单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4001	2025-03-27	Single-Cell Transcriptomic Approaches for Decoding Non-Coding RNA Mechanisms in Colorectal Cancer 2025-Mar-10, Non-coding RNA IF:3.6Q2 DOI:10.3390/ncrna11020024 PMID:40126348	综述	本文综述了单细胞转录组学方法在解码结直肠癌中非编码RNA机制方面的最新进展	强调了单细胞生物信息学方法在非编码RNA分析中的应用，包括序列和结构基础的方法、机器学习应用以及多组学数据整合	未提及具体的研究局限性	综述单细胞生物信息学在结直肠癌非编码RNA研究中的现状并展望未来方向	结直肠癌中的非编码RNA	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	转录组数据	NA
4002	2025-03-27	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Mar-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	research paper	该研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）在抗B细胞成熟抗原（BCMA）CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1的高表达与BCMA阴性多发性骨髓瘤复发相关，并验证了ANXA1作为潜在治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅基于单例患者的单细胞转录组测序数据	探究多发性骨髓瘤在CAR-T细胞治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发的多发性骨髓瘤患者
4003	2025-03-27	Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis 2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681 PMID:39675427	research paper	通过空间分辨单细胞转录组分析，研究蕈样肉芽肿（MF）与银屑病及慢性海绵性皮炎的差异生物标志物GNLY和FYB1	首次利用空间分辨单细胞转录组技术鉴定出GNLY和FYB1作为区分MF与银屑病及慢性海绵性皮炎的特异性生物标志物	样本量相对有限（150例患者），且免疫组化验证的敏感性和特异性仍有提升空间	探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物	蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵性皮炎患者的表皮内T细胞	digital pathology	skin disease	spatially resolved single-cell transcriptome analysis, immunohistochemistry	NA	transcriptomic data, immunohistochemical data	150例患者（56例MF，48例银屑病，46例慢性湿疹）
4004	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠
4005	2025-03-27	CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068 PMID:39826451	research paper	本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞（EMSCs）成骨分化的机制	揭示了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控EMSCs成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究CD271对EMSCs成骨分化的影响及其分子机制	外间充质干细胞（EMSCs）和小鼠下颌骨发育	干细胞生物学	颌骨发育异常	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	CD271缺陷小鼠
4006	2025-03-27	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Feb-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网络工具，用于探索单细胞RNA测序数据中的线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了适应单细胞测序数据分析的功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，并提供交互式界面用于分析细胞间的变异性	NA	研究线粒体在不同细胞类型和单细胞分辨率下的功能和动态	线粒体在单细胞RNA测序数据中的动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4007	2025-03-27	Arctiin alleviates knee osteoarthritis by suppressing chondrocyte oxidative stress induced by accumulated iron via AKT/NRF2/HO-1 signaling pathway 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83383-7 PMID:39738432	研究论文	研究探讨了Arctiin（ARC）通过抑制铁积累诱导的软骨细胞氧化应激，减轻膝骨关节炎（KOA）的作用机制	首次揭示了ARC通过AKT/NRF2/HO-1信号通路减轻KOA中软骨细胞氧化应激的作用	研究未涉及ARC在人体中的长期安全性和有效性	阐明ARC在铁积累诱导的KOA中的治疗作用及其机制	膝骨关节炎患者的软骨细胞	骨关节炎研究	膝骨关节炎	单细胞RNA测序、CCK-8检测、Annexin V-FITC/PI染色、Q-RTPCR、Western Blotting、Micro-CT、Safranin O-Fast Green染色	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，涉及KOA患者和非KOA个体的软骨细胞
4008	2025-03-27	Integrated analyses of Mendelian randomization, eQTL, and single-cell transcriptome identify CCN3 as a potential biomarker in aortic dissection 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83611-0 PMID:39738466	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化、eQTL和单细胞转录组分析，探讨血浆分泌蛋白作为主动脉夹层(AD)潜在生物标志物的可能性，并鉴定出CCN3作为潜在的保护性生物标志物	首次整合多种分析方法鉴定AD相关血浆蛋白生物标志物，并发现CCN3在AD中的保护作用	样本量有限，需要更大规模研究验证结果	探索主动脉夹层的血浆蛋白生物标志物	主动脉夹层患者和健康对照	生物信息学	心血管疾病	GWAS、eQTL分析、单细胞转录组测序、qPCR、ELISA	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	三个GEO数据集和实验验证样本（数量未明确说明）
4009	2025-03-27	Claudin 7 suppresses invasion and metastasis through repression of a smooth muscle actin program 2024-Dec-02, The Journal of cell biology IF:7.4Q1 DOI:10.1083/jcb.202311002 PMID:39320351	research paper	研究揭示了Claudin 7通过抑制平滑肌肌动蛋白相关基因的表达来抑制乳腺癌的侵袭和转移	首次明确了Claudin 7在乳腺癌转移中的抑制作用及其通过调控平滑肌肌动蛋白相关基因的机制	研究主要基于小鼠模型和人类细胞系，尚未在更广泛的临床样本中验证	探究Claudin 7在乳腺癌侵袭和转移中的作用机制	小鼠乳腺癌模型器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织、RNA-seq数据	癌症生物学	乳腺癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织及公共RNA-seq数据
4010	2025-03-27	Different gene expression patterns between mouse and human brain pericytes revealed by single-cell/nucleus RNA sequencing 2024-12, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2024.107434 PMID:39423955	研究论文	通过单细胞/核RNA测序技术比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式	首次系统地比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达差异，并识别了物种特异性基因	研究仅基于两种单细胞RNA测序平台的数据，可能未涵盖所有潜在的基因表达差异	比较小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式，为周细胞的转化研究提供资源	小鼠和人类大脑周细胞	基因组学	神经系统疾病	单细胞/核RNA测序（Smart-seq和10x）	NA	RNA测序数据	四个小鼠和人类成年大脑周细胞的单细胞/核RNA测序数据集
4011	2025-03-27	Targeting GSDME-mediated macrophage polarization for enhanced antitumor immunity in hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01231-0 PMID:39496854	研究论文	本研究探讨了GSDME介导的巨噬细胞极化在肝细胞癌（HCC）抗肿瘤免疫中的作用及其潜在治疗策略	发现GSDME在抗PD1耐药患者中显著上调，并揭示了GSDME通过激活PI3K-AKT通路促进M2样巨噬细胞极化的机制，提出Eliprodil与抗PD1联合治疗的新策略	样本量较小（仅9例HCC患者），需要更大规模的临床研究验证	探索增强肝细胞癌抗肿瘤免疫的新机制和治疗策略	肝细胞癌患者肿瘤组织、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞测序、流式细胞术	c-Myc+/+;Alb-Cre+/+小鼠自发性HCC模型、尾静脉注射模型	RNA测序数据、单细胞测序数据、流式细胞数据	9例HCC患者的肿瘤组织
4012	2025-03-27	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗导致的癌症相关成纤维细胞与恶性细胞间配体-受体相互作用的显著变化	研究主要基于胰腺癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探究胰腺癌肿瘤微环境在治疗后的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA (空间约束最优输运相互作用分析)	空间转录组数据	NA
4013	2025-03-27	Base editing screens define the genetic landscape of cancer drug resistance mechanisms 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01948-8 PMID:39424923	research paper	该研究通过CRISPR碱基编辑突变筛选，前瞻性地识别了四种癌细胞系对十种肿瘤药物的耐药性遗传机制	利用CRISPR碱基编辑技术前瞻性地识别耐药性机制，并通过单细胞转录组学揭示这些变异通过不同机制发挥作用	研究仅基于四种癌细胞系，可能无法全面反映所有癌症类型的耐药性机制	识别癌症药物耐药性的遗传机制，以改善患者分层、治疗组合和药物调度	四种癌细胞系	癌症研究	癌症	CRISPR碱基编辑，单细胞转录组学	NA	基因组数据，转录组数据	四种癌细胞系，32,476种变异
4014	2025-03-27	Characterization of a novel mitophagy-related 5-genes signature for diagnosis of acute myocardial infarction 2024-09, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2024.107417 PMID:39159737	研究论文	本研究通过线粒体自噬相关基因表达特征，开发了一种用于急性心肌梗死诊断的5基因标记	首次基于线粒体自噬相关基因表达特征，开发了急性心肌梗死的诊断标记，并通过单细胞转录组分析验证了其在特定细胞类型中的表达模式	研究样本量未明确说明，且诊断模型的AUC值为0.813，仍有提升空间	开发急性心肌梗死的诊断方法	心肌梗死患者	数字病理学	心血管疾病	支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)、随机森林、单细胞转录组分析	SVM、随机森林	基因表达数据	NA
4015	2025-03-27	PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001 PMID:39116880	研究论文	本研究介绍了一种新的成像、空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序整合流程，用于描述肿瘤发生过程中的肿瘤细胞状态转变	开发了一种半监督学习框架，用于空间多组学分析，以揭示胰腺癌前病变（PanINs）向胰腺导管腺癌（PDAC）转变过程中的细胞状态变化和微环境动态	研究依赖于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，这可能限制了单细胞水平上对人类PanINs及其微环境的全面表征	解析胰腺癌前病变向恶性肿瘤转变过程中的细胞状态和微环境变化	胰腺癌前病变（低级别和高级别PanINs）及其微环境中的细胞	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序、高维成像蛋白质组学	半监督学习框架	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、成像蛋白质组数据	一组匹配的低级别和高级别PanIN病变样本
4016	2025-03-27	BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells 2024-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01195-1 PMID:38942797	研究论文	本研究揭示了BAG6通过抑制携带IL33的细胞外囊泡释放和肥大细胞激活来限制胰腺癌进展的机制	首次发现BAG6在胰腺癌中的肿瘤抑制功能，揭示了BAG6缺陷通过EV相关IL33激活肥大细胞促进肿瘤生长的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究BAG6在胰腺癌进展中的作用机制	胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型、人类类器官和患者样本	肿瘤微环境研究	胰腺癌	Cre/LoxP报告系统、单细胞RNA测序	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型、人类类器官和患者样本
4017	2025-03-27	Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 2024-Jun, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01158-6 PMID:38720063	研究论文	本研究探讨了PAD4在炎症性肠病(IBD)中的作用，揭示了PAD4通过CKMT1的瓜氨酸化影响肠道炎症的机制	首次发现PAD4通过瓜氨酸化CKMT1影响线粒体稳态和肠道屏障功能，并证实PAD4可能是IBD的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	阐明PAD4在IBD发病机制中的具体作用	中性粒细胞、肠道上皮细胞(IECs)、CKMT1蛋白	分子生物学	炎症性肠病(IBD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、底物瓜氨酸化定位	DSS诱导的结肠炎小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	IBD患者临床样本和小鼠模型
4018	2025-03-27	A revised conceptual framework for mouse vomeronasal pumping and stimulus sampling 2024-03-25, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.01.036 PMID:38320553	research paper	本文重新审视了小鼠犁鼻器刺激采样的经典血管运动泵假说，并提出了一个修订的概念框架	发现了犁鼻器平滑肌组织的两个亚群，具有不同的结构和收缩特性，揭示了新的功能模式	研究仅针对小鼠犁鼻器，结果可能不适用于其他哺乳动物	探究犁鼻器的物理机械功能和刺激采样机制	小鼠犁鼻器	生理学	NA	解剖学、组织学、生理学方法、单细胞转录组学、药理学分析、2D/3D断层扫描	NA	解剖数据、生理数据、转录组数据、影像数据	NA
4019	2025-03-27	CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells 2023-07, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01027-8 PMID:37161048	研究论文	本文研究了CTLA4在效应性和滤泡性CD4+ T细胞分化过程中对细胞毒性的保护作用	揭示了CTLA4在调节CD4+ T细胞细胞毒性中的关键作用，并发现CD57标记的CD4 T细胞在不同组织中的表型差异	研究主要基于原发性抗体缺陷患者，结果在其他疾病中的普适性需要进一步验证	探讨CTLA4在CD4+ T细胞分化过程中的调控机制及其对细胞毒性的影响	CD57标记的CD4+ T细胞	免疫学	原发性抗体缺陷	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自血液和扁桃体样本的匹配CD57 CD4 T细胞
4020	2025-03-27	Regulation of c-SMAC formation and AKT-mTOR signaling by the TSG101-IFT20 axis in CD4+ T cells 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01008-x PMID:37029318	research paper	本研究探讨了TSG101-IFT20轴在CD4+ T细胞中调控c-SMAC形成及AKT-mTOR信号通路的机制	发现IFT20与TSG101的相互作用促进SMAC形成，进而放大AKT-mTOR信号通路，揭示了CD4+ T细胞活化的新调控机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人体内的相关机制仍需进一步验证	探究CD4+ T细胞中SMAC形成的分子机制及其在免疫应答中的作用	CD4+ T细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未刺激和抗体刺激的CD4+ T细胞