-小鼠的动脉粥样硬化病变	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、飞行时间细胞术、免疫染色加高分辨率共聚焦显微镜z-stack分析	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	Apoe-/-小鼠（具体数量未明确说明）